甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物RNA3序列分析及编码25kD蛋白基因在大肠杆菌中的表达

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物的总ＲＮＡ为模板,通过反转录－ＰＣＲ扩增获得ＢＮＹＶＶＲＮＡ３全长ｃＤＮＡ。将其克隆到ｐＧＥＭ－７Ｚｆ（＋）上,得到重组质粒ｐＧＢＹ５６。序列分析结果表明,内蒙分离物ＲＮＡ３基因组全长为１７７５ｎｔ,其中包含３个开放阅读框架,分别编码２５ｋＤ蛋白、４．６ｋＤ蛋白和一种由５９个氨基酸组成的Ｎ蛋白。与法国Ｆ２分离物、德国Ｇ１分离物和日本Ｓ分离物相比,其核苷酸序列的同源性分别为９６．４％、９６．８％和９７．３％。将２５ｋＤ蛋白编码基因克隆到ｐＪＷ２上,构建了该基因的原核表达载体。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｉｎｇ分析结果表明,２５ｋＤ蛋白基因在Ｅ．ｃｏｌｉＢＬ２１（ＤＥ３）中经温度（４２℃）诱导后,可特异地表达２５ｋＤ蛋白     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物自然缺失突变体缺失区域的定位分析

以甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物（ＢＮＹＶＶ ＮＭ）总ＲＮＡ为模板,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增,分别获得ＲＮＡ２、ＲＮＡ３和ＲＮＡ４自然缺失突变体ｃＤＮＡ克隆。序列分析结果表明,ＲＮＡ２自然缺失突变体在７５ｋＤ通读蛋白编码区Ｃ端缺失３４８个核苷酸（缺失位置ｎｔ１４８８￣ｎｔ１８３５）。ＲＮＡ３在其２５ｋＤ蛋白编码区内缺失３６０个核苷酸（缺失位置ｎｔ７２９￣ｎｔ１０８８）。ＲＮＡ４的自然缺失区域位于３１ｋＤ蛋白     

甜菜坏死黄脉病毒RNA4 cDNA克隆,序列分析及其编码蛋白基因在大肠…

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物（ＮＭ）ＲＮＡ为模板,通过反转录和ＰＣＲ扩增得到了ＢＮＹＶＶ ＲＮＡ４基因组的ｃＤＮＡ克隆ｐＧＢＦ６。序列分析结果表明,ｐＧＢＦ６含有全长ＲＮＡ４ ｃＤＮＡ插入片段,大小为１４６５个核苷酸,含有一个８４９个核苷酸的开放阅读框架,编码产生由２８２个氨基酸组成的分子量为３１ｋＤａ的蛋白。与法国Ｆ２分离物ＲＮＡ４相比,其核苷酸序列和由此推导的氨基酸序列同源性分别     

利用脊髓灰质炎病毒5‘NCR和RNA聚合酶基因可提高外源基因表达

将含脊髓灰质炎病毒（ＰＶ）ＲＮＡ聚合酶的不同长度基因片段克隆到载体ｐＳＧ５质粒上,分别构建了４个表达ＲＮＡ聚合酶的质粒。体外转录实验证明,ｐＳＧ５－ＰＯＬ１．９９和ｐＳＧ５－ＰＯＬ２．０３质粒转染细胞的提取物促进了特异的ＲＮＡ转录,表明两质闰可表达ＲＮＡ聚合酶。将ＰＶ的５’ＮＣＲ序列插在载体ｐＧＲＥＥＮ ＬＡＮＴＥＲＮ－１的ＣＭＶ启动子下游,构建了ｐＧＲＥＥＮ ＬＡＮＴＥＲＮ－１－５’ＮＣＲ质粒;     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物RNA3序列分析及编码25kD蛋白基因在大 …

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物的总ＲＮＡ为模板,通过反转录－－ＰＣＲ扩增获得ＢＮＹＶＶＲＮＡ３全长ｃＤＮＡ。将其克隆到ＰＥＭ－７Ｚｆ上,得到重组质粒ｐＧＢＹ５６。序列分析结果表明,内蒙分离物ＲＮＡ３基因组全长 １７７５ｎｔ     

cDNA克隆p14－6肿瘤抑制功能的分子机制

本文探讨了具有肿瘤抑制功能的ｃＤＮＡ克隆Ｐ１４－６（即人白细胞介素６核转录因子ＮＦ－ＩＬ６的３’非翻译区）的ＲＮＡ转录物与回复相关蛋白ＢＮＦ的相互作用,发现该ＲＮＡ与ＢＮＦ的相互作用位点为其３’侧的富Ｕ序列内的１个２４核苷酸片段;并发现ＢＮＦ系一群蛋白质,它们可能先相互结合成１个蛋白质复合物,然后再与ＲＮＡ位点作用．其中可能只有１个蛋白质（Ｒ６２）直接与该ＲＮＡ结合。     

我国脊髓灰质炎I型野病毒JX基因型特异RNA探针及其应用

及时发现脊髓灰质炎（脊灰）野病毒,是消灭脊灰工作中病毒学监测的首要任务。近期我国存在４个脊灰Ｉ型野病毒基因型,其中Ｐ１／ＣＨＮ－ＪＸ８９和Ｐ１／ＣＨＮ－Ｒ９１为两个主要的流行基因型。在分析了我国大量脊灰野病毒ＶＰ１核酸序列的基础上,选取了１３３８ＪＸ８９病毒ＶＰ１ ５＇端的９６个核苷酸片段（２４８０￣２５７５）,经ＰＣＲ扩增,克隆至ｐＵＣ／１７质粒,线性化后,用Ｔ７ ＲＮＡ多聚酶制备ＲＮＡ探针,并     

丙型肝炎病毒RNA打点杂交检测方法同RT－PCR方法的比较

采用ＨＣＶ基因组结构区Ｃ区ｃＤＮＡ探针和非结构区ＮＳ３－４区ｃＤＮＡ探针,建立了用打点杂交（ｄｏｔｂｌｏｔｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法,同采用ＨＣＶ基因组５’端非编码区的一对寡核苷酸引物通过逆转录－聚合酶链式反应（ＲＴ－ＰＣＲ）检测血清中ＨＣＶＲＮＡ的方法相比较,发现两种方法都能快速早期和特异地检出血清中ＨＣＶＲＮＡ,但ＲＴ－ＰＣＲ法敏感性优于ＲＮＡ打点杂交法。对于无血清学指标的慢性ＮＡＮＢ肝炎病人的诊断,可采用这两种方法。这两种方法的敏感性在很大程度上依赖于引物和探针的敏感性,以及ＲＮＡ提取方法。ＲＴ－ＰＣＲ法适用于诊断病毒血症和复制,打点杂交法适用于研究ＨＣＶＲＮＡ量的变化,对治疗的评价,以及为实验筛选较高滴度的ＨＣＶＲＮＡ阳性样本。     

斜脉暗罗素甲—具有C5—OH的单四氢呋喃环型番荔枝内酯

从斜脉暗罗（Ｐｏｌｙａｌｔｈｉａ ｐｌａｇｉｏｎｅｕｒａ Ｄｉｅｌｓ）的种子中分离到化合物Ｐ４ 及Ｐ５,经ＩＲ、１Ｈ－ＮＭＲ、１３ Ｃ－ＮＭＲ及ＭＳ谱鉴定,Ｐ４ 为海南哥纳香甲素,Ｐ５ 为具有Ｃ５－ＯＨ 的单四氢呋喃环型番荔枝内酯,命名为斜脉暗罗素甲（ｐｌａｇｉｏｎｉｃｉｎ Ａ）。     

我国脊髓灰质炎Ⅰ型野病毒JX基因型特异RNA探针及其应用

及时发现脊髓灰质炎（脊灰）野病毒,是消灭脊灰工作中病毒学监测的首要任务。近期我国存在４个脊灰Ⅰ型野病毒基因型,其中Ｐ１／ＣＨＮ－ＪＸ８９和Ｐ１／ＣＨＮ－Ｒ９１为两个主要的流行基因型。在分析了我国大量脊灰野病毒ＶＰ１核酸序列的基础上,选取了１３３８ＪＸ８９病毒ＶＰ１５′端的９６个核苷酸片段（２４８０－２５７５）,经ＰＣＲ扩增,克隆至ｐＵＣ／Ｔ７质粒,线性化后,用Ｔ７ＲＮＡ多聚酶制备ＲＮＡ探针,并将Ｄｉｇ标记物渗入探针分子中。经杂交试验,两个主要基因型病毒全部与此探针呈阳性反应,而其它基因型和疫苗相关病毒均为阴性反应,体现了较好的特异性与敏感性,而且实验结果由核酸序列分析等证实。脊灰野毒探针的应用在国际上尚未见报道,它克服了疫苗探针杂交中容易遗漏野毒株的缺点,直接查出野病毒。这对疫苗株中混有少量野毒株的分离物有重要意义。     

水稻条叶枯病毒NS2基因遗传多样性分析

应用单链构象多态性 (SSCP)和序列分析方法研究了来自我国 9个省份的水稻条叶枯病毒(RSV) 80个田间分离物的NS2基因遗传结构特征 .SSCP分析结果表明 ,我国RSVNS2基因遗传结构符合准种 (quasispecies)结构特征 .部分分离物的序列分析结果表明 ,RSV上述分离物和已报道的日本 2个分离物可以归入 2个组 :云南的部分分离物划分为 1个组 ;其它分离物及日本T、O的 2个分离物为另 1组 .组与组之间 ,NS2蛋白基因核苷酸同源性为 94 %～ 95 % ,氨基酸同源性为 95 %～ 97% .遗传多样性分析结果表明 ,RSV种群存在地理隔离但在种群间可能发生了基因漂移 (geneflow) .NS2蛋白可能的运动蛋白功能所造成的负选择压力和介体传播引起的奠基者效应可能是RSV种群内和种群间遗传多样性差别的主要因素     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的分子变异

应用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）和单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术快速检测我国水稻条纹病毒（RSV）RNA4基因间隔区（intergenic region,IR)的分子变异,结果表明,我国RSV RNA4 IR存在分子变异。供试的7个分离物共有4种泳动带型,其中YL、BS、JD、LY分离物完全一致,而YL、BS、YL及JD4个分离物序列完全一致;JN、PJ、SQ3个分离各不一样,序列之间的同源性均在92％－94％之间.IR序列内部具有两个重要的结构特征：（1）有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但中一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大;（2）具有插入序列,相对于日本M分离物,我国7个分离物都有一段长19bp的插入序列,这段插入序列比较保守,各分离物之间仅有1－2个碱基的差异。     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区序列分析——混合侵染及基因组变异证据

克隆和测定了我国水稻条纹病毒（RSV）22个分离物 RNA4基因间隔区（Intergenic region,IR）序列,序列比较结果表明,我国RSV RNA4 IR在长度上存在634bp、654bp及732bp 3种不同的类型,其中3种不同类型的序列在云南省均有存在,而在其它省份仅存在654bp 类型的序列,云南省还存在不同片段类型序列在同一分离物中混合侵染的现象。序列内部具有两个重要的结构特征,一是具有插入序列;二是有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但另一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大。本论文还讨论了插入片段特性、不稳定的发夹结构的形成最低自由能及病毒致病性分化的关系。     

单头灰飞虱体内水稻条纹叶枯病毒的快速检测

利用RT-PCR检测感病植株和单头带毒灰飞虱,均扩增出水稻条纹叶枯病毒特有的一个长540 bp的片段,且人工饲毒虫的病毒含量高于自然感病稻田虫。以病毒S蛋白的多克隆抗血清,采用Western印迹技术从单虫体内检测到病毒抗原的2个专一性条带,大小分别为20.7和19.7 kDa。DIBA（dot immunobinding assay）检测法快速、简便,但专一性和灵敏度不及RT-PCR与Western印迹检测。对不同检测方法所得昆虫带毒率差异的原因进行了探讨。     

运用代谢组学研究RSV与水稻的互作初探

水稻条纹叶枯病严重威胁着我国的水稻生产,该病由水稻条纹病毒（Rice stripe virus,RSV）引起。目前,对水稻与RSV互作机制的认识还较少,这是制定有效措施来对RSV进行防控的一大障碍。代谢组学是新近发展起来的一种研究手段,它通过考察生物体系包括细胞、组织或整个生物体在受到刺激或扰动后,在代谢水平上的应答,来研究一系列的生物现象。运用代谢组学对水稻与RSV的互作进行了初步探索。GC-MS分析表明,RSV的侵染能显著影响水稻的代谢谱,且在代谢组水平上,不同抗感性的水稻对RSV的响应存在着差异。与NIST质谱数据库中的信息比较,从武育粳3号健康植株中鉴定到内源性代谢物12种、武育粳3号发病植株中11种、KT95-418健康植株中9种、KT95-418发病植株中14种。     

水稻条纹病毒胁迫下的水稻全基因组表达谱

水稻条纹叶枯病由水稻条纹病毒(Rice stripe virus, RSV)引起,对我国水稻生产危害严重.为了明确RSV侵染对水稻基因表达谱的影响,采用Affymetrix水稻全基因组芯片对RSV接种后出现条纹症状第7天的武育粳3号水稻病叶和相应的健康叶片进行了全基因组表达谱分析,得到3 517个差异基因,其中2 002个表达上调,1 515个表达下调.根据TIGR数据库注释(http://www.tigr.org/tdb/e2k1/osa1/)和MIPS基因功能分类标准(http://mips.gsf.de/projects/funcat)将差异基因归类为15个功能类别,多数差异基因与植物防御、信号传导及蛋白质、碳水化合物的代谢相关,一些转录因子的表达也发生了明显的变化.代谢途径分析表明,RSV侵染后磷酸戊糖途径、类黄酮合成途径和芸苔素合成途径的相关基因表达明显增强,赤霉素合成途径相关基因的表达受到了抑制.     

单头灰飞虱体内水稻条纹叶枯病毒的快速检测

利用RT-PCR检测感病植株和单头带毒灰飞虱, 均扩增出水稻条纹叶枯病毒特有的一个长540 bp的片段, 且人工饲毒虫的病毒含量高于自然感病稻田虫。以病毒S蛋白的多克隆抗血清, 采用Western印迹技术从单虫体内检测到病毒抗原的2个专一性条带, 大小分别为20.7和19.7 kDa。DIBA (dot immunobinding ass ay)检测法快速、简便, 但专一性和灵敏度不及RT-PCR与Western印迹检测。对不同检测方法所得昆虫带毒率差异的原因进行了探讨。     

RNAi-directed down-regulation of RSV results in increased resistance in rice (Oryza sativa L.)

Rice stripe disease (RSD), caused by rice stripe virus (RSV), is a serious disease in temperate rice-growing areas. We have created an RNAi construct containing coat protein gene (CP) and disease specific protein gene (SP) sequences from RSV. The RNAi construct was transformed into two susceptible japonica varieties, Suyunuo and Guanglingxiangjing, to develop resistance against RSD. The homozygous progeny of rice plants in the T(5) and T(7) generations containing RNAi constructs, after self-fertilization were strongly resistant to viral infection. RT-PCR indicated that viral replication of SP and CP in the transgenic plants was significantly inhibited. There were no obvious morphological or developmental differences between the transgenic and wild-type plants from seedling stage to maturity. The excellent agronomic traits of these two varieties, such as high yield and good quality were maintained. Suppression of virus genes using RNAi is therefore a practical and effective strategy for controlling viral infection in crops.     

我国水稻条纹病毒RNA3片段序列分析—纤细病毒属重配的又一证据

测定了来源于我国水稻条纹叶枯病常年流行区的辽宁盘锦 (PJ)、云南昆明 (KM)、云南宜良 (YL)及病害暴发区的江苏洪泽 (HZ)的水稻条纹病毒 (RSV) 4个分离物RNA3全长序列 ,其长度分别为 2 480bp、2 5 0 9bp、2 489bp和 2 497bp。与已报道的RSV云南Y、日本T和M分离物RNA3序列进行比较的结果表明 ,这 7个分离物可分为两组 ,其中 ,KM、YL分离物为一组 ,PJ、HZ、Y、T和M分离物为另一组。组与组之间 ,RNA3的毒义链 (vRNA3)及RNA3的毒义互补链 (vcRNA3)上的ORF的核苷酸同源性分别为 97%～ 98%和 93%～ 94% ,但在氨基酸水平上则没有明显差异。结合上述RSV分离物RNA4的核苷酸全序列比较结果 ,推测认为RSV自然种群中存在两个与地理因素相关的不同类型的亚群 ,Y分离物不同片段具有不同来源可能是由重配引起的。