乙脑病毒全长cDNA的扩增克隆及体外转录制备感染性RNA的研究

本研究根据已知的乙脑病毒（ＪＥＶ）ＳＡ１４株基因序列设计一套引物,利用长模板ＲＴ－ＰＣＲ技术,一次扩增出了ＪＥＶ的全长ｃＤＮＡ,并采用大片段克隆技术将其克隆于载体的ＲＮＡ聚合酶启动子下游。阳性克隆转录的ＲＮＡ转染ＨＢＫ细胞后细胞产生病变,经乳鼠脑内接种及特异性免疫荧光染色证明为ＪＥＶ,这一结果表明ＪＥＶ感染性克隆的构建获得了成功。其次,合成一条含有ＲＮＡ聚合酶启动子序列的５′引物,利用长模板ＲＴ－     

HCV5＇端非编码区cDNA的体外转录

采用逆转录聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）从广东省一例慢性丙型肝炎病人血清中获得丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）５＇端非编码区（５＇ＮＣＲ）３０２ｂｐ的ｃＤＮＡ片段,经补齐和提纯后插入ｐＵＣ１９质粒,获得的重组体ｐＵＮ进行序列测定。将ｐＵＮ的目的基因亚克隆进体外转录载体ｐＳＰＯＲＴＩ多克隆位点的ＥｏｏＲＩ和ＰｓｔＩ切点之间,所得重组体ｐＳＮ线性化后由Ｔ＿７ＲＮＡ多聚酶及ＳＰ６ＲＮＡ多聚酶引导体外转录反应,产物经凝胶电泳及特异引物ＲＴ－ＰＣＲ,证实ＳＰ６引导的是正义ＲＮＡ,Ｔ７合成的是反义ＲＮＡ,其大小分别力４２９ｂｐ和３６２ｂｐ。并证实所得ＲＮＡ力ＨＣＶ５＇ＮＣＲｃＤＮＡ转录而来。获得的ＨＣＶ５＇ＮＣＲｃＤＮＡ和ＲＮＡ在常规逆转录和ＰＣＲ步骤中用于设立有效的模板对照,对消除假用性及评估试剂有重要意义。同时,ＨＣＶ５＇ＮＣＲ体外转录载体的构建可用于制各ＲＮＡ探针和反义ＲＮＡ,改进后还可作为定量ＰＣＲ的竞争性模板。     

T7启动子在哺乳类动物细胞中启劝外源基因表达的研究

人低密度脂蛋白（ＬＤＬ）受体基因ｃＤＮＡ和氯霉素乙酰转移酶基因（ＣＡＴ）及ｐｏｌｙＡ信号序列被克隆进行ＰＧＥＭ４载体的Ｔ７噬菌避动子下游,构建成质粒ＰＴ７ＬＤＬＲ和ＰＴ７ＣＡＴ,两个重组质粒转化ＣＨＯ细胞,ＰＣＲ和ＣＡＴ酶实验显示：两个基因被Ｔ７噬菌体启动子所启动,结果证实真核生物ＲＮＡ聚合酶能够识别Ｔ７启动子,转录外源基因,常用的含有Ｔ７启动子的质粒可同时的核生物和真核生物的表达载体。     

T7启动子具有真核生物聚合酶Ⅱ顺式作用因子的功能

根据ａ－鹅膏蕈碱（ａ－ａｍａｎｉｔｉｎ）对真核生物ＲＮＡ聚合酶的选择性抑制,以氯霉素乙酰转 移酶基因（ＣＡＴ）作为报道基因进行体内表达实验,证明Ｔ７噬菌体启动子可为真核生物ＲＮＡ 聚合酶Ⅱ所启动。应用建立的竞争性ＤＮＡ－蛋白质凝胶泳动技术,分别以ＴＡＴＡ框、ＣＡＡＴ 框、ＧＣ框和八核苷酸序列（ｏｃｔａｍｅｒ）为竞争性寡核苷酸分子,发现人工合成的Ｔ７启动子可能 与 ＴＦⅡＤ起始转录因子结合,形成 ＤＮＡ－核蛋白质结合物。将 ＴＡＴＡ框和八核苷酸序列分别 接入Ｔ７启动子上游,ＣＡＴ实验显示八核苷酸序列可以增强ＲＮＡ聚合酶Ⅱ对Ｔ７启动子的转录 起始作用。实验结果表明Ｔ７启动子可作为ＲＮＡ聚合酶Ⅱ的顺式作用因子。     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物RNA3序列分析及编码25kD蛋白基因在大 …

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物的总ＲＮＡ为模板,通过反转录－－ＰＣＲ扩增获得ＢＮＹＶＶＲＮＡ３全长ｃＤＮＡ。将其克隆到ＰＥＭ－７Ｚｆ上,得到重组质粒ｐＧＢＹ５６。序列分析结果表明,内蒙分离物ＲＮＡ３基因组全长 １７７５ｎｔ     

黄瓜花叶病毒山东株（CMV—SD）RNA2全和cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶ－ＳＤＲＮＡ２的５’和３’未端序列,在此基础上,利用ＲＴ－ＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡＤＱ ＢＴＧ Ｐｃ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ＰＣ２３,并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ＰＣ２Ｆ。     

抗水稻条纹叶枯病毒核酶的设计,克隆及体外活性测定

为探索控制水稻条纹叶枯病毒（Ｒｉｃｅｓｔｒｉｐｅｖｉｒｕｓ,ＲＳＶ）设计合成了特异切割该病毒ＲＮＡ保守区及编码病害特异性蛋白（ＤｉｓｅａｓｅＳｐｅｃｉｆｉｃＰｒｏｔｅｉｎ,ＤＳＰ）基因的核酶,核酶基因的长度均为４０个碱基,用化学合成方法合成其正链及与其３＇－末端互补的１５个碱基引物,用ＴａｇＤＮＡ多聚酶合成其互补链。双链ＤＮＡ直接插入克隆载体ＰＧＥＭ３ｚｆ（＋）的Ｓｍａｌ位点。序列测定表明,克隆得到的核酶序列与设计的核酶序列完全一致。经ＳＰ６ＲＮＡ多聚酶体外转录得到核酶ＲＮＡ。当核酶ＲＮＡ与以同样方法转录得到的靶基因ＲＮＡ混合反应,可得到预期结果相同的切割片段,表明两种核酶在体外均具有特异性切割活性。     

7启动子具有真核生物聚合酶Ⅱ顺式作用因子的功能

根据α－鹅膏蕈碱（α－ａｍａｉｎｔｉｎ）对真核生物ＲＮＡ聚合酶的选择性抑制,以氯霉素乙酰转移酶基因（ＣＡＴ）作为报道进行体内表达实验,证明Ｔ７噬菌体启动子可为真核生物ＲＮＡ聚合酶Ⅱ所启动。应用建立的竞争性ＤＮＡ－蛋白质凝胶泳动技术,分别以ＴＡＴＡ框、ＣＡＡＴ框、ＧＣ框和八核苷权序列（ｏｃｔａｍｅｒ）为竞争性寡核苷酸分子,发现人工合成的Ｔ７启动子可能与ＴＦⅡＤ起始转录因子结合,形成ＤＮＡ－核蛋白质结     

人铜锌超氧化物歧化酶cDNA的克隆,测序及表达

用逆转录聚合酶链反应（ＲＴＰＣＲ）,以人胎肝组织总ＲＮＡ为模板,扩增了人铜锌超氧化物歧化酶（ｈＣｕ,ＺｎＳＯＤ）的ｃＤＮＡ,并进行序列分析,将该ｈＣｕ,ＺｎＳＯＤｃＤＮＡ重组到Ｔ７启动子控制下的分泌型表达载体ｐＥＴ２２ｂ（＋）中,构建表达质粒ｐＥＴＳＯＤ,并转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）。ＳＤＳＰＡＧＥ及蛋白质印迹分析表明,经１ｍｍｏｌ／Ｌ异丙基硫代βＤ半乳糖苷（ＩＰＴＧ）诱导后,可高效表达一分子量为１９ｋＤ的蛋白质,与抗人ＳＯＤ多抗有特异的免疫反应,表达量约为菌体总蛋白质的３０％,具有特异性ＳＯＤ酶活性,酶活力可达１７９７ｕ／ｍｌ培基。     

甜菜坏死黄脉病毒RNA4 cDNA克隆,序列分析及其编码蛋白基因在大肠…

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物（ＮＭ）ＲＮＡ为模板,通过反转录和ＰＣＲ扩增得到了ＢＮＹＶＶ ＲＮＡ４基因组的ｃＤＮＡ克隆ｐＧＢＦ６。序列分析结果表明,ｐＧＢＦ６含有全长ＲＮＡ４ ｃＤＮＡ插入片段,大小为１４６５个核苷酸,含有一个８４９个核苷酸的开放阅读框架,编码产生由２８２个氨基酸组成的分子量为３１ｋＤａ的蛋白。与法国Ｆ２分离物ＲＮＡ４相比,其核苷酸序列和由此推导的氨基酸序列同源性分别     

人Mn—SOD cDNA的克隆及高效表达

用逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）,以人肝细胞株（Ｌ０２）总ＲＮＡ为模板,扩增了人锰超氧化物歧化酶（ｈＭｎ－ＳＯＤ）的ｃＤＮＡ。重组到Ｔ７启动子控制下的表达载体ｐＥＴ－２４ａ（＋）中,构建表爱质粒ｐＥＴ－ＭｎＳＯＤ,并转化大肠杆菌ＢＬ２１（ＤＥ３）。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ及蛋白质印迹分析表明,经１ｍｍｏｌ／Ｌ异丙基硫代－β－Ｄ－半乳糖苷（ＩＰＴＧ）诱导后,可高效表达一分子量为２２ｋＤ的蛋白质,与抗人     

人端粒酶逆转录酶（hTERT）基因第3内含子的克隆 …

从端粒酶活性呈性阳的水生细胞株人肺ＳＣＰ－Ａ－１中分离了总ＲＮＡ,以此为模板,结合ＲＴ－ＰＣＲ技术和长模板ＰＣＲ技术,用ｈＴＥＲＴ基因特异性引物扩增到一长约２．２ｋｂ的ｃＤＮＡ片段。将该片纯化后克隆到通用测序本Ｔ－ｅａｓｙ ｖｅｃｔｏｒ上得到重组质粒。用测引物ＳＰ６和Ｔ７对该片段进行部分双向测序。经序列分析和同源比较推测该片段包含了ｈＴＥＲＴ基因的第３内含子。该结果提示了ＲＴ－ＰＣＲ技术和长模板Ｐ     

人端粒酶RNA基因的克隆与鉴定

以人血基因组ＤＮＡ为模板,合成两段２０个寡聚核苷酸为引物,经过ＰＣＲ扩增,得到４８０ｂｐ的片段,克隆到ｐＭＤ１８－Ｔ载体中,经电泳、酶切、ＰＣＲ鉴定后测定序列。序列分析表明氙克隆的人端粒酶ＲＮＡ（ｈｕｍａｎ ｔｅｌｏｍｅａｓｅ ＲＮＡ,ｈＴＲ）基因含有４８０ｂｐ,包括约４５０ｂｐ的编码模板区主序列和约３０ｂｐ的上游调控区序列,其中模板区的１１个核苷酸（５’－ＣＵＡＡＣＣＣＵＡＡＣ－３’）合成端粒亚     

中国河南株丁型肝炎病毒全基因组的cDNA克隆和序列分析

从我国河南－抗丁型肝炎病毒抗原（ａｎｔｉ－ＨＤＡｇ）及丁型肝炎病毒（ＨＤｖ）ＲＮＡ双阳性的ＨＢｓＡｇ携带者血清中提取ＲＮＡ,采用人工合成的引物进行逆转录和聚合酶链反应（ＰＣＲ）,获得了贯穿ＨＤＶ全基因组的６个相互重叠的ｃＤＮＡ片段。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析,得到了长度为１６７４ｂｐ的我国人河南株ＨＤＶｃＤＮＡ全序列。计算机分析表明,该株与我国台湾株（ＨＤＶＩＡ型）、美国－１株（ＨＤＶＩＢ型）、日本－１株（ＨＤＶⅡ型）和秘鲁－１株（ＨＤＶⅢ型）的核苷酸同源性分别为的９４．３％、８６．８％、７５．４％和６６．３％,氨基酸序列的同源性分别为８９．７％、８５．１％、７１．９％和６４．６％,并在核苷酸和推导的ＨＤＡｇ氨基酸序列中分别发现了５个和２个集中保守的区域。这些区域均与ＨＤＶ的某些重要功能密切相关。     

RT－PCR联合一步法扩增G蛋白α亚基基因的开放阅读框

报道逆转录－多聚酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）联合一步程序,扩增大于１ｋｂ的拟南芥菜Ｇ蛋白α亚基基因的开放阅读框。该程序中,当ＲＮＡ模板和引物变性,并在同一管中加入ＰＣＲ缓冲液、４种ｄＮＴＰ底物、逆转录酶和ＴａｑＤＮＡ聚合酶之后,就不需其它手工操作步骤,因而可同时进行大批量样品的操作。实验结果证明ＡＭＶ（鸟类骨髓性白血病病毒）逆转录酶对ＴａｑＤＮＡ聚合酶的活性没有抑制作用。这种ＲＴ－ＰＣＲ联合一步法可从０．５μｇ的总ＲＮＡ中快速地扩增长于１．０ｋｂ的ｃＤＮＡ片段。     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物自然缺失突变体缺失区域的定位分析

以甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物（ＢＮＹＶＶ ＮＭ）总ＲＮＡ为模板,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增,分别获得ＲＮＡ２、ＲＮＡ３和ＲＮＡ４自然缺失突变体ｃＤＮＡ克隆。序列分析结果表明,ＲＮＡ２自然缺失突变体在７５ｋＤ通读蛋白编码区Ｃ端缺失３４８个核苷酸（缺失位置ｎｔ１４８８￣ｎｔ１８３５）。ＲＮＡ３在其２５ｋＤ蛋白编码区内缺失３６０个核苷酸（缺失位置ｎｔ７２９￣ｎｔ１０８８）。ＲＮＡ４的自然缺失区域位于３１ｋＤ蛋白     

黄瓜花叶病毒山东株(CMV-SD)RNA2全长cDNA克隆的构建及全序列分析

分别利用５’ＲＡＣＥ和３’ＲＡＣＥ确定了ＣＭＶＳＤＲＮＡ２的５’和３’末端序列,在此基础上,利用ＲＴＰＣＲ得到了ＲＮＡ２的５’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２５和３’端一半的ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２３,并通过拼接构建了ＲＮＡ２全长ｃＤＮＡ克隆ｐＣ２Ｆ。通过对ｐＣ２５和ｐＣ２３进行序列测定,得到了ＲＮＡ２的全序列。序列分析结果表明ＣＭＶＳＤＲＮＡ２由３０４８ｎｔ组成,其中存在２个部分重叠的阅读框ＯＲＦ１（７９～２６５２ｎｔ）和ＯＲＦ２（２４１４～２７４６ｎｔ）,分别编码８５８ａａ的２ａ蛋白和１１１ａａ的２ｂ蛋白,并在２ａ蛋白的序列中发现了动植物病毒复制酶所特有的两个保守序列。该株系ＲＮＡ２核苷酸序列与分属ＣＭＶＩ亚组的Ｆｎｙ株系和ＩＩ亚组的Ｑ株系ＲＮＡ２的核苷酸序列同源性分别为９１７％和７５６％;２ａ蛋白的氨基酸序列同源性分别为９３８％和６７７％,２ｂ蛋白的氨基酸序列同源性分别为８３０％和５１３％。同源性比较的结果表明ＳＤ株系属于ＣＭＶＩ亚组。     

丙型肝炎病毒RNA打点杂交检测方法同RT－PCR方法的比较

采用ＨＣＶ基因组结构区Ｃ区ｃＤＮＡ探针和非结构区ＮＳ３－４区ｃＤＮＡ探针,建立了用打点杂交（ｄｏｔｂｌｏｔｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法,同采用ＨＣＶ基因组５’端非编码区的一对寡核苷酸引物通过逆转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法相比较,发现两种方法都能快速早期和特异地检出血清中ＨＣＶＲＮＡ,但ＲＴ－ＰＣＲ法敏感性优于ＲＮＡ打点杂交法。对于无血清学指标的慢性ＮＡＮＢ肝炎病人的诊断,可采用这两种方法。这两种方法的敏感性在很大程度上依赖于引物和探针的敏感性,以及ＲＮＡ提取方法。ＲＴ－ＰＣＲ法适用于诊断病毒血症和复制,打点杂交法适用于研究ＨＣＶＲＮＡ量的变化,对治疗的评价,以及为实验筛选较高滴度的ＨＣＶＲＮＡ阳性样本。     

用PCR法直接快速筛查重组阳性克隆

应用ＰＣＲ法快速筛查插入有苯丙氨酸脱氨酶ｃＤＮＡ重组阳性克隆。方法：用于ＰＣＲ扩增的引物是位于载体ｐＥＴ２３ｂ启动子处的Ｔ７启动子引物和位于目的基因ＰＡＬｃＤＮＡ３’端终止密码ＴＡＡ处的引物。以灭菌吸头挑一单菌落加入ＰＣＲ体系扩增。结果：在筛查的３个克隆中,有２个阳性克降,并且插入方向正确,经ＤＮＡ序列测定得到进一步证实。结论：以ＰＣＲ方法筛查重组阳性克隆,可以简便快速鉴定插入片段的大小和方面,不     

HCV RNA的检测方法简介

本文讨论了检测丙型肝炎病毒核糖核酸（ＨＣＶＲＮＡ）的样本来源和处理,引物的设计,合成和选择等问题;重点介绍了蛋白酶Ｋ消化法,聚乙二醇沉淀法,异硫氰酸胍一步法,硅凝胶提取法和直接捕获法提取ＨＣＶ　ＲＮＡ的５种方法,以及一步ＰＣＲ法,常规ＲＴ－巢式ＰＣＲ,直接ＲＴ－巢式ＰＣＲ,化学修饰的ＲＴ－巢式ＰＣＲ,联合ＰＣＲ,双温ＰＣＲ和定量竞争性ＰＣＲ等７种ＰＣＲ方法检测ＨＣＶ　ＲＮＡ,用ＰＣＲ检测ＨＣＶ　ＲＮＡ方法的标准化以及检测ＨＣＶＲＮＡ具有非常重要的意义。本文还介绍了一种新型的定量方法－ｂＤＮＡ信号放大技术检测ＨｃＶＲＮＡ。