16S rDNA用作荧光定量PCR靶基因快速检测铜绿假单胞菌

对20余种细菌16SrDNAs进行多序列比对与进化树分析,设计铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa,PA)荧光定量PCR(fluorescencequantitativePCR,FQ-PCR)特异性引物。提取PA基因组DNA,以特异性引物扩增16SrDNA靶片段,并构建重组质粒pMDT-Pfr。将梯度稀释的pMDT-Pfr质粒作为模板,用于建立定量标准曲线。以SYBRGreenI荧光染料建立20μL反应体系,对不同浓度的PADNA样品进行FQ-PCR检测。同时,以金黄色葡萄球菌、伤寒杆菌、福氏志贺菌、变形杆菌、表皮葡萄球菌、大肠杆菌和结核杆菌的基因组DNA作阴性对照,验证FQ-PCR方法检测PA的特异性。结果显示,设计的FQ-PCR引物的靶向序列,仅对PA16SrDNA有高度同源性;FQ-PCR方法检测PA,其灵敏度达3.6pg/μL的基因组DNA或(2.1×103±3.1×102)拷贝/μL的16SrDNA基因,并且具有很强的特异性;从细菌DNA提取到FQ-PCR检测,可在2h左右完成PA鉴定。较传统的培养鉴定法而言,以16SrDNA作为FQ-PCR靶基因快速检测PA,具有很好的研究价值与应用前景。     

水貂肠炎病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立

根据Gen Bank登录的水貂肠炎病毒(MEV)VP2蛋白基因的保守序列设计了1对特异性引物,经PCR扩增出146bp的目的片段,并克隆到pMD 18-T载体上,提取重组质粒经PCR及测序鉴定正确后,以10倍梯度稀释质粒作为阳性标准品,绘制荧光定量标准曲线,以此建立一种基于SYBR Green荧光染料的定量PCR特异性检测水貂肠炎病毒的方法。结果表明:该方法对MEV有很好的特异性,检测灵敏度为34拷贝/μL,且重复性试验变异系数均小于2%。临床检测中,在80份样品中检测到30份阳性样品,高于普通PCR和电镜观察方法的检出率。该方法的建立实现了对MEV临床早期快速诊断和定量分析,为毛皮动物MEV的防控提供了可靠的检测方法。     

小反刍兽疫病毒(PPRV)与蓝舌病病毒(BTV)双重荧光RT-PCR快速检测方法的建立

为了研制小反刍兽疫病毒(PPRV)与蓝舌病病毒(BTV)双重荧光RT-PCR快速检测试剂盒,根据GenBank公布的小反刍兽疫病毒、蓝舌病病毒的基因序列,设计两套特异性的引物和探针,建立基于Taqman探针的双重荧光RT-PCR快速检测小反刍兽疫病毒与蓝舌病病毒的方法。实验结果表明,该方法特异性好、灵敏度高,检测最低浓度为10拷贝/μL数量级阳性标准品。通过对临床样品的检测,证实本研究建立的检测方法具有较好的临床应用价值。     

蜜蜂克什米尔病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立和评价

蜜蜂克什米尔病毒(Kashmir bee virus,KBV)是一种高毒力的急性蜜蜂病毒,可以引起蜜蜂的死亡和蜂群崩溃.本研究旨在建立一种灵敏、快速检测KBV的TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法.参照GenBank中polymerase polyprotein有关基因序列,设计一组特异性引物和探针,并通过体外转录法制备RNA标准品作为阳性模板.在对反应体系进行优化的基础上,建立了 KBV的实时荧光RT-PCR检测方法并进行了特异性试验、敏感性试验、重复性试验和临床样本验证.结果显示:该方法能有效扩增8×100拷贝/μL～8×107拷贝/μL 的KBV标准品,建立的标准曲线呈现良好的线性关系.该方法的检测灵敏度为8拷贝/μL,对其他蜜蜂病毒不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示组内和组间的变异系数分别低于1％和2％,重复性良好.应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan实时荧光RT-PCR检测方法的特异性优于常规RT-PCR.本研究建立的实时荧光RT-PCR检测具有良好的敏感性、特异性和重复性,为KBV的检测和流行病学调查提供技术支持.     

环介导等温可视扩增检测牛分枝杆菌方法的建立

目的:建立一种快速简便检测牛分枝杆菌的方法。方法:根据已发表的牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成6对特异扩增牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,通过条件优化,建立针对牛分枝杆菌的环介导等温扩增(LAMP)检测法,测定其特异性和敏感性,并对采集的牛临床样品的DNA分别进行检测。结果:采用该法只检出牛分枝杆菌,检测的最低拷贝数为1×102拷贝/μL。结论:建立的LAMP方法简便、快速、特异性高,可用于临床上牛分枝杆菌的快速检测。     

食源性致病大肠杆菌O157:H7毒力基因rfbE的LAMP检测方法的建立

根据GenBank中的大肠杆菌0157:H7毒力基因rfbE保守序列,应用LAMP引物的设计软件Primer Explorer V4设计针对靶基因rfbE的引物、设计反应程序与体系,成功建立检测致病大肠杆菌的LAMP检测方法。结果表明,该LAMP方法具有良好的敏感性、特异性及荧光可视化判定效果。该方法对目的菌株纯菌DNA可被检出的最低限可达到1.69×10~(-4) ng/μL;对9种相关细菌进行LAMP方法检测,大肠杆菌0157:H7为阳性结果,其余菌株均显示阴性,阳性检出率为100%;优化浊度仪监控条件,反应器加入荧光染料,63℃反应1 h后即可观察结果,较PCR方法用时短。结果表明,该LAMP方法具有操作简便、高效快捷等优势,在食品食源性致病大肠杆菌快速检测监测方面具有较高的实用价值。     

荧光定量PCR与LAMP检测IHHNV的特异性和灵敏性比较

传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)是世界各地养殖对虾的重要病毒性病原之一,给对虾养殖业造成严重经济损失.研究建立了检测IHHNV的荧光定量PCR和环介导等温核酸扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)两种技术,并对它们的特异性和灵敏性进行了比较.结果显示,所建立的荧光定量PCR检测IHHNV的方法最低检测限度为6个DNA拷贝/反应,在待扩增DNA浓度为6.038×104-6.038×109cps/mL,范围时,模板浓度与循环阈值Ct之间的相关性良好,决定系数r2为0.99521;对5份白斑综合症病毒基因组DNA和10份健康对虾基因组DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阴性;这说明荧光定量PCR检测IHHNV方法具有灵敏度高、特异性高和精确性高等优点.同样,所建立的LAMP检测IHHNV的方法在60min反应时间内也可榆测到最低为6个拷贝的DNA模板,反应产物加入荧光染料SYBR Green Ⅰ后反应液呈现明显的亮绿色,且特异的检测IHHNV DNA模板;这说明所建立的LAMP检测IHHNV的方法具有荧光定量PCR方法相当的灵敏度、特异性和精确性.考虑到LAMP检测方法操作更为简单、方便,而且不需要昂贵的仪器,LAMP检测IHHNV的方法更适合于对虾养殖现场检测的推广使用.     

LAMP快速检测对虾IHHNV的方法与应用

建立了一种检测对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis vi-rus,I HHNV)快速、灵敏的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法。针对I HHNV非结构蛋白基因NS1序列的6个保守区域,利用Pri mer Explorer v4.0软件设计4条引物,建立了I HHNV环介导等温扩增快速检测方法,对反应温度和反应时间等参数进行了优化,并将建立的LAMP检测方法与常规PCR检测进行了比较分析。结果表明,LAMP最适反应在65℃恒温条件60min内完成,凝胶电泳呈现特征性梯型条带;反应体系中添加SYBR Green I荧光染料后,绿色的阳性结果很明显区别于橙色阴性结果。LAMP方法的最低检出限为100拷贝/μL,灵敏度较常规PCR高1000倍。用建立的LAMP方法对临床发病南美白对虾样品进行了检测,结果表明建立的LAMP方法适合于对虾I HHNV的现场快速检测。     

山羊IL-2基因SYBR GREEN Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

为建立山羊IL-2基因SYBR GREENⅠ实时荧光定量RT-PCR检测方法,根据Gen Bank中山羊IL-2基因(登录号:KT934548),设计1对特异性引物,用于扩增目的基因,并将目的基因克隆于p MD-19-T载体,转化至大肠杆菌DH5α,经质粒PCR及序列测定鉴定后获得阳性重组质粒,作为标准品模板建立SYBR GREENⅠRTFQ-PCR标准曲线和溶解曲线,进行特异性、重复性和敏感性试验。并应用所建立的方法,检测Con A刺激健康山羊PBMC后0 h、2 h、4 h、6 h、8 h、10 h、12 h、24 h和48 h不同时间点IL-2基因转录的动态变化。结果表明,当质粒标准品稀释度在7.2×10~9~7.2×10~5 copies/μL扩增曲线的Ct值与浓度间具有良好的线性关系,相关系数为-0.996;熔解曲线为特异性单峰,组内变异系数为0.306%~1.458%,组间变异系数为0.514%~1.191%,最低检测限为7.2×10~2 copies/μL。山羊IL-2基因的mRNA转录量在0~2 h呈现上升趋势,在2 h达到峰值,2~6 h呈现下降趋势。6~12 h未能检测到IL-2基因的mRNA转录;12~48 h检测到IL-2基因的mRNA转录量呈逐渐上升趋势。研究结果将为山羊IL-2基因的定量分析提供技术平台。     

基于不同PCR方法的Ⅱ型鲤疱疹病毒检测技术研究

异育银鲫"鳃出血病"是一种因感染了鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cy HV-2)而引起的疾病,近年来给江苏异育银鲫养殖业造成了巨大的经济损失。为了能够建立及时、有效检出Ⅱ型鲤疱疹病毒的技术,本研究在克隆了Cy HV-2解旋酶基因和三联体蛋白基因的基础上,建立了检测CyHV-2的普通PCR、双重PCR、巢式PCR、环介导等温扩增、实时荧光定量PCR等方法,并对这5种PCR技术检测Cy HV-2的灵敏性进行了系统研究。结果表明,针对CyHV-2病毒的解旋酶基因和三联体蛋白基因,普通PCR能够检测出的极限值是2.4×10~4 copies/μL,双重PCR是1.4×10~4 copies/μL,巢式PCR是2.4×10~(-2)copies/μL,荧光定量PCR是2.4×10~(-2)copies/μL,环介导等温扩增是3.5×10~2 copies/μL。通过采用以上方法对从不同地区采集的54尾异育银鲫提取的DNA为模板进行临床检验,测定不同检测方法的阳性检出率。结果表明,实时荧光定量PCR和巢式PCR的检出率很高,分别为89%和90.7%;普通PCR的检出率最低,为68.5%。综合检测灵敏度和阳性检出率,环介导等温扩增(LAMP)是一种适用于生产实践的能有效检测CyHV-2的良好技术。     

腐皮镰刀菌SYBR Green实时荧光定量PCR快速检测方法的建立

目的建立一种能够快速、灵敏、特异的鉴定腐皮镰刀菌的SYBR Green实时荧光定量PCR。方法运用SYBR Green实时荧光定量PCR反应体系检测腐皮镰刀菌,并对此方法的特异性、灵敏度和稳定性进行评价。结果通过对45例样品的检测,结果显示SYBR Green实时荧光定量PCR特异性好,其检出率高于普通PCR;灵敏度高,对重组质粒标准品的检测灵敏度为1.0×10~2copies/μL;稳定性好,对质粒为1.0×10~7copies/μL、1.0×10~5copies/μL、1.0×10~3copies/μL的标准品重复检测10次,结果显示扩增反应Ct值的变异系数为0.96%~1.68%。结论SYBR Green实时荧光定量PCR检测腐皮镰刀菌,不仅特异性好,灵敏度高,稳定性好,而且简便、快速、易操作。     

随机扩增多态性技术联合荧光定量高敏检测三种疱疹病毒方法的建立

目的:建立一种随机扩增多态性技术(RAPD)联合荧光定量聚合酶链式反应(q PCR)高敏定量检测单纯疱疹病毒(HSV)、人类巨细胞病毒(HCMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)的新方法。方法:根据文献筛选出数十条随机引物,分别对三种疱疹病毒进行随机扩增,产物经2%琼脂糖凝胶电泳,选取稳定清晰条带进行分离、纯化及克隆测序,应用blast-nr比对genebank现有病毒序列,选取高于99%匹配度的基因序列作为目的片段,并在其内部用primer3.0设计特异性内引物。经过引物筛选及条件优化后建立RAPD联合q PCR检测新方法,分别检测三种疱疹病毒。结果:经过筛选,确定了HSV、HCMV、VZV扩增灵敏性及特异性最好一组引物,建立的RAPD-q PCR可分别检测出1:10~6 HSV、1:10~5 HCMV和1:10~5 VZVDNA,而单一q PCR仅能检测1:10~3 HSV、1:10~2HCMV和1:103 VZVDNA。RAPD-q PCR相比于单一q PCR灵敏性提高100-1000倍,RAPD-q PCR扩增大于1:10~5病毒DNA得到的CT值均小于22.96±0.81,与10~2 copies/μL的标准线相距远,易于区分阴性和阳性。此外,用乙型肝炎病毒及疱疹病毒互为对照未见非特异扩增,特异性好。结论:随机扩增多态性技术联合荧光定量是一种检测三种病毒高度灵敏及特异的检测方法。     

一种用于检测恶性疟原虫的双环引物环介导等温扩增方法

目的:设计一种快速环介导等温扩增(LAMP)检测方法,用于恶性疟原虫的检测。方法:根据恶性疟原虫18S r RNA基因设计一组引物,包括外引物、内引物、环引物及第二对环引物,用于恶性疟原虫的LAMP检测。结果:双环引物LAMP检测法灵敏度可达10拷贝DNA模板/μL,可特异地检测出恶性疟原虫DNA,3次重复试验Ct值的CV小于5%,比普通加环引物LAMP检测法时间缩短10 min左右,提高了反应的检测效率。结论:建立的双环引物LAMP方法是一种高效、快速的检测方法。     

同时检测人多瘤病毒和巨细胞病毒PCR技术的建立及在肾移植受者中的初步应用

建立同时检测人多瘤病毒(BKV)和巨细胞病毒(CMV)载量的实时定量荧光PCR技术(FQ-PCR),并探讨其在肾移植术后感染监测中的应用。选择BKV和CMV核酸保守性序列作为靶基因,PCR扩增靶片段与质粒pcD-NA3.1(+)连接。通过测序技术对进行克隆筛选。提取质粒并采用10倍梯度稀释(5×103～107拷贝/mL)作为BKV和CMV核酸序列的标准品,并评价其灵敏度;采用对比正常人DNA、BKV阳性质控和CMV阳性质控评价其特异性;通过对标准品DNA分别进行批内和批间各20次重复实验,以其循环阈值(Ct)的变异系数(CV)评价其精密度。对480例肾移植受者外周血样本,进行FQ-PCR检测BKV和CMV DNA拷贝数,检测FK506血药浓度,并对两者进行相关性分析。重组质粒经测序检测显示含有靶BKV和CMV核酸序列。所建立的FQ-PCR方法,其最低检测下限均为5.0×103拷贝/mL的DNA标准品。正常人DNA的BKV和CMV拷贝数检测为阴性,而阳性对照能够发现荧光值显著变化,证实为针对靶DNA的特异性扩增;重复性检测显示批内差异分别为3.44%(BKV)和2.23%(CMV),批间差异分别为4.98%(BKV)和3.76%(CMV)。肾移植患者CMV感染的阳性率为27.08%(130/480),明显高于BKV的阳性率(13.33%,64/480,P<0.05),并且感染程度与免疫抑制剂FK506用量呈正相关。建立的同时检测BKV和CMV两种病毒载量的FQ-PCR方法具有快速、重复性好、灵敏的优点,可为临床监测肾移植术后病毒感染提供技术平台。     

人传染性软疣病毒快速PCR检测方法的建立

为了能够对传染性软疣病毒(MCV)感染做出准确快速的实验室诊断,从14例临床MCV患者皮疹处提取获得病毒DNA,设计引物并进行PCR扩增获得预期的167bp的片段,经测序并与已报道的序列比对,完全一致。而使用痘病毒科其他病毒的特异引物(正痘病毒和副痘病毒属)则没有特异扩增条带。将病毒DNA进行系列稀释后行PCR扩增,结果表明PCR检测方法的敏感性为5×10-4ng/μL。     

犬细小病毒的PCR诊断试剂盒的研制

目的　建立检测犬细小病毒的PCR诊断试剂盒。方法　通过在犬细小病毒 (CPV)的基因组中设计的特异性寡核苷酸引物 ,利用PCR技术研制犬细小病毒的PCR诊断试剂盒。结果　在特定的反应条件下 ,使用该试剂盒能特异地扩增含有犬细小病毒的样品 ,且能检出痕量 (10ng)的犬细小病毒DNA ,被测粪样只需进行简单煮沸就能进行PCR反应 ,该试剂盒能在常温下保存 1周以上、4℃保存 1年以上。同血凝试验 (HA〕及单克隆抗体ELISA方法比较 ,对 6 6份样品进行检测 ,显示该PCR试剂盒具有特异、灵敏等优点。结论　成功研制了犬细小病毒的PCR诊断试剂盒 ,利用该试剂盒能从DNA水平上对犬细小病毒进行监控     

鸭源H6N6亚型AIV荧光定量PCR方法的建立及应用

[目的]为检测鸭感染H6N6亚型AIV后排毒及在组织器官病毒分布情况。[方法]通过建立H6N6亚型AIV荧光定量PCR检测方法,以H6N6亚型AIV M基因保守序列设计特异性引物,将分离到的H6N6亚型AIV病毒反转录为cDNA,进行pMD18-T-M基因克隆质粒构建,以其为标准品建立荧光定量PCR标准曲线,并进行敏感性和重复性试验,利用所建立的方法检测鸭感染H6N6亚型AIV后排毒及在组织器官病毒分布情况。[结果]该方法灵敏度高,最低检测到1.0×10^(1) copies/μL,从而可以得出拷贝数与Ct值之间的线性关系曲线表达式:Ct=-3.408×lg Copynumber+33.773(R^(2)=0.998),线性范围为1.0×10^(7)~1.0×10^(1)拷贝/μL,熔解峰的熔解温度在83℃左右。[结论]表明建立的鸭源H6N6亚型AIV荧光定量PCR检测方法,特异性强,重复性好,为后续实验研究提供了技术和数据支撑。     

鹅圆环病毒感染性克隆的构建及其转染试验

设计带BamHⅠ酶切标记位点的引物,PCR扩增鹅圆环病毒(Goose circovirus,GoCV)全长基因组,将2个基因组顺式连接插入到pGEM-T Easy载体中,获得GoCV全长基因组头尾串联二聚体感染性克隆质粒pGEMT-2GoCV。EcoRⅠ酶切线性化pGEMT-2GoCV,与脂质体混合转染GoCV阴性鹅胚和雏鹅,常规PCR检测发现GoCV在转染鹅体内增殖,鹅胚转染组于孵出第2周和第4周检出血清阳性,且其中一个个体于4周龄扑杀时检出法氏囊阳性,雏鹅转染组于转染后2周检出血清阳性。试验进一步对扩增片段进行了BamHⅠ标记位点的检测,并应用GoCV实时荧光定量PCR方法对转染阳性样品进行了定量,结果显示阳性法氏囊组织中病毒含量为1.57×106拷贝/mg,阳性血清含病毒拷贝数在3.52×104～5.92×105拷贝/μL。综上,本试验构建的GoCV全长基因组头尾串联二聚体感染性克隆DNA可以转染鹅胚和雏鹅并增殖出带标记的GoCV克隆。     

猴免疫缺陷病毒（SIV）实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的猴免疫缺陷病毒（SIV）TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对SIV病毒核酸进行定量检测。方法RT—PCR扩增SIVmac251保守gag基因序列796bp片段,进行TA克隆,构建标准品质粒pMD—SIVgag。通过对SIV定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果所建立的SIVQPCR检测方法,质粒DNA模板在10’～10。拷贝之间表现较好线性和相关性,标准曲线所得斜率为-3．26,相关系数为0．999。检测灵敏度达到200拷贝,方法重复性测试,检测25份临床样品CV％均小于1％。结论建立的SIVQPCR检测方法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒（SIV）核酸拷贝量。