鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中，13对引物能成功扩增，且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定，其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间，扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示：鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个；观测杂合度在0.25与0.8之间，平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2，平均期望杂合度(He)是0.8±0.09；群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下，养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体，分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明：用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

布氏罗非鱼微卫星位点筛选和群体遗传多样性分析

为阐明布氏罗非(Tilapia buttikoferi)群体遗传变异和遗传结构状况,采用50个尼罗罗非鱼特异性的微卫星分子标记对45个布氏罗非鱼个体进行遗传检测.结果有27对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的54%,其中16个多态性微卫星座位共检测出52个等位基因.每个座位的等位基因数为2～6之间,平均每个座位为3.24;平均观测杂合度(Ho)为0.5266,平均期望杂合度(He)为0.5237,平均多态信息含量为0.4652,表明布氏罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构处于合理状态.     

长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA分析

利用已发表的鲤微卫星引物在草鱼中进行PCR扩增,结果有5对引物(6个座位)能成功扩增并且有较高多态性,等位基因数在3-7个之间。这些异种扩增的草鱼微卫星符合孟德尔遗传规律。测序证明草鱼中的微卫星核心重复序列部分与鲤中的原始核心序列相似,也有一些变化。随后用这6个多态微卫星座位研究了来自长江水系的四个草鱼群体的遗传结构,结果显示每个群体的平均等位基因数在38与48之间,平均观测杂合度(Ho)在04000与05741之间,平均期望杂合度(HE)在04773与06489之间,有多个座位在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明四川群体与洞庭湖群体遗传距离最远,而嘉鱼群体与鄱阳湖群体遗传距离较近。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的9560%与440%,固定系数(FST)为0044,这表明长江水系草鱼目前的群体分化很微弱。       

企鹅珍珠贝养殖群体与涠洲岛野生群体的微卫星分析和形态分析

本研究应用19对马氏珠母贝(Pinctada martensii)微卫星引物,分析企鹅珍珠贝(Pteria penguin)涠洲岛野生群体和养殖群体的遗传多样性。结果显示,19个微卫星位点在野生和养殖群体中的平均等位基因数(Na)分别为4.0和3.0,平均有效等位基因数(Ne)分别为3.255 5和2.803 5,群体平均多态信息含量(PIC)为0.548 5,说明企鹅珍珠贝群体的多态性水平较高。野生群体的平均观测杂合度(Ho)为0.679 8,平均期望杂合度(He)为0.674 9,平均Shannon's多样性信息指数(I*)为1.197 9;养殖群体的Ho、He和I*则分别为0.554 8、0.551 1和0.900 1,说明涠洲岛野生群体的遗传多样性要高于养殖群体。各座位平均遗传分化系数(Fst)为0.038 9,平均基因流(Nm)为6.177 5,说明涠洲岛野生群体和养殖群体间基因交流较频繁,群体遗传分化很小。采用通径分析法探讨涠洲岛野生和养殖群体的壳长、腹缘壳高和垂直壳高对壳宽的决定效应,以探索形态性状与分子标记的关联。结果显示野生群体壳长对壳宽的直接影响最大,养殖群体垂直壳高对壳宽性状的直接作用最大。将三个指标与腹缘壳高的比值进行比较,以消除两个群体年龄差异造成的误差,结果显示涠洲岛野生群体的壳长/腹缘壳高值(0.701 6)明显低于养殖群体(1.077 9),可作为SSR分子标记的有力补充用于快速鉴别企鹅珍珠贝野生群体和养殖群体。     

SSR不对称PCR法分析虾夷扇贝遗传多样性

采用微卫星引物的不对称扩增法(即不对称PCR-SSR方法),得到了较为准确的微卫星,运用8对微卫星标记对取自日本青森县的自然群体(QSX)、俄罗斯海参崴自然生群体(HSW)和大连旅顺口的自然群体(LSK)及大连的广鹿岛(GLD)、獐子岛(ZZD)、小长山(XCS)和凌水桥(LSQ)养殖群体进行遗传多样性分析.平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.51563～0.64583和0.67575～0.74535,其中QSX群体的平均杂合度最高,HSW群体的最低,各群体间的差异不显著,说明中国的扇贝的群体遗传多样性仍然处于一个很高的水平,种质资源较丰富.并对常规PCR和不对称PCR方法扩增微卫星的优缺点进行了探讨.     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记,对4个中华绒螯蟹群体(江苏、安徽、辽宁、天津)的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445bp,在群体间扩增出2—10个等位基因,共计155个等位基因,平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne)为4.3491—4.7234,平均观察杂合度(Ho)为0.5690—0.6722,平均期望杂合度(He)为0.7238—0.7546,并通过基因型的P值,确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡;同时对4个群体的遗传距离进行了估算,聚类分析结果表明,安徽、江苏、天津聚为一支,属于长江河蟹类型,辽河种群单独聚为一支。     

诸氏鲻虾虎鱼多态性微卫星标记的开发及评价

目的开发诸氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius chulae)多态性微卫星标记,为诸氏鲻虾虎鱼的遗传背景评价提供基础数据。方法采用磁珠富集法,以生物素标记的(AC)15为探针,构建了诸氏鲻虾虎鱼微卫星富集文库。经克隆、筛选、测序后,设计合成微卫星引物,利用野生群体对微卫星引物进行多态性筛选和评价。结果共获得74个含有微卫星重复单元的序列,根据微卫星序列共设计出33对微卫星引物。利用30个野生诸氏鲻虾虎鱼样本对33对引物的微卫星位点进行了评价,其中有12个位点表现出多态性,平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)分别为2.9167、2.2311、0.4583、0.5633和0.4474。结论所筛选的微卫星标记将为诸氏鲻虾虎鱼遗传质量控制及监测提供实验依据。     

长江江豚微卫星DNA分离的初步研究

为了开发物种特异性微卫星标记,本文采用一种改良的快速微卫星分离法(FIASCO)从长江江豚(Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)的基因组中筛选得到72条微卫星DNA序列。根据重复单元的排列特点,完美型、非完美型及复合型序列所占的比例分别为58.3%、22.2%和19.5%。选择其中30条序列设计PCR扩增引物,并用12个随机选择的长江江豚样品进行多态性筛选。初步结果表明其中14对引物的扩增产物稳定并且具有多态性;在每个座位上获得2-13个等位基因,平均等位基因数为5.87个;14个微卫星座位的平均观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.560和0.709。本研究获得了长江江豚的第一批物种特异性微卫星座位及其扩增引物,这些微卫星标记将在后续的保护遗传学研究中发挥重要作用。       

镜鲤繁殖群体的遗传结构及微卫星标记与经济性状的相关性分析

选用35个多态性微卫星分子标记对天津换新良种场镜鲤一个繁殖群体的有效等位基因数(Ae)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC) 等进行了检测, 以卡方检验估计群体Hardy-Weinberg平衡。结果表明：在35个基因座共检测到118个等位基因, 平均等位基因数为3.37个, 每个座位检测到的等位基因数2~7个不等, 平均有效等位基因数为2.16, 观测杂合度平均值0.431, 无偏期望杂合度的平均值为0.4736, 平均多态信息含量0.42, 说明这个群体属于中度多态, 遗传多样性水平不高。卡方检验的P值显示多于半数的位点都发生了偏离。并将35个基因座的不同基因型与个体的体重、体长值进行了连锁分析, 得到了4个与体重、体长连锁的基因型, 并将所得结果与鲤鱼体长性状QTL定位结果进行对比, 其中HLJ319标记与QTL定位结果基本一致。分析了几个严重偏离平衡的基因型, 并讨论出现这种现象的可能原因。     

凡纳滨对虾繁殖中不同亲本对子代遗传贡献率的差异

利用5个含有稀有等位基因的高度多态性微卫星位点比较了凡纳滨对虾繁殖中不同亲本对子代遗传贡献率的差异。通过稀有等位基因的5个微卫星位点能够对亲代和子代的谱系进行明确的鉴别。10个亲代个体中有8个个体对子代群体的基因库有贡献,不同个体之间的贡献率存在差别,最高为54.28%,最低为8.57%。在亲代和子代群体遗传结构的分析中,子代等位基因的数目与亲代相比降低了11.11%。子代的平均期望杂合度(He)、平均观测杂合度(Ho)和平均多态性信息含量(PIC)等指标均低于亲代。实验结果表明:亲本对子代基因库的贡献率的差异也是造成子代群体遗传变异水平降低的原因之一;微卫星标记可作为一种有效的工具用于对虾系谱的确认、人工繁育群体遗传多样性水平的监测等方面     

青鱼微卫星标记的开发与特性分析

青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星引物检验其在青鱼原种群体中的有效性和多态性水平。结果显示,所构建文库中849个克隆含有微卫星序列,通过利用PCR技术在吴江原种青鱼36个个体中进行多态性筛选,获得了25个多态性微卫星位点。其平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为7.08和3.526,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.602和0.619,平均多态信息含量(PIC)为0.568。其中,Mp23、Mp27和Mp35这3个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P 0.01)。本研究开发的微卫星标记能为青鱼种质资源的评价和保护等研究提供工具。     

东平湖麦穗鱼群体遗传结构的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术,采用26对鲤微卫星引物对山东东平湖麦穗鱼进行全基因组扫描.结果表明,有13对引物能获得稳定的特异性条带(占总数的50%),其中有6个微卫星位点具有多态性(占总数的23.1%).6个多态位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到7个不等,大小在80～406bp之间;平均多态信息含量(PIC)为0.5115,平均观测杂合度(H0)为0.6812,平均期望杂合度(HE)为0.5775.研究结果表明,东平湖麦穗鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构合理,种质资源处于安全状态.     

Development of microsatellite markers and their utilization in genetic diversity analysis of cultivated and wild populations of the mud carp （ Cirrhina molitorella）

Microsatellite markers have been increasingly used in genetic studies on fishery species because of their high applicability in selective breeding programs.Here we reported the development of microsatellite markers and their utilization in mud carp(Cirrhina molitorella).An (CA)15 enriched library has been constructed for mud carp,using the magnetic beads enrichment procedure.Sequence analysis of 60randomly picked positive colonies indicate that 56 (93.3%) of the colonies contain microsatellites.Microsatellite polymorphism was as-sessed using 10 mud carp individuals,and 12 microsatellite loci turned out to be polymorphic.We utilized these loci to study the genetic diversity of a wild population (WM) and a cultured population (CM) of the mud carp.A total of 109 alleles were detected with an average of 9.08 alleles per locus.The mean value of the observed heterozygosity of WM and CM was 0.6361 and 0.6417,respectively,and sig-nificant decrease of genetic diversity in CM was not observed.The genetic distance between the two populations was 0.1546 and the value of Gsr was 0.0473.This showed that there existed a slight genetic differentiation between WM and CM.     

Cross-priming of microsatellite loci in subfamily cyprininae (family Cyprinidae): their utility in finding markers for population genetic analysis in three Indian major carps

This study is aimed to identify polymorphic microsatellite markers and establish their potential for population genetics studies in three carp (family cyprinidae; subfamily cyprininae) species, Labeo rohita, Catla catla and Cirrhinus mrigala through use of cyprinid primers. These species have high commercial value and knowledge of genetic variation is important for management of farmed and wild populations. We tested 108 microsatellite primers from 11 species belonging to three different cyprinid subfamilies, Cyprininae, Barbinae and Leuciscinae out of which 63 primers (58.33 %) successfully amplified orthologous loci in three focal species. Forty-two loci generated from 29 primers were polymorphic in these three carp species. Sequencing of amplified product confirmed the presence of SSRs in these 42 loci and orthologous nature of the loci. To validate potential of these 42 polymorphic loci in determining the genetic variation, we analyzed 486 samples of three focal species collected from Indus, Ganges and Brahmaputra river systems. Results indicated significant genetic variation, with mean number of alleles per locus ranging from 6.80 to 14.40 and observed heterozygosity ranging from 0.50 to 0.74 in the three focal species. Highly significant (P < 0.00001) allelic homogeneity values revealed that the identified loci can be efficiently used in population genetics analysis of these carp species. Further, thirty-two loci from 19 primers were useful for genotyping in more than one species. The data from the present study was compiled with cross-species amplification data from previous results on eight species of subfamily cyprininae to compare cross-transferability of microsatellite loci. It was revealed that out of 226 heterologous loci amplified, 152 loci that originated from 77 loci exhibited polymorphism and 45 primers were of multispecies utility, common for 2–7 species.     

鲤的微卫星引物对草鱼基因组分析适用性的初步研究

运用微卫星DNA-聚合酶链反应(STR—PCR)基因分型技术,选取已发表的28对鲤的微卫星引物,探讨鲤的引物用于草鱼基因组微卫星分析的可能性。通过优化PCR反应条件,消除了影子带和异源核酸双链分子两类微卫星相关假阳性带对STR—PCR分析的干扰。在此基础上,筛选出7对引物可在湘江野生草鱼基因组中扩增出特异性条带,占总数的25％;其中的4对引物(约占总数的14．3％)在8尾湘江野生草鱼小群体中即检测到了个体间等位基因的多态性。这些初步的结果表明鲤的微卫星引物可以用于草鱼基因组的分析。     

环境毒物对金黄色葡萄球菌毒性影响的研究

采用毒物在营养琼脂中垂直扩散方法,通过测定毒物在营养球脂中抑制金黄色葡萄球菌生长产生蓝色抑菌带的长度,研究Hg、Cr^6 、Pb、CN^—、As、NO2^—、F^—及苯酚对金黄色葡萄球菌的毒性影响。结果表明：受试毒物的浓度与抑菌带有相关性,相关系数具显著意义;对毒物的敏感性为Cr^6 ＞Hg＞As＞CN^—＞Pb＞NO2^—＞苯酚＞F—;多种毒物共同作用其毒性影响增加。     

应用微卫星多态分析四个鲤鱼群体的遗传多样性

选择12个斑马鱼功能基因的微卫星标记和12个鲤鱼微卫星标记,检测黑龙江鲤(Cyprinus carpiohaematopterusTemminck et Schlegel)、散鳞镜鲤(C.carpio)、荷包红鲤抗寒品系(C.carpiovar.wuyuanensis)、松浦鲤(C.carpioSongpu carp)的群体遗传多样性。共检测到3882个扩增片段,长度为126～489bp,在群体间扩增出1～5个等位基因不等,共计59个等位基因,平均等位基因2.46个。数据经PHYLIP V3.6软件估算和MEGA3软件作图,确立4个群体间的亲缘关系。并应用Bootstrap检验估计系统树中节点的自引导值,并进行了系统发生分析。结果表明①4个群体检测的有效等位基因数都在55个以上,平均观测杂合度为0.36～0.43,平均期望杂合度为0.49～0.53,平均多态信息含量为0.21～0.25,说明这几个群体多态性属于中度偏高水平,遗传多样性较高;②群体间相似系数都在0.84以上,遗传距离较近,为0.067～0.170,与前人研究结果一致。聚类分析显示,松浦鲤与散鳞镜鲤亲缘关系最近,荷包红鲤抗寒品系与它们的亲缘关系较黑龙江鲤更近;③在3个斑马鱼功能基因相关的微卫星位点上,黑龙江鲤缺失特异扩增条带,这可能与几种鱼类的育成史有关。     

鳙基于10个微卫星标记的亲子鉴定分析

为开展鳙(Hypophthalmichthys nobilis)家系选育工作,本研究进行了基于微卫星标记的亲子鉴定研究。试验中筛选了10个扩增效率较高的微卫星标记,通过引物荧光修饰,引物结合毛细管电泳分型技术,对鳙48尾亲本及384尾子代进行了基因分型,并计算了等位基因频率和模拟分析和亲子鉴定等分析。结果发现,各位点的等位基因数介于4~13之间,其中9个位点均具有较高的多态性和杂合度(PIC>0.5,He>0.5),研究发现位点的多态性信息含量(PIC)与亲本对排除率(E-PP)存在显著正相关(p<0.01)。模拟分析结果显示,该10个标记预计可用于已知性别的50组亲本(100尾)或未知性别的50尾亲本的鉴定分析(鉴别成功率>95%)。亲子鉴定发现,对试验中2个交配组(每组12对亲本)的鉴别成功率分别为98.96%和100%;且父母本对子代的贡献率存在极显著差异(p<0.01)。通过累积位点的鉴定分析发现,当标记数为7个和9个时分别能满足试验中12组和24组亲本对应子代的鉴定分析(鉴别率>95%),模拟分析和亲子鉴定分析成功率趋势基本符合。本研究所开发的亲子鉴定技术可为鳙家系选育提供技术支持。