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微卫星标记的制备策略 总被引:4,自引:0,他引:4
微卫星标记作为一类重要的、成熟的分子遗传标记,凭借自身的高变异性、孟德尔遗传模 式、共显性遗传方式等优点,在遗传及其它相关领域发挥了十分重要的作用,而其主要的缺点是 必须知道所研究生物的微卫星序列及其旁侧序列。随着人类及模式生物基因组的深入研究,微 卫星标记的制备经历了从费时、费力、低效的传统法到周期短、效率高的富集法(选择性杂交法和 FIASCO法);从基因组构建文库筛选到公共数据库ESTs发掘;从实验室自制到花钱购买。总之, 随着方法与技术的不断改进,从目标生物中获得微卫星标记变得越来越简单、经济。 相似文献
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牙鲆CA/GT微卫星标记的筛选 总被引:5,自引:0,他引:5
采用生物素选择杂交法与放射性同位素杂交法相结合的技术,成功地从牙鲆(Paralichthys olivaceus)基因组中分离出含有CA/GT重复类型的微卫星序列。通过两轮淘选,共获得526个阳性菌落。测序其中的119个菌落,结果获得133个含有微卫星座位的序列。除了两个复合型微卫星外(1.5%),完美型63个(47.37%),非完美型68个(51.13%)。设计并合成22对微卫星引物,对8个人工雌核发育家系的亲本进行遗传背景分析。PCR结果表明,4对引物无扩增带或者扩增带不是目的条带,1对引物表现为单态,其余17对引物均呈多态性,平均每个座位产生5.2个复等位基因,杂合度为0.375~0.846,多态信息含量为0.305~0.823。结果表明,所筛选的大部分微卫星标记能够用于牙鲆群体遗传学研究。 相似文献
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雌核发育银鲫子代中微卫星特异序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
雌核发育个体的基因型基本上完全与母本相同,这是源于卵子发生过程中没有经过减数分裂.父本的遗传物质是在随机水平、亚基因组水平或基因组水平参与到子代的遗传重组过程,从而对长期突变积累的雌核发育生物基因组进行补偿,一直是遗传学家关注的问题.本文对雌核发育银鲫特异个体及父母本5个微卫星位点的扩增条带进行了克隆测序,相似性比对结果显示,特异个体所表现的父咎匾霥NA条带,序列结果与父本完全相同或相似(SCM4、SCM9、YJ5),并在某些位点上保留了母本的特异条带(YJ5),而个体本身特异的DNA条带与父母本的相似性均较高(SCM13).同时,所检测到的个体经越冬后查验为雌性个体,进一步进行同源繁育,研究变异条带在繁殖中的命运.连续2代的繁育检测结果表明,融合了父本特异性条带的银鲫个体在繁殖过程中仍行雌核发育的生殖方式,变异来的条带能够传递给子代,进一步证实同源雌核发育银鲫通过小概率两性融合事件丰富银鲫种群的遗传多样性[动物学报 53(3):537-544,2007]. 相似文献
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鲤春病毒糖蛋白(G)基因的分离及同源性比较 总被引:1,自引:0,他引:1
通过RT-PCR和巢氏PCR方法从疑似鲤春病毒(SVCV)侵染的镜鲤肝组织中获得了鲤春病毒糖蛋白(G)基因。通过序列测定与分析,所获得的鲤春病毒糖蛋白(G)基因由606个核苷酸组成,编码一个由202个氨基酸组成的糖蛋白。通过NCBIblast与9个来自不同国家或地区的鲤春病毒糖蛋白(G)基因序列比对分析,发现获得的鲤鱼春季病毒糖蛋白G基因DNA序列与美国分离的AY527273株同源性最高为99.8%,与中国分离的AY842485株同源性次高为98.7%,与英国分离的两个序列SVI538065和SVI538066株的同源性为98.2%,而与其它国家的分离株如SVU18101、SVI318079、SVI538061、SVI538062、SVI538063的同源性最差,仅为89.4%~90.0%。氨基酸同源性分析结果与DNA同源性分析结果一致,所获得的鲤春病毒糖蛋白G基因氨基酸推导序列与其它9个分离株的氨基酸同源性在89.6%~99.5%之间。对SVCV不同分离株遗传变异和进化关系的分析为下一步开展SVCV快速诊断方法的研究和疫苗的研制奠定了基础。 相似文献
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线粒体序列分析黑龙江流域哲罗鲑的种群遗传结构 总被引:2,自引:1,他引:1
哲罗鲑是我国土著的重要经济鱼类,近些年来,由于环境的恶化及人类活动的加剧,已对其资源量、栖息地、产卵场等造成了严重的破坏,种群处于濒危状态,被列入濒危物种红色名录中,因此研究哲罗鲑的群体遗传结构、演化历史、分布动态等对其进行有效保护具有重要意义.用线粒体Cox1和ND1基因序列对黑龙江流域内9个群体(n=30)进行了遗传结构、群体演化分析.在30个个体中,Cox1扩增出1550bp的片段,群体间序列分歧距离在0~0.0028之间,共发现10个单倍型;ND1基因扩增出1000bp的片段,群体间序列分歧距离在0~0.0013之间,共发现7个单倍型.单倍型网络(TCS)和AMOVA分析结果均表明黑龙江流域哲罗鲑存在显著的群体分化,Cox1基因、ND1基因及组合数据的群体间Fst分别为0.0704、0.0491、0.0792,均达到显著性水平(P<0.05),根据配对群体间Fst(Pairwised Fst)可以将黑龙江流域哲罗鲑群体分为黑龙江上游群体、呼玛河群体、乌苏里江群体、内蒙古伊敏河上游群体4个地理群.9个群体共享同一个单倍型(BH11),表明这些群体具有相同的演化历史,为同一个祖先群体(黑龙江上游群体)演化而来. 相似文献
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通过人工接种嗜水气单胞菌(A.hydrophila)对受到细菌侵染的鲤鱼两个品种松浦鲤和德国镜鲤的病生理进行检测和分析,并采用DDRT-PCR方法对两种鲤的明显的抗感病个体基因差异进行初步分析。对血红蛋白(Hb)、红细胞(RBC)、血小板(PLT)、白细胞(WBC)记数,尿素氮(BUN)、白蛋白(ALB)、总蛋白(TP)、谷丙转氨酶(ALT)、甘油三酯(TG)、胆固醇(TC)、血糖(GLU)等生理生化指标进行了检测。人工接种试验表明,松浦鲤具有较强的抗病性,而德国镜鲤抗病性很差而感病性很强。DDRT-PCR结果表明,抗性基因在不同的鲤鱼群体之间及同种鲤鱼群体的不同抗感病个体之间表达水平不同。生理生化指标的变化反映出这两种鲤的抗性差异,在外来致病菌的刺激下,实验鲤体内的生理生化水平发生了变化,其中一些生化指标如谷丙转氨酶和总蛋白大幅度下降,其它生理指标表现出上升的趋势。总之松浦鲤在面对致病菌的侵染时从表型到生理生化水平上均表现出较强的抗病性。 相似文献
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鲤饲料转化率性状的QTL定位及遗传效应分析 总被引:1,自引:0,他引:1
数量性状(QTL)定位是实现分子标记辅助育种、基因选择和定位、培育新品种及加快性状遗传研究进展的重要手段。饲料转化率是鲤鱼的重要经济性状和遗传改良的主要目标,而通过QTL定位获得与饲料转化率性状紧密连锁的分子标记以及相关基因是遗传育种的重要工具。研究利用SNP、SSR、EST-SSR等分子标记构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱并对重要经济性状进行QTL定位。选用174个SSR标记、41个EST-SSR标记、345个SNP标记对德国镜鲤F2代群体68个个体进行基因型检测,用JoinMap4.0软件包构建鲤鱼遗传连锁图谱。再用MapQTL5.0的区间作图法(Interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQMMapping,MQM)对饲料转化率性状进行QTL区间检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。结果显示,在对饲料转化率性状的多QTL区间定位中,共检测到15个QTLs区间,分布在9个连锁群上,解释表型变异范围为17.70%—52.20%,解释表型变异最大的QTLs区间在第48连锁群上,为52.20%。HLJE314-SNP0919(LG25)区间标记覆盖的图距最小,为0.164 cM;最大的是HLJ1439-HLJ1438(LG39)区间,覆盖图距为24.922 cM。其中区间HLJ1439-HLJ1438、HLJ922-SNP0711解释表型变异均超过50.00%,可能是影响饲料转化率性状的主效QTLs区间。与饲料转化率相关的15个QTLs的加性效应方向并不一致,有3个区间具有负向加性效应,平均为0.027;12个正向加性效应,平均值为0.06。研究检测出的与鲤鱼饲料转化率性状相关的QTL位点可为鲤鱼分子标记辅助育种和更进一步的QTL精细定位打下基础。 相似文献
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人类需要不断改良养殖鱼类的生产性状以提供更多优质的动物蛋白.鱼类的经济性状由多基因的数量性状位点所控制,其中大部分基因是微效的,但是少数基因可能具有决定性的影响.基于近10年来遗传学和基因组学研究中的主要进展,本文简要介绍和评述一些重要养殖鱼类在生长、抗病(逆)、性别等经济性状开展分子育种基础和应用研究的状况,探讨组学和下一代测序技术在鱼类经济性状遗传解析和分子设计育种中的应用潜力.这些研究有助于最终揭示鱼类经济性状的遗传调控机制并将相关研究成果应用于养殖鱼类目标性状的遗传改良. 相似文献
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转大麻哈鱼生长激素基因鲤生态安全性检测与分析 总被引:2,自引:0,他引:2
评价了转大麻哈鱼(Oncorhynchus Suckley)生长激素基因鲤生态安全性问题及研究转基因鱼对天然野生鲤群体遗传污染程度。通过RAPD和SSLP方法,用265个RAPD标记和35对鲤的微卫星标记对受杂交鲤污染的哈尔滨江段黑龙江鲤群体、未受污染的抚远江段黑龙江鲤群体及模拟转基因鲤占普通鲤群体的1%和10%比例获得繁殖子代等实验群体的DNA样本进行全基因组扫描统计分析得出结论,即转基因鲤占普通鲤群体1%时对普通群体的基因污染程度是微乎其微的,远远低于杂交鲤对野生群体基因污染,转基因鲤占普通鲤群体10%时对普通鲤遗传背景的影响稍有升高,但仍然远远低于杂交鲤对野生群体基因污染程度。总之,在现有的检测技术条件及有效的监控条件下,与杂交鲤相比转基因鲤对鲤野生群体的遗传背景的影响是微弱的,而外来种和杂交种则对生态环境有严重威胁。 相似文献
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借助斑马鱼EST数据库从鲤鱼微卫星序列中寻找蛋白编码基因 总被引:1,自引:0,他引:1
应用in sifico的方法,利用Blastu和Blastx搜索引擎,将鲤鱼微卫星序列与GenBank数据库进行同源序列比对.利用Blastn,将侧翼序列长度>50bp的875个鲤鱼微卫星序列与斑马鱼的EST数据库首先进行比对,结果找到了121个同源序列.随后采用Blastx搜索蛋白质数据库,有94个微卫星位点存在同源蛋白.除了33个假定和3个未知蛋白外,剩余的58个微卫星位点被成功地进行了功能注释,而且其中的7个位点已经定位在了鲤鱼连锁图谱上.另外,通过PCR-SSCP的方法,将两个与鲤鱼微卫星侧翼序列相匹配的斑马鱼EST序列开发成鲤鱼的STS标记,并将其中的一个标记HLJZe33定位到鲤鱼连锁图谱上.以上研究结果表明,通过比较基因组研究,模式生物斑马鱼的很多遗传和基因组资源都可以被利用到鲤鱼的基因组研究中. 相似文献