中国壮族和裕固族群体HLA Ⅰ类区域Alu插入多态性及其与HLA-A位点的相关性

近年来研究发现:位于HLAⅠ类基因区域的Alu插入是研究不同群体HLAⅠ类基因区域祖先单倍型和HLAⅠ类基因多样性产生、进化和重组的理想工具。文章对中国壮族和裕固族群体HLAⅠ类基因区域5个Alu插入多态性(AluMICB、AluTF、AluHJ、AluHG和AluHF)进行研究,结合HLA基因分型数据,分析壮族、裕固族、哈尼族、布朗族和傣族5个民族群体中Alu插入与HLA-A等位基因的关系。研究结果显示:(1)壮族和裕固族人群中5个Alu插入频率范围分别为1.5%~35.8%和9.2~34.8%,AluMICB、AluTF和AluHF插入频率在这两个群体中有统计学差异(P<0.05);(2)在5个研究的群体中,AluHG插入与HLA-A*02的不同亚型关联;AluHJ插入与HLA-A*2402在5个群体中都关联,但AluHJ与HLA-A*1101和HLA-A*2407只在布朗族中关联。表明不同群体HLAⅠ类基因区域内Alu插入具有各自的特征,且Alu插入与不同的HLA-A等位基因相关联。这种Alu插入及其与HLA-A的关联特征可作为研究群体中HLAⅠ类基因和单倍型系谱变化的重要遗传标记。     

4个HLA等位基因在5个民族中分布的多样性研究

应用ARMS-SSP结合的方法调查与AIDS相关的HLA等位基因,即HLA-A*02,B*35,B*27,B*57四个基因在五个民族群体（云南汉族、彝族、傣族、新疆维吾尔族、广西壮族）中的分布情况,并进行了相应的遗传学分析。结果显示,HLA-A*02在壮族和汉族中检出的阳性样本频率非常高,在另外几个民族中的分布频率偏低;B*35基因在各民族中分布差异不大;B*27在傣族中的分布频率较高,汉族、彝族和壮族中分布的频率差异不大;B*57则在各民族中的分布差异不大;保护性的等位基因即A*02,B*27,B*57的基因型频率在5个民族中有极显著的差异。此课题增进了对我国部分AIDS流行地区AIDS相关HLA等位基因型遗传背景的了解,是对HLA与AIDS相关性研究资料的有益补充。     

中国4个民族群体HLA-G基因14bp插入/缺失多态的分布特征及其HLA-A位点的相关性

近年来,位于HLA-G基因第8外显子3′UTR的一个14 bp插入/缺失多态位点与复发性流产、自身免疫性疾病和肝癌等疾病相关而引起广泛关注。本实验室前期的研究表明,不同群体的HLA-G基因14 bp插入/缺失频率具有群体语系分布特点。文章对土族、裕固族、傈僳族和怒族进行HLA-G基因14 bp插入/缺失的基因分型,结合HLA-A基因分型数据,分析土族、裕固族、傈僳族和怒族4个民族群体中14 bp插入/缺失与HLA-A等位基因的关系。研究结果显示:(1)尽管HLA-G基因14 bp插入频率在不同群体中的分布具有各自群体的特点,但遵循着按语系及语族分布的规律,除汉藏语系汉语族与阿尔泰语系蒙古语族无差异外,语族间差异明显;(2)不同群体中,14 bp插入与不同的HLA-A等位基因相关联。     

中国汉族个体HLA-A、-B基因全长序列的测定及调控区多态性

文章利用20个中国汉族个体样本建立了稳定精确的HLA-A、-B基因全长序列的克隆测序方法, 获得HLA-A 10个等位基因4.2 kb序列, HLA-B 6个等位基因3.7 kb序列, 序列涵盖了两个基因的所有外显子、所有内含子、5′启动子区以及3′非翻译区(3′UTR)。A*1153是文章发现的一个新等位基因, B*151101的内含子序列、5个HLA-A以及2个HLA-B等位基因的5′启动子序列和3′UTR序列为国际上首次报道, 其他等位基因均延伸了IMGT/HLA数据库中释放的全长序列。文章首次在中国汉族个体中测定了IMGT/HLA数据库中没有覆盖的HLA-A、-B基因的上游5′启动子以及下游3′UTR区域的多态性模式。HLA-A基因5′启动子延伸区域共发现26个SNPs和一处3 bp(AAA/-)的插入/缺失, 3′UTR延伸区域共发现14个SNPs; HLA-B基因5′启动子延伸区域共发现5个SNPs和一处1 bp(T/-)的插入/缺失, 3′UTR延伸区域共发现8个SNPs。通过对两个基因的5′启动子、外显子以及3′UTR的系统发育树分析, 发现两个基因调控区与外显子的进化关系有所不同, HLA-A基因除A*24020101外, 其他等位基因两端调控区与外显子连锁比较紧密, HLA-B基因两端调控区与外显子之间则发生了较为频繁的重组事件。     

内蒙古地区蒙古族HLA-A、B、DRB1基因座多态性分析

应用序列特异性寡核苷酸探针反向斑点杂交技术对内蒙古地区蒙古族106名无关健康个体的HLA-A、B和DRB1 基因座进行基因分型, 以研究内蒙古地区蒙古族人群HLA-A、B、DRB1基因座的等位基因及其组成的单倍型频率分布特征。 采用最大数学预期值算法计算HLA基因座的等位基因频率和单倍型频率。106 名内蒙古地区蒙古族个体的HLA-A、B、DRB1基因座分别检出13、29、13个等位基因。高频单倍型分别为 HLA-A*02-B*46 (0.0510); HLA-A*02-B*13(0.0495); HLA-A*02-B*51(0.0442); HLA-B*13-DRB1*07 (0.0555); HLA- B*46-DRB1*09(0.0378); HLA-B*35-DRB1*13(0.03300); HLA-A*02-B*13-DRB1*07(0.033019); HLA-A*02-B*46- DRB1*09(0.031985)。研究表明: 内蒙古地区蒙古族人群HLA基因座的等位基因和单倍型具有较高的遗传多态性。HLA- A*24-B*14, HLA-A*32-B*63在该民族具有极强的连锁不平衡。     

山东临朐人群HLA等位基因多态性 与幽门螺杆菌感染关系的研究

为了研究山东临朐地区健康人白细胞抗原（HLA）Ⅰ类等位基因多态性与幽门螺杆菌（Hp）感染的关系,运用序列特异性引物聚合酶链反应（PCR SSP）的方法,检测Hp阳性人群（90例）和Hp阴性人群（49例）的HLA Ⅰ类和Ⅱ类等位基因。结果在HLA Ⅰ类（A、B、CW）的共68个等位基因多态中,发现在感染及非感染人群中存在4个显著性差异的位点;在HLA Ⅱ类（DRB1、DQB1和DRB3、DRB4、DRB5）的共22个等位基因多态中,没有发现显著性差异的位点。A*02等位基因频率,Hp阳性低于阴性人群（OR,0.56;95%CI,0.33～0.94;P,0.029）;B*48等位基因频率,Hp阳性低于阴性人群（OR,0.15;95%CI,0.03～0.72;P,0.007）;CW*08〖STBZ〗等位基因频率,Hp阳性低于Hp阴性人群（OR,0.32;95% CI,0.15～0.69;P,0.003）;CW*15等位基因频率,Hp阳性高于Hp阴性人群（OR,5.11;95%CI,0.63～40.90;P,0.024）。结果表明HLA Ⅰ类等位基因的多态性可能与山东临朐地区Hp的易感性有关;HLA Ⅱ类等位基因的多态性可能与其无关。HLA Ⅰ类等位基因中,CW*15可能是Hp感染的易感基因;A*02、B*48和CW*08可能是保护性基因。Abstract: In order to analyze the relationship of HLA polymorphisms and the infection of H.pylori in the population of Linqu County in Shandong Province,polymerase chain reaction with sequence specific primers(PCR SSP) was used to determine the alleles of HLA typeⅠand Ⅱ in 90 Hp positive persons and 49 Hp negative controls.The results showed that among the 68 alleles of HLA typeⅠ,4 alleles were found significantly different between Hp positive and Hp negative population,while no significant difference was found among the 22 alleles of HLA typeⅡ.Hp positive persons had a lower allele frequency of A*02（OR=0.56,95% CI=0.33～0.94;P=0.029）, B*48（OR=0.15,95% CI=0.03～0.72;P=0.007）,CW*08（OR=0.32,95% CI=0.15～0.69;P=0.003）and a higher allele frequency of CW*15（OR=5.11,95% CI=0.63～40.90;P=0.024）compared with Hp negative controls.Our results indicated that the polymorphisms of HLA typeⅠis involved in the genetic susceptibility of Hp infection in Linqu County,while the polymorphisms of HLA typeⅡ may have no relationship with the genetic susceptibility of Hp infection.It was shown that among the alleles of HLA typeⅠ,CW*15might be a susceptible gene of Hp infection while A*02,B*48 and CW*08might be protective genes.     

应用PCR-SSOP技术研究中国汉族、维吾尔族HLA-A基因座基因多态性

人类白细胞抗原（Human Leukocyte Antigen,HLA)基因复合物位于6p21.3,有220多个不同的功能基因,是人类基因组最复杂的遗传多态系统。HLA等位基因的变异在医学、法医学、人类学等领域具有重要的意义。自从1964年以来,HLA分型一直采用经典的微量淋巴细胞毒实验,但该方法是血清学水平的分,不能识别很多特异性的等位基因,而且高质量的抗体也不易获得。从20世纪90年代起,在国家自然科学基金的资助下,首先开展HLAⅡ类位点基因分研究及大规模群体多态性调查,所获得的中国主要民族基因数据已应用于多个领域。相比之下,HLAⅠ类基因数量更丰富,包含了A、B、C、E、F、G和假基因H、J、K、L等10个位点;基因分子结构更复杂,更具多态性。因此,HLAⅠ类DNA分型比HLAⅡ类分型及行多困难。直至目前中国人群HLA－A基因座基因多态性和分布频率的研究尚未充分进行。而任何DNA标记用于遗传分析、法医鉴定等领域之前,必须先进行群体调查,建立不同民族基因数据库,这是不可逾越的基础工作。鉴于此,采用灵敏而非同位素污染的PCR－SSOP基因分型技术,对165个汉族和162个维吾尔族个体的HLA－A基因座多态性进行调查。结果在汉族群体中发现22种等位基因,频率最高的是HLA－A＊1101（19．7％）,其次是＊201（12．72％）;在维族群体中发现22种等位基因,频率最高的是＊2407（17．90％）,等位基因＊0101、＊0201和＊3301的频率均大于10％;HLA－A＊0203、＊0205、＊0302、＊2403和＊3302仅在汉族群体中检出;HLA－A＊0205、＊0211、＊2301、＊2502、＊68012和＊6802仅在维族群体中检出。按照Hardy-Weinberg平衡定律检验,两个民族各等位基因型频率的预期值与实际观察值相吻合（P＞0．05）,证明了所获得汉族、维吾尔族HLA－A位点基因频率具有可靠性;同时也表明各等位基因的遗传特征符合符合孟德尔规律。经计算机统计分析,汉族群体HLA－A基因座杂合度（Heterozygosity,H)、个体识别率（Discrimination Power,DP)和非父排排率（Proba-bility of Paternity Exclusion,EPP)分别为0．9029、0．9776和0．8592;维族群体H、DP和EEP分别为0．9063、0．9379和0．7885。和其他遗传标记（如VNTR、STR、SNP）的单一位点相比,HLA－A具有高度的杂合率、个体识别率和非父排除率。因此,HLA－A等位基因在法医个体识别、亲权鉴定、基因诊断、人类学等领域具有重要的应用价值。     

中国海南岛三个黎族支系DYS287、DYS19的多态性研究

以中国海南岛（289例）本地黎（97例）、杞黎（96例）和侾黎（96例）人群为研究对象,采用PCR技术及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法分析了Y染色体特异性微卫星DYS19的等位基因分布规律。本地黎群体检出4种等位基因,杞黎和侾黎群体均检出3种。在3个支系的等位基因中均以194bp的频率为最高,分别是0.711、0.855和0.667。杞黎与侾黎人群DYS19基因座的等位基因频率有极显著差异（P＜0.01）。我们还通过PCR方法调查了3个黎族支系的Alu序列插入基因座DYS287的多态性,结果显示：3个人群均未发生Alu序列插入。     

甘肃裕固族HLA—DRB1基因多态性及其族源分析

目的：研究甘肃裕固族HLA—DRB1基因的多态性,探讨裕固族的起源、迁徙及其与其他民族的关系。方法：应用PCR-SSP基因分型技术,对54例裕固族个体进行了HLA-DRB1位点的基因分型并进行相应等位基因频率的比较。结果：甘肃裕固族HLA-DRB1位点共检出了14种等位基因,其中高频基因为DR5（0、2115）,DR4（0、1346）和DR7（0．1250）,低频的等住基因为DR14（0．0096）和DR13（0．0192）;裕固族人HLA-DRB1座位等位基因总的分布格局与蒙古族最接近,与云南黎族则相差较远。结论：对裕固族和我国各地人群的HLA-DRB1频率进行了聚类分析,极为相似的HLA-DRB1背景提示裕固族和蒙古族之间密切的遗传关系。     

青海藏族HLAⅡ类基因多态性的研究

用PCR－RFLP的技术进一步研究了青海藏族HLA－DPB1的多态性。在19个HLA－DPB1的等位基因中,共检出18个等位基因。其中,*0501的频率最高（AF＝380％）;其次为*0201（AF＝20．0％）;未检出*1601。在HLA－DPB1各等位基因的分布上,藏族与中国南方汉族、中国北方汉族等无明显差异,而与高加索人及尼格罗人的差异则较为显著。综合隶属于三大人种11个群体中的HLA－DQAl、－DQBl和一DPBl基因座各等位基因的分布频率,用UPGMA方法构建了分子系统树,实验结果进一步证实汉藏同源说。     

甘肃裕固族HLA-DRB1基因多态性及其族源分析

目的:研究甘肃裕固族HLA-DRB1基因的多态性,探讨裕固族的起源、迁徙及其与其他民族的关系.方法:应用PCR-SSP基因分型技术,对54例裕固族个体进行了HLA-DRB1位点的基因分型并进行相应等位基因频率的比较.结果:甘肃裕固族HLA-DRB1位点共检出了14种等位基因,其中高频基因为DR5(0.2115),DR4(0.1346)和DR7(0.1250),低频的等位基因为DR14(0.0096)和DR13(0.0192);裕固族人HLA-DRB1座位等位基因总的分布格局与蒙古族最接近,与云南黎族则相差较远.结论:对裕固族和我国各地人群的HLA-DRB1频率进行了聚类分析,极为相似的HLA-DRB1背景提示裕固族和蒙古族之间密切的遗传关系.     

HLA-A*2402-BSP在大肠杆菌中的优化表达及其四聚体的制备和鉴定

HLA-A*2402是中国人群中最常见的等位基因之一,为研究该基因型人群的人巨细胞病毒(HCMV)特异性细胞毒T细胞(CTL)免疫应答,需要制备负载相应抗原肽的HLA-A*2402四聚体。以RT-PCR方法克隆HLA-A*2402重链基因的cDNA,并构建了羧基端融合生物素化酶BirA底物肽(BSP)的HLA-A*2402重链胞外域融合蛋白(HLA-A*2402-BSP)的表达载体,但该载体不能在大肠杆菌(E.coli)中有效表达HLA-A*2402-BSP融合蛋白;通过对氨基端(N端)区域编码区的密码子进行优化,构建了同义突变的HLA-A*2402-BSP表达载体,融合蛋白在E.coli中获得了高效表达。进而制备了负载HLA-A*2402限制性HCMVpp65341-349抗原肽(QYDPVAALF,QYD)的可溶性HLA-A*2402-QYD单体分子和四聚体,获得的四聚体具有与HLA-A24 供者抗原特异性CTL的结合活性,特异性CTL的频率为总CD8 T细胞的0·09%～0·37%。这些结果为进一步研究HLA-A*2402限制性的特异性CTL免疫应答规律奠定基础。     

西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

目的分析西藏小型猪SLA-DQA基因第2外显子不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性,检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weiberg平衡态。方法采用EcoRⅠ和AluⅠ两种限制性内切酶对西藏小型猪SLA-DQA目的基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行PCR-RFLP分析。结果经EcoRⅠ酶切后,以纯合子BB基因型居多,BB、AB、AA基因型频率分布为45.000%、31.667%和23.333%,其中B为优势等位基因（60.833%）;经AluⅠ酶切后,MN基因型频率（50.000%）分别高于MM型（30.000%）和NN型（20.000%）,     

用PCR-RFLP方法研究藏族HLA-DQA1和-DQB1基因多态性

应用目前HLA研究领域中成熟的,有效的PCR-RFLP基因分型技术,从DNA水平对藏族健康群体进行了HLA-DQA1(49人)和-DQB1(49人)基因分型,这在国内外属首次。所采用的PCR-RFLP基因分型技术是在HLA-DQA1和-DQB1各等位基因全部序列已知的情况下,对其第2个外显子碱基序列扩增进而进行RFLP分析的方法。这种方法得到的RFLP的所有片段都是已知序列,因而精确度很高,同时为发现新的等位基因提供了成熟而有效的分析方法。研究结果表明,在藏族DQA1的8个等位基因,DQA1*0301的基因频率最高(36.74％)。DQA1*0601(4.08％)、*0103(4.08％)和*0401(5.10％)最低。在DQB1的16个等位基因中,OQB1*0302(16.33％)、*0303(15.31％)和*0602(15.31％)为最常见,没有观察到*0504。统计分析表明,在DQA1各等位基因分布上,藏族与新疆汉族、北方汉族、上海汉族十分相近;与维吾尔族和哈萨克族也没有明显差异。在OQB1各等位基因的分布上,藏族与汉族、维族、哈族之间略有差异,而汉族、维族、哈族之间也存在一些差异。     

福建畲族群体17个Y-STR基因座单倍型及遗传关系

应用Y-filerTM试剂盒及基因分型技术,检测152份福建畲族无关男性个体17个Y-STR基因座的多态性分布,计算等位基因频率及单倍型多样性,并结合已公开发表的其他11个群体相应基因座的单倍型资料,分析福建畲族群体遗传距离和聚类关系。福建畲族DYS385a/b基因座检出50种单倍型,其余15个Y-STR基因座分别检出3-11个等位基因,基因多样性GD值在0.4037(DYS391)～0.9725(DYS385a/b);观察到DYS19和DYS390基因座双等位基因和DYS385a/b基因座三等位基因,以及DYS448等部分基因座出现的"off-ladder"等位基因现象。17个Y-STR基因座共同构成的单倍型144种,其中138种单倍型出现1次,5种出现2次,1种出现4次,累计GD值为0.9990。从遗传距离分析发现,福建畲族与浙江汉族之间的遗传距离最近(0.0042),与青海藏族(0.2378)之间的遗传距离相对较远。福建畲族最靠近由台湾群体、浙江汉族、南方汉族等典型南方汉族群体聚成的分支区域。结果表明该17个Y-STR基因座在福建畲族群体中具有丰富的遗传多态性,对建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传学和进行法医学应用有重要意义。     

中国甘肃裕固族X-STR遗传多态性及其应用研究

为研究中国甘肃裕固族人群X染色体STR基因座的遗传多态性及其在群体遗传学中的应用, 采用PCR扩增, 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染显带技术, 检测120名(女55, 男65)裕固族无关个体9个X-STR基因座(DXS7130、DXS7132、DXS6804、DXS7423、DXS7424、DXS6789、DXS6799、DXS8378和HPRTB)的等位基因频率及基因型分布, 以及存在连锁的X-STR基因座的单体型多态性; 同时, 利用X-STR构建系统发生树和进行聚类分析, 分析裕固族与我国其他民族的群体遗传关系。结果发现, DXS7130、DXS7132、DXS6804、DXS7423、DXS7424、DXS6789、DXS6799、DXS8378和HPRTB基因座分别检出8、6、6、5、6、7、6、4、6个等位基因和16、14、13、6、13、20、11、6、12种基因型, 9个X-STR基因座女性的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。由DXS7130和DXS8378基因座组成的单体型共检出15种, 由DXS6789、DXS6799、DXS7424和DXS6804基因座组成的单体型共检出55种, 单体型多样性分别为0.8212和0.9947。群体遗传多态性指标显示上述9个X-STR基因座均具有较高多态性, 在法医学个体识别、亲权鉴定及群体遗传学研究中有重要应用价值。对裕固族与我国其他民族群体遗传关系的研究结果显示, 裕固族与蒙古族及同处西北的汉族、藏族关系较近, 而与回族、维族关系较远, 提示裕固族是一个在起源上与蒙古族、汉族以及藏族关系密切的民族群体。     

猕猴MHC-DPB1基因外显子2多态性研究

猕猴(Macaca mulatta)是最理想的医学实验灵长类动物, 且为国家二级保护动物。为了解中国猕猴主要组织相容复合体(Major histocompatibility complex, MHC)基因的遗传多态性背景, 为它们在生物医学研究中的应用及其遗传资源的保护提供一定的科学依据, 文章采用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)和克隆测序技术分析了106个四川野生猕猴MHC-DPB1基因的exon 2, 共检测到21个Mamu-DPB1等位基因, 其中有15个为本研究中首次发现的新等位基因; 从整个大的猕猴群体(106个个体)来看, 等位基因频率最高的是Mamu-DPB1*30(0.1120); 单独从不同地理群体来看, 最高等位基因频率分别为: 小金-DPB1*30 (0.1120), 黑水-DPB1*04 (0.1702), 巴中-DPB1*32 (0.1613), 汉源-DPB1*30(0.1120), 九龙-DPB1*04(0.1139); 氨基酸序列比对发现, 猕猴Mamu-DPB1等位基因编码的氨基酸序列中, 有12个氨基酸残基变异位点表现出物种特异性, 其中有9个位于新发现的15个Mamu-DPB1等位基因氨基酸序列中; 不同物种来源的DPB1等位基因系统发生树表明, 猕猴与其近缘物种食蟹猴(Macaca fascicularis)的DPB1等位基因间存在着跨种多态(Trans-species polymorphism)现象。研究还表明, MHC-DPB1等位基因在中国猕猴群体和先前为主要研究对象的印度猕猴群体间具有较大的差异。     

GGTA1~(-/-)五指山小型猪SLAI类基因分子特征及与HLA相似性分析

目的明晰α-1,3半乳糖基转移酶基因敲除(GGTA1-/-)的五指山小型猪SLA经典I类基因分子结构特征及其与人HLA的相似性,对研究异种器官移植细胞性排斥反应具有重要意义。方法采集6头祖代GGTA1-/-五指山小型猪耳组织,利用RT-PCR对SLA I类基因(SLA-1、SLA-3、SLA-2)扩增、克隆及测序,对序列进行BLAST分析,并采用生物信息学方法对SLA I类基因分子结构特征及其与人HLA的同源性进行分析。结果测序分析表明,共获得6条等位基因序列,其中4条为已公布的等位基因(SLA-1*0703、SLA-2*1102、SLA-3*0401、SLA-3*0403),另2条为新等位基因(SLA-1*0401wz01、SLA-2*11wz01)。五指山小型猪与人HLA同源性为70.5%~72.1%。SLA-1*0401wz01、SLA-1*0703、SLA-2*11wz01、SLA-2*1102和SLA-3*0401的CD8+分子识别的关键结合域与人HLA氨基酸序列比对,均仅在位点225、228处发生了突变(T→S、T→M),其他位点高度保守。SLA-2*11wz01和SLA-2*1102与人HLA I类基因NK细胞抑制性受体(killer inhibitory receptor,KIR)结合区氨基酸同源性较高,在NKTA-1亚型结合域内仅有1个氨基酸差异,而在NKTA-2和NKTA-3亚型结合域内有2个氨基酸差异。结论从免疫细胞介导的异种排斥反应角度出发,GGTA1-/-五指山小型猪SLA I类基因氨基酸序列与人HLA高度相似,可作为未来猪-人异种器官移植的良好供体之一。     

中国汉族人群人类白细胞抗原HLA不同基因座位间的基因重组

人类白细胞抗原(human leucocyte antigen, HLA)复合体基因座位间的重组、重组热点、连锁不平衡与疾病易感性的关联性研究已成为免疫遗传学与人类后基因组学等研究领域的研究重点与焦点. 本文报道了在中国汉族人群中发现的10例HLA复合体中的基因重组家系. 采集重组家系的2~3代家庭成员的外周血标本, 首先对其HLA-Ⅰ, Ⅱ类区域的5个经典基因位点进行PCR-SSP低、高分辨率基因分型及SBT分析, 然后再进行遗传家系分析研究, 确定HLA基因重组相关位点, 并对重组家系的单体型进行了群体统计学分析. 结果发现, 在10例HLA重组家系中有8例重组发生在HLA-A/Cw位点之间, 其中4例重组发生在A*02-Cw*03单体型中, 2例重组发生在A*24-Cw*03单体型中; 1例重组发生在HLA-B/DRB1位点之间, 还有1例重组发生在HLA-B/Cw位点之间. 群体统计学分析发现, A*02-Cw*03单体型呈一定程度的连锁不平衡但不是很强(Δ/δ_(Δ) = 3.0, Δ_(r) = 0.30); 另有3个单体型虽呈强连锁不平衡却发生了重组事件, 即A*33-Cw*03 (Δ/δ_(Δ) = 7.22, Δ_(r) = 0.51), A*30-Cw*06(Δ/δ_(Δ) = 10.37, Δ_(r) = 0.93)和 B*13-Cw*03(Δ/δ_(Δ) = 7.69, Δ_(r) = 0.38), 这说明重组可能是打破旧的连锁不平衡来产生新的连锁不平衡的重要原因. 本文绘制了每个重组家系成员的HLA单体型, 并建立了中国汉族人群的HLA重组遗传图谱, 初步定位重组发生的范围并分析了位点间重组与连锁不平衡的关系, 这为更深入地研究HLA重组事件奠定了基础.     

汉族人群中22个HLA-Cw等位基因全长序列单核苷酸多态性分析

为探讨HLA-Cw (Human leukocyte antigen-Cw)基因全长序列分子遗传多态性, 文章对28个HLA-Cw基因型已知的汉族个体样本, 采用长距离PCR技术和高保真性的Pfu酶, 扩增HLA-Cw基因全长序列4.5 kb, 进行分子克隆和单倍体测序。采用群体遗传学研究方法分析了HLA-Cw等位基因全长序列中各亚区的单核苷酸多态性。结果表明: 在28个样本中共检测出22种等位基因, 序列均已提交GenBank和国际IMGT/HLA数据库并获得了认可; 其中Cw*0706、Cw*030301、Cw*140201的全长序列为首次报道, 尤其是Cw*0706内含子序列的获得, 能够重新设计对该等位基因测序分型的引物, 避免测序分型中可能对这一等位基因的漏检。将28个样本的56条单倍体序列用Clustal软件进行序列排比, 输入到DnaSP4.0进行多态性分析, 共发现244个SNPs, 10处插入/缺失多态性。对HLA-Cw等位基因各亚区多态性的分析, 发现第4内含子及以前并没有受到关注的第5外显子受到平衡选择的作用, 在进化中受到了选择压力, 预示着它们在免疫系统的进化过程中可能扮演着重要的角色。