基于环境DNA宏条形码技术的辽东湾典型围海养殖池塘内水母多样性研究

研究使用环境DNA宏条形码技术(eDNA metabarcoding)检测辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,探索适用于水母种类物种鉴定和监测的新方法。利用环境DNA宏条形码技术,分别基于18S rDNA和COI宏条形码检测了辽东湾东北部河口区围海养殖池塘水母种类多样性,通过水样采集、过滤、eDNA提取、遗传标记扩增、测序与生物信息分析的环境DNA宏条形码标准化分析流程,从围海养殖池塘7个采样点中获得可检测的采样点数据。结果显示,基于18S rDNA宏条形码检测出8种水母种类,其中钵水母纲大型水母2种、水螅水母总纲小型水母6种;基于COI宏条形码技术共检测出19种水母种类,其中钵水母纲大型水母5种、水螅水母总纲小型水母14种;两种DNA条形码标记都显示养殖种类海蜇(Rhopilema esculentum)为优势种。研究结果表明,环境DNA宏条形码技术作为一种新兴的生物多样性监测手段可用于快速检测水母种类多样性,在水母类物种鉴定、监测及早期预警中有较大的应用潜能。     

基于AFLP技术对中国虾夷扇贝群体种质资源的研究

利用AFLP技术对国内较具代表性的5个群体与日本群体虾夷扇贝相比照进行遗传多样性的分析.采用6对引物组合对6个群体178个个体进行扩增,共得到308个位点,6个群体的多态位点比例为62.66% ～69.81%,其中日本群体最高,小长山群体最低,且呈显著性差异;香农氏指数为0.337 ～0.374,其中日本群体最高,小长山群体最低.凌水桥群体与旅顺群体间遗传相似性最高(0.9810),小长山群体与凌水桥群体间遗传相似性最低(0.9641);相对的遗传距离的计算结果与遗传相似性结果一致.数据分析表明养殖方式对虾夷扇贝遗传多样性影响不大.本试验结果为我国虾夷扇贝种质遗传多样性维持、保护和可持续利用提供参考.     

鱼类基因内含子研究进展

内含子是指断裂基因中的非编码区序列,在编码蛋白质前被去除。在高等生物中,内含子的长度远大于外显子,大部分随机突变会发生在内含子中。因此,内含子的存在使高等生物对突变的耐受能力大大增强了。研究表明,内含子可以提高基因表达效率;影响RNA的转录、剪接加工、出核孔以及翻译等过程;启动某些基因的表达;并通过选择性剪接调控基因的表达。内含子功能的研究成果给当前鱼类免疫基因研究开拓了全新的视野。对内含子的分类、剪接、功能以及鱼类内含子研究的新进展进行了综述,并展望了内含子在鱼类免疫基因研究中的应用。     

文蛤胞内铜锌超氧化物歧化酶基因的克隆与序列分析

文蛤(Meretrix meretrix)是我国重要的滩涂养殖贝类之一,由于病害等原因,特别是红肉病的蔓延,文蛤增养殖业的发展受到严重制约。铜锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)是活性氧清除酶系中最重要的酶,在生物体内参与清除氧自由基,防御分子损伤和机体衰老等诸多生物事件。通过构建SMART全长cDNA文库和RACE的方法,克隆得到了文蛤胞内Cu/Zn-SOD(icCu/Zn-SOD)的全长cDNA序列。生物学软件分析表明,该序列全长为1383bp,5′UTR为45bp,3′UTR为876bp,开放阅读框长度为462bp,编码153个氨基酸,Cu原子分别与His46、His48、His63、His119配位,Zn则与His63、His71、His80和Asp83配位,半胱氨酸Cys57和Cys145之间形成唯一的链内二硫键。蛋白质结构中心是由8条反向平行的β折叠围成的圆桶状结构。文蛤icCu/Zn-SOD与紫贻贝等其它9种海洋贝类的Cu/Zn-SOD具有较高的同源性。     

不同苗种来源的中国虾夷扇贝群体的遗传多样性分析

虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)于1982年从日本引入中国并展开规模化养殖.由于引入的亲贝数目有限,使虾夷扇贝在人工育苗养殖过程中群体遗传多样性水平下降.本研究使用7对微卫星引物对日本原种贝(♀、♂)自交后的子代群体(RZ)、国内种贝(♀、♂)自交后的子代群体(DZ)、日本原种贝(♂)与国内种贝(♀)的杂交群体(ZJ)和国内自然海区(中国旅顺月亮湾)天然繁殖群体(HC)4个不同的虾夷扇贝群体的遗传多样性进行了研究.实验结果表明,4个群体的平均有效等位基因数为3.2～3.8,平均期望杂合度为0.6718～0.7017,日本野生群体做为种贝繁殖的苗种(KZ)与中国养殖群体相比,遗传多样性水平较高,除了DZ群体外其他群体的遗传多样性并无显著的变化.     

皱纹盘鲍野生与养殖群体遗传多样性的AFLP分析

利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,对大连旅顺养殖杂交群体(DL)、大连獐子岛养殖群体(DZ)和大连金州养殖杂交群体(DJ)、日本引进的野生皱纹盘鲍群体(JD)和山东青岛养殖杂交群体(SQ)的遗传多样性进行了研究。6对引物组合扩增得到424个位点,其中412个为多态位点,总多态位点比例为97.17%,5个群体的多态位点比例在52.83%～78.07%,平均为66.56%。5个群体的平均杂合度分别为0.2389、0.1803、0.2480、0.2010和0.2637,平均为0.2264。3个养殖杂交群体(DL、DJ和SQ)的遗传多样性水平高于日本野生群体和大连獐子岛养殖群体(p<0.05)。根据群体之间遗传距离及UPGMA聚类分析显示,大连獐子岛群体(DZ)单独成为一支,日本野生群体(JD)与其余3个养殖群体聚在一起。     

辽东湾斑海豹(Phoca largha)线粒体D-loop区异质型研究初探

采用PCR技术和DNA克隆测序技术,随机测定了3头斑海豹mtDNA控制区(D-loop区)csn-3上、下游1000bp左右的序列,每头斑海豹任选14个克隆菌斑进行测序,结果所得序列均无重复,得到42个单倍型.结合GenBank已发表的斑海豹mtDNA控制区序列(Phoca largha,AM181031),通过Clusta1X1.83、MEGA3.1和FastPCRv3.6等生物信息学软件进行序列比对,发现我国珍稀保护动物斑海豹个体内线粒体DNA(mtDNA)的控制区CSB-3之后存在异质型现象,且存在数目不等的串联重复序列.从分子水平进行了不同类型重复序列变化规律的研究,初探了mtDNA控制区异质型在斑海豹中的存在情况.     

气候变化条件下太平洋丽龟的适宜生境及其变化

太平洋丽龟作为被国际自然保护联盟(IUCN)认定的脆弱物种,近年来备受关注。为了解当前及未来气候情景条件下太平洋丽龟的分布及其变化,本研究利用其发现记录和8个环境预测变量(包括深度、离岸距离、平均初级生产力、最小初级生产力、海表平均温度、海表最小温度、海表平均盐度、海表最小盐度),构建了组合物种分布模型(Ensemble SDM)对其潜在栖息地分布进行预测,并利用曲线下面积(AUC)和真实技巧统计(TSS)值评估模型的准确性。结果表明：AUC和TSS值分别为0.96和0.81,表明组合模型具有较好的预测性能;海洋表面温度和盐度是决定太平洋丽龟分布最重要的两个预测变量,适宜温度为23～29℃,适宜盐度<34;当前环境条件下太平洋丽龟分布范围在30°N—25°S;在未来气候情景条件下,该物种的分布范围将减少,特别是在2100s RCP85气候情境下,其适宜生存范围将减少28%。模型验证结果显示,模型准确性较高,能对太平洋丽龟在当前和未来气候情景下的分布做出较为准确的预测。本研究可为制定更加合理的保护措施和管理策略提供数据参考。     

日本沼虾卵黄蛋白原合成部位的初步研究

十足目卵巢中卵黄的来源,在过去的几十年研究中一直存在争议,内源性合成和外源性合成均有报道。以雌性日本沼虾为实验材料,根据外形观察和组织学研究确定其发育阶段,可以分为:卵原细胞增殖期;卵黄发生前期;初级卵黄发生期;次级卵黄发生期;成熟期和抱卵期(消退期)。从处于不同发育期的卵巢和肝胰腺中提取总RNA,用RT-PCR方法探讨不同发育期的日本沼虾卵巢和肝胰腺卵黄蛋白原mRNA表达,确定是否有卵黄蛋白原的合成功能。检测结果可以初步判定日本沼虾卵巢和肝胰腺都具有卵黄蛋白原mRNA表达功能,都是卵黄蛋白原的合成部位,其合成的量与沼虾卵巢的发育阶段相关。     

圆斑星鲽肌钙蛋白I基因的克隆和序列分析

通过建立圆斑星鲽肌肉 cDNA 文库,大规模的 EST 测序和PCR技术得到了圆斑星鲽肌钙蛋白I的完全表达序列,该序列全长845 bp,编码171个氨基酸.经同源性分析结果表明,与多种鱼类的肌钙蛋白 I 具有较高同源性,其中与鳜鱼的肌钙蛋白 I 同源性最高,为86%.序列提交 GenBank 收录,登录号为 GU229275.