貂、狐、貉源犬瘟热病毒的分离鉴定与序列分析

采用能稳定表达犬信号淋巴细胞活性分子(SLAM)的Vero-DST细胞从发病貉、狐狸和水貂病料,分离获得5株病毒,经电镜形态观察、RT-PCR检测、理化特性测定和人工感染发病试验鉴定,均为犬瘟热病毒(CDV),分别命名为HT-P(貉源)、THDI(貉源)、HD(貂源)、LN(貂源)和HB(狐源).5个分离毒株TCID50为10-5.2-7.3/ml;除鸡、鹅红细胞呈微弱阳性外,其余均未见血凝作用;对乳鼠的LD50 分别为2×10-308～4.8/ml,对实验兔无致病性,对貉有明显致病性作用.5株CDVH和N基因序列分析结果为5个分离株之间H基因nt序列同源性均达到97.5%以上,HT-P(貉源,山东青岛)与THDI(貉源,山东潍坊)的aa同源性为100%,二者与其他分离株间aa序列同源性为87.9%～99.1%;与chn等疫苗株基因nt序列和推导aa序列同源性普遍较低,分别为90.5～91.8和89.%～91.8%.5个分离株之间N基因nt序列同源性均≥94.5%,HT-P与THD1同源性最高(99.8%),分离株之间aa序列除HT-P、THD1与HD(貂源,山东青岛)同源性较高(99.0%以上)外,其他分离株之间同源性低.与chn等疫苗株nt序列同源性较低(90.9～93.5%).此外,HD和LN(貂源,辽宁大连)发病区域相距较远,但具有较高的同源性,但与HB(狐源,河北沦州)具有相对较低的nt同源性,提示野毒株在易感动物上可能存在种属差异.分离毒株与疫苗株之间H和N蛋白基因差异.可能与CD免疫失败有关.     

三株新城疫病毒强毒株的生物学特性及全基因组序列分析

2009～2011年从北方发病鸡群和鸭群中分离出3株新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）。通过致病性指数测定及交叉血凝抑制试验初步分析了3个毒株的毒力和相互之间的同源性。选取鸡源分离株SDLY01与新城疫疫苗株（LaSota）进行了交叉保护试验,选取鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭进行攻毒实验,同时设计引物对3个毒株进行了全基因组测序,并与36株NDV参考株进行了分子进化分析。结果表明3个分离株F蛋白裂解位点的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117符合强毒株的序列特征,并与致病性指数测定结果相符。交叉血凝抑制试验发现3个分离株与疫苗株LaSota 的抗原同源性较低为82.5%～89.4%,两个鸡源分离株间的抗原同源性为90%,而鸭源毒株SD03与鸡源毒株SDSG01同源性为100%。交叉保护试验和攻毒实验结果显示传统的LaSota疫苗能对SDLY01流行株提供100%免疫保护,但第5天仍检测到排毒;鸭源毒株SD03对樱桃谷鸭不致病,但能检出排毒,排毒期最长为5d。全基因组测序与分析表明3个毒株基因组长度均为15192bp,属于基因Ⅶd型毒株,与同期流行的鹅源及鸭源NDV毒株之间全基因组核苷酸序列具有高度的同源性,揭示鸭源、鹅源NDV与鸡源NDV在遗传学和流行病学上密切相关。     

狐源犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列,设计一对CDVN基因特异性引物,采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因,将PCR产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析.结果表明,CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF,全长1572 bp,共编码523个氨基酸.CDV-FOX-TAN基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%,与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%～98.9%之间.CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr-Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列,是T细胞表位,可致敏靶细胞,在CDVN蛋白中高度保守.对CDV N基因进行系统发生分析,结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切.     

狐源犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)N基因核酸序列, 设计一对CDV N基因特异性引物, 采用RT-PCR扩增狐源CDV泰安分离株(CDV-FOX-TA)的N基因, 将PCR产物克隆入pMD18-T载体, 进行测序分析。结果表明, CDV-FOX-TA N基因含有1个ORF, 全长1572 bp, 共编码523个氨基酸。CDV-FOX-TA N基因与CDV疫苗株Onderstepoort、Convac的N基因的同源性分别为96.0%和95.9%, 与CDV野毒株N基因的同源性在98.4%~98.9%之间。CDV-FOX-TA N蛋白含有Tyr -Pro-Ala-Leu-Gly-Leu-His-Glu-Phe九肽序列, 是T细胞表位, 可致敏靶细胞, 在CDV N蛋白中高度保守。对CDV N基因进行系统发生分析, 结果发现CDV-FOX-TA与CDV强毒株的亲缘关系较为密切。     

2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情的病原学研究

2002～2004年浙江省发生了无菌性脑膜炎暴发疫情,为了及时查明病因,分析病原的分子特征并进行病原溯源,我们采集患者脑脊液和粪便样本271份,用RD和Hep-2细胞同时分离病毒,对分离株VP1和VP4/VP2基因测序,进行同源性与进化分析。结果从271份样本中分离到埃柯病毒30型(E30)78株;对31株分离株VP1区核苷酸(nt)序列测定,其长度均为876nt,推导编码292个氨基酸(aa)。浙江E30株与原型株Bastianni在VP1区的nt和aa同源性分别为84.7%～86.3%和92.1%～94.2%;浙江E30株之间nt和aa的同源性分别为87.1%～99.4%和96.2%～100%。在VP1基因进化树上浙江E30株分别位于G和H基因亚型分支上,与浙江E30G亚型株亲缘关系最近的国内外毒株分别为2003年江苏、山东株和1999年乌克兰株;与浙江E30H亚型株亲缘关系最近的毒株为2008年韩国株。VP4/VP2区同源性与进化分析结果与VP1相似。结果表明2002～2004年浙江省无菌性脑膜炎暴发疫情由E30G和H二类不同基因亚型流行株引起;H基因亚型株推测为新的E30变异株,首先分离于2002年浙江省。     

犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列,设计引物扩增F蛋白部分信号肽区,片段长369 bp.对2005年～2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增,获得了13个CDVF蛋白部分信号肽区基因片段.序列分析发现,CDV 野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异,与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%～83.2%之间,而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%～71.3%.部分信号肽区的氨基酸疏水性分析,推测其调控功能也发生变化,本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据.     

中国狂犬病疫苗生产株CTN-1全基因序列分析

本文首次对我国现行狂犬病疫苗生产用毒株CTN-1进行全长基因组序列测定和分析,为CTN-1疫苗在我国实际应用中的优势提供理论基础。利用RT-PCR方法分段扩增CTN-1全基因组序列,随后将PCR产物克隆到T载体、测序、拼接,用MegAlign软件比较CTN-1全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组序列的同源性;再以糖蛋白(G)基因为模板,用ClustalX和MEGA4软件进行系统进化分析。测序结果表明CTN-1全基因组序列的长度为11925nt(GenBank登录号FJ959397),序列分析表明CTN-1为基因Ⅰ型;CTN-1株全基因组序列与国内外狂犬病疫苗株和街毒株全基因组之间的同源性是81.5%～93.4%;与美国蝙蝠分离株SHBRV18的同源性最低,仅为81.5%;与新近从中国国内分离的野毒株HN10株的同源性最高,达93.4%。系统进化分析结果表明,CTN-1与国内不同地区大多数分离的狂犬病街毒株聚类于同一组内;而我国另一疫苗株aG株与国外疫苗株如Flury、PM、PV、ERA、RC-HL和个别中国街毒株分在另一组内。G基因氨基酸对比也显示CTN-1株与国内大多数街毒株的同源性高于其他疫苗株,结果说明CTN-1株较其他疫苗株病毒更适合制备用于预防中国狂犬病的灭活疫苗。     

感染CDV的犬病料N、H、F基因的克隆与序列分析

目的了解病料中犬瘟热病毒（CDV）的变异情况,为犬瘟热的预防与治疗提供理论依据。方法采用RT-PCR方法对犬病料中CDV的血凝素蛋白（H）、融合蛋白（F）和核衣壳蛋白（N）基因进行扩增,将扩增产物克隆到pGEM-T-easy载体中测序,并进行序列分析。结果测定一株CDV的H、F和N基因大小分别为1863 bp、1653 bp和2235 bp。同源性分析表明,未发现碱基的插入和缺失。该病毒的H、F和N基因分别与国内强毒株BJ080127株的H基因、GN株的F基因和HL株的N基因亲缘关系最近,氨基酸同源性分别为97.3%、97.7%和99.3%。与国外标准野毒株A75-17在核苷酸水平上同源性依次为94.4%、93.8%和97.2%,与疫苗株CDV3在核苷酸水平上同源性分别为88.5%、88.8%和93.9%。系统进化树表明该病毒与国内强毒株在同一谱系。糖基化分析显示,该病毒在F基因3～5位氨基酸处多出1个糖基化位点。结论本研究从犬病料中成功克隆了犬瘟热病毒血凝素蛋白、融合蛋白和核衣壳蛋白,在F基因中新增了一个糖基化位点,为犬瘟热的遗传变异和流行学研究提供了分子生物学依据。     

传染性法氏囊病病毒野毒株的致病性及其vp2基因比较

对4个IBDV野毒株的致病性和它们的vp2基因高变区序列同时做了比较分析.结果表明,4个IBDV毒株在致病性程度上存在较大差异.其中有一个是真正的超强毒,即GX8/99,其他几个虽然达不到真正超强毒的毒力,但也比经典的标准毒的致死性高得多.在vp2基因高变区,这4个IBDV野毒株与超强毒参考株HK46同源性很高,在DNA水平为96.8%～99.5%,在氨基酸(aa)水平为96.6%～100%.而与疫苗毒D78有很大差异,分别只有91.7%～93.6%和91.8%～93.2%.说明IBDV毒株的vp2基因高变区确实与其致病性有一定关系.特别是SD-1/97、SD-3/98、JS-30/99株之间及其与HK46在DNA和aa水平的同源性高达98.4%和98.6%以上,SD-3/99、JS-30/99株之间及其与HK46的氨基酸同源性为100%.然而,致病性特别高的GX8/99株病毒与其他3个野毒株及HK46在DNA和氨基酸水平的同源性相对较低,在DNA和aa水平的同源性只有96.8%～97.2%和96.6%～97.9%.相对于国内的流行毒株和香港超强毒参考株HK46,GX8/99株在致病性和VP2高变区都已发生了一定的变异.     

一起无菌性脑膜炎疫情中埃可病毒30型的全基因组分析

对引起一起无菌性脑膜炎的埃可病毒30型（（Echovirus 30,E30）毒株进行全基因组测序,并分析其遗传变异和分子进化特征。提取病毒RNA,荧光RT-PCR确定为肠道病毒,再扩增其VP1区,测序确定为E30,设计针对E30全基因组的引物,RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用DNAMAN 9.0、MEGA X、RDP 5和SimPlot 3.5.1软件分析全基因序列。E30无锡株基因组全长7 425 bp个核苷酸（nt）,5′端和3′端分别为743 nt和97 nt的UTR,二个UTR之间为一个6 585 nt长的开放阅读框,编码一个含2 195个氨基酸（aa）的多聚蛋白。与GenBank中基因组序列比对,最同源的是毒株USA/2017/CA-RGDS-1048 （基因登录号：MN153801）,核苷酸同源性为97.5%,氨基酸同源性为99.1%。VP1基因进化树分析显示,E30无锡株属于h型,并可归类于h型下分的基因簇GroupⅣ。种系进化分析和同源性分析提示E30无锡株可上溯到中国江苏毒株FDJS03毒株。分析还发现E30无锡株在非结构区存在重组,重组序列可能来自E3...     

广西黄瓜绿斑驳花叶病毒（CGMMV）黄瓜分离物的RT—PCR检测及CP基因序列分析

利用黄瓜绿斑驳花叶病毒（Cucumber Green Mottle Mosaic Virus,CGMMV）的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT—PCR检测,结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段（650bp）。序列分析表明,该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因（MP）及3’端非编码区（3＇-UTR）序列,其中CP基因全长486bp,与已报道的CP基因序列同源性为91．2％～99．4％。经系统发育分析,明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群,并推测该分离物与广西的葫芦（GX—BG）分离物具有相同的起源关系。     

风疹病毒松叶株衣壳蛋白C基因稳定性研究

目的研究风疹病毒(Rubella virus,RV)疫苗松叶株(Matsuba)衣壳蛋白(Capsid Protein)的基因稳定性及遗传特征,探讨其功能结构及生物学活性在病毒传代过程中的变化特点。方法利用RT-PCR方法扩增风疹病毒Matsuba株14、16、17、18、23代次C基因序列,测序后进行序列比对分析,并将各代次病毒的C基因与风疹病毒疫苗株Matsuba(GenBank登陆号:AB588193)及其他风疹病毒株C基因序列进行同源性分析。结果风疹病毒Mat-suba株传代病毒C基因在传代过程中核苷酸及氨基酸均未发生变异;各代次病毒与AB588193核苷酸及氨基酸序列完全一致,各关键功能区未发生变异;Matsuba株与18株风疹病毒核苷酸相似性在90.2%～99.9%之间。结论风疹病毒Matsuba疫苗株C基因遗传特性非常稳定,与生物学作用相关的区域未发生传代改变。从分子水平证明Matsuba疫苗株毒种及其生产的疫苗具有安全性。     

Expression and sequence of outer surface protein C among North American isolates of Borrelia burgdorferi

Abstract The expression of outer surface protein C (OspC) was determined for North American Borrelia burgdorferi isolates HB19, DN127c19-2, 25015 and both low and high culture passage B31. A monoclonal antibody detected the presence of OspC protein in only two isolates, while polyclonal antiserum identified this protein in all five isolates. The ospC gene was cloned and sequenced for isolates HB19, DN127c19-2 and 25015, and compared with the published ospC sequences of other Lyme disease spirochetes. Bothe the nucleotide and amino acid sequences were found to vary as much among isolates from the same geographic area as between isolates of different species.     

2010?2011年全球季节性H3N2流感病毒表面蛋白基因的分子遗传特性分析

[目的]分析2010年1月至2011年9月间全球季节性H3N2流感病毒血凝素(Hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)基因的演变和分子特征,为流感病毒的防制提供分子信息依据.[方法]搜集期间季节性H3N2流感病毒HA和NA基因的完整核苷酸序列,分别绘制两基因编码序列的进化树;推导出相应的氨基酸序列,统计不同毒株间氨基酸位点差异并分析重要功能位点的变化.[结果]在136条完整的片段4和131条片段6中,2条HA和l条NA序列源自猪群流感病毒,剩余的序列根据进化特征可被分为两群.相比疫苗毒株,发生在HA和NA蛋白抗原位点的平均差异数分别为5.33和2.01个,3个毒株分别在HA宿主受体结合位点和二硫键及NA耐药位点出现突变,多数毒株的糖基化位点增多.江苏毒株和广东毒株分别属于群l和群2,且两省毒株间在HA蛋白抗原位点的差异数从7到13个不等.[结论]2010年1月至2011年9月间的全球季节性H3N2病毒主要呈现两种基因进化特征.因抗原性差异对疫苗开发具有指导作用,而多数毒株的抗原性检测信息仍然未知,但从抗原位点和糖基化位点的变异情况来看,多数毒株的抗原性可能已经变化,为判断是否形成新的流行株,应开展进一步的抗原性检测;并且各地区卫生行政部门应根据耐药位点的变化,制定相应的抗病毒治疗措施.     

贵州省25株狂犬病病毒核蛋白基因序列分析

分析贵州省25株狂犬病病毒的核蛋白基因(N基因)序列,探讨贵州省狂犬病流行特征与狂犬病病毒变异情况。以RT-nested PCR检测来自贵州省2005年至2010年不同地区的病人脑组织、病人唾液以及犬脑组织标本狂犬病病毒RNA,经测序与拼接后得到25条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。25株狂犬病病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为89.3%～100%和98.%～100%;与国内其他省已发表基因1型狂犬病病毒核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88%～99.1%和88%～99.7%,与已知的基因1型狂犬病病毒比较,25株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。进化树分析显示,同一地区内与相邻地区,以及同一时间段与相邻时间段内狂犬病病毒N基因进化亲缘关系相近。25株贵州省狂犬病病毒流行毒株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,且这些变异具有地域和时间分布特性。