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新疆维吾尔自治区喀什地区作为我国与中亚和欧洲的重要陆路货运口岸,来往货物运输频繁,引入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)风险大,对我国新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情防控造成压力.2020年11月我国新疆维吾尔自治区喀什地区发生输入SARS-CoV-2导致的本土聚集性COVID-19疫情.为明确货物运输载体携带SARS-CoV-2的基因特征以及边境快速物流系统作为SARS-CoV-2传播载体的可能性,本研究对2020年11月6日-2020年11月10日期间在喀什边境口岸货运卡车及运输的集装箱采集的35份SARS-CoV-2核酸阳性样本进行SARS-CoV-2全基因组序列测定和比对分析.结果 显示,35份样本ORFlab基因Ct值的中位数(最小值~最大值)为37.64(28.91~39.81),N基因Ct值的中位数(最小值~最大值)为36.50(26.35~39.30),Reads数匹配率的中位数(最小值~最大值)为51.95%(0.86%~99.31%),病毒载量较低;35份样本中基因组覆盖度达到70%以上的共计18份.基于Pango命名法,18条SARS-CoV-2基因组序列分别属于B.1、B.1.1、B.1.9、B.1.1.220、B.1.153和B.1.465共6个不同的基因型,其中3个基因型(B.1、B.1.1和B.1.153)在喀什边境接壤或邻近的四个国家同期采集的病例样本中也有发现.核苷酸突变位点和系统进化树分析显示,同一个地点采集的样本病毒基因组相似程度高;18条序列中的4条与喀什COVID-19疫情毒株代表序列处在同一个进化分支;其中1条序列与喀什COVID-19疫情毒株基因组存在1个或2个核苷酸突变位点差异,高度同源.本研究证实喀什COVID-19疫情期间边境货运卡车和集装箱存在境外多种基因型病毒的污染,其中存在喀什COVID-19疫情毒株的祖父代病毒,高度提示边境快速物流系统卡车及集装箱作为载体携带SARS-CoV-2病毒入境造成了本土疫情,这些数据为我国边境口岸地区的新冠防控策略制定及后续疫情溯源提供了关键的参考依据. 相似文献
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索戈托病毒属于正黏病毒家族,是一种由蜱传播给人或动物的虫媒病毒,其基因结构特征、复制及转录、编码产物的功能等与流感病毒有诸多相似之处,对流感病毒保守位点的探究具有重要意义,而且索戈托病毒属病毒的动物模型有望作为人感染高致病性流感病毒的一个替代模型。不过迄今为止全球对索戈托病毒的研究尚少,尚未引起足够的重视。本文主要对索戈托病毒的分类、基因组成及各基因编码产物、进化特点等进行了介绍,重点总结了其第六个基因片段编码的基质蛋白M和ML蛋白在病毒复制周期中所发挥的作用以及病毒与宿主间的相互作用机制等方面的研究进展。 相似文献
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制备流感病毒经典重配过程中所需的A/PR/8/34母本株血凝素蛋白(Hemagglutinin,HA)抗血清。A/PR/8/34流感病毒灭活纯化后经菠萝蛋白酶消化。5%~20%蔗糖连续密度梯度离心法纯化HA蛋白。单向免疫扩散法(Single Radial Immunodiffusion,SRID)筛选目的蛋白。SDS-PAGE法鉴定目的蛋白。纯化的A/PR/8/34 HA蛋白免疫兔子制备抗血清,血凝抑制试验(Hemoglutination Inhibition Assay,HI)测定HA抗血清效价,经SRID法鉴定HA抗血清纯度。成功制备了高免疫原性A/PR/8/34HA蛋白;兔抗血清HI滴度可达10240,SRID法鉴定为高纯度HA抗血清。制备了流感病毒经典重配中关键试剂,摸索成功整套技术方法,为我国自主研发季节性流感疫苗株奠定了基础。 相似文献
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我国人轮状病毒不同基因型NSP4的致病性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
对我国轮状病毒流行株NSP4基因变异特点的分析表明,NSP4基因主要可分为Wa组和Kun组,在Wa组内可形成三个亚组,形成了4种NSP4基因型.为了进一步阐明人轮状病毒流行株NSP4基因变异与其致病性变化是否存在联系,我们首先利用杆状病毒载体对NSP4蛋白进行表达,获得了对应4种不同NSP4基因型的重组杆状病毒rvBac97B6,rvBac97S34,rvBac97S36和rvBac97SZ8.用这些病毒感染Sf-9细胞后,检测细胞内Ca2+浓度的变化,发现与野生型杆状病毒感染细胞相比,重组病毒感染细胞内的Ca2+浓度显著升高,但各个重组病毒之间无显著性差异.在此基础上,我们进一步在E.coli中分别表达纯化了代表Wa和Kun基因分组的97S34和97SZ8流行株的NSP4.分别用纯化的重组NSP4蛋白攻击乳鼠后,发现不同基因型的NSP4蛋白的致腹泻活性没有明显差异,这种作用可被NSP4抗体拮抗,但这种拮抗作用存在基因型特异性.上述结果表明人轮状病毒流行株NSP4氨基酸序列间的变异并没有使其钙调节及致腹泻能力产生改变,在致腹泻作用中发挥关键作用(或决定性作用)的氨基酸位点在不同NSP4基因型间可能是相对保守的.针对NSP4抗体的有效性也为新型轮状病毒疫苗和药物研究提供了线索. 相似文献
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2009~2013年我国活禽市场环境样本中禽流感病毒的检测 总被引:2,自引:0,他引:2
为了解中国活禽市场环境样本中禽流感病毒分布情况,对全国2009~2013年采自活禽市场的环境样本进行流感病毒核酸检测,并利用无特殊致病原鸡胚(SPF鸡胚)对A型流感病毒核酸阳性标本进行病毒分离。结果显示,环境标本中禽流感病毒核酸阳性率的波动呈明显的季节性趋势,冬春季节核酸检测阳性率较高;我国南方地区活禽市场环境样本的禽流感病毒核酸阳性率高于北方。市场中清洗禽类的污水和宰杀或摆放禽肉案板表面的擦拭样本核酸阳性率高于其它类型的样本。2009~2013年环境样本中分离到的禽流感病毒以H5和H9亚型为主,2013年之前H5亚型多于H9亚型,而2013年H9亚型超过了H5亚型。本研究表明,对城乡活禽市场中禽流感病毒的实时监测具有重要的公共卫生意义,可为我国人感染禽流感病毒的防控和预测预警提供依据。 相似文献
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人感染高致病性H7N9禽流感病毒(Highly pathogenic avian influenza H7N9,HPAI H7N9)神经氨酸酶抑制剂(Neuraminidase inhibitors,NAIs)耐药株在哺乳动物细胞中适应性较好,是其导致病死率高的原因之一。本文研究HPAI H7N9耐药株对流感病毒敏感细胞MDCK细胞转录的影响。用0.1 MOI含NAIs耐药突变位点(NA R292K,E119V)的HPAI H7N9重组病毒及其敏感株感染MDCK细胞,于感染后0h、7h和24h取样,进行RNA测序并分析。结果三株病毒感染细胞0h和7h时,各组差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)较少。24h时敏感株、R292K株和E119V株感染后的DEGs均显著增加,数量相似,分别为10 508、10 663和10 711,其中三者共同DEGs为83%~85%,每组特有DEGs为3%~8%。3株病毒感染细胞24 h时DEGs涉及的KEGG通路分类及各通路下基因个数及所占比例均较相似,且3者前20条KEGG通路中多数(11条)通路相同。结... 相似文献
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2020年4月中国阻断湖北省武汉市新冠肺炎疫情传播后,中国国内报道了多起由境外输入导致的本土聚集性新冠肺炎疫情。为分析引起聚集性疫情的输入性新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的基因组特征,本研究对2020年4-11月份十起输入相关本土疫情首例病例的SARS-CoV-2全基因组基因特征进行分析,系统阐述了相关SARS-CoV-2的全基因组和氨基酸变异特征。结果显示,与武汉参考株相比,十起本土聚集性疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸突变中位数为10个(8个-26个),氨基酸突变的中位数为6个(4个-16个),且刺突(spike,S)蛋白只有D614G一个氨基酸发生突变。除分支位点外,10条SARS-CoV-2全基因组序列的65个核苷酸突变位点以及35个氨基酸突变仅出现1-2次,呈现随机性。全基因组分析表明,这十起本土疫情的首例病例基因组按照中国分型法可划分为4个型,按照Pangolin分型法可划分为7个型,与我国2020年1-3月份武汉流行的毒株属于不同基因型,不是本土SARS-CoV-2的持续传播。与2020年9-12月英国和南非变异株属于不同基因型,无相关性。本文系统分析了2020年由输入病毒导致的十起本土疫情首例病例的SARS-CoV-2核苷酸与氨基酸变异特征,为我国新冠防控策略的制定以及后续新冠疫情的溯源提供了参考依据。 相似文献
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本研究设计的一种4重荧光定量RT-PCR检测方法,以A型流感病毒各亚型的血凝素基因(HA)为检测靶标,实现了同时检测新甲型H1N1流感病毒、人季节性H1N1流感病毒和人季节性H3N2流感病毒。本法使用人细胞RNA酶P基因作为内参,以判断标本来源和实施质量控制。利用不同来源和亚型的流感病毒验证了该方法的特异性;利用连续稀释的新甲型H1N1流感病毒HA全基因体外转录物进行灵敏度分析。结果表明该方法灵敏度高,可检测低至20个拷贝的RNA;特异性强,每对引物只检测出对应的病毒,无交叉反应;并且成功地验证性检验了34份新甲型H1N1流感病毒阳性临床标本和20份人季节性H1N1和H3N2流感病毒及人乙型(HB)流感病毒阳性临床标本。因此,该多重荧光定量RT-PCR法是一种可同时检测2009年新甲型流感病毒及季节性流感病毒的有效方法。 相似文献
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建立了一种基于颜色判定的简单、快速和灵敏的检测方法,即环介导逆转录等温核酸扩增技术(RT-LAMP)应用于人甲型H1N1流感病毒基因检测。该技术使用对应于人甲型H1N1流感病毒HA序列中8个基因区段的6条特异引物,在等温条件下(65℃)进行核酸扩增反应1.5h,在扩增前加入染料HNB(羟基萘酚蓝)作为反应指示剂,以HNB的颜色变化做为结果判定标准并经琼脂糖凝胶电泳验证。文中利用这种技术对不同来源及亚型的流感病毒进行了特异性分析,对体外转录的人甲型H1N1流感病毒HA基因RNA的系列稀释物进行了灵敏度分析,成功检测美国CDC提供的人甲型H1N1流感病毒标准品,利用RT-LAMP和RT-PCR同时检测了30份人甲型H1N1和26份季节性流感咽拭子标本。结果显示RT-LAMP方法特异性高,灵敏度可达到60个拷贝RNA分子水平,对临床标本的检出率与常规RT-PCR法相当,利用650nm的比色分析通过标准曲线可以实现对样品的定量。因此,基于颜色判定的环介导逆转录等温扩增方法可用于人甲型H1N1流感病毒感染的快速筛选,具有在基层疾病预防控制中心流感监测网络实验室和哨点医院推广和应用的潜力。 相似文献
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