一个母系遗传非综合征耳聋大家系mtDNA序列分析

通过分析本家系mtDNA序列,探讨淮阴一非综合征耳聋大家系患病的分子遗传学机制.采用聚合酶链反应(PCR)扩增mtDNA与非综合征耳聋相关位点nt1555、nt7445的区域和人类种群研究的D-loop区、PCR-异源双链分析、PCR-RFLP、PCR产物克隆序列测定等技术对该家系进行了系统的研究.发现该家系中全部母系亲属有mtDNAA1555G突变,而家系中非母系个体、对照组(100例正常个体)的mtDNA1555位点均为A.该家系mtDNA7445位点无突变;该家系属于II型线粒体;发现家系D-loop区存在未见报道的碱基插入.提示mtDNAA1555G位点突变可能是导致该家系患者致聋的主要因素之一.遗传背景可能对家系疾病的表型存在一定程度的影响。 Abstract:We find an extensive nonsyndromic sensorineural deafness family in Huaiyin,and investigate the possible molecular genetic mechanism of matrilineal nonsyndromic sensorineural deafness.We use PCR,combined with PCR-heteroduplex analysis,PCR-RFLP and sequencing techniques to examine part of 12S rRNA,tRNAser(UCN),and D-loop region of this pedigree.1)We found an A to G transition at position 1555(A1555G) of the mitochondrial 12S rRNA from all the patients and four matrilineal.2)An new nucleotide insertion was indentified in D-Loop region.3)According to the polymorphism of D-loop,this pedigree belong to mitochondrial type II.The study showed that the A1555G mutation may be one of major factors in progressive inherited deafness of this family and genetic background should be investigated in the future.     

一个母系遗传非综合征耳聋大家系mtDNA序列分析

通过分析本家mtDNA序列,探讨淮阴一非综合耳聋大家患病的分子遗传学机制。采用聚合酶链反应（PCR）扩增mtDNA与非综合征耳聋相关位点nt1555,nt7445的区域和人类种群研究的D－loop区,PCR－异源双链分析,PCR－RFLP、PCR产物克隆序列测定等技术对该家系进行了系统的研究。发现该家系中全部母系亲属有mtDNAA1555G突变,而家系中非母 个体,对照组（100例正常个体）的mtDNA1555位点均为A。该家系mtDNA7445位点无突变;该系属于Ⅱ型线性体;发现家系D－loop区存在未见报道的碱基插入。提示mtDNAA1555G位点突变可能是导致该家系患致聋的主要因素之一。遗传背景可能对家系疾病的表现存在一定程度的影响。     

川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

辽东湾斑海豹(Phoca largha)线粒体D-loop区异质型研究初探

采用PCR技术和DNA克隆测序技术,随机测定了3头斑海豹mtDNA控制区(D-loop区)csn-3上、下游1000bp左右的序列,每头斑海豹任选14个克隆菌斑进行测序,结果所得序列均无重复,得到42个单倍型.结合GenBank已发表的斑海豹mtDNA控制区序列(Phoca largha,AM181031),通过Clusta1X1.83、MEGA3.1和FastPCRv3.6等生物信息学软件进行序列比对,发现我国珍稀保护动物斑海豹个体内线粒体DNA(mtDNA)的控制区CSB-3之后存在异质型现象,且存在数目不等的串联重复序列.从分子水平进行了不同类型重复序列变化规律的研究,初探了mtDNA控制区异质型在斑海豹中的存在情况.     

动物线粒体DNA重组的研究进展

动物线粒体DNA作为遗传标记广泛用于从种内到高级阶元的许多生物学领域,这些应用是建立在线粒体DNA的严格母系遗传方式和不发生重组的基础上的。近年来的研究提出了一些能够证明动物mtDNA发生重组的直接和间接证据。动物mtDNA重组可能主要通过两条途径发生,一条途径是母系mtDNA与核基因组中mtDNA假基因间发生重组;另一条途径是通过父系渗漏引起的不同单倍型的双亲mtDNA间发生重组。父系渗漏是最可能的途径。如果动物界广泛存在线粒体DNA重组,将会对以mtDNA严格母系遗传为基础的许多应用领域产生重要影响。     

利用非损伤性方法评估神农架保护区川金丝猴种群遗传多样性

湖北神农架国家级自然保护区是中国川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)的重要分布区之一,为了更好地了解神农架川金丝猴种群遗传结构,并制定有效的保护对策,采集了该保护区2个川金丝猴种群126份样品,其中分布在大龙潭的人工补食种群粪便样品60份,分布在千家坪的一个小种群粪便样品63份、肌肉样品3份。通过应用线粒体DNA(mtDNA)引物和筛选出的9对近缘微卫星位点成功地进行了川金丝猴种群的遗传多样性和遗传结构分析,同时使用Y染色体相关标记方法进行性别鉴定。结果显示:在24份川金丝猴mtDNA D-loop区401bp序列中,共检测出27个变异位点,定义了20个单倍型,单倍型多样性(h)为0.9820,核苷酸多样性(π)为0.0129;其中有9对微卫星位点能够在117份粪便样品DNA中稳定扩增,2对位点可能偏离Hardy-Weinberg平衡,平均有效等位基因数(Ne)为3.85,遗传杂合度(Ho)为0.7450;多态信息含量(PIC)为0.5950。使用Y染色体标记方法,在58个特有的基因型中检测到18个雄性和40个雌性川金丝猴。微卫星标记和mtDNA D-loop区基因序列均表明神农架川金丝猴存在较丰富的遗传多样性,同时2个取样点川金丝猴种群间出现了明显的遗传分化。     

近交系小型猪线粒体基因组分析和家猪系统进化关系分析

广西巴马小型猪是长期近交培育而成的实验小型猪,遗传稳定.本研究拟通过线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)分析来了解近交系的遗传背景,并从mtDNA角度进一步认识中国本土猪种的系统进化关系.实验设计29对特异性引物,PCR扩增和产物测序,拼接出广西巴马小型猪近交系7个世代猪的mtDNA序列;用42个品种猪的mtDNA D-loop区和基因编码区序列分布构建系统进化树.结果表明,广西巴马小型猪的mtDNA大小为16 761 bp,碱基组成、基因结构与其他猪种相似;近交系7个世代个体mtDNA发现有46个碱基差异位点,变异率为0.28％,mtDNA序列同源性在99.9％以上,表明该近交系母源单一;基于mtDNA序列构建的系统进化树不能清晰地区分地方品种猪之间的遗传关系.研究结果进一步表明广西巴马小型猪近交系的遗传背景单一,中国本土品种猪的母系关系复杂.     

尾斑瘰螈种群的D-loop区遗传多样性分析

以线粒体DNA D-loop序列为分子标记,研究了采自雷公山和武陵山的尾斑瘰螈(Paramesotriton caudopunclatus)5个种群的遗传多样性.获得42个个体mtDNA D-loop区序列,长度为690 bp,其中有30个变异位点,由此定义了13个单倍型.5个种群中未出现共享单倍型的现象.尾斑瘰螈种群...     

基于线粒体D-loop 区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens (Richardson)和养殖斜带髭鲷各25 个样本。通过设计特异性引物, 采用PCR 技术对该50 个个体的mtDNA D-loop 区全序列进行扩增, 测序得到的序列进行比对, 发现该50 个序列长度变异较小, 均在788-790 bp 之间, 野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析, 结果显示: 50 条序列中T、C、A 和G 碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%, 其中A+T 的含量(65.1%)显著高于G+C 含量(34.9%), 表现了明显的碱基偏倚。50 个个体表现为26 种单倍型, 包括91 个多态位点, 单倍型间平均遗传距离为0.024, 单倍型多态性(h)为0.958, 核苷酸多态性()值为0.02277。研究表明, mtDNA D-loop 区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记, 而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观, 资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。       

罗非鱼mtDNA D-loop区部分序列结构和种群遗传多样性分析

采用PCR扩增和测序的方法获得了尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)埃及品系(简称AJ,22尾)、88品系(简称XH,26尾)和奥利亚罗非鱼(O.aureus)(简称ALY,28尾)"夏奥1号"线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)的部分序列(575～581 bp)。对照其他已报道的鱼类控制区结构,对序列结构进行分析,成功识别了罗非鱼mtDNA D-loop区序列的中央保守区和保守序列区,找到了4个特征序列(CSB-D、CSB1、CSB2、CSB3)。76个个体共检测出28个单倍型。AJ群体有12个单倍型,XH群体有10个单倍型,ALY群体存在9个单倍型。其中,3个群体共享1个单倍型(XH06),AJ和XH群体共享一个单倍型(XH10),其他为各个群体独有。AJ和XH(Nm=0.77)、AJ和ALY(Nm=0.02)、XH和ALY(Nm=0.02)之间均存在一定的遗传分化。AJ和XH的核苷酸多态性(Pi)值(分别为0.042 4、0.031 1)明显高于ALY的Pi值(0.001 2)。本实验中的ALY品种纯度高,AJ和XH的遗传多样性较丰富。mtDNA D-loop区能反映出罗非鱼群体的种质特征,适用于罗非鱼群体内的遗传多样性研究。     

云南bo人源流的父系和母系遗传研究

对云南人32份男性DNA样本进行Y染色体单倍型以及mitochondrialDNA(mtDNA)单倍型分析,结果发现云南人的父系和母系遗传组分都表现出典型的南方人群的遗传特征。由人的数据结合已经发表的东亚人群的Y染色体和mtDNA单倍型(haplotype)数据进行MultidimensionalScaling(MDS)分析,结果表明,在MDS分布图中人群体的Y染色体单倍型和mtDNA单倍型都与南方人群聚在一起。这一结果支持人的遗传族源为东亚南方人群后裔,与考古学的推论相一致。结合历史和考古学证据来探讨人的起源和史前迁移,为揭开“人悬棺”这种独特的考古文化的起源和史前传播提供遗传学的研究证据。     

口腔鳞状细胞癌线粒体DNA的HVRⅢ区突变的研究（英文）

目的：检测口腔鳞状细胞癌患者线粒体DNA复制控制区（mtDNA D-loop）高变Ⅲ区（hypervariable regionⅢ,HVRⅢ）的突变情况,并探讨其意义。方法：以口腔鳞状细胞癌患者癌旁组织及正常组织作为对照,对7例口腔鳞状细胞癌组织样本的mtDNA D-loop HVRⅢ区进行PCR扩增和测序分析。结果：在7例患者的癌组织、癌旁组织、正常组织样本中共发现72个（56种）核苷酸改变,其中51个（26种）为核苷酸多态性改变;3个肿瘤组织样本中共发现21个突变,其中16个位于HVRⅢ区范围内;癌旁组织及正常组织未发现突变;口腔鳞状细胞癌的mtDNA D-loop HVRⅢ区突变率为42.9%（3/7）。结论：mtDNA D-loop HVRⅢ区的变异可能与口腔鳞状细胞癌的易感性有一定的联系;本研究为寻找新的肿瘤基因诊断和肿瘤遗传易感性的标志物提供了依据。     

云南bo人源流的父系和母系遗传研究

对云南bo人32份男性DNA样本进行Y染色体单倍型以及mitochondrial DNA (mtDNA)单倍型分析，结果发现云南bo人的父系和母系遗传组分都表现出典型的南方人群的遗传特征。由bo人的数据结合已经发表的东亚人群的Y染色体和mtDNA单倍型(haplotype)数据进行Multidimensional Scaling(MDS)分析，结果表明，在MDS分布图中bo人群体的Y染色体单倍型和mtDNA单倍型都与南方人群聚在一起。这一结果支持bo人的遗传族源为东亚南方人群后裔，与考古学的推论相一致。结合历史和考古学证据来探讨bo人的起源和史前迁移，为揭开“bo人悬棺”这种独特的考古文化的起源和史前传播提供遗传学的研究证据。     

一个短指(趾)少指(趾)节畸形家系的调查

本文报道了一短指(趾)少指(趾)节畸形苗族家系的调查结果。该家系中患者双手、双足第一指(趾)近节指(趾)骨变短粗,第二、三、四、五指(趾)中节指(趾)骨缺如,属于遗传性短指(趾)畸形的BellA-1型。患者手纹与贵州正常苗族人有较大差异。该家系父系正常,母系4代共调查75人,发现患者22人(男13人,女9人)。系谱分析表明,该畸形属常染色体显性遗传。     

平凉地方牛群体母系遗传背景

牛(Bos)的驯养作为农耕文化重要内容之一,在我国历史悠久,长久以来形成的役用型逐步被肉用型所替代.为了揭示平凉地方牛群体的遗传背景,分析其是否具有生产优质牛肉的遗传基础,本研究测定了88头平凉地方牛群体mtDNA D-loop HVS序列,对包括平凉地方牛群体在内的我国23个地方牛群体单倍型分布及系统发生关系进行了分析.结果表明,mtDNA D-loop高变区,在平凉地方牛群体共有52个单倍型,23个地方牛群体共有95个单倍型,这些单倍型在系统发生树和中介网络关系中分布于两个分枝,即瘤牛型和普通牛进化枝.因此,我们认为平凉地方牛群体和我国其他牛种一样,存在普通牛和瘤牛两个母系起源的遗传背景.     

新西兰白兔线粒体基因组全序列的测定与分析

本研究旨在获得新西兰白兔(New Zealand white rabbit)线粒体DNA基因组全序列(mtDNA).根据GenBank已经公布的近缘物种穴兔mtDNA全基因组序列(GenBank登录号:AJ001588.1),设计12对可覆盖新西兰白兔mtDNA全序列的引物,通过PCR扩增、测序、拼接,获得新西兰白兔线粒体全序列,并分析其特点.新西兰白兔线粒体基因组全序列为17 418 bp,A+T含量高,为59.72％,蛋白编码基因数量为13个,rRNA基因数量为2个,tRNA基因数量为22个和1个非编码控制区(D-loop区),与其他兔属动物线粒体全基因组排列顺序一致.分析4种特殊的tRNA二级结构,发现tRNA-Ser(AGY)为二叶草型,缺失DHU臂,其余三种tRNA均为三叶草型.与其他哺乳动物线粒体基因组的D-loop区相比,新西兰白兔与格拉达野兔(Le-pus granatensis)核苷酸组成、编码偏好性和氨基酸组成较为相近.相比穴兔的线粒体基因组,新西兰白兔具有一定的保守性和异质性,该结果为其遗传种质资源保护和利用提供基础资料.     

4种鲟鱼养殖亲鱼群体遗传多样性分析

近年鲟鱼人工繁殖技术促进了鲟鱼养殖业的发展,但在选育初期未对后备亲鱼进行遗传背景分析,为了抑制种质资源退化和防止近交衰退,繁育场需要对现有后备亲鱼进行遗传背景分析.本文利用线粒体控制区(D-loop)部分序列对4种养殖鲟鱼后备亲鱼群体(共120个样本)的遗传多样性进行了分析.研究发现不同种鲟鱼D-loop部分序列长度不...     

一个短指（趾）节病家系的调查

本文报告了一个短指（趾）节病家系的调查结果。该家系属于Bell氏的遗传性短指（趾）病中的C 型,即第二、三、五指的中指节过短型畸形。经家系调查母系正常,父系四代共调查到147人中,共发现 典型病例6人（男女各3人）,经系谱资料分析,其遗传方式符合常染体外显不完全型的显性遗传规律。 关键词：短指（趾）节病,家系调查,常染体显性遗传     

线粒体DNA G7444A突变可能影响A1555G突变的表型表达

线粒体12S rRNA和tRNASer(UCN) 基因是导致非综合征型听力损失的两个突变热点区域。作者收集了1个母系遗传感音神经性聋家系, 该家系同时携带线粒体DNA (mtDNA) A1555G和G7444A突变。临床资料分析表明, 该家系包括药物致聋的耳聋外显率(所有耳聋患者/所有母系成员)为58%, 而非药物致聋的耳聋外显率(非药物性聋患者/所有母系成员)为25%, 明显高于其他携带A1555G突变的耳聋家系。先证者的线粒体全序列分析表明, 该线粒体基因组共有28个多态位点, 属于东亚人群B4c1单体型。在这些多态位点中, 除A1555G和G7444A突变外, 未发现其他有功能意义的突变。这表明mtDNA G7444A突变可能加重由A1555G突变造成的线粒体功能缺失, 从而增加耳聋的外显率。     

人工耳蜗植入聋儿术前基因检测及家系分析

摘要: 国内外研究表明GJB2、SLC26A4(PDS)和线粒体DNA(Mitochondrial DNA, mtDNA)的病理性突变导致了大部分的遗传性聋。 文章收集了2006年4月~2007年9月接受人工耳蜗(Cochlear implant, CI)植入的14 例患儿及其父母的外周血, 应用基因诊断方法进行 GJB2、SLC26A4(PDS)和mtDNA 1555位点突变检测。结果显示, 35.7%的患儿检测到致病突变, 其中28.6%为GJB2基因突变, 类型均为235delC纯和突变, 其父母为携带GJB2 235delC的杂和子; 7.1%为mtDNA A1555G突变, 其母亲亦携带mtDNA A1555G突变。这表明CI 植入聋儿最常见的基因突变是GJB2 235delC突变, 其次是mtDNA A1555G突变, 通过对耳聋家系常见致病基因的检测和家系分析, 可以对优生优育及减少耳聋发病率提供科学准确的遗传信息。