狐源犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列,设计一对CDVN基因特异性引物,采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果表明,CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF,全长1572 bp,共编码523个氨基酸.CDV-FOX-TAN基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%,与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%～98.9%之间.CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr-Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列,是T细胞表位,可致敏靶细胞,在CDVN蛋白中高度保守.对CDV N基因进行系统发生分析,结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切.     

狐源犬瘟热病毒H基因和F基因的克隆与序列分析

根据GenBank发表的犬瘟热病毒(CDV)核酸序列[CDV5804(AY386315)、CDV01-2689(AY649446)、CDV A75-17(AF164967)、CDV 00-2601(AY443350)、CDV 98-2645(AY445077)、CDV 98-2654(AY466011)和CDV Onderstepoort (AF378705)],分别设计合成扩增CDV H基因和F基因的引物.采用RT-PCR技术扩增狐源CDV泰安株(CDV-FOX-TA)H基因和F基因,分别将H基因与F基因克隆进这pMD18-T载体,进行序列分析.结果表明,CDV-FOX-TA株H基因有1个ORF,全长1 842bp,编码607个氨基酸,与CDV Onderstpoort、CDV Convac的同源性分别为89.2%和90.6%,与CDV LP的同源性为98.7%.CDV-FOX-TA F基因有1个ORF,全长1 889bp,编码662个氨基酸,CDV F蛋白信号肽区域易发生突变,但F0蛋白裂解点(RRQRR)、13个半胱氨酸残基、4个潜在的天冬氨酰糖基化位点和2个疏水区都高度保守.CDV H基因和F基因系统发生分析表明,CDV-FOX-TA与CDV A75-17和CDV LP亲源关系较为密切.     

感染CDV的犬病料N、H、F基因的克隆与序列分析

目的了解病料中犬瘟热病毒（CDV）的变异情况,为犬瘟热的预防与治疗提供理论依据。方法采用RT-PCR方法对犬病料中CDV的血凝素蛋白（H）、融合蛋白（F）和核衣壳蛋白（N）基因进行扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体中测序,并进行序列分析。结果测定一株CDV的H、F和N基因大小分别为1863 bp、1653 bp和2235 bp。同源性分析表明,未发现碱基的插入和缺失。该病毒的H、F和N基因分别与国内强毒株BJ080127株的H基因、GN株的F基因和HL株的N基因亲缘关系最近,氨基酸同源性分别为97.3%、97.7%和99.3%。与国外标准野毒株A75-17在核苷酸水平上同源性依次为94.4%、93.8%和97.2%,与疫苗株CDV3在核苷酸水平上同源性分别为88.5%、88.8%和93.9%。系统进化树表明该病毒与国内强毒株在同一谱系。糖基化分析显示,该病毒在F基因3～5位氨基酸处多出1个糖基化位点。结论本研究从犬病料中成功克隆了犬瘟热病毒血凝素蛋白、融合蛋白和核衣壳蛋白,在F基因中新增了一个糖基化位点,为犬瘟热的遗传变异和流行学研究提供了分子生物学依据。     

犬瘟热病毒TN株血凝基因的克隆与序列分析

用RT PCR方法对分离的TN野毒株H基因进行了扩增 ,并将其克隆到pGEM T载体上 ,进行核苷酸序列测定。结果TN野毒株H基因ORF全长 1 ,81 5bp ,编码 60 4个氨基酸。与GenBank中己报道的 7个CDV毒株相比 ,H基因核苷酸序列的同源性在 92 %～ 99%之间 ,推导的H蛋白氨基酸序列的同源性在 91 %～ 99%之间。TN株H蛋白潜在的N 联糖基化位点为 8个 ,而Onderstepoort弱毒株H蛋白为 4个 ;其中N端第 1 9～ 2 1、 30 9～ 31 1、 5 8     

犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列, 设计引物扩增F蛋白部分信号肽区, 片段长369 bp。对2005年~2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增, 获得了13个CDV F蛋白部分信号肽区基因片段。序列分析发现, CDV野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异, 与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%~83.2%之间, 而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%~71.3%。部分信号肽区的氨基酸疏水性分析, 推测其调控功能也发生变化, 本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据。     

犬冠状病毒南京株M基因的同源重组分析

对来自腹泻犬粪样的犬冠状病毒(CCV)南京株NJ17株及参考株171的M基因进行了克隆、测序,并与GenBank中所有已知CCV毒株及同亚群的猪冠状病毒(TGEV)和猫冠状病毒(FCoV)代表株的M基因进行了同源性比较和系统进化分析,同时对M蛋白的结构和功能进行了预测分析。结果表明,CCV171与近年在中国分离到的CCV毒株V1、V2及大熊猫源的毒株具有98.9%～99.5%的同源性,说明这些毒株可能是来自同一毒株的准种。NJ17与其他中国分离株及国外分离株的同源性为87.0%～91.9%,显示国内可能存在一个相对独立进化的CCV毒株。序列比较发现,所有CCV毒株在可能的同源重组“热点”区内都有一个CTTTAG序列,与鸡传染性支气管炎病毒同源重组模板交换位点附近的特征序列相似。CCVNJ17株M蛋白在N端50氨基酸序列与FCoV791683同源性高,而在后212氨基酸序列与TGEV同源性高,提示该毒株可能在M基因上曾经发生过不同病毒的同源重组。CCVM蛋白的结构及功能预测表明,所有毒株都具有分泌型信号肽,有4个螺旋跨膜区,N末端和C末端均位于膜内。M蛋白的两末端具有较强的抗原性,M蛋白上存在多种功能性氨基酸修饰位点且相对保守。N末端的氨基酸变异很大,但是功能性修饰位点相对保守,提示N末端的功能可能与构象有关。     

犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列,设计引物扩增F蛋白部分信号肽区,片段长369 bp.对2005年～2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增,获得了13个CDVF蛋白部分信号肽区基因片段.序列分析发现,CDV 野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异,与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%～83.2%之间,而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%～71.3%.部分信号肽区的氨基酸疏水性分析,推测其调控功能也发生变化,本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据.     

犬冠状病毒南京株M基因的同源重组分析

对来自腹泻犬粪样的犬冠状病毒(CCV)南京株NJ17株及参考株1-71的M基因进行了克隆、测序,并与GenBank中所有已知CCV毒株及同亚群的猪冠状病毒(TGEV)和猫冠状病毒(FCoV)代表株的M基因进行了同源性比较和系统进化分析,同时对M蛋白的结构和功能进行了预测分析.结果表明,CCV1-71与近年在中国分离到的CCV毒株V1、V2及大熊猫源的毒株具有98.9%～99.5%的同源性,说明这些毒株可能是来自同一毒株的准种.NJ17与其他中国分离株及国外分离株的同源性为87.0%～91.9%,显示国内可能存在一个相对独立进化的CCV毒株.序列比较发现,所有CCV毒株在可能的同源重组"热点"区内都有一个CTTTAG序列,与鸡传染性支气管炎病毒同源重组模板交换位点附近的特征序列相似.CCV NJ17株M蛋白在N端50氨基酸序列与FCoV 79-1683同源性高,而在后212氨基酸序列与TGEV同源性高,提示该毒株可能在M基因上曾经发生过不同病毒的同源重组.CCV M蛋白的结构及功能预测表明,所有毒株都具有分泌型信号肽,有4个螺旋跨膜区,N末端和C末端均位于膜内.M蛋白的两末端具有较强的抗原性,M蛋白上存在多种功能性氨基酸修饰位点且相对保守.N末端的氨基酸变异很大,但是功能性修饰位点相对保守,提示N末端的功能可能与构象有关.     

大熊猫犬瘟热病毒附着或血凝蛋白基因的序列分析

首次对犬瘟热病毒(CDV)大熊猫(GP)毒株附着或血凝蛋白(H)基因进行了序列测定并与疫苗株Onderstepoort进行了比较.我们设计合成了4对引物,对GP株进行了RT-PCR扩增与测序.H蛋白基因全长为1 946 bp,开放阅读框架(ORF)始于21-23位的ATG,终止于1 842-1 844位的TGA,编码607个氨基酸,该基因序列已被GenBank收录.将GP毒株与GenBank中疫苗弱毒株Onderstepoort进行比较,二者核苷酸序列的同源性为91.4%,推导的氨基酸序列的同源性为90.2%,GP和Onderstepoort株H蛋白的半胱氨酸残基数目均为12个且相对位置不变;疏水性有一定的变化,但推测的穿膜区位置(约35-55位氨基酸)是一致的;Onderstepoort株的H蛋白潜在的N-联糖基化位点为4个,GP株H蛋白为9个,糖基化位点的不同可能对GP株H蛋白的抗原性产生影响.     

貂、狐、貉源犬瘟热病毒的分离鉴定与序列分析

采用能稳定表达犬信号淋巴细胞活性分子(SLAM)的Vero-DST细胞从发病貉、狐狸和水貂病料,分离获得5株病毒,经电镜形态观察、RT-PCR检测、理化特性测定和人工感染发病试验鉴定,均为犬瘟热病毒(CDV),分别命名为HT-P(貉源)、THDI(貉源)、HD(貂源)、LN(貂源)和HB(狐源).5个分离毒株TCID50为10-5.2-7.3/ml;除鸡、鹅红细胞呈微弱阳性外,其余均未见血凝作用;对乳鼠的LD50 分别为2×10-308～4.8/ml,对实验兔无致病性,对貉有明显致病性作用.5株CDVH和N基因序列分析结果为5个分离株之间H基因nt序列同源性均达到97.5%以上,HT-P(貉源,山东青岛)与THDI(貉源,山东潍坊)的aa同源性为100%,二者与其他分离株间aa序列同源性为87.9%～99.1%;与chn等疫苗株基因nt序列和推导aa序列同源性普遍较低,分别为90.5～91.8和89.%～91.8%.5个分离株之间N基因nt序列同源性均≥94.5%,HT-P与THD1同源性最高(99.8%),分离株之间aa序列除HT-P、THD1与HD(貂源,山东青岛)同源性较高(99.0%以上)外,其他分离株之间同源性低.与chn等疫苗株nt序列同源性较低(90.9～93.5%).此外,HD和LN(貂源,辽宁大连)发病区域相距较远,但具有较高的同源性,但与HB(狐源,河北沦州)具有相对较低的nt同源性,提示野毒株在易感动物上可能存在种属差异.分离毒株与疫苗株之间H和N蛋白基因差异.可能与CD免疫失败有关.     

貂、狐、貉源犬瘟热病毒的分离鉴定与序列分析（英文）

采用能稳定表达犬信号淋巴细胞活性分子（SLAM）的Vero-DST细胞从发病貉、狐狸和水貂病料,分离获得5株病毒,经电镜形态观察、RT-PCR检测、理化特性测定和人工感染发病试验鉴定,均为犬瘟热病毒（CDV）,分别命名为HT-P（貉源）、THD1（貉源）、HD（貂源）、LN（貂源）和HB（狐源）。5个分离毒株TCID50为10-5.2～-7.3/ml;除鸡、鹅红细胞呈微弱阳性外,其余均未见血凝作用;对乳鼠的LD50分别为2×10-3.8～-4.8/ml,对实验兔无致病性,对貉有明显致病性作用。5株CDV H和N基因序列分析结果为5个分离株之间H基因nt序列同源性均达到97.5%以上,HT-P（貉源,山东青岛）与THD1（貉源,山东潍坊）的aa同源性为100%,二者与其他分离株间aa序列同源性为87.9%～99.1%;与chn等疫苗株基因nt序列和推导aa序列同源性普遍较低,分别为90.5～91.8和89.%～91.8%。5个分离株之间N基因nt序列同源性均≥94.5%,HT-P与THD1同源性最高（99.8%）,分离株之间aa序列除HT-P、THD1与HD（貂源,山东青岛）同源性较高（99.0%以上）外,其他．分离株之间同源性低。与chn等疫苗株nt序列同源性较低（90．9～93．5％）。此外,HD和LN（貂源,辽宁大连）发病区域相距较远,但具有较高的同源性,但与HB（狐源,河北沦州）具有相对较低的nt同源性,提示野毒株在易感动物上可能存在种属差异。分离毒株与疫苗株之间H和N蛋白基因差异,可能与CD免疫失败有关。     

禽I型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT-PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽I型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽I型副粘病毒各毒株同源性为88.1%～94.9%,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85.6%。所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112～117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株。鸽I型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMV ZQ98-1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株。以1 662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒属于基因Ⅶ型,鸽I型副粘病毒属于基因Ⅵ型。     

浙江省麻疹病毒的基因特征分析

目的分析浙江省流行的麻疹病毒(MV)的基因特征,为更好地防控麻疹提供科学参考。方法从GenBank检索并下载浙江省所有麻疹病毒株、中国麻疹疫苗株和WHO推荐参考株的血凝素蛋白(H)和核蛋白(N)的基因组序列,利用MEGA 6.0软件进行比对分析,构建种系进化树,确定浙江省麻疹病毒流行的基因型别,并进行同源性和基因变异分析。结果浙江省麻疹病毒以H1基因型为主(27株),其他基因型为辅(2株B3型)。H1a亚型(21/27)占绝对优势,其次为H1b亚型(6/27)。浙江省所有毒株间H蛋白的氨基酸同源性为96.9%~100.0%,与疫苗株Shanghai-191和Changchun-47的同源性均为95.0%~96.0%。浙江省所有毒株间N蛋白羧基末端的氨基酸同源性为82.7%~100.0%,与疫苗株Shanghai-191的同源性为85.8%~89.5%,与疫苗株Changchun-47的同源性为87.3%~91.0%。结论麻疹病毒H1基因型为浙江省麻疹流行的优势株,与现行参考疫苗株(A基因型)差异较大,因此针对麻疹病毒H1基因型疫苗的研制是今后浙江省麻疹病毒防控的关键。     

三株牛源亚洲1型口蹄疫病毒VP1基因的克隆与序列分析

以3株国内分离的亚洲1型口蹄疫病毒(分别命名为F1、F2、F3)为研究目标,根据GenBank中注册的FMDV VP1基因的序列设计1对引物,采用RT-PCR方法成功地扩增出含有VP1全基因的片段,并测定了3个毒株VP1基因的序列.结果表明,3株亚洲1型FMDV毒株VP1基因长度均为633 bp,编码211个氨基酸.3株毒株彼此之间的核苷酸序列同源性在82.8% ～99.1%之间,推导氨基酸序列同源性在89.1% ～99.1%之间.从系统发生树看,F1株与我国香港2005年牛毒株序列同源性99.5%,属同一遗传谱系,F2株、F3株与2005年引起河北省万全县、北京市延庆县、甘肃静宁县疫情的毒株分属同一个基因群.     

H1N1亚型猪流感病毒广东分离株全基因克隆及其遗传演化分析

为了研究H1N1亚型SIV遗传演化与变异的特性,采用RT-PCR技术分别扩增A/Swine/Guangdong/LM/2004(H1N1)的8个基因片段,分别将其克隆到pMD18-T载体,进行全基因组序列测定.核苷酸序列测定结果显示:LM株SIV各基因片段均未发现核苷酸插入或缺失现象.HA切割位点处的氨基酸序列序列为IPSIQSR↓G,与高致病性SIV的H1N1亚型毒株的分子特征不符合.HA基因含有6个潜在的N-糖基化位点,4个在HAl的第11、23、87、和276位,增加2个分别在HA2的154和213位点;NA基因不仅在58、63、68、88和146位含有高度保守的N-糖基化位点,而且在44和235位增加2个潜在的N-糖基化位点,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.核苷酸同源性结果:HA基因与类人谱系的流感病毒分离株有很高的同源性(99%),而其他基因均与古典猪谱系的流感病毒分离株同源性较高(87%～98%).从绘制的各个片段进化树和核苷酸同源性分析结果,可以推测该毒株HA基因可能来源于类人谱系的流感病毒;而其他基因来源于古典猪谱系的流感病毒.     

禽Ⅰ型副粘病毒f基因克隆及序列分析

用RT-PCR一步法对云南省不同禽类(鸡、鸽子)3株禽I型副粘病毒F基因进行扩增和克隆,并对其f基因片段核苷酸序列进行分析,结果表明,云南省禽I型副粘病毒各毒株同源性为88.1%～94.9%,与疫苗株LaSota和强毒株F48E9的同源性为85.6%.所分离两株新城疫病毒在F蛋白裂解位点区(112～117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列完全相同,表明为强毒株.鸽I型副粘病毒F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与PPMV ZQ98-1株在这一区域的序列完全相同,揭示为中强毒株.以1 662bp核苷酸绘制系统发育树,表明云南地方新城疫病毒属于基因Ⅶ型,鸽I型副粘病毒属于基因Ⅵ型.     

一株H3N2亚型猪流感病毒广东分离株的基因组序列分析

从广东省疑似流感发病猪分离到1株H3N2亚型猪流感病毒(A/Swine/Guangdong/01/2005(H3N2)),对其各个基因进行克隆与测序,并与GenBank中收录的其它猪流感、禽流感和人流感的相关基因进行比较,结果表明,HA全基因与广东2003~2004年分离的H3N2猪流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上,与纽约90年代末分离的H3N2人流感毒株同源性在98.5%以上;NA基因与纽约1998~2000年分离的H3N2人流感毒株的核苷酸序列同源性在99%以上;NS基因、M基因的核苷酸序列与H1N1亚型猪流感毒株A/swine/HongKong/273/1994(H1N1)的核苷酸序列同源性较高,分别为97.9%、98.4%,与美洲A/swine/Iowa/17672/1988(H1N1)的核苷酸序列同源性分别为96.7%、97.1%;其他基因的核苷酸序列与H3N2人流感毒株具有很高的同源性。因此,推测其M和NS基因来源于H1N1亚型猪流感病毒,HA、NA及其他基因均来源于H3N2亚型人流感病毒。表明此H3N2亚型猪流感病毒为H3N2亚型人流感病毒和H1N1亚型猪流感病毒经基因重排而得到的重组病毒。