布氏罗非鱼微卫星位点筛选和群体遗传多样性分析

为阐明布氏罗非(Tilapia buttikoferi)群体遗传变异和遗传结构状况,采用50个尼罗罗非鱼特异性的微卫星分子标记对45个布氏罗非鱼个体进行遗传检测.结果有27对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的54%,其中16个多态性微卫星座位共检测出52个等位基因.每个座位的等位基因数为2～6之间,平均每个座位为3.24;平均观测杂合度(Ho)为0.5266,平均期望杂合度(He)为0.5237,平均多态信息含量为0.4652,表明布氏罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构处于合理状态.     

微卫星分型法应用于豢养繁殖长江江豚的父权鉴定

目的:鉴定武汉白鱀豚馆及安徽铜陵淡水豚保护区两个豢养长江江豚繁殖群体中出生的6头幼豚的生物学父亲.方法:选择8对江豚物种特异性微卫星引物对两个待鉴定群体的14个DNA样品进行了荧光标记PCR扩增,将纯化后的扩增产物在ABI3130遗传分析仪上进行基因分型,并根据GeneScan Rox 500内标确定不同等位基因的大小,随后对待鉴定对象进行等位基因分析,并计算主要多态性参数.结果:所采用的8个微卫星座位在待鉴定的两个江豚群体中均表现出不同程度的多态性.在母本已知的条件下,利用其中6个微卫星座位的等位基因数据,通过排除法成功地鉴定出两个繁殖群体中出生的6头幼豚的生物学父亲.结论:本研究首次成功地将6个物种特异性微卫星标记应用于豢养长江江豚的父权鉴定,从而为该物种微卫星亲子鉴定技术体系的建立及迁地保护繁殖群体遗传谱系的构建奠定了技术基础.     

长江水系草鱼遗传多样性的微卫星DNA分析

利用已发表的鲤微卫星引物在草鱼中进行PCR扩增,结果有5对引物(6个座位)能成功扩增并且有较高多态性,等位基因数在3-7个之间。这些异种扩增的草鱼微卫星符合孟德尔遗传规律。测序证明草鱼中的微卫星核心重复序列部分与鲤中的原始核心序列相似,也有一些变化。随后用这6个多态微卫星座位研究了来自长江水系的四个草鱼群体的遗传结构,结果显示每个群体的平均等位基因数在38与48之间,平均观测杂合度(Ho)在04000与05741之间,平均期望杂合度(HE)在04773与06489之间,有多个座位在不同的群体中偏离哈代-温伯格平衡。遗传距离分析表明四川群体与洞庭湖群体遗传距离最远,而嘉鱼群体与鄱阳湖群体遗传距离较近。分子变异分析(AMOVA)表明,群体内遗传变异与群体间遗传变异分别占总遗传变异的9560%与440%,固定系数(FST)为0044,这表明长江水系草鱼目前的群体分化很微弱。       

诸氏鲻虾虎鱼多态性微卫星标记的开发及评价

目的开发诸氏鲻虾虎鱼(Mugilogobius chulae)多态性微卫星标记,为诸氏鲻虾虎鱼的遗传背景评价提供基础数据。方法采用磁珠富集法,以生物素标记的(AC)15为探针,构建了诸氏鲻虾虎鱼微卫星富集文库。经克隆、筛选、测序后,设计合成微卫星引物,利用野生群体对微卫星引物进行多态性筛选和评价。结果共获得74个含有微卫星重复单元的序列,根据微卫星序列共设计出33对微卫星引物。利用30个野生诸氏鲻虾虎鱼样本对33对引物的微卫星位点进行了评价,其中有12个位点表现出多态性,平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)及多态信息含量(PIC)分别为2.9167、2.2311、0.4583、0.5633和0.4474。结论所筛选的微卫星标记将为诸氏鲻虾虎鱼遗传质量控制及监测提供实验依据。     

鄱阳湖长江江豚的微卫星遗传多样性及发展预测

为了科学评估鄱阳湖长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis asiaeorientalis)的遗传多样性并预测其发展趋势,研究基于124头活体长江江豚的血液样本及42头搁浅死亡长江江豚的组织样本,利用微卫星遗传标记对该种群的遗传多样性进行了评估,并利用BottleSim软件对该种群遗传多样性的发展趋势进行了模拟预测。研究结果显示,鄱阳湖长江江豚种群10个微卫星位点的平均等位基因数(N_a)为5.80、平均观察杂合度(H_o)为0.653、期望杂合度(H_e)为0.664,表现出中等程度的核DNA遗传多样性;在剔除死亡个体后,平均等位基因数下降至5.50,并且死亡个体在3个微卫星位点上具有3个稀有等位基因,表明非正常死亡将导致鄱阳湖种群遗传多样性下降。此外,模拟结果表明,如果保持当前有效种群(N_e=62)和雌雄性比(0.87:1),鄱阳湖长江江豚种群的遗传多样性将快速下降;而要实现100年内保存90%以上遗传多样性的目标,则其有效种群至少需要200头或者实际种群数量超过1000头。研...     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中,13对引物能成功扩增,且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定,其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间,扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个;观测杂合度在0.25与0.8之间,平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2 ,平均期望杂合度(He)是0.8±0.09 ;群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下,养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体,分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

中国特有单种属血水草的微卫星分子标记开发与评价

血水草(Eomecon chionantha Hance)是中国亚热带地区特有的单种属植物。本研究采用(AG)15、(AC)15两种生物素探针及磁珠富集法从血水草基因组中开发并筛选出13个微卫星位点,且在该物种中能进行稳定的PCR扩增并表现出多态性。利用筛选出的13个SSR多态性标记对血水草4个野生居群24个个体进行PCR扩增,结果显示每个微卫星位点的等位基因数为2~7个,观测杂合度(HO)和期望杂合度(HE)分别为0.125~0.792和0.299~0.691。说明这些SSR标记可用于血水草遗传多样性的后续研究,并揭示该物种地理分布格局形成的原因,有助于保护和利用中国亚热带地区的血水草野生资源。     

牙鲆CA/GT微卫星标记的筛选

采用生物素选择杂交法与放射性同位素杂交法相结合的技术,成功地从牙鲆(Paralichthys olivaceus)基因组中分离出含有CA/GT重复类型的微卫星序列。通过两轮淘选,共获得526个阳性菌落。测序其中的119个菌落,结果获得133个含有微卫星座位的序列。除了两个复合型微卫星外(1.5%),完美型63个(47.37%),非完美型68个(51.13%)。设计并合成22对微卫星引物,对8个人工雌核发育家系的亲本进行遗传背景分析。PCR结果表明,4对引物无扩增带或者扩增带不是目的条带,1对引物表现为单态,其余17对引物均呈多态性,平均每个座位产生5.2个复等位基因,杂合度为0.375～0.846,多态信息含量为0.305～0.823。结果表明,所筛选的大部分微卫星标记能够用于牙鲆群体遗传学研究。     

青鱼微卫星标记的开发与特性分析

青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星引物检验其在青鱼原种群体中的有效性和多态性水平。结果显示,所构建文库中849个克隆含有微卫星序列,通过利用PCR技术在吴江原种青鱼36个个体中进行多态性筛选,获得了25个多态性微卫星位点。其平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为7.08和3.526,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.602和0.619,平均多态信息含量(PIC)为0.568。其中,Mp23、Mp27和Mp35这3个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P 0.01)。本研究开发的微卫星标记能为青鱼种质资源的评价和保护等研究提供工具。     

黄颡鱼微卫星标记的筛选及三个野生群体的遗传结构分析

为了探明长江中上游流域黄颡鱼野生群体的遗传多样性状况和遗传结构,本研究采用磁珠富集法筛选出10个黄颡鱼微卫星标记,并利用其对长江中上游流域3个黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidrac)野生群体(赤水群体、乐山群体、洞庭群体)的遗传结构进行分析。获得65个阳性克隆并测序,得到36个含有微卫星的序列,设计并合成了22对微卫星引物,经筛选得到10对多态性稳定的引物,其中高多态性位点6个,中多态位点3个。每对引物等位基因数2-9个,平均4.8。3个群体(赤水、乐山和洞庭)的平均多态信息含量(PIC)分别为0.5438、0.4568和0.3965,平均有效等位基因(Ne)分别为2.9928、2.5401和2.1713,平均期望杂合度(He)分别为0.6280、0.5277和0.4757,表明这3个群体遗传多样性水平较高,其中赤水群体遗传多样性最高,洞庭群体最低。种群分化指数(Fst)和遗传距离(Ds)分析表明,洞庭群体和乐山群体之间的亲缘关系最近,而与赤水群体的亲缘关系最远。聚类分析显示,乐山群体和洞庭群体聚为一支,赤水群体单独聚为一支。     

Isolation and characterization of microsatellite loci in the finless porpoise (Neophocaena phocaenoides)

Eight dinucleotide microsatellite loci were isolated from the finless porpoise (Neophocaena phocaenoides). Analysis of 30 individuals showed the number of alleles ranged from four to 21 with observed heterozygosity ranging from 0.300 to 0.833, and expected heterozygosity ranging from 0.437 to 0.932. Cross‐species amplification was tested in four other cetacean species. These microsatellite markers would be valuable tools for population genetic studies of finless porpoises and other cetacean species.     

天鹅洲迁地保护江豚群体的遗传评估与发展预测

文章以2008年春季遭受严重雪灾的天鹅洲白鱀豚国家级自然保护区迁地保护江豚群体为研究对象,利用物种特异性微卫星遗传标记对该群体的遗传多样性进行了评估,并通过软件对其发展趋势进行了模拟和预测。研究结果表明,虽然2008年春季雪灾并未导致该群体遗传多样性的严重损失,灾后群体依然表现出中等水平的微卫星遗传多样性(18个座位的平均等位基因数为4.780,平均观察杂合度和期望杂合度分别为0.748和0.674);但模拟结果显示,该迁地保护江豚群体的遗传多样性将快速下降,100年后仅能保留约79%的等位基因和约84%的遗传杂合度。此外,模拟结果表明,通过增加群体数量和调整群体性比可有效减缓该群体遗传多样性的下降速度。根据研究结果,并结合长江江豚自然种群快速下降的现状,作者提出天鹅洲迁地保护江豚群体当前最重要的保护策略应该是尽早补充一定数量的、合适的野生个体,在加强遗传多样性保护的同时使其群体数量快速增长并形成一个更大规模的有效繁殖群体。     

Development of tetranucleotide microsatellite loci for the finless porpoise (<Emphasis Type="Italic">Neophocaena phocaenoides</Emphasis>)

The finless porpoise, Neophocaena phocaenoides, is endemic to the coastal waters of the Indo-Pacific, ranging from the Persian Gulf to Japan. Nine tetranucleotide microsatellite loci were isolated from the finless porpoise (Neophocaena phocaenoides). Polymorphism of each locus was assessed in 39 unrelated individuals from the Yellow Sea and the South China Sea of the Chinese waters. The number of alleles per locus varied from 2 to 11. The ranges of observed and expected heterozygosity were 0.154–0.795 and 0.146–0.839, respectively. Cross-species amplification of these loci was tested in other cetacean species. These microsatellite markers described here will be suitable for population genetic studies of finless porpoises and other cetacean species.     

鲸类微卫星引物对长江江豚的适用性研究

微卫星在长江江豚 (Neophocaenaphocaenoidesasiaeorientalis)中的应用研究还未见报道。本研究采用已发表的来自 6个鲸种的 2 3对微卫星引物对一个长江江豚群体DNA样本进行了微卫星扩增。结果表明其中有 7对引物在此群体中的扩增产物是稳定且多态的 ,序列分析结果表明这 7对引物的扩增产物都具有AC或GT两碱基重复单元 ,从而证明了扩增的有效性。研究结果表明用从其他鲸类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于长江江豚指纹分析的引物     

用微卫星指纹识别天鹅洲保护区长江江豚个体

DNA指纹个体识别技术是保护遗传学研究中的一种非常重要的手段。为了准确地识别天鹅洲保护区中的每一头长江江豚以开展保护遗传学及其它相关研究 ,并实施有效的种群管理 ,本研究应用 4个微卫星座位初步构建了该群体的DNA指纹图谱 ,并利用此图谱成功地对不同时期在保护区捕获的江豚进行了个体识别研究。结果显示微卫星指纹技术是一种适用于长江江豚个体识别研究的可靠手段     

长江江豚脐带永生化成纤维细胞系建立及细胞生长特性研究

取长江江豚(Neophocaena phocaenoids asiaeorientalis)产后胎盘脐静脉, 经组织块培养, 差异贴壁法纯化, 构建长江江豚的原代细胞系; 经外源癌基因SV40 T antigens（猿猴病毒T抗原）转染构建稳定脐带细胞系, 并对长江江豚的永生化后的成纤维细胞的细胞形态、转染效率、生长曲线和活率等进行探究。结果表明: (1)原代脐静脉细胞大约14d从组织边缘分离, 20d形成单层, 细胞呈现典型的成纤维细胞状, 梭形、不规则星行或多边形。原代细胞传代14代后出现老化和凋亡。(2)通过SV40 T antigens转染构建的细胞系可传代40—50次, 证实转染SV40 T antigens后可增加细胞的增殖能力。(3)不同世代永生化的成纤维细胞复苏前后细胞活性并无明显差异, 复苏细胞活性在90%以上, 表明永生化后的细胞可以稳定保存。利用CCK-8法测得细胞的生长曲线呈现“S”型。(4)对永生化的细胞系进行后续基因表达尝试, 通过转染外源基因绿色和红色荧光蛋白, 转染外来质粒效率约为15%, 说明外源基因可以表达, 并能被成功检测。研究构建长江江豚的脐静脉来源的永生化后细胞系, 为江豚的其他组织细胞系建立以及江豚细胞库的建立提供基础, 成功对永生化后的细胞系进行外源基因的转染, 为以后深入长江江豚相关基因和分子机制研究打下基础。     

长江东流河道整治对长江江豚种群数量的影响

长江江豚是生活在长江中下游的濒危水生哺乳动物,通常活动在江心洲和浅水缓滩附近。航道整治改变了鱼类栖息活动的水文环境,也给豚类生存带来负面影响。本文根据长江东流河道整治施工前和施工后各3 次野外考察资料,分析了3 种流态中江豚的数量与群结构。结果表明,该工程实施前江豚主要栖息活动在边滩的分离区,其次在洲头的分流区。工程实施后,整治江段的江豚种群数量年下降率达8. 9% 。江豚在分流区活动已消失,在分离区集群规模较小,且在流态之间移动增大。本文研究结果也提示长江江豚就地保护难度越来越大,从长江干流中把长江江豚迁入故道中是一件刻不容缓的工作。     

Analysis of the bacterial diversity in the fecal material of the endangered Yangtze finless porpoise, <Emphasis Type="Italic">Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis</Emphasis>

The aim of this study was to determine the bacteria present in the fecal material of the endangered Yangtze finless porpoise, Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis. Fecal samples were collected from 12 Yangtze finless porpoises living in the wild at Poyang Lake, located in Jiangxi Province, China. To determine the bacterial diversity, a 16S rRNA gene clone library using the bacterial PCR primers fD1 and rP2, was prepared. A total of 138 near-full-length sequences were analyzed and 39 operational taxonomic units (OTUs) were identified. Sequences showing ≥97% similarity were grouped together as an OTU. Six different phyla were identified in which 38 OTUs were classified. Most of the OTUs contained sequences belonged to the phylum Firmicutes (51.3%), followed by Tenericutes (17.9%), Proteobacteria (15.4%), Actinobacteria (7.7%), Deinococcus-Thermus (2.6%) and Cyanobacteria (2.6%). A phylum could not be assigned for one clone within one OTU (2.6%). It appears that the Yangtze finless porpoise has a more diverse range of bacteria compared to other aquatic mammals, such as seals.     

High similarity at three MHC loci between the baiji and finless porpoise: trans-species or convergent evolution?

Two DRA alleles and six MHC-I alleles were identified from a group of 15 baiji (Lipotes vexillifer), the most threatened cetacean in the world. Little sequence variation was detected at the DRA locus but extensive variation at the MHC-I locus. In combination with data at the DQB locus previously reported, three MHC loci exon 2 of the baiji all revealed striking similarity with those of the finless porpoise. Especially, some identical alleles shared by both species at the MHC-I and DQB loci suggested the convergent evolution as a consequence of common adaptive solutions to similar environmental pressures in the Yangtze River. As for DRA locus, the identity alleles were shared not only by baiji and finless porpoise but by some other cetacean species of the families Phocoenidae and Delphinidae, suggesting trans-species evolution on this gene.     

Eleven polymorphic microsatellite loci in Lindera benzoin,Lauraceae

Microsatellite markers were developed for studies of the genetic diversity and population substructure of Lindera benzoin, Lauraceae (spicebush). Nuclear microsatellite sequences were obtained from DNA libraries that were enriched for (CA), (GA), (AAG) and (ATG) repeat motifs. From 69 microsatellite sequences, 20 primer sets were developed. Of these, 11 primer pairs resulted in amplified polymorphic loci. In 29 samples of eastern Pennsylvania spicebush plants, the number of microsatellite alleles ranged from two to 16 per locus with observed heterozygosity values ranging from 0.10 to 0.82.