犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列,设计引物扩增F蛋白部分信号肽区,片段长369 bp.对2005年～2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增,获得了13个CDVF蛋白部分信号肽区基因片段.序列分析发现,CDV 野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异,与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%～83.2%之间,而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%～71.3%.部分信号肽区的氨基酸疏水性分析,推测其调控功能也发生变化,本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据.     

犬瘟热病毒临床流行野毒株F蛋白信号肽区分析

根据GenBank上发表的犬瘟热病毒(CDV)融合蛋白基因(F)序列, 设计引物扩增F蛋白部分信号肽区, 片段长369 bp。对2005年~2007年收集的犬瘟热阳性的水貂、狐、貉实质脏器、血液、尿液等样品进行扩增, 获得了13个CDV F蛋白部分信号肽区基因片段。序列分析发现, CDV野毒F蛋白该区段核苷酸与氨基酸序列与目前我国使用疫苗株CDV3及其他国内外疫苗株比较存在较大差异, 与CDV3对应区段的核苷酸同源性在80.7%~83.2%之间, 而推导的对应氨基酸序列同源性只有64.8%~71.3%。部分信号肽区的氨基酸疏水性分析, 推测其调控功能也发生变化, 本研究为CDV遗传变异和分子流行病学提供理论数据。     

生物软件在序列分析过程中的运用

介绍了组合使用BLAST、FASTA/BLASTScan3.2,或用多序列比对软件,从数据库中快速提取大数量目标序列,最后用MEGA4快捷编辑整理大数量序列的方法。还介绍了一种生成核酸序列与其氨基酸序列相似性百分率整合表格的方法。简述了对引物设计的基本认识并介绍了多重引物兼容性筛选软件;对构建系统发育树的认识并引出分子进化树构建软件MEGA4的使用和PAUP 4.0常用建树命令模块。期望这些方法和软件的使用能解决生物序列分析过程的常见问题。     

北极狐g-干扰素cDNA的克隆、表达及活性测定

为研究狐g-干扰素的生物学活性, 应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从北极狐外周血淋巴细胞中扩增出g-干扰素(VuIFN-g)cDNA。序列分析表明VuIFN-g cDNA全长501 bp, 编码23个氨基酸的信号肽和144个氨基酸的成熟肽蛋白, 与已发表的银黑狐和犬IFN-g 核苷酸序列同源性为99.8%和99.4%; 氨基酸同源性均为100%。应用原核表达系统高效表达北极狐g-干扰素成熟肽蛋白, SDS-PAGE和Western blotting分析表达的融合蛋白分子量约为19 kD, 以不溶性的包涵体形式存在。重组蛋白经纯化和复性, 在Vero和MDCK细胞上可明显抑制VSV病毒的复制, 并测出北极狐重组g-干扰素的活性单位分别为1.0×106 u/mg和1.56×105 u/mg, 为进一步开发基因工程狐干扰素奠定基础。     

大数量序列的PCR保守引物设计实践

引物设计前的序列的全面检索,未注释序列的归类,经多序列比对求带有模糊碱基代码标识(IUPAC ambiguity codes)的共有序列,对设计高质量的引物至关重要,是引物设计过程的难点。目前,综合性核酸序列分析软件,单功能应用软件,在解决上述问题时均显不足。应用互联网提供的在线生物应用程序实践了一种多程序组合使用设计大数量序列的保守引物的方法,探讨了实现大数量序列的保守引物设计的一般流程。     

犬瘟热病毒N基因在昆虫杆状病毒表达系统中的表达及应用

目的:为检测犬瘟热抗体提供诊断抗原,应用Bac-to-Bac杆状病毒表达系统表达犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)N蛋白。方法:采用RT-PCR克隆CDV-N基因,构建重组杆粒BacmidCDV-N,并将其转染Sf9昆虫细胞。通过Western blot和间接免疫荧光检测N蛋白的表达。以表达的CDV N蛋白为包被抗原,建立了检测犬瘟热抗体的间接ELISA方法。结果:成功表达了CDV N蛋白。间接ELISA(iELISA)方法中,犬血清最佳稀释度1∶80,N蛋白稀释度1∶40(6.3μg/100μl)。应用该方法共检测了36份犬血清,与中和试验检测方法相比较,其特异性为81.8%,灵敏度为96.0%,符合率为91.7%。结论:表达的CDV-N蛋白具有良好反应原性,建立了快速检测CDV阳性血清的iELISA方法。     

北极狐γ-干扰素cDNA的克隆、表达及活性测定

为研究狐γ-干扰素的生物学活性,应用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从北极狐外周血淋巴细胞中扩增出γ-干扰素(VuIFN-γ)cDNA.序列分析表明VuIFN-γcDNA全长501 bp,编码23个氨基酸的信号肽和144个氨基酸的成熟肽蛋白,与已发表的银黑狐和犬IFN-γ核苷酸序列同源性为99.8%和99.4%;氨基酸同源性均为100%.应用原核表达系统高效表达北极狐γ-干扰素成熟肽蛋白,SDS-PAGE和Western blotting分析表达的融合蛋白分子量约为19 kD,以不溶性的包涵体形式存在.重组蛋白经纯化和复性,在Vero和MDCK细胞上可明显抑制VSV病毒的复制,并测出北极狐重组γ-干扰素的活性单位分别为1.0×106 u/mg和1.56×105 u/mg,为进一步开发基因工程狐干扰素奠定基础.     

稳定表达貉犬瘟热病毒细胞受体SLAM的Vero细胞系的建立及应用

[目的]信号淋巴激活分子(SLAM又称CD150)为犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)的细胞受体.本研究目的在于建立稳定表达犬瘟热易感动物貉SLAM基因的Vero细胞系,用于犬瘟热诊断及CDV强毒株的快速分离.[方法]从重组质粒pMD-18-T-rSLAM扩增rSLAM基因编码区,通过分子克隆技术构建真核表达质粒pIRES2-EGFP-rSLAMhis.将该质粒转染Vero细胞后,经EGFP荧光观察、G418抗性压力和单细胞克隆化及RT-PCR筛选表达rSLAM阳性细胞系.应用获得细胞系对临床犬瘟热病例进行病毒分离,对分离得到CDV进行RT-PCR鉴定及动物回归试验.[结果]经过RT-PCR和免疫组化试验证实,本实验筛选获得一株能稳定表达rSLAM的Vero细胞系——Vero-rSLAM.该细胞系接种CDV阳性样品36-48h即可产生典型CDV致细胞融合病变,而其亲本Vero细胞接种至6d均无可见细胞病变出现.应用Vero-rSLAM细胞系从狐狸、貉犬瘟热阳性病料中分离获得了3株犬瘟热病毒.其中犬瘟热病毒LN(10) f1株对易感狐狸、貉均可产生致死性感染.[结论]成功建立了稳定表达rSLAM的Vero细胞系,用它分离的CDV对本动物保持较强的毒力.     

貉源阿留申病毒全基因组测序及末端序列分子特征分析

貉源阿留申病毒(Raccoon dog and arctic fox amdoparvovirus,RFAV)是自然感染貉和蓝狐的新种阿留申病毒(Amdoparvovirus),为测序RFAV全基因组序列,预测分析RFAV末端发夹结构序列分子特征。本研究采用分段克隆成功获得3株长4832nt、4827nt、4830nt的RFAV全基因组序列,分别命名为RFAV-Y9J、RFAV-RD15、RFAV-HS-R,利用在线软件预测RFAV末端序列二级结构,并与水貂阿留申病毒(AMDV)末端序列进行同源性比对。结果显示阿留申病毒种间、种内3’末端基因组序列保守性强,均存在116nt的Y型发夹结构;RFAV-Y9J与RFAV-RD15毒株5′末端分别存在310nt、305nt的U型发夹结构,RFAV和AMDV种内5′末端基因组序列保守性强,而种间5′末端基因组序列有较大变异。本研究首次完整测序了RFAV的3′和5′末端序列,为其他种阿留申病毒的末端序列扩增提供一种有效方法,为构建RFAV的全基因组序列感染性克隆奠定了基础。