水稻条纹病毒中国分离物和日本分离物RNA2节段序列比较

测定了来源于我国水稻条纹叶枯病常年流行区的云南楚雄(CX)及病害暴发区的江苏洪泽(HZ)的水稻条纹病毒(RSV)2个分离物RNA2全长序列,其长度分别为3506bp和3514 bp.与已报道的日本T和O分离物RNA2序列进行比较的结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,HZ、T和O分离物为一组,组内分离物之间,RNA2的毒义链(vRNA2)及RNA2的毒义互补链(vcRNA2)上的ORF的核苷酸一致性分别为97.2%～98.0%和96.8%～97.1%,5′端和3′端非编码区的序列则完全一致.但HZ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T和O分离物的等长.另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA2及vcRNA2上的ORF的核苷酸一致性分别为95.0%～95.7%和93.9%～94.4%.CX分离物的IR与HZ分离物相比缺失了一段8 nt的片段.5′端非编码区的序列完全一致,但3′末端非编码区有一个碱基的差异.这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系.此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能.本文还讨论了RSV的分子流行病学.     

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区的分子变异

应用反转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）和单链构象多态性（single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术快速检测我国水稻条纹病毒（RSV）RNA4基因间隔区（intergenic region,IR)的分子变异,结果表明,我国RSV RNA4 IR存在分子变异。供试的7个分离物共有4种泳动带型,其中YL、BS、JD、LY分离物完全一致,而YL、BS、YL及JD4个分离物序列完全一致;JN、PJ、SQ3个分离各不一样,序列之间的同源性均在92％－94％之间.IR序列内部具有两个重要的结构特征：（1）有两处反向重复序列,可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但中一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大;（2）具有插入序列,相对于日本M分离物,我国7个分离物都有一段长19bp的插入序列,这段插入序列比较保守,各分离物之间仅有1－2个碱基的差异。     

水稻条纹病毒蛋白与核酸的特性

提纯的水稻条纹病毒（云南宜良分离物）在电镜下的形态为多型性,但主要是宽8－10urn,长80－25O的分枝丝状体,有些为直径3urn或8urn的开环环状体,有些为13urn宽,130－190urn长的丝状体,但其基本结构应是直径3urn、长度不等的丝状体。经聚丙烯酸胺凝胶电泳分析,VRNA4编码的病害特异蛋白（SP）分子量为19．9kDa,而VCRNA3编码的外壳蛋白（CP）约为336kDa。在非变性条件下,RSV的4条ssRNAs大小分别为3‘OXIO‘（ssRNAI）、互．2XIc‘（ssR．NAZ）、0．9X10‘（ssRNA3）和0．8X10‘Da（SSRNA4）,有时出现一条大小为0．58X10‘Da的单链RNA（ssRNA）;而4条dsRNAs的分子量分别为4．9X10‘（dsRNAI）、2．8X10‘（dsRNAZ）、20XIOo（dsRNA3）和1．7X10‘D。（dSRNA4）。利用制备电泳分离提纯的外壳蛋白免疫家兔,得到了高特异性的抗血清。A蛋白夹心ELISA检测结果表服RSV－CP与水稻草状矮化病毒（RGSV）CP抗血清有微弱的反应,但与RSV、RGSV的SP抗血清没有反应,而RSV－CP抗血清与RSV．SP及RGSV的SP、CP都无血清学关系,这个结果表明RGSV与RSV之间在进化上具有一定的亲缘关系。     

水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较

通过RT-PCR扩增了我国水稻条纹病毒(RSV)山东济宁(JN)、云南宜良(YL)两个分离物RNA4基因间隔区(intergenic region,IR)序列,并克隆于pGEM-T easy载体上.序列分析结果表明:JN、YL两分离物RNA4 IR均由654个核苷酸组成,两者之间的同源率为92%.JN、YL两个分离物RNA4 IR在AU碱基富集处可形成两个明显的发夹结构,其中一个序列比较保守,形成的发夹结构稳定;但另一个由于碱基变异导致所形成的发夹结构的稳定性在各个分离物中差异较大.这些结果说明了我国水稻条纹病毒存在明显的分子变异.     

应用PCR-SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒的分子变异

应用PCR SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白 (SP)基因和外壳蛋白 (CP)基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒 7个分离物之间存在广泛的变异 ,其中 ,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来 ,能扩增出的 6个分离物的CP基因变性电泳后带型各不相同 ,但SP基固表现出 5种带型 ,其中云南省的YL和BS分离物带型一样。     

应用PCR-SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒的分子变异

应用PCR-SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白(SP)基因和外壳蛋白(CP)基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒7个分离物之间存在广泛的变异,其中,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来,能扩增出的6个分离物的CP基因变性电泳后带型各不相同,但SP基固表现出5种带型,其中云南省的YL和BS分离物带型一样。     

应用PDR—SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒的分子变异

应用PCR－SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白（SP）基因和外壳蛋白（CP）基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒7个分离物之间存在广泛的变异,其中,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来,能扩增出的6个分离物的CP基因变性电泳后带各不相同,但SP基因表现出5种带型,其中云南省的YL和BS分离物带型一样。     

我国水稻条纹病毒一个强致病性分离物的RNA4序列测定与分析

对我国水稻条纹病毒(Rice Stripe Virus,RSV)一个强致病性分离物(辽宁PJ分离物)的RNA4区段进行扩增、克隆和测序,其核苷酸序列全长2157bp。与已报道的日本T和M分离物及我国云南CX分离物的RNA4序列进行比较分析,结果表明,这4个分离物可分为两组,其中,PJ、T和M分离物为一组,组内分离物之间,RNA4的毒义链(vRNA4)及RNA4的毒义互补链(vcRNA4)上的ORF的核苷酸一致性分别为970%和970%～975%,5′末端和3′末端非编码区的序列则完全一致。但PJ分离物与T分离物的亲缘关系更为密切,其基因间隔区(IR)与T分离物的等长,核苷酸一致性为930%,比M分离物的IR多了一段长19bp的插入序列,核苷酸一致性仅为850%。另一组为我国CX分离物,组与组之间,vRNA4及vcRNA4上的ORF的核苷酸一致性分别为940%和925%～935%,但在氨基酸水平上则没有明显的差异。CX分离物的IR与PJ分离物相比有一段长84bp的插入序列,组间,IR的核苷酸一致性仅为720%～750%,5′末端非编码区的序列完全一致,但3′末端非编码区有两个碱基的差异。这些结果表明,RSV在自然界的分子变异与其地理分布具有密切的关系。此外,非编码区序列的高度保守性暗示着它们在病毒基因转录和复制的调控方面具有重要的功能。本文还讨论了RSV的分子流行学。     

水稻条叶枯病毒NS2基因遗传多样性分析

应用单链构象多态性 (SSCP)和序列分析方法研究了来自我国 9个省份的水稻条叶枯病毒(RSV) 80个田间分离物的NS2基因遗传结构特征 .SSCP分析结果表明 ,我国RSVNS2基因遗传结构符合准种 (quasispecies)结构特征 .部分分离物的序列分析结果表明 ,RSV上述分离物和已报道的日本 2个分离物可以归入 2个组 :云南的部分分离物划分为 1个组 ;其它分离物及日本T、O的 2个分离物为另 1组 .组与组之间 ,NS2蛋白基因核苷酸同源性为 94 %～ 95 % ,氨基酸同源性为 95 %～ 97% .遗传多样性分析结果表明 ,RSV种群存在地理隔离但在种群间可能发生了基因漂移 (geneflow) .NS2蛋白可能的运动蛋白功能所造成的负选择压力和介体传播引起的奠基者效应可能是RSV种群内和种群间遗传多样性差别的主要因素     

水稻条纹病毒蛋白与核酸的特性

提纯的水稻条纹病毒(云南宜良分离物)在电镜下的形态为多型性,但主要是宽8-10 nm,长80-250的分枝丝状体,有些为直径3 nm或8 nm的开环环状体,有些为13 nm宽,130-190 nm长的丝状体,但其基本结构应是直径3 nm、长度不等的丝状体.经聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,vRNA4编码的病害特异蛋白(SP)分子量为19.9 kDa,而vcRNA3编码的外壳蛋白(CP)约为33.6 kDa.在非变性条件下,RSV的4条ssRNAs大小分别为3.0×106(ssRNA1)、1.2×106(ssRNA2)、0.9×106(ssRNA3)和0.8×106 Da(ssRNA4),有时出现一条大小为0.58×106 Da的单链RNA(ssRNA5);而4条dsRNAs的分子量分别为4.9×106(dsRNA1)、2.8×106(dsRNA2)、2.0×106(dsRNA3)和1.7×106 Da(dsRNA4).利用制备电泳分离提纯的外壳蛋白免疫家兔,得到了高特异性的抗血清.A蛋白夹心ELISA检测结果表明,RSV-CP与水稻草状矮化病毒(RGSV)CP抗血清有微弱的反应,但与RSV、RGSV的SP抗血清没有反应,而RSV-CP抗血清与RSV-SP及RGSV的SP、CP都无血清学关系,这个结果表明RGSV与RSV之间在进化上具有一定的亲缘关系.