鼻咽癌上皮细胞株HNE1差异表达基因的分离与鉴定

为了分离鼻咽癌差异表达基因 ,应用抑制性扣除杂交技术 ,在正向抑制性扣除杂交中 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为检测子 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为驱赶子 ;在反向抑制性扣除杂交中 ,以人胚鼻咽上皮细胞cDNA作为检测子 ,以鼻咽癌上皮细胞株HNE1cDNA作为驱赶子 ,分别通过抑制性扣除杂交 ,构建了鼻咽癌上皮细胞株HNE1表达下调和表达上调的两个扣除cDNA文库 .从鼻咽癌相关的扣除cDNA文库中随机挑取 1 2 0 0个克隆 ,采用菌落PCR扩增其插入cDNA片段 ,自动点膜制备成cDNA微阵列膜 ,分别用鼻咽癌上皮细胞株HNE1、人胚鼻咽上皮mRNA经逆转录标记cDNA探针 ,分别与cDNA微阵列膜杂交 ,通过杂交信号的自动扫描分析 ,对杂交信号存在 5倍差异的克隆进行测序 ,获得了 1 0个鼻咽癌差异表达基因的cDNA片段 ,其中 3个为新基因序列 ,其GenBank登录号为 :AF5 1 0 1 88、AF5 1 0 1 89和AF5 1 0 1 90 ,7个代表已知基因序列 .采用RT PCR证实S1 0 0A8,CK1 9和RBP1基因在人胚鼻咽上皮中高表达而在鼻咽癌细胞株HNE1中低表达 .这些结果显示上述基因可能是鼻咽癌发生的重要因素     

鼻咽癌差异表达基因PROL4特性分析

在正常成人鼻咽与鼻咽癌活检组织之间进行抑制性消减杂交和微阵列(microarray)杂交,获得了鼻咽癌差异表达基因PROL4的全长cDNA序列,其GenBank登录号为：AF530472.该基因包含567个核苷酸,其编码产物是由134个氨基酸组成的富含脯氨酸蛋白.采用RT-PCR证实了PROL4基因在鼻咽癌细胞株HNE1和鼻咽癌活检组织中表达下调或缺失（42/48）.12种组织RNA印迹显示：PROL4基因在人骨骼肌、胸腺和肺组织中表达,其转录本大小约为0.6 kb,与所克隆的PROL4基因的cDNA大小一致.进而通过肿瘤表达谱阵列（cancer profiling array）杂交检测了其在乳腺癌、子宫癌、结肠癌、胃癌、卵巢癌、肺癌、肾癌、直肠癌、甲状腺癌、子宫颈癌、前列腺癌、胰腺癌、小肠癌组织及其配对的正常组织的表达状况.     

LPLUNC1基因对鼻咽癌细胞HNE1生长增殖的抑制作用研究

LPLUNC1在正常的鼻咽组织及人胚鼻咽组织中高表达,而在71%的鼻咽癌中表达下调或缺失,是与鼻咽癌的发生发展密切相关的新基因.通过研究LPLUNC1基因对鼻咽癌细胞系HNE1的影响,进一步确定其与鼻咽癌发生发展的关系.将LPLUNC1基因全长cDNA克隆入pcDNA3.1( )真核表达载体中,通过脂质体介导稳定转染入LPLUNC1低表达鼻咽癌细胞系HNE1中,通过RT-PCR及RNA印迹筛选LPLUNC1高表达的细胞株,并利用细胞生长曲线、MTT、BrdU掺入、流式细胞仪检测、软琼脂集落形成实验及裸鼠成瘤等实验,研究了LPLUNC1对鼻咽癌细胞系HNE1细胞生长、增殖的影响.结果发现,稳定转染LPLUNC1的HNE1细胞的生长速度明显减慢,在MTT与BrdU掺入实验发现LPLUNC1可明显地抑制鼻咽癌细胞的增殖,并且通过流式细胞仪检测也发现,LPLUNC1基因可明显延缓HNE1细胞的细胞周期进程,使G0/G1期细胞增多而S期细胞相对减少.进一步通过软琼脂集落形成及裸鼠成瘤实验发现,LPLUNC1稳定转染后的HNE1细胞集落形成率与集落的大小均小于空白载体细胞,同时能明显地抑制HNE1细胞的体外成瘤.结果表明,LPLUNC1基因能明显抑制鼻咽癌细胞HNE1的生长增殖,是鼻咽癌发生发展中的重要候选抑瘤基因之一.     

与泛肽途径可能相关的新基因UBAP1的克隆和表达分析

在先前确定了鼻咽癌9p21-22区域的一个最小共同缺失区内的基础上,为了筛选和克隆鼻咽癌相关的修选抑瘤基因,应用EST介导的定位候选克隆策略,用RT－PCR及Northern杂交检测了22个表达序列标签(expressed sequence tag,EST）在鼻咽癌细胞株HNE－1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达水平,发现其中一个EST w56112在鼻咽癌细胞株HNE－1中的表达显著下调,RNA印迹显示其代表一转录本为2.7kb的基因。进一步运用cDNA测序和RACE方法克隆了该EST代表的基因全长cDNA,Genbank登录呈AF222043,同时结合生物信息学方法克了该基因在小鼠中的同源基因,Genbank登录AF275549。该基因cDNA全长2.7kb,编码由502个氨基酸组成的、分子质量为55kD的蛋白质。数据库分析显示该基因编码的蛋白质羧基段含有两个重要的泛肽相关结构域（UBA domain）,属于泛肽相关蛋白家族的一个新成员,因此征得国际人类基因组命名委员会同意,将其命名为UBAP1基因。运用Northern杂交和 RT-PCR方法检测发现UBAP1基因在所检测的人和小鼠的组织中广泛表达。采用RT－PCR和直接测序的方法,未能发现UBAP1基因编码区在鼻咽癌细胞株HNE－1和10例鼻咽癌活检标本中存在突变。UBAP1基因作为一个泛肽相关蛋白家族的新成员,有可能参与泛肽信号途径;结合其在9p的定位信息及在鼻咽癌中的表达下调。有等对UBAP1基因进行为精细的突变分析,以进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制。     

人鼻咽与鼻咽癌及肺癌基因表达谱差异的研究

研究鼻咽癌、肺癌与正常鼻咽组织基因表达谱差异及筛选鼻咽癌相关基因,采用α- ³²P逆转录标记组织总RNA,将cDNA探针与有5 184个基因或表达序列标签EST(expression sequence tag)的高密度cDNA微阵列GF200杂交,软件分析表达谱差异.结果发现三者均呈低表达为主的表达谱,密度值在200以上的基因及EST在鼻咽癌有110个,肺癌134个而鼻咽组织有158个;5个EST在鼻咽高表达但鼻咽癌低表达,3个EST在鼻咽癌高表达但正常鼻咽低表达.结果表明鼻咽癌与正常鼻咽及肺癌组织存在差异表达基因,可能还有新基因在鼻咽癌发生中起作用;采用高密度cDNA微阵列是一种筛选差异表达基因的快速有效方法.     

Cx26基因重表达抑制人鼻咽癌细胞系HNE1的恶性增殖

间隙连接蛋白 (Cx)基因在胚胎发育、细胞生长、分化以及细胞内环境的稳定过程中起重要调节作用 .肿瘤发生与Cx基因的表达及功能异常密切相关 ,肿瘤细胞常存在Cx基因表达下调或缺失 .将人Cx2 6基因编码区cDNA序列 ,亚克隆于真核表达载体pcDNA3 1(+) ,采用脂质体转染 ,将重组表达载体pcDNA3 1(+) Cx2 6转入鼻咽癌细胞系HNE1,使Cx2 6基因在HNE1中重表达 ,探讨Cx2 6基因对鼻咽癌细胞系HNE1的生物学功能的影响 .研究结果表明 :Cx2 6基因的重表达 ,抑制HNE1细胞生长 ,细胞周期阻滞于G0 G1期 ,HNE1细胞的克隆形成能力下降 ,裸鼠致瘤能力减弱 .     

定位于染色体9p21-22的一个新基因UBAP1的克隆测序及在鼻咽癌中的表达分析

 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .     

cDNA微阵列技术分析NAG7基因对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

运用cDNA微阵列技术分析NAG7基因重表达对HNE1细胞基因表达谱的影响.抽提HNE1细胞和pcDNA3.1(+)/NAG7/HNE1细胞总RNA,分离polyA mRNA,将mRNA逆转录为cDNA,并在逆转录过程中用³³P-dATP进行标记,与含有16 150个基因和表达序列标签(EST)的cDNA表达阵列膜杂交,获得基因表达图谱.Array Gauge软件分析NAG7基因的重表达所导致的鼻咽癌细胞HNE1基因表达谱改变,并用RNA印迹对微阵列杂交结果进行验证.结果分析表明,2倍以上的差异表达基因或EST 179个,其中表达上调的91个,表达下调的88个;已明确基因表达产物的上调基因29个,下调基因37个.在差异表达基因中,涉及基因转录调控、信号转导、细胞生长、细胞代谢和细胞凋亡等基因.RNA印迹证实生长阻滞特异蛋白1（gas 1）基因表达上调.特别值得关注的是, 先前的蛋白质组研究结果亦发现NAG7基因可导致生长阻滞特异蛋白1表达上调,说明gas 1基因在NAG7重表达的HNE1细胞中具有重要作用,这为深入研究NAG7基因的作用环节和机理提供了重要的线索.     

一个新鼻咽癌抑瘤候选基因的克隆及其功能初步分析

从cDNA 代表差异分析法（cDNA representational difference analysis, cDNA RDA）分离的新cDNA片段入手,进一步采用RT-PCR验证,其中发现AF152605片段在74%鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)活检组织中表达下调和缺失,DNA印迹显示其代表一转录本为2.1 kb的基因,结合生物信息学,运用文库筛选克隆该基因,命名为NAG4基因,GenBank登录号AF179285,定位于6q22.1～22.33,至少含有两个外显子,并在第一外显子的上游有TATA盒样序列,编码一个508个氨基酸组成的、分子质量为57.4 ku的蛋白质;功能预测NAG4基因产物与小鼠溴区蛋白BP75有84%同源,是含有多个磷酸化位点和溴区结构域的核内转录因子;突变分析表明NAG4基因在HeLa细胞株中发生整码突变.以上结果说明NAG4基因是鼻咽癌抑瘤基因的良好候选者,其表达的下调参与了鼻咽癌的发生.     

应用cDNA微阵列技术研究EB病毒LMP1介导的鼻咽癌中转移相关基因的表达

探讨EB病毒基因组编码的癌蛋白LMP1对鼻咽癌细胞中转移相关基因表达的影响.采用蛋白质印迹法检测在强力霉素(Dox)诱导下,鼻咽癌细胞系pTet-on-LMP1 HNE2(L7细胞)中LMP1表达的时效和量效关系.应用cDNA微阵列技术建立诱导性LMP1介导鼻咽癌细胞中转移相关基因差异表达谱;运用RT-PCR验证cDNA微阵列筛选差异基因表达的可靠性.与LMP1不表达的L7细胞比较,LMP1高表达的L7细胞中7个基因的表达显著上调,12个基因的表达显著下调.随机选择其中4个基因进行RT-PCR,结果显示,这些基因表达阳性,且与微阵列中的变化趋势一致.LMP1可能通过激活和/或抑制一些转移相关基因的表达而参与鼻咽癌转移过程.     

新克隆的基因 NOR1 对鼻咽癌细胞株 HNE1 细胞生长的影响

NOR1是与鼻咽癌密切相关的抑瘤/易感基因候选者之一,将NOR1基因的全长cDNA片段亚克隆至pcDNA3.1( )的表达载体中,通过脂质体介导转染入鼻咽癌细胞系HNE1,RT-PCR、RNA印迹方法筛选高效表达NOR1的细胞株,并借助细胞生长曲线、软琼脂生长集落形成大小试验、流式细胞仪对转染细胞的生物学行为进行检测.结果发现转染了NOR1基因的HNE1细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中的集落形成较对照组明显减小.流式细胞仪分析表明,NOR1可以延缓细胞由G0/G1期进入S期.结果表明NOR1基因可能在抑制鼻咽癌的发生发展中起重要作用,为进一步研究NOR1的功能研究打下基础.     

UBAP1 基因真核表达载体的构建 及对人鼻咽癌细胞生长的影响

为研究鼻咽癌相关新基因 UBAP1 的功能,探讨其对鼻咽癌细胞生长特性的影响,构建了 UBAP1 真核表达载体并转染到鼻咽癌细胞株 HNE1 中,借助细胞生长曲线、软琼脂集落形成试验、裸鼠接种和流式细胞计数方法对转染细胞的生物学行为进行了检测 . 结果显示, UBAP1 基因转染细胞生长速度明显减慢,在软琼脂中集落形成率较对照组显著下降,裸鼠接种试验显示, UBAP1 基因转染细胞 HNE1 生长速度受到抑制,流式细胞计数分析发现, UBAP1 基因表达升高能延缓细胞由 G0-G1 期进入 S 期 . 因此, UBAP1 基因的表达有助于 HNE1 恶性表型的逆转,初步证明 UBAP1 是一个鼻咽癌相关的抑瘤基因 .     

NAG7基因转染对鼻咽癌细胞生长的影响

为了探讨鼻咽癌表达下调基因NAG7对鼻咽癌细胞系HNE1生长的影响, 构建了NAG7基因的真核表达载体pcDNA3.1(+)/NAG7, 并采用脂质体转染技术将真核重组体pcDNA3.1(+)/NAG7质粒和真核空载体pcDNA3.1(+)质粒分别导入HNE1细胞, 经G418筛选后获得稳定转染细胞克隆, RT-PCR和RNA印迹检测NAG7基因的表达, 并通过细胞生长曲线、裸鼠接种和流式细胞等方法对转染细胞的生物学行为进行检测.结果显示：转染NAG7基因后,基因表达增加,细胞生长倍增时间较空载体转染和HNE1明显延长,流式细胞技术检测表明,NAG7可延缓细胞由G0～G1期进入S期;裸鼠接种实验显示转染NAG7基因后的HNE1细胞致瘤性受到抑制.上述结果表明：NAG7基因转染后鼻咽癌细胞生长受到抑制,提示NAG7基因是一鼻咽癌相关的抑瘤基因候选者.     

Detection of differentially expressed genes in primary tumor tissues using representational differences analysis coupled to microarray hybridization.

The identification of differential gene expressionbetween cells is a frequent goal in modern biological research. Here we demonstrate the coupling of representational difference analysis (RDA) of cDNA with microarray analysis of the output for high throughput screening. Two primary Ewing's sarcoma tissue samples with different biological behavior in vivo were compared by RDA: one which was metastatic and progressed rapidly; the other localized and successfully treated. A modified RDA protocol that minimizes the necessary starting material was employed. After a reduced number of subtractive rounds, the output of RDA was shotgun cloned into a plasmid vector. Inserts from individual colonies from the subtracted library were amplified with vector-specific primers and arrayed at high density on glass slides. The arrays were then hybridized with differentially fluorescently labeled starting amplicons from the two tissues and fluorescent signals were measured at each DNA spot. We show that the relative amounts of fluorescent signal correlate well with the abundance of fragments in the RDA amplicon and in the starting mRNA. In our system, we analyzed 192 products and 173 (90%) were appropriately detected as being >2-fold differentially expressed. Fifty unique, differentially expressed clones were identified. Therefore, the use of RDA essentially provides an enriched library of differentially expressed genes, while analysis of this library with microarrays allows rapid and reproducible screening of thousands of DNA molecules simultaneously. The coupling of these two techniques in this system resulted in a large pool of differentially expressed genes.     

利用GenMAPP筛查鼻咽癌差异表达基因

利用GenMAPP软件对鼻咽癌和正常鼻咽上皮基因微阵列表达谱结果进行分析,筛查鼻咽癌差异表达基因. 结果显示：在17 000个基因中,与正常鼻咽上皮相比,在鼻咽癌中发生2倍以上差异表达的基因共有339个,其中有160个基因在鼻咽癌中表达上调,179个表达下调. 这些基因分别与细胞增殖、基因转录、凋亡、信号转导、DNA损伤修复、肿瘤分化和浸润转移及细胞周期调节等相关. 鼻咽癌的发生发展存在多基因表达调控的改变,对其差异表达基因的研究有助于阐明鼻咽癌发生发展机制.     

一个定位在7q32染色体区域的鼻咽癌负相关EST

为了分离和克隆定位于７ｑ３２染色体区域的与鼻咽癌发病有关的抑瘤基因,检测了鼻咽癌活检组织及配对外周血标本中７ｑ３２微卫星ＤＮＡ多态性位点的基因型,发现在７ｑ３２区域存在３０％左右的杂合性丢失,从Ｉｎｔｅｒｎｅｔ中查询到定位于７ｑ３２区域的所有不同ＥＳＴ,对其中２０个ＥＳＴ进行分析,ＲＴ－ＰＣＲ和Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交发现,ＡＡ０７０４３７,ＥＳＴ在鼻咽癌细胞株ＨＮＥ１中表达微弱,而在正常鼻咽上皮原代