16S rDNA用作荧光定量PCR靶基因快速检测铜绿假单胞菌

对20余种细菌16SrDNAs进行多序列比对与进化树分析,设计铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa,PA)荧光定量PCR(fluorescencequantitativePCR,FQ-PCR)特异性引物。提取PA基因组DNA,以特异性引物扩增16SrDNA靶片段,并构建重组质粒pMDT-Pfr。将梯度稀释的pMDT-Pfr质粒作为模板,用于建立定量标准曲线。以SYBRGreenI荧光染料建立20μL反应体系,对不同浓度的PADNA样品进行FQ-PCR检测。同时,以金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、福氏志贺菌、变形杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌和结核杆菌的基因组DNA作阴性对照,验证FQ-PCR方法检测PA的特异性。结果显示,设计的FQ-PCR引物的靶向序列,仅对PA16SrDNA有高度同源性;FQ-PCR方法检测PA,其灵敏度达3.6pg/μL的基因组DNA或(2.1×103±3.1×102)拷贝/μL的16SrDNA基因,并且具有很强的特异性;从细菌DNA提取到FQ-PCR检测,可在2h左右完成PA鉴定。较传统的培养鉴定法而言,以16SrDNA作为FQ-PCR靶基因快速检测PA,具有很好的研究价值与应用前景。     

基于微滴式数字PCR技术的甲型流感病毒绝对定量方法的建立及应用北大核心CSCD

数字PCR(Digital PCR,dPCR)是核酸绝对定量的新方法,然而,基于dPCR的甲型流感病毒(Influenza A virus,FluA)绝对定量方法还未系统建立。本研究首先对微滴式dPCR的退火温度进行了梯度优化,确定了dPCR反应的最佳退火温度为64.4℃;利用FluA核酸标准品,确定了微滴式dPCR对FluA的检测范围为37.7~8.22"104拷贝/#L,检测的检出限为3.77拷贝/反应。微滴式dPCR的检测结果与标准品拷贝数的相关系数为R2=0.9988,提示该方法检测结果具有较高的可信度。用建立好的微滴式dPCR方法可对待测临床样本中的FluA进行了拷贝数定量。因此本研究建立了基于微滴式dPCR的FluA绝对定量方法,可有效地对临床样本中甲型流感病毒载量进行绝对定量,为临床研究中病毒载量的测定提供了一种技术。     

基于微滴式数字PCR技术的甲型流感病毒绝对定量方法的建立及应用

数字PCR(Digital PCR,dPCR)是核酸绝对定量的新方法,然而,基于dPCR的甲型流感病毒(Influenza A virus,FluA)绝对定量方法还未系统建立。本研究首先对微滴式dPCR的退火温度进行了梯度优化,确定了dPCR反应的最佳退火温度为64.4℃;利用FluA核酸标准品,确定了微滴式dPCR对FluA的检测范围为37.7~8.22"104拷贝/#L,检测的检出限为3.77拷贝/反应。微滴式dPCR的检测结果与标准品拷贝数的相关系数为R2=0.9988,提示该方法检测结果具有较高的可信度。用建立好的微滴式dPCR方法可对待测临床样本中的FluA进行了拷贝数定量。因此本研究建立了基于微滴式dPCR的FluA绝对定量方法,可有效地对临床样本中甲型流感病毒载量进行绝对定量,为临床研究中病毒载量的测定提供了一种技术。     

检测巨细胞病毒(CMV)DNA及其即刻早期抗原、pp65和pp67在肾移植受者术后巨细胞病毒感染早期诊断中的价值

目的探讨检测巨细胞病毒(CMV)DNA及其即刻早期抗原(IE)、巨细胞病毒pp65和pp67抗体对肾移植受者术后巨细胞病毒感染早期诊断的临床应用价值。方法按肾移植术受者术后3个月外周血是否出现CMV抗原,将71例患者分为CMV感染组(56例)和CMV未感染组(15例),肾移植术受者手术前和术后第1个月每周检查1次,第2、3个月每2周检查1次外周血巨细胞病毒pp65和巨细胞病毒pp67、即刻早期抗原(immediate early antigen,IE),巨细胞病毒DNA和IgM、IgG,共8次;以监测与分析评价肾移植术受者手术前后各项指标变化。结果肾移植术前71例肾移植受者PP65、PP67、IE、CMV DNA均为阴性;肾移植术后CMV感染组的pp65、pp67、IE、CMV DNA阳性率分别为67.8%(38/56)、66.1%(37/56)、64.2%(36/56)和48.2%(27/56),CMV未感染组4项指标值分别为0%、0%、13.3%(2/15)、和0%,两组差异均有统计学意义(P均0.01)。肾移植术后CMV感染组(56例)和CMV未感染组(15例)CMV IgG均为阳性,而IgM阳性率在CMV感染组仅为3.5%(2/56),在CMV未感染组为0%,IgM表达率在CMV感染组和未感染组无统计学差异(P0.05)。观察期内感染组与未感染组相比,术后CMV pp65,pp67,CMV DNA和IE指标出现阳性的例数及阳性出现的具体时间均有显著性差别(P均0.01),而IgM和IgG则均无显著性差别(P均0.05)。结论肾移植术后患者外周血CMV DNA,IE,pp65和pp67抗原检测阳性与其术后巨细胞病毒感染相关。检测CMV DNA、IE、pp65和pp67抗原可能更早更准确反映器官移植术后CMV活动性感染。而CMV IgG和IgM不能作为肾移植后患者CMV感染的诊断指标。     

枣疯病植原体实时荧光定量PCR检测方法的研究

目的:建立枣疯病植原体拷贝数检测实时荧光定量PCR方法,为枣疯病植原体定量检测提供技术支持。方法:构建质粒标准品,设计实时荧光PCR探针引物,优化体系,建立标准曲线,并进行重复性验证。结果:制备了枣疯病植原体标准质粒,建立了稳定的质粒标准品检测体系(R2=0.998,检测限10拷贝,定量限100拷贝)。结论:实时荧光定量PCR检测方法重复性好,可用于枣疯病植原体的拷贝数检测,为枣疯病植原体检验检测和病害防治提供了技术支持。     

检测低拷贝数HBV DNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度。方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1×101-1.0×103拷贝数/亳升的低拷贝数标本。然后,三家不同公司的试剂(方法 B、方法 C、方法 D)对这些样本进行复核。另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本。随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人。结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102(21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7)。同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果。巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1~3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上。结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性。巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法。该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息。     

检测低拷贝数HBVDNA含量的临床研究

目的:了解不同试剂在应用实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)以及巢式PCR方法在检测低拷贝数的HBV DNA量的差异与灵敏度.方法:用上海复星医学科技发展有限公司(A方法)检测出了68例HBV DNA结果为5.1× 101-1.0× 103拷贝数/毫升的低拷贝数标本.然后,三家不同公司的试剂(方法B、方法C、方法D)对这些样本进行复核.另外,巢式聚合酶链反应PCR法检测此68例标本.随访巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA的病人.结果:用四种方法(A、B、C、D)检测的68个样本的HBV DNA拷贝数结果如下:无拷贝(0,9,12,4);101-102 (21,17,18,22);102-103(47,36,28,35),大于103(0,6,10,7).同时,用巢式聚合酶链反应检测此68例标本,有55例检测为阳性,有13为阴性结果.巢式PCR结果为阳性的10例低拷贝数HBV DNA含量的病人,随访发现此10病人有8例均在1～3月后出现HBV DNA的反跳,并伴肝功能的不正常,其HBV DNA的含量均在104拷贝数/毫升以上.结论:目前所用的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)的方法和试剂对低拷贝数HBV DNA存在不稳定性和不确定性.巢式PCR法对低拷贝数HBV DNA的检测灵敏度要远高于实时荧光定量PCR法.该研究提示测对抗病毒治疗过程中患者进行低拷贝数HBV DNA的检将提供有效的药物评价和预后信息.     

核酸免疫制备鼠抗棉铃虫FK506结合蛋白的多克隆抗体

利用电注射基因导入法制备小鼠抗棉铃虫FK506结合蛋白(FKBP12)的多克隆抗体,并通过Western blot验证抗体与抗原的特异性结合。构建重组质粒pc DNA3-FKBP12并测序验证序列的正确性,利用基因导入法将重组质粒pc DNA3-FKBP12注射到小鼠体内,免疫4次后用ELISA检测法确定抗体的效价,并对抗体的特异性结合进行Western blot以及免疫组化检测。结果表明,小鼠抗FK506结合蛋白血清的效价达到1∶25 600,Western blot结果显示此抗血清能与融合蛋白His-FKBP12结合,免疫组化结果表明在棉铃虫3龄幼虫不同组织中FKBP12均有表达。说明电注射基因导入法制备的小鼠抗FK506结合蛋白的抗体在滴度和特异性结合方面都达到预期要求。     

犬细小病毒可视化LAMP检测方法的建立

目的:建立犬细小病毒(CPV)可视化环介导等温扩增(LAMP)检测方法。方法:比对77个不同犬细小病毒全基因组数据,从中找出一段433 bp的高度保守序列作为检测对象,通过基因合成得到含该序列的质粒,制备1×10~3、1×10~2、1×10~1拷贝/μL的质粒作为标准品,并设计一套能扩增这段序列的LAMP引物。结果:首先采用实时荧光定量LAMP扩增,确定了设计的引物能够扩增质粒标准品,最低检测浓度为1×10~1拷贝/μL;然后用pH敏感指示剂中性红进行可视化LAMP扩增检测,肉眼观察到扩增反应液变为紫红色即判断为阳性,最低检测浓度同样为1×10~1拷贝/μL;随后采用实时荧光定量LAMP和可视化LAMP测试50份犬细小病毒疑似临床DNA样品,检测出阳性样品35个,与国标诊断结果完全吻合;将阳性样品扩增后测序,经比对,确定为犬细小病毒序列;对金黄色葡萄球菌、宋内志贺菌、坂崎肠杆菌、单增李斯特菌、大肠杆菌DNA进行扩增,结果均为阴性,证明了该方法的特异性。结论:建立了高度特异和灵敏的犬细小病毒可视化LAMP检测方法。     

鸡传染性法氏囊病毒实时qRT-PCR检测方法的建立及初步应用

根据高效培养鸡传染性法氏囊病毒（IBDV）时对病毒滴度检测的需要,本文针对BDV的VP4基因的保守序列设计并合成了一对引物,以所构建的重组质粒作为阳性标准品,建立了检测IBDV核酸载量的SYBR Green I荧光定量实时RT-PCR(qRT-PCR)方法,结果表明,其Ct值与标准品模板在4.03×1E1～1E9 拷贝/μL范围内呈良好的线性关系,对IBDV核酸的最低检出量为40拷贝/μL,灵敏度是常规RT-PCR检测方法的1000倍;该方法不与其它禽源病毒发生交叉反应,批内变异系数小于0.05%。应用本方法对DF-1细胞中IBDV的增殖滴度进行了测定,并与经典的TCID50测定方法进行了比较。结果显示两种方法测定的IBDV在微载体悬浮培养和方瓶静态培养条件下DF-1细胞上的增殖曲线都具有一定的平行关系,且qRT-PCR方法比TCID50方法更加快速和敏感,更适合于对IBDV增殖滴度的实时快速测定。     

13039例乙型肝炎患者血清HBV DNA水平流行病学分析

目的了解本地区近四年乙型肝炎患者HBV DNA阳性率与病毒载量分布特点。方法采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测2012年至2015年间13 039例HBsAg阳性患者HBV DNA载量,并进一步分析24例HBeAg阳性、31例HBeAg阴性初诊乙肝患者4年间接受正规治疗后HBV DNA变化趋势。结果本地区近4年间血清HBV DNA阳性率依次为48.6%、46.18%、38.69%、37.66%,呈逐年下降趋势,差异具有统计学意义(P0.01);各年度病毒载量均值的对数值分别为(5.48±1.56),(5.27±1.72),(5.29±1.68),(5.35±1.85)拷贝/mL。2013年、2014年、2015年分别与2012年相比,差异均有统计学意义(P0.01、P0.01、P0.05),而低病毒载量(即病毒拷贝数的对数值小于5拷贝/mL)患者比例2012年明显大于其他年份,2012年分别与2013年、2014年、2015年相比,差异具有统计学意义(P0.01,P0.01,P0.05);HBeAg阳性/阴性乙肝患者接受正规治疗后,其HBV DNA载量均呈逐年下降趋势,其中第一年下降显著(P0.01)。结论近4年本地区血清HBV DNA阳性率呈逐年下降趋势,且低病毒载量比例明显增加。     

应用基因技术改进芽孢杆菌α淀粉酶生产

可以将所希望的DNA序列插入到多拷贝质粒中,然后在克隆的寄主中扩增质粒来建构含增加特定基因拷贝数的微生物菌株。     

利用Inverse PCR快速筛选单个T-DNA拷贝转基因水稻植株的方法

为了获得单个T-DNA插入拷贝的植株, 我们建立了一套利用Inverse PCR(IPCR)快速检测转基因水稻中T-DNA拷贝数的方法。用IPCR的方法可以扩增出与已知T-DNA序列相邻的水稻基因组DNA未知序列,由此推测转基因水稻植株中T-DNA的拷贝数。我们共对15个转化株系20棵不同植株的DNA进行了IPCR检测。其中12株表现为T-DNA单拷贝插入,3株为双拷贝插入,1株为三拷贝插入。另外4株未检测到T-DNA插入拷贝。IPCR分析结果经过Southern杂交和测序的验证。     

REAL-TIME PCR方法测定转基因小麦中外源基因拷贝数

采用SYBR GreenⅠ real-time PCR方法检测7株转基因小麦中外源半夏凝集素基因的拷贝数。以小麦蜡质基因（wx012）作为内参基因,以未转基因小麦基因组DNA为内参基因标准品进行5倍梯度稀释得到内参基因CT值与起始模板量的相关性标准曲线：y=-0.2667x+6.98;以含半夏凝集素基因（pta）的质粒DNA为目的基的因标准品同样进行5倍梯度稀释,建立目的基因CT值与起始模板量的相关性标准曲线：y=-0.2118x+4.53。通过SYBR GreenⅠ real-time PCR分别获得每一样本中目的基因和内参基因的CT值,将CT值分别代入标准曲线计算该样本中内参基因和目的基因起始模板量,目的基因与内参基因起始模板量比值即是目的基因在该转基因植株中的拷贝数。计算结果为：单拷贝的有1株,2个拷贝1株,3拷贝和4拷贝的各有2株,其中有1株为假阳性植株。     

实时定量RT-PCR检测鱼类传染性造血器官坏死病毒方法的建立与应用

建立了Taqman 实时定量RT-PCR方法检测传染性造血器官坏死病毒(IHNV).选取IHNV病毒的N蛋白基因保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针.以梯度稀释的含有IHNV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量RT-PCR反应以确定检测灵敏度.病毒浓度在5×106 -5个拷贝,共7个数量级的范围内,定量RT-PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为5个拷贝.根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线.该方法具有特异性,对鲤春血症病毒(SVCV)、病毒性出血性败血症(VHSV)、传染性胰脏坏死病毒(IPNV)、草鱼呼肠孤病毒(GCRV)、流行性造血器官坏死病毒(EHNV)、EPC细胞系、牙鲆的核酸都没有扩增反应.在50批待检样品中,有3批鱼类感染IHNV,利用标准曲线进行了定量分析.实时定量RT-PCR检测IHNV方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在鱼病的快速检测上具有重要意义.     

版纳微型猪近交系TNF-α基因mRNA实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的快速、灵敏、可靠的检测与临床多种疾病密切相关的重要基因TNF-α的表达情况,构建TNF-α基因及内参GAPDH基因荧光定量PCR质粒标准品。方法利用版纳微型猪近交系4～6月龄猪建立动物模型,提取皮肤创面总RNA,设计特异引物,进行RT-PCR扩增。纯化目的片段与pMD18-T载体连接,转化宿主菌DH5α,提取重组质粒DNA,并经酶切、PCR和测序鉴定,计算重组质粒原液拷贝数浓度并制备梯度浓度标准品,进行实时荧光定量PCR,生成标准曲线。结果建立的TNF-α基因和GAPDH内参基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法灵敏度分别可达103和105拷贝,线性范围分别为103～109和105～109拷贝,阈值循环数(Ct)与PCR体系中起始模板量的对数值之间存在的线性关系R2分别为0.993和0.999,扩增效率E分别为111.073%和95.948%。结论成功的构建了版纳微型猪近交系TNF-α基因质粒标准品和标准曲线,并用内参基因GAPDH进行校正,此方法可为探讨TNF-α基因在临床多种疾病中所发挥的分子机理奠定基础。     

埃博拉病毒莱斯顿亚型实时荧光定量PCR检测方法的建立

本研究的目的为建立一种灵敏、快速、定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸的实时荧光定量PCR检测方法及试剂盒。首先选择埃博拉病毒莱斯顿亚型的保守基因NP基因作为检测靶目标,筛选出保守序列并设计合成一对特异性引物。然后将连有NP全长基因的重组质粒作为定量标准品,将10倍系列稀释的重组质粒进行荧光定量PCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、灵敏度及特异性检测。结果显示建立的埃博拉病毒莱斯顿亚型荧光定量PCR检测方法,其灵敏度可达102拷贝/μL,不同梯度标准品间线性关系(R2)达0.997,斜率为-0.3101,扩增效率为110.145%,所有标准品均在79.94℃出现尖且窄的特异性熔解峰。利用该检测系统可以快速定量检测埃博拉病毒莱斯顿亚型核酸,灵敏度高、重复性好,可用于基础及临床实验室对埃博拉病毒莱斯顿亚型感染的快速诊断和临床效果的监测,具有实际的应用价值。     

猴免疫缺陷病毒（SIV）实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的猴免疫缺陷病毒（SIV）TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对SIV病毒核酸进行定量检测。方法RT—PCR扩增SIVmac251保守gag基因序列796bp片段,进行TA克隆,构建标准品质粒pMD—SIVgag。通过对SIV定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果所建立的SIVQPCR检测方法,质粒DNA模板在10’～10。拷贝之间表现较好线性和相关性,标准曲线所得斜率为-3．26,相关系数为0．999。检测灵敏度达到200拷贝,方法重复性测试,检测25份临床样品CV％均小于1％。结论建立的SIVQPCR检测方法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒（SIV）核酸拷贝量。     

TaqMan荧光定量RT-PCR检测水稻RAc1基因mRNA方法的建立

构建包含RAc1基因cDNA片段的质粒,作为水稻肌动蛋白基因RAc1之mRNA定量检测的标准品,建立检测方法,为水稻其他基因的定量建立内参.从水稻叶总RNA中逆转录扩增总cDNA,PCR扩增RAc1基因中设计的目的片段,将纯化的目的片段与pMD19-T Simple载体进行连接,转化宿主菌JM-109,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析.纯化质粒并检测260nm吸光值,确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品,进行实时荧光定量PCR实验.建立了RAc1基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,特异性好,检测灵敏度达102拷贝,线性范围为102～107拷贝,阈值循环数(Ct)与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系(r=1.000),扩增效率高(E=98.2%).建立了基因RAc1实时定量PCR的质粒标准品.     

自然人群乙型肝炎病毒慢性感染者HBV DNA的流行病学分析

目的了解寿光市自然人群乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)慢性感染者HBV DNA的流行病学特征,为乙型肝炎的防治提供依据。方法采集2012年寿光市3个镇街道居民体检发现的HBs Ag阳性者静脉血5 m L,以实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)法检测血清HBV DNA载量,分析HBV DNA与性别、年龄、有无乙肝/肝癌家族史、密切接触史、输血史等因素的相关性。结果在2 026例HBs Ag阳性感染者中,HBV DNA阳性率为49.41%(1 001/2 026),HBV DNA载量的平均值为6.27×107拷贝/m L。其中男性HBV DNA阳性率为53.28%(585/1 098),女性为44.83%(416/928),差异有统计学意义(χ2=14.370,P<0.01);HBV DNA均值男性为(6.72×107±2.07×108)拷贝/m L,女性为(5.56×107±1.44×108)拷贝/m L,差异无统计学意义(t=0.447,P>0.05)。HBVDNA阳性率与年龄呈负相关(r=-0.983),与HBV感染的主要影响因素乙肝/肝癌家族史、密切接触史、输血史等均无关。结论 HBV DNA阳性率与慢性HBV感染者的性别、年龄有关,与HBV感染的主要影响因素无关。