烟草花叶病毒辽宁分离物Northern杂交检测体系的建立

为了建立烟草花叶病毒辽宁分离物(TMV-LN)的高特异性、高灵敏度的分子杂交检测体系,从粗提纯的TMV-LN粒子中提取RNA,设计特异性引物通过RT-PCR扩增TMV-LN的CP和3'端非翻译区域,将片段连至p UC119载体获得重组质粒p UCTMV-PP,体外转录获得地高辛(DIG)标记的TMV-LN正义链RNA杂交检测探针,同时构建DNA检测探针作为对照。采用点印迹(Dot-blot)杂交和Northern杂交对比RNA探针和DNA探针对TMV-LN的检测特异性和灵敏性。检测结果表明,RNA探针和DNA探针在点印记杂交和Northern杂交中均表现出良好的检测特异性,RNA探针在检测灵敏度方面要略好于DNA探针,且点印迹杂交体系在病毒定性方面较为快捷,Northern杂交体系在病毒基因组RNA的定量方面具有明显优势。     

直接杂交法检测基因组的单拷贝基因

本文叙述一种用于基因组限制性图谱研究的Southern印迹术的改良方法。正常和地中海贫血DNA经限制性内切核酸酶完全消化及凝胶电泳分离后,进行干印,变性与中和处理,再和相应的珠蛋白基因探针杂交。修改过的凝胶杂交法具有简便、经济和省时等优点,可对单拷贝基因进行灵敏、可靠的检测,因此能用于遗传病的产前诊断和DNA多态性的分析。作者还就此法与现存的探针制备系统合用的可行性作了扼要讨论。     

分子生物学技术讲座（三）——真核细胞mRNA的提取,纯化,分析及cDNA文库的构建

哺乳动物平均每个细胞含有10-5μgRNA,理论上认为每克细胞可分离出5～10mgRNA。其中rRNA为80％～85％,tRNA占10％～16％,而mRNA仅占1％～5％,并且rnRNA分子种类繁多,分子量大小不均一,但绝大多数mRNA分子均在3’端存在ZO～250个多聚腺着酸P0ly（A）,所以利用其此特性,用寡聚（dT）亲和层析柱,很容易从总的RNA中纯化mR－NA分子。mRNA的分析通常采用甲醛变性胶电泳法和其它变性胶电泳法进行,或进一步用Northern印迹法和放射性探针杂交反应进行分析。N0rthern印迹法是指将RNA变性电泳后,转移至固相支持物上的过程。…     

标志的单链RNA——一种核酸杂交新探针

核酸杂交是进行基因分析的重要技术之一。目前,该技术常规使用的都是DNA探针。近几年来的研究结果表明,RNA也可用作探针成功地用于基因探查。与同类DNA探针比较,它具有更高的敏感性。 单链RNA探针的主要优点是:(1)转录产生的单链RNA探针具有非常高的特异活性。最适条件下其特异活性可大于6×10~(?)cpm/μg。它的应用大大提高了原位杂交的敏感性。Cox等人在应用海胆胚胎的实验中发现不对称的SP6 RNA探针要比对称的RNA探针或DNA探针分别敏感8倍和100倍。在Northern     

总RNA和mRNA来源的探针与cDNA芯片杂交的差异研究

提取BEP2D细胞的总RNA并按两种方式进行cDNA芯片探针的标记,一种是将100μg BEP2D细胞的总RNA利用逆转录法直接标记成荧光探针,另一种是先从100μg BEP2D细胞的总RNA中分离出mRNA,然后再标记成荧光探针。将两份标记好的探针同时与含有230个基因的cDNA芯片杂交。杂交后的芯片经Axon4100B扫描仪扫描,发现两种方式标记探针的一致性为93．04％,并且mRNA来源探针杂交后的荧光信号值较总RNA的弱。探讨了这两种方法标记探针在基因芯片表达谱研究中的差异性,目的是为利用这两种方法标记探针进行基因表达谱研究提供一些依据。     

肠毒原性大肠杆菌(ETEC)不耐热肠毒素(LT)基因探针的研制

经氯化铯-溴化乙锭密度梯度离心分离纯化重组质粒pMMO 30 DNA 琼脂糖凝肢电泳回收的1．TDNA—HindII片段,用DNA缺口转译技术制备a-32p标记的LT基因探针,与标准ETFC(LT+)杂交为阳性,与非ETEC杂交则无同源性。从腹泻儿童和腹泻病猪粪便中分离的、经兔肠段结扎试验和免疫沉淀测定LT呈阳性的EFEC,与基因探针杂交呈现阳性：而且一个单菌落在硝酸纤维素滤膜上裂解的DNA印迹,与探针杂交可以进行放射自显影。如果采用不同的杂交条件,还可以鉴删测定ETEC的LT基因和霍乱弧菌的CT基因,一次可以进行几百个菌落的测定。结果表明,该探针可以用于实验室诊断和流行病学调查。     

基因芯片技术及其在植物上的应用

基因芯片技术（gene chip technology)是采用光导原位合成或缩微印刷等方法,将大量特定的DNA探针片段有序地固定于固相载体的表面,形成DNA微阵列,然后与待测的标记样品靶DNA或RNA分子杂交,对杂交信号进行扫描及计算机检测分析,从而获取所需的生物信息。该技术在植物研究中广泛应用于寻找特异性相关基因和新基因,基因表达分析,基因突变和多态性检测,DNA测序等。     

从大鼠肝染色质富集具有转录活性的DNA

采用DNase消化法从大鼠肝染色质分离得到富有转录活性的DNA(sDNA)。sDNA琼脂糖凝胶电泳,在0.5—6Kb范围内背景有一片荧光,小于1Kb范围内,出现明显区带。sDNA为探针与大鼠正常肝核RNA杂交百分数(29.5%),为以总核DNA为探针杂交百分数(8.2%)的3.6倍,并高于sDNA与大鼠肝癌核RNA杂交百分数(16.4%).     

荧光原位杂交及其应用

荧光原位杂交(FISH)法是直接从组织或细胞中检测特定DNA或RNA的最有效方法。整个操作过程为:1)制备探针;2)细胞或组织显微镜标本的制作;3)原位分子杂交;4)荧光免疫检测;5)显微镜下观察。其中以1),2)步最为关键。FISH法的最大特点是灵敏度高,并可以进行定量分析。FISH法可应用于染色体上的基因定位,基因表达的检测,病毒感染的检查,特定核酸序列在细胞内的空间分布分析以及核酸复制过程中的定量分析等许多领域的实验中。     

DNA探针体外标记及其应用

本文介绍了DNA探针在体外标记的几种方法,主要包括同位素标记法和非同位素标记法两大类。并介绍了标记的DNA探针在细胞原位杂交、Southern转印杂交、分子克隆筛选、核酸的分离和鉴定以及遗传性疾病的分析和诊断等方面的应用。     

用改进的DDRT-PCR技术进行人胚差异基因筛选

介绍一种从不同类型细胞或不同生长状态细胞中分离差异表达基因的快速高效mRNA差异显示技术,其特点是利用Ready-To-Go RT-PCR反应珠和Ready-To-Go RAPD分析珠进行mRNA差异显示分析,使取样步骤降至最低程度,减少了潜在的取样误差和外源DNA污染,并确保每次反应的高度重复性.通过银染测序胶分析差异显示的cDNA带,便于DNA回收和进一步克隆.用此方法分析人胚发育早期不同阶段基因的差异表达,选用6条随机引物对3、4和5周龄人胚进行mRNA差异显示分析,从2 000多条带中共分离出14个差异产物,经二次扩增及反向RNA印迹确证其中6个片段为发育不同阶段差异表达基因.     

菌落杂交

菌落杂交技术通过RNA-DNA或DNA-DNA杂交能在短时间内筛选出含某些特异DNA序列的细菌克隆。细菌菌落在铺于琼脂平皿中的硝酸纤维素滤膜上培养。影印上述菌落作参比菌落,并于2-4℃保存。裂解滤膜菌落细胞,不必除去细胞残屑,释出DNA作原位变性。放射RNA或DNA探针与滤膜上菌落DNA杂交。     

应用代表性差异分析法筛选人癌候选抑癌基因

运用cDNA代表性差异分析法(cDNA representational difference analysis,cDNA RDA),以正常人鼻咽上皮细胞及鼻咽癌HNE1细胞作为比较的样品来源,分离了四个在鼻咽癌中缺失的cDNA片段.以此四个片段作探针,分别进行DNA杂交、RNA杂交,结果显示,这些差异性的cDNA序列确实来自正常人鼻咽上皮且只在其中表达和/或在鼻咽癌HNE1中表达降低,并在鼻咽癌病人中存在不同程度的缺失.序列分析结果表明这些差异性表达的基因为具有相当抑癌基因功能的已知基因和可能与鼻咽癌相关的抑癌基因的新基因.从而说明cDNA RDA是一种高效、敏感、假阳性低的克隆抑癌基因的有效方法.     

滋养层细胞侵袭相关基因表达谱分析

分离收集正常妊娠第8～12周的细胞滋养层细胞和绒毛外滋养层细胞,提取细胞总RNA,制备cRNA探针并与AffymetrixU133plus2.0基因芯片进行杂交,获得正常细胞滋养层细胞和绒毛外滋养层细胞基因表达谱芯片。经计算机分析共筛选到1318个差异表达基因,其中上调基因813个,下调505个。所有差异表达基因按GeneOntoloty功能分类标准进行了功能检索。为胚胎发育早期绒毛外滋养层细胞侵袭的基因调控机制的研究提供了实验基础。     

同源异型盒基因Emx在人胎盘绒毛膜中的扩增

以鹌鹑Emx cDNA片段作为探针,对人胎盘绒毛膜细胞和成人血细胞的基因组DNA进行DNA印迹分析. 结果表明,在人胎盘绒毛膜细胞中Emx基因剂量较成人血细胞高6倍,显示Emx基因在人胎盘绒毛膜细胞基因组中发生了扩增.     

PSP94-TNFαD11a融合基因在NIH3T3细胞中的表达及其产物活性分析

 为了分析 PSP94- TNFαD1 1 a融合基因的表达和表达产物的生物学活性 ,将含该融合基因的质粒 pc DNA- PSP94- TNFα D1 1 a转染 NIH3T3细胞 ,72 h后收集细胞培养上清 ,并提取细胞总RNA,经 RT- PCR,得到与目的基因长度相符合的 c DNA片段 ;以 PSP94c DNA为探针 ,对 RT-PCR产物进行 Southern印迹分析 .结果表明 :转染 PSP94- TNFαD1 1 a融合基因的 NIH3T3细胞 ,其 RT- PCR产物杂交信号为阳性 .细胞培养上清用 TNF抗体行 Western印迹和 ELISA分析 ,检测结果为阳性 .生物学活性分析表明 ,细胞培养上清不仅具有 PSP94抑制人前列腺癌细胞 PC- 3生长的活性 ,而且显示出 TNFα对 L92 9细胞的细胞毒作用 .以上结果表明 ,pc DNA- PSP94- TNFαD1 1 a质粒能够正确表达目的基因 PSP94- TNFα D1 1 a,且表达的 PSP94- TNFαD1 1 a融合蛋白具有预期的双重生物学活性 .     

无性繁殖病毒序列的非放射性检测

无性繁殖的Epstein-Barr病毒、疱疹病毒(Ⅰ和Ⅱ型)和B犁肝炎病毒序列,被用作研制Southern印迹上非放射性检测系统的模型。这些克隆用结合了生物素或麦芽三糖的2′-脱氧UTP-烯丙基胺进行缺口翻译。然后在无关的细胞DNA存在或不存在的情况下,让这些探针同上述病毒DNA的限制酶消化物的Southern印迹进行杂交。     

基因导流杂交法于低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒

运用基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上检测乙肝病毒DNA（HBV DNA）。设计特异性引物,对HBV基因组DNA中的编码HBV多聚酶蛋白的一段序列进行PCR扩增;根据被扩增片段,设计保守的特异性探针,并将该探针固定在杂交膜上,制备低密度基因芯片：使用导流杂交法将上述扩增产物和低密度基因芯片进行杂交,根据显色反应判断被检测样本有无HBV DNA。基因导流杂交法在低密度基因芯片平台上可以方便、快速、准确地检测乙肝病毒。     

地高辛标记DNA探针杂交法检测Vero细胞DNA残留量的适用性验证及应用

目的对地高辛标记DNA探针杂交法检测人用狂犬病疫苗(Vero细胞)DNA残留量进行适用性验证及应用。方法对地高辛标记DNA探针杂交法检测人用狂犬病疫苗(Vero细胞)DNA残留量进行特异性、灵敏度及稳定性验证,并应用该方法检测3批人用狂犬病疫苗(Vero细胞)的DNA残留量。结果地高辛标记探针的标记效率为0.1 pg。验证结果显示探针与非同源DNA无杂交;最低检测限度为1 pg;探针在-20℃放置7个月后,检测灵敏度仍可达到1 pg;3批人用狂犬病疫苗(Vero细胞)中残留DNA含量均符合《中国药典》规定质量控制标准。结论地高辛标记DNA探针杂交法特异性、灵敏度好,结果稳定,适用于人用狂犬病疫苗(Vero细胞)中Vero细胞DNA残留量的检测及疫苗生产过程和其成品的质量控制,对其他以Vero细胞为基质的病毒性疫苗质量控制具有借鉴意义。     

cDNA微阵列技术分析NAG7基因对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响.抽提HNE1细胞和pcDNA3.1(+)/NAG7/HNE1细胞总RNA,分离polyA mRNA,将mRNA逆转录为cDNA,并在逆转录过程中用³³P-dATP进行标记,与含有16 150个基因和表达序列标签(EST)的cDNA表达阵列膜杂交,获得基因表达图谱.Array Gauge软件分析NAG7基因的重表达所导致的鼻咽癌细胞HNE1基因表达谱改变,并用RNA印迹对微阵列杂交结果进行验证.结果分析表明,2倍以上的差异表达基因或EST 179个,其中表达上调的91个,表达下调的88个;已明确基因表达产物的上调基因29个,下调基因37个.在差异表达基因中,涉及基因转录调控、信号转导、细胞生长、细胞代谢和细胞凋亡等基因.RNA印迹证实生长阻滞特异蛋白1（gas 1）基因表达上调.特别值得关注的是, 先前的蛋白质组研究结果亦发现NAG7基因可导致生长阻滞特异蛋白1表达上调,说明gas 1基因在NAG7重表达的HNE1细胞中具有重要作用,这为深入研究NAG7基因的作用环节和机理提供了重要的线索.