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1.
MICA基因微卫星多态在中国13个群体中的分布   总被引:3,自引:0,他引:3  
通过对中国13个群体(云南汉族、广东汉族、山东汉族、白族、傣族、拉祜族、黎族、纳西族、撒拉族、畲族、土族、佤族和云南藏族)共577例无亲缘关系的研究对象的DNA样本进行MICA基因微卫星扫描分型,获得了该微卫星的不同等位基因在各群体中的遗传数据。结果表明,该微卫星在不同群体中的分布存在差异,并有较高的多态信息含量(PIC),是一个有用的遗传标记,在人类进化研究、个体识别、亲子鉴定、基因作图与定位以及疾病诊断方面可能有较大的潜在应用价值。  相似文献   
2.
目的:分析SOX4基因的调控网络和蛋白产物特征,并进行验证。方法:利用生物信息学方法预测人SOX4基因的调控网络及其蛋白产物与其他蛋白的相互作用;在肺癌细胞系和肺癌临床样本中通过实时荧光定量PCR对mi RNA-30s进行定量分析。结果:人类SOX4蛋白可能与TP53、DICER1和SDCBP2等3种蛋白相互作用;SOX4基因可能受多种lnc RNA和mi RNA的调控;hsa-mi R30s在临床样本中表达模式不完全相同。与癌旁组织相比,hsami R30c-5p和hsa-mi R30d-5p在癌组织中显示低表达,hsa-mi R30d-5p则相反;与正常人胚肺成纤维细胞KMB17相比,肺癌细胞系A549和H1299中3个mi RNA-30成员的表达模式均为高表达。结论:SOX4基因及其蛋白产物的生物信息学分析为相关研究提供了重要信息基础,但尚须相关实验验证,以确定相关性。  相似文献   
3.
WEE1激酶是一种细胞周期调节蛋白,能调控细胞周期蛋白依赖性激酶1(cyclin-dependent kinase 1,CDK1)的磷酸化状态,从而调节CDK1与细胞周期蛋白B(cyclin B)复合物的活性从而实现对细胞周期的调控,且对DNA损伤检查点具有重要的调节作用。WEE1是G2/M期阻滞的关键基因,起着重要的监测作用,在一些癌症中过表达,抑制或下调WEE1激酶均能引发有丝分裂灾难,因此WEE1激酶抑制剂可能在抗癌治疗中有关键作用。在癌症的治疗过程中,WEE1抑制剂与DNA损伤剂、化学药物等联合使用会得到比单独使用更为有效,且在p53缺失的癌细胞中能发挥更好的效果。目前WEE1已成为许多癌症治疗的关键靶点之一,其抑制剂MK-1775已处于临床研究阶段,且能增强一些DNA损伤剂对p53缺失的癌细胞的杀伤能力。本文就WEE1激酶及其抑制剂在抗癌治疗中的应用作一综述。  相似文献   
4.
以含有部分Bcl-X序列的微小基因为研究模型,研究了TPA对Bcl-X前体mRNA选择性剪接在体内和体外的调控作用。通过RT-PCR和定点突变实验检测,结果表明PKC信号系统能调控Bcl-X前体mRNA选择性剪接,其机制可能是通过应答序列来调控Bcl-X前体mRNA5’上游和下游剪接位点的选择利用。  相似文献   
5.
人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)16型(HPV-16)是引起宫颈癌的一种主要高危型病毒,其2个致癌基因E6和E7的核酸序列变异可能会影响其对宿主细胞的致癌性,已有研究表明其序列突变呈现地域差异性。因此,研究不同地域HPV-16这2个基因的变化情况是宫颈癌流行病学调研的主要内容,也可为研究E6和E7的致癌性积累数据。研究以NCBI登录号为NC_001526.2的HPV-16型病毒的序列为参照,采用Neighbor-joining方法对云南地区74例HPV-16样本的E6、E7的DNA序列构建进化树,结果显示:只有亚洲和欧洲变异亚型,而没有发现非洲1、非洲2、亚-美洲和北美洲这4种变异亚型。DNA序列分析显示:E6的碱基突变以T178G(D25E,59.46%)和T350G(L83V,8.11%)为主,E7的碱基突变主要以A647G(N29S,59.46%)和T846C(同义突变,60.81%)为主。发现E6的新突变有A95G(同义突变,1.35%)和A135G(K11R,1.35%);E7的新突变有C625T(L22F,1.35%)、C627T(同义突变,12.16%)、G689A(G43E,1.35%)、T748G(S63A,1.35%)。此外还发现有一个共突变现象:T178G(D25E,59.46%)-A647G(N29S,59.46%)-T843C(同义突变,21.62%)-T846C(同义突变,60.81%)。  相似文献   
6.
云南人群系统性红斑狼疮与TNF微卫星基因座关系的研究   总被引:4,自引:2,他引:2  
位于MHC内的肿瘤坏死因子(tomor necrosis factor,TNF)基因区域有5个微卫星基因座a、b、c、d和e,本研究调查了中国云南汉族系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)与这几个微卫星基因座多态性的关系。本用荧光标记引物和半自动基因扫描方法对云南地区97例SLE患及79例健康对照的5个微卫星基因座进行了基因分型,结果发现,SLE患的TNFα1(P=0.0206),c2(P=0.0000)等位基因频率较正常人显增高,而TNFα2(P=0.01630,c3(P=0.0065),c4(p=0.0012),d6(P=0.0448)等位基因频率则是正常对照较SLE患高。同时我们还发现在这5个微卫星基因座中,与白种人比较中国人出现了尚未发现的新等位基因。  相似文献   
7.
位于MHC内的肿瘤坏死因子(tomornecrosisfactor,TNF)基因区域有5个微卫星基因座a、b、c、d和e,本研究调查了中国云南汉族系统性红斑狼疮(systemiclupuserythematosus,SLE)与这几个微卫星基因座多态性的关系。本文用荧光标记引物和半自动基因扫描方法对云南地区97例SLE患者及79例健康对照者的这5个微卫星基因座进行了基因分型,结果发现,SLE患者的TNFa1(P=0.0206),c2(P=0.0000)等位基因频率较正常人显著增高,而TNFa2(P=0.0163),c3(P=0.0065),c4(P=0.0012),d6(P=0.0448)等位基因频率则是正常对照较SLE患者高。同时我们还发现在这5个微卫星基因座中,与白种人比较中国人出现了尚未发现的新等位基因。 Abstract:We have investigated TNF microsatellite polymorphism in SLE.A total of 97 Chinese Han SLE patients and 79 matched Chinese Han controls were studied in this study, TNF microsatellites a,b,c,d and e were typed using fluorescent labeled automated genescanning and genotyping.TNFa1(P=0.0206),c2 (P=0.0000) allele frequencies were significantly increased in the SLE group comparing with controls,and TNF a2 (P=0.0163) c3(P=0.0065),c4(P=0.0012),d6(P=0.0448) allele frequencies were significantly increased in controls.Meanwhile,we found some new alleles in Chinese which are different form those in Caucasoids.  相似文献   
8.
目的:利用生物信息学方法从EB病毒再激活的鼻咽癌细胞系基因表达谱中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用关系。方法:利用edg R包等相关软件从基因表达谱中筛选差异表达的基因,分析它们之间的互相作用关系,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:共筛选出4496个差异表达基因,包括1954个上调基因和2542个下调基因。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程(BP)中显著富集,包括病毒应答、Ⅰ型干扰素信号通路、γ干扰素介导的信号传导途径、病毒防御反应、胆固醇生物合成过程、氧化还原过程、类异戊二烯生物合成过程、类固醇代谢过程、脂质代谢过程和花生四烯酸代谢过程;在分子功能(MF)中,包括丝氨酸型内肽酶活性、蛋白同二聚化活性、醛脱氢酶(NAD)活性、氧气结合、3-氯烯丙基醛脱氢酶活性、血红素结合、谷胱甘肽转移酶活性、氧化还原酶活性、铁离子结合和药物结合;在细胞组分(CC)中,包括胞外体、细胞质、细胞器膜、基底外侧质膜、胞外空间、内质网膜、内质网、过氧化物酶体、线粒体、顶端质膜。KEGG通路分析显示,差异表达基因在代谢途径、抗生素生物合成、萜类骨架生物合成、化学致癌作用、丙型肝炎、胆汁分泌、细胞色素P450代谢外源性物质、氨基酸生物合成、类固醇生物合成、精氨酸和脯氨酸代谢等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高的核心基因MAPK3、IRF7、IRF9、IFI6、TRIM22、IFI27、OAS2、TRIM31、HLA-F和MX1。结论:通过基因芯片对比筛选,EB病毒经化学物质再激活后引起宿主细胞多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。  相似文献   
9.
目的:利用生物信息学方法从鼻咽癌组织基因芯片中筛选差异表达基因,并分析它们之间的互相作用。方法:利用R语言程序包等相关软件分析鼻咽癌组织和正常组织中差异表达的基因,并对其进行在线GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。结果:从25例鼻咽癌组织样本和3例正常组织对照样本中共分析出1103个差异表达基因,包括600个上调基因和503个下调基因(P0.05)。GO分析结果显示,差异表达基因在生物过程中显著富集,包括细胞分裂、DNA复制、G1/S有丝分裂细胞周期的转变和有丝分裂核分裂;在分子功能中,包括与蛋白质结合、与ATP结合、蛋白同二聚化活性、与DNA复制起点结合以及与受损的DNA结合;在细胞组分中,包括细胞质、核质、胞外体和船体中部。KEGG通路分析显示,差异表达基因在细胞周期、DNA复制、癌症途径、p53信号通路、错配修复、小细胞肺癌、卵母细胞减数分裂、氨基糖和核苷酸糖代谢、基部切除修复和人T淋巴细胞病毒(HTLV-Ⅰ)感染等信号通路中显著富集。在蛋白互作分析网络中筛选出10个节点度最高核心基因CDC45、MCM10、MCM3、MCM5、MCM2、CDC7、CDT1、CDC6、SMC2和NCAPG。结论:通过鼻咽癌组织和正常组织的对比筛选,发现多个基因表达发生变化,为相关临床研究提供了重要的信息基础。  相似文献   
10.
4个HLA等位基因在5个民族中分布的多样性研究   总被引:2,自引:1,他引:1  
肖文彦  褚嘉档  史磊  俞建昆  许绍斌 《遗传》2005,27(4):518-522
应用ARMS-SSP结合的方法调查与AIDS相关的HLA等位基因,即HLA-A*02,B*35,B*27,B*57四个基因在五个民族群体(云南汉族、彝族、傣族、新疆维吾尔族、广西壮族)中的分布情况,并进行了相应的遗传学分析。结果显示,HLA-A*02在壮族和汉族中检出的阳性样本频率非常高,在另外几个民族中的分布频率偏低;B*35基因在各民族中分布差异不大;B*27在傣族中的分布频率较高,汉族、彝族和壮族中分布的频率差异不大;B*57则在各民族中的分布差异不大;保护性的等位基因即A*02,B*27,B*57的基因型频率在5个民族中有极显著的差异。此课题增进了对我国部分AIDS流行地区AIDS相关HLA等位基因型遗传背景的了解,是对HLA与AIDS相关性研究资料的有益补充。  相似文献   
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