猪FSH β亚基基因结构区Alu序列插入突变的研究

通过聚合酶链式反应（PCR）对中国华北型优良地方猪种莱芜猪及杜里猪,长白猪的卵泡刺激素（FSH）β亚基基因结构区插入片段进行扩增,并对0．5kb扩增产物进行克隆和测序,序列分析表明,在已发表的猪FSHβ亚基基因全序列的＋809和＋810碱基之间,莱芜猪,杜里猪和长白猪分别存在一个长度为275,277和274bp的插入片段,插入片段末端的poly(A)分别为17,19和16个腺苷酸,均显著短于高产猪种太湖猪（292bp和32个腺苷酸）,对FSHβ亚基基因插入片段进行BamHI多态性分析,发现本研究所检测样品中不存在BamHI 多态性,插入片段中存在一个RNA聚合酶Ⅲ启动子及AluI内切酶识别位点,所以该睡段可能为Alu成分,因RNA聚合酶Ⅲ这种有功能的内部启动子能够转录相邻的染色体序列,该插入片段可能影响FSHβ亚基基因或其他基因的表达调控,把FSHβ亚基基因作为控制猪产仔数主效基因的候选基因与产仔数进行连锁分析,证明FSHβ基因因座在莱芜猪种中与控制猪产仔数的主效基因紧密连锁,优质基因AA纯合子比BB纯合子母猪平均每胎产仔1．2头,因不同品种猪插入序列的主要差异是末端的poly(A)长短不同,推测该插入片段末端的pol(A)结构亦可能影响猪的产仔数。     

利用DNA池技术研究猪GH基因启动子序列的多态性

目的:分析猪GH基因启动子区序列的多态性,期望筛选出对猪生长性状有显著影响的SNP位点,为地方猪种的选育及选种提供一定的理论依据.方法:以大约克、可乐猪、香猪和黔北黑猪为试验对象,构建品种DNA池,采用PCR产物直接测序法对猪GH基因启动子区-856～+171片段共1 027bp进行单核苷酸多态性检测.结果:除香猪外,在其他3个猪种5'-端侧翼序列发现5个SNP位点:C22T、A- 26T、G- 219A、T- 385A和C-391T,并且在大约克GH基因启动子区-640处发现了一个12bp碱基序列(GGCAAAGTGTAG)的缺失.结论:DNA池结合PCR产物直接测序技术能够很好的筛选SNP位点,本研究采用该技术在猪GH基因启动子区- 856～+171片段检测到了5个SNP位点.     

猪CuZnSOD基因启动子的克隆鉴定及分析

猪铜锌超氧化物歧化酶(CuZnSOD)是一种重要的抗氧化酶,其功能已被广泛研究,但CuZnSOD基因的转录调控尚不明确。为了研究猪CuZnSOD基因的核心启动子区域,并对其转录调控机制进行探讨,运用PCR方法从猪基因组克隆CuZnSOD基因5′上游调控区853 bp的片段,然后通过巢式PCR方法获得5′末端逐渐缺失的启动子系列片段,并将这些片段定向插入到荧光素酶报告基因表达载体(pGL3-Basic)中。瞬时转染小鼠胚胎细胞(NIH/3T3),利用双荧光素酶报告基因检测不同长度启动子活性。检测结果显示,在CuZnSOD基因5′上游调控区-87 bp和-266 bp处分别存在2个潜在转录起始位点,-383 bp~+67 bp启动区活性最强,进一步缺失分析发现-75 bp~-32 bp区域内含有猪CuZnSOD基因转录所必需的基础启动子序列,其中存在多个潜在的转录因子结合位点,研究结果提示这些转录因子结合位点可能是参与CuZnSOD基因转录的重要调控序列。     

猪UCP3基因部分编码区序列分析及其单核苷酸多态与胴体、肉质性状的遗传效应

以猪解耦联蛋白基因 3(UCP3)作为控制猪胴体与肉质性状主基因的候选基因。利用直接测序法对 4个品种猪骨骼肌中UCP3基因的部分编码区序列 (第 4外显子部分及第 5、6、7外显子全部片段 )进行比较分析 ,发现3个cSNP位点 ,其中ORF中第 84 2碱基的突变可导致相应编码氨基酸序列的改变 :甲硫氨酸→苏氨酸 ,选取此位点作为猪UCP3基因的多态位点。用PCR SSCP检测方法在 3个品种猪中进行该cSNP位点多态性片段的基因型分型 ,结果显示在 3个猪群中表现出 3种基因型 (AA、AB、BB) ,χ2 独立性检验结果表明 3种基因型在各品种间分布不一致 ,梅山猪同大白、长白猪分别比较差异极显著 (P <0 0 1) ;对大白×梅山资源家系F2 代 139头个体进行了该多态片段的基因型鉴定 ,并对其基因型与所检测个体相应的胴体、肉质性状采用GLM分析进行遗传效应研究 ,结果表明 :该基因对一些胴体、肉质性状有显著性影响 ,并且该基因以加性效应为主 (如 ,眼肌高度、背最长肌色值、系水力的加性效应都达显著水平 )。因此 ,推测UCP3基因可能是影响猪胴体及肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因 ,并且能够在分子标记辅助选择中用于对猪胴体、肉质性状的遗传改良及固定     

猪雌激素受体基因（ESR）一个新多态位点的发现

ESR基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及胴体性状之间不存在负的基因多效性影响。目前对它的研究大都局限于Rothschild等人发现的PvuⅡ酶切位点。本实验采用PCR-SSCP方法,对ESR基因的外显子7进行检测,发现了一个新多态性位点,得到3种基因型,可以作为一个新的标记位点进一步研究。     

猪雌激素受体（ESR）基因对产仔数性状的影响

猪产仔数是重要的经济性状,产仔数的提高将会大大地增加商品肉猪的产量,给现代养猪生产带来巨大的经济效益。ＥＳＲ基因是影响猪产仔数的主效基因,而且与猪的生长发育性状及酮体性状之间不存在负的基因多效性影响。采用ＰＣＲ－ＲＦＬＰｓ的方法,通过对５个不同品种的、特别是我国地方品种的２６２头母猪进行了基因多态性分析,研究表明ＥＳＲ基因在这种种群对产仔数均有极显著影响,ＥＳＲ位点ＢＢ基因型母猪平均比ＡＡ基因型母     

转基因抗虫棉Bt基因插入区碱基组成分析

利用TAIL－PCR的方法克隆不同来源的转基因抗虫棉中外源基因插入区的侧翼序列并对其进行序列和结构分析,结果表明,同一个较基因的单构自交得到的不同株系中外源基因插入区的两侧DNA序列完全相同,不同的转基因抗虫棉虫的外源基因插入位置各不相同,不同来源的转基因品种外源基因插入的上游侧翼片段含有一段残留质粒片段,外源基因插入的下游侧翼片段为富含AT碱基结构,其中泗棉3号转基因抗虫品系中下游侧翼片段的AT碱基高达92％,Southern杂交结果显示这些侧翼序列为高AT含量的多拷贝序列,序列中没有发现拓扑异构酶的结合位点。     

猪口蹄疫病毒受体通用亚基αv的基因克隆及序列分析

病毒受体是病毒宿主范围和组织嗜性的决定因素。研究发现,至少有四种整联蛋白αvβ1、αvβ3、αvβ6、αvβ8是口蹄疫病毒(FMDV)的受体,其中αv是4种受体的通用亚基。首次从口蹄疫病毒实验感染猪的肺组织中克隆到了通用亚基αv基因并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析。猪αv亚基基因的编码区含有3141个核苷酸,编码1046个氨基酸,其N-端30个氨基酸为信号肽,其后的胞外域、跨膜区、胞浆域分别由955、29、32个氨基酸组成;胞外域含有11个潜在的糖基化位点(NXT/NXS)、2个Ca²⁺结合位点(DX［D/N］XDGXXD)、18个半胱氨酸残基。猪αv基因与牛、人、猕猴、家鼠、鸡、犬的αv基因的核苷酸序列同源性分别为93.3%、91.5%、91.4%、85.6%、73.2%、89.9%,推导的氨基酸序列同源性分别为96.3%、94.6%、94.1%、90.8%、81.6%、93.8%,猪与牛αv亚基同源性最高,表明受体αv亚基可能与口蹄疫病毒的宿主范围有关。     

猪Mu阿片受体基因外显子Ⅲ单核苷酸多态性

行为规癖 (古板行为 )是母猪一种常见的异常行为 ,表现为重复、不变化的行为模式 ,并且不带有明显的目的性。Mu阿片受体 (Muopioidreceptor,简称MOR)属于G蛋白偶联受体 ,分布在痛觉传导区以及与情绪和行为有关的区域 ,影响动物的神经反应和行为表现。本研究以Mu阿片受体基因作为候选基因 ,探讨影响母猪规癖性状的可能性。根据Mu阿片受体基因外显子Ⅲ的序列设计引物 ,用PCR -SSCP的方法对大白猪、长白猪和杜洛克猪进行单核苷酸多态性分析 ,发现该位点存在多态性。对两种纯合子片段克隆并测序表明 ,mRNA第 1169处存在C→T的单碱基突变 ,在第 12 2 6处存在C→A的单碱基突变 ,均为沉默突变。统计结果发现 3种基因型 (AA ,AB ,BB)在各品种中的分布不一致 ,χ2 独立性检验差异极显著 (P <0 0 1)。将大白猪 3种基因型同行为规癖性状进行最小二乘分析 ,结果表明 ,BB基因型与其他 2种基因型相比有较高的无食咀嚼表现频率 ,同AA型比较差异极显著 (P <0 0 1) ,咬栏和站立基因型间差异不显著。因此 ,推测Mu阿片受体基因可能是影响母猪无食咀嚼性状的主效基因或与控制该性状的主效基因连锁     

糯谷猪FSHβ基因多态性与部分繁殖性能的关系

采用PCR扩增技术对贵州地方猪品种糯谷猪的FSHβ亚基基因进行了检测,结果发现有2个等位基因A和B,3个基因型AA、AB和BB.各种基因型数量BB型>AB型>AA型,BB型为优势基因型,优势等位基因为B.分析3种基因型与部分繁殖性能之间的相关性,证明AB型的总产仔数显著高于AA型(P<0.05),AA型与BB型间差异不显著(P>0.05);BB型和AB型间差异不显著(P>0.05),说明AB型为优势基因型,而在其他性状之间没有发现显著的差异.因此FSHβ亚基基因可以作为控制猪高繁殖率的候选基因.     

猪CACNA1S基因部分序列的克隆、测序及SNP检测

CACNA1S是钙离子通道主效亚基α1亚单位的编码基因,该基因突变会导致人（Homo sapiens）低钾性周期性麻痹和恶性高温综合征．目前CACNAIS基因的研究主要集中在人和模式动物上,而在家畜中的研究少见报道．本研究以金华猪（115头）、皮特兰猪（30头）、金华猪与皮特兰猪杂交产生的金皮F2代杂种猪（126头）、大约克猪（23头）为研究对象,根据人CACNA1S基因序列设计引物,对猪基因组DNA进行PCR扩增、克隆测序,并与人相应序列作同源性比较,然后采用PCR-SSCP技术检测序列中可能存在的单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism,SNP）位点,并对有合适内切酶存在的突变点应用PCR-RFLP技术进行验证．结果表明：（i）用6对引物对猪基因组DNA进行扩增,共克隆得到猪CACNAIS基因约5211bp的DNA序列,其中外显子区域,猪与人同源性为82．6％,序列已递交GeneBank收录（登录号DQ767693）;（ii）在克隆得到的DNA序列中,共检测到57个单核苷酸突变点,其中外显子区域存在24个;（iii）突变位点的PCR-RFLP验证与PCR-SSCP检测结果一致,经与GenBank公布的猪CACNAIS基因EST小片段（Bx914582,Bx666997）比较,相应长度核酸序列内本实验检测到的11个SNP位点中,有8个位点的碱基突变与2个EST片段间存在的碱基差异相同．     

猪PRLR基因PCR—SSCP多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种472个个体催乳素受体基因(PRLR)的多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、CC 5种基因型.在马身猪中, B等位基因为优势基因,频率为0.55;其他品种中,优势基因为A等位基因,频率分布在0.79～0.89之间;C等位基因除在大白猪频率略高外(0.20),在其他品种中频率都很低,在0～0.09之间.对AA、BB、CC三种纯合子进行克隆测序和同源序列比较,发现在扩增片段内有6处SNP,都发生在PRLR基因的第8内含子,分别是内含子8第26位、54位和99位的C→T突变,47位和68位的A→G突变,63位的G→A突变.利用最小二乘分析研究了PRLR基因型对母猪头胎总产仔数和产活仔数的影响,结果表明PRLR基因不同基因型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异均不显著.     

北京黑猪FSHβ亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象,以FSHβ亚基基因为产仔性状的候选基因,分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性.结合测序发现:FSHβ-1位点上,北京黑猪BB型的134与135 bp(D00621序列的6473与6474bp)之间插入273 bp的片段而产生多态,序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子,在插入片段中还发现了一个RNA聚合酶Ⅲ内部启动子;FSHβ-2位点上,由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变,使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态;2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布,且处于低度多态.x2适合性检验结果表明,该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).用SAS 8.2软件最小二乘法拟合线性模型,将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生重(WB)进行了关联分析,结果表明:就初产母猪而言,FSHβ-1位点上,AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头(P＜0.05),AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05).FSHβ-2位点上,AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头(P＜0.05);AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头(P＜0.05);就经产母猪而言,FSHβ-2位点上,AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg(P＜0.05).全部群体的FSHβ-1位点的A等位基因和初产母猪FSHβ-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应.     

猪产仔数分子标记及其效应分析

初步确定了2个新的猪产仔数分子标记,雌激素受体基因ESR的第8外显子处的ESRB位点、催乳素受体基因的第7外显子的FSHRB位点。通过比较和分析多个产仔数的效应,初步确定了4个有利于产仔数提高的分子标记基因型,基因位点ESR、FSHRB的基因型BB的产仔数显著地高于AB、AA型;位点ESRB、PRLR的基因型AA的产仔数显著地高于AB、BB型;4个基因位点多态性与仔猪生长性能、母猪乳头数不存在显著的影响。     

猪L-FABP基因的克隆、表达特征及遗传多态性研究

FABPs属于脂结合蛋白超家族成员,是一类分子量较小而对脂肪酸有高亲和力的蛋白质,广泛存在于脊椎动物和非脊椎动物的细胞质中.FABPs担当细胞内脂肪酸的运输任务,它们与脂肪酸结合将其运输到脂肪酸氧化的位置、脂肪酸脂化成甘油三醋或磷脂的位置,或者进入细胞核内发挥其可能的调控功能.因此FABPs对脂类代谢具有重要的调控作用.本研究把L-FABP基因作为影响猪肌内脂肪含量的候选基因.为此,利用cDNA末端快速扩增(RACE)和PCR技术,克隆到猪肝脏型脂肪酸结合蛋白基因(L-FABP)的全长cDNA序列(GenBank登录号AY960623)和部分基因组序列(GenBank登录号DQ182323).猪L-FABP基因的cDNA序列全长518 bp,该序列包括起始密码子TGA和38 bp的5'末端非编码区(5'URT),终止密码子TAG和99 bp的3'末端非编码区(3'URT),在3'URT结构区域中包含polyA加尾信号序列AATAAA.猪L-FABP基因与其他FABPs基因一样,也由4个外显子(67 bp、173 bp、93 bp和51 bp)和3个内含子组成,内含子1和3的大小是1 679bp和565 bp,没有获得内含子2的序列,外显子和内含子剪接处符合GT/AG规律.应用Clustal W/X程序对猪L-FABP与其他物种的L-FABP进行多重序列比对,发现猪L-FABP与人、大鼠、鸡的L-FABP的相似性分别为89.8%、81.9%和72.4%.亲水性分析表明,猪L-FABP也是一个潜在的跨膜蛋白,在氨基酸残基57-65之间有一个明显的跨膜α螺旋.应用半定量RT-PCR分析发现,猪L-FABP在猪体组织中广泛存在,但在肝脏和小肠组织中表达量最为丰富.分析还发现,所克隆得到的编码区核苷酸序列与已知猪L-FABP基因的编码区核苷酸序列存在一定的变异,分别是外显子2中T→C(116位)、C→T(231位)、C→A(236位)和A→C(258位),演绎成氨基酸在Leu74Met存在差异.为进一步证实这些突变位点在猪群中真实存在,利用PCR-SSCP检测方法对4个猪种(藏猪、大河猪、雅南猪和约克夏)的157头个体的外显子2全序列进行SNP位点多态性片段的基因型分型,结果发现一个C→T的单核苷酸多态,等位基因频率在中国地方猪种(藏猪、大河猪、雅南猪)与国外约克夏猪种间存在极显著的差异(P＜0.01).连锁分析发现,基因型CC的肌内脂肪含量(4.86±0.22%)显著的高于基因型CT(4.16±0.23%)和TT(4.05±0.27%)的肌内脂肪含量(P＜0.05).因此,推测L-FABP基因可能是影响猪肌内脂肪含量的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因,并且能够在分子标记辅助选择中用于对猪肌内脂肪含量的遗传改良.     

HCVNS3基因片段酵母展示文库的构建和鉴定

 HCV NS3特异的 CD4+T细胞反应与 HCV感染的良性转归相关 .为了筛选其 CD4+T细胞表位 ,构建了 HCV NS3基因片段酵母展示文库 .首先 DNase 不完全酶切 HCV NS3基因产生长度为 1 0 0～ 30 0 bp的随机片段 ,然后在它们两端加上含限制性内切酶 Bam H 作用位点的接头 ,再以接头序列作引物进行 PCR扩增 .最后扩增产物用 Bam H 酶切后与 Bam H 线性化的穿梭载体 p YD1连接 ,转化大肠杆菌 (E.coli) DH5α,共得到 2× 1 0 6个转化子 .转化菌落的 PCR扩增结果表明 ,约 50 %转化子含插入片段 .随机选择 5个插入片段测序 ,然后与 DNA序列数据库中的序列比较 .结果显示它们分别与 HCV NS3序列有 96%～ 99%的同源性 .用从转化菌落中提取的质粒转化酵母 (S.cerevisiae)菌株 EBY1 0 0 ,得到含 2× 1 0 5个插入片段的 HCV NS3基因片段酵母展示文库 .半乳糖诱导的酵母细胞通过和 FITC标记的抗体结合 ,用 FACS可以在 2 0 %的细胞表面检测到融合蛋白的表达 .     

猪整合素β1基因CRS-PCR多态性与产仔数的关联性分析

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响均不显著;35230多态位点的基因型效应对大白猪和长白猪头胎、二胎及所有胎次的TNB和NBA的影响达到显著(P<0.05)或者极显著水平(P<0.01),基因型GG、AG与AA对产仔数的影响存在差异,其效应为GG,AG>AA。可见整合素β1基因35230位点的G等位基因对大白猪和长白猪的产仔数性状有显著影响。     

猪肠道抗菌肽PR-39基因克隆与分析

浙江大学饲料科学研究所汪以真、俞颂东和林文学对猪肠道抗肽PR 39基因作了克隆 ,并进行了序列分析 ,他们从杜长大猪的骨髓中提取基因组RNA ,用反转录聚合酶链式反应RT PCR进行cDNA扩增 ,得到349bp的片段 ,克隆于 pGEM TVector后进行序列分析 ,证明这个片段为PR 39基因cDNA的部     

北京黑猪FSHb 亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象, 以FSHb 亚基基因为产仔性状的候选基因, 分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性。结合测序发现: FSHb-1位点上, 北京黑猪BB型的134与135 bp (D00621序列的6 473与6 474 bp) 之间插入273 bp的片段而产生多态, 序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子, 在插入片段中还发现了一个RNA 聚合酶Ⅲ内部启动子; FSHb-2位点上, 由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变, 使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态; 2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布, 且处于低度多态。χ2适合性检验结果表明, 该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态 (P>0.05)。用SAS 8.2 软件最小二乘法拟合线性模型, 将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数 (TNB)、产活仔数 (NBA) 和出生重 (WB) 进行了关联分析, 结果表明: 就初产母猪而言, FSHb-1位点上, AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头 (P＜0.05), AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05)。FSHb-2位点上, AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头 (P＜0.05); AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头 (P＜0.05); 就经产母猪而言, FSHb-2位点上, AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg (P＜0.05)。全部群体的FSHb-1位点的A等位基因和初产母猪FSHb-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应。     

猪口蹄疫病毒受体通用亚基αv的基因克隆及序列分析

病毒受体是病毒宿主范围和组织嗜性的决定因素。研究发现,至少有四种整联蛋白αvβ1、αvβ3、αvβ6、αvβ8是口蹄疫病毒(FMDV)的受体,其中αv是4种受体的通用亚基。首次从口蹄疫病毒实验感染猪的肺组织中克隆到了通用亚基αv基因并对其核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行了比较分析。猪αv亚基基因的编码区含有3141个核苷酸,编码1046个氨基酸,其N-端30个氨基酸为信号肽,其后的胞外域、跨膜区、胞浆域分别由955、29、32个氨基酸组成;胞外域含有11个潜在的糖基化位点(NXT/NXS)、2个Ca2 结合位点(DX[D/N]XDGXXD)、18个半胱氨酸残基。猪αv基因与牛、人、猕猴、家鼠、鸡、犬的αv基因的核苷酸序列同源性分别为93.3%、91.5%、91.4%、85.6%、73.2%、89.9%,推导的氨基酸序列同源性分别为96.3%、94.6%、94.1%、90.8%、81.6%、93.8%,猪与牛αv亚基同源性最高,表明受体αv亚基可能与口蹄疫病毒的宿主范围有关。