FS2M01.pl,转换片段大小表为0/1矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本———FS2M01.pl来实现片段大小表向0/1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0/1矩阵的问题。     

猪显性白毛调控基因（KIT）的研究

猪的白毛色性状由显性基因KIT决定。本文从KIT基因的定位、突变分析、分子基础和作用机制等方面综述了对该基因的研究现状,叙述了KIT基因的研究意义。 Abstract：The dominant coat color in pigs is controlled by KIT gene.The current status of KIT gene is expressed in location、mutation、molecular basis and mechanism.Significance of KIT gene is also discussed in this paper.     

利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法

利用分子标记技术对生物物种群进行类群分类时,一般需要通过分析电泳图谱获得0/1矩阵,通过统计计算来得到其遗传相似系数和遗传距离指数。科学工作者常借助计算器徒手计算,容易出错,速度又慢。本文介绍一种以MicrosoftExcel电子数据表为平台,能较轻松又准确地根据0/1矩阵实现遗传相似系数和遗传距离指数计算的操作方法。     

猪前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)基因的遗传变异及其与繁殖性状相关性研究

前列腺素内过氧化物酶2是花生四烯酸合成前列腺素的限速酶,在包括排卵、受精、着床、分娩等一系列生殖过程中起着重要作用,因而编码该酶的基因是影响繁殖性状的重要候选基因。通过PCR—RFLP分析前列腺索内过氧化物酶2基因在15个中外不同繁殖性能猪种中的遗传变异,结果表明,不同类型中国地方猪种和外来商业猪种往此摹因位点上存在丰富的多态性,繁殖性能相埘较好的江海型、华北型和华中型猪种中A等位基因表现为优势等位基因,卡方检验显示其基因频率分布与西方商业猪种及繁殖性能较低的高原型藏猪和华南型猪种差异均极为显著（P〈0．001）。利用二花脸x杜洛克资源家系F2群体分析该基因与繁殖性状的相关性,在180头F2代母猪群体中,未能进一步证实该基凶位点对总产仔数、产活仔数和死胎数3个繁殖性状存在显著影响（P〉0．05）,但携带优势等位基因4的个体趋向于拥有较高的总产仔数、产活仔数和偏低的死胎数,鉴于该基因的重要作用,基于全基因序列的SNP扫描和大样本群体的相关性分析仍很有必要。     

苏太猪ELOVL7基因的生物信息学分析

不同于人、鼠等物种ELOVL7基因的高相似度,不同品种的猪ELOVL7基因相似度较低。为了探究该基因的特性,本研究运用生物信息学的方法对苏太猪ELOVL7基因及其氨基酸序列的同源性、理化性质、保守结构域、亚细胞定位、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、二级结构、功能预测以及磷酸化位点等进行预测分析。结果表明：在苏太猪中,ELOVL7全长2 324 bp,编码区为846 bp,共编码281个氨基酸。其结构稳定,分子量为33 387.4 Da,带正电荷,偏碱性。该基因所编码的蛋白质最可能位于细胞膜上,主要的功能是运输和结合,为跨膜、非分泌型疏水蛋白质,含有1个GNS1/SUR4家族的保守结构域,并有15个丝氨酸激酶、15个苏氨酸激酶和20个酪氨酸激酶潜在磷酸化位点。α螺旋是ELOVL7二级结构和三级结构中最主要的结构元件。另外ELOVL7与大部分物种的氨基酸序列相似性达90%以上,且亲缘关系较近。分析ELOVL7基因及其氨基酸序列的特征,能够为进一步挖掘该基因内的突变对长链脂肪酸表型的影响以及合成、代谢机理提供分子依据。     

鸡种系嵌和体的研制及其AFLP检测

利用密度梯度离心等方法从孵化51-56 h的石歧杂鸡胚血液中提取PGCs,用自制的玻璃注射针将PGCs注射到孵化2.5 d的H系受体鸡胚中制备种系嵌和体鸡;通过筛选AFLP引物建立起家禽嵌和体的AFLP检测方法;经检测20个发育的PGCs受体鸡胚中有８个种系嵌和体,嵌和率为40%。     

江西省主要地方鸡种的RAPD分析及其群体遗传关系的研究

采用RAPD技术分析了南城黑鸡、余干五黑鸡、泰和乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、崇仁麻鸡、宁都三黄鸡、广丰白耳黄鸡和万载康乐黄鸡等8个江西地方鸡种、1个培育鸡种--景德黄鸡以及1个外来鸡种--以色列隐性白羽鸡基因组池DNA的多态性,经OPERONA,B,C,D,G5组100种随机引物扩增筛选,14种引物获得了33个多态标记.各品种间的遗传距离指数的计算结果和UPGMA聚类关系图表明:在10个鸡种间,南城黑鸡和余干五黑鸡的遗传距离最近,两者有着极密切的亲缘关系.据此认为这两个鸡群可视为同一品种的两个地方系.此外,广丰白耳黄鸡和景德黄鸡也表现出较密切的亲缘关系,这与景德黄鸡在培育过程中曾掺有白耳黄鸡血缘的选育历史相吻合。 Abstract:Random amphfied polymorphic DNAs (RAPD) analysis was explored to investigate genetic polymorphisms of pooled genomic DNA from 8 native and 1 cultivated chicken breeds in Jiangxi province as well as 1 exotic chicken breed,which include Guangfeng baier huang,Jingde huang,Yugan wuhei,Nancheng hei,Congren ma,Taihe Silky Fowl,Ningdu san huang,Dongxiang green-shell,Wanzai kangle huang and Israel Recessive White Feather Fowl.of 100 OPERON random primers screened,14 primers produced 34 polymorphic RAPD markers.The genetic distance index and UPGMA dendrogram indicated that Nancheng hei and Yugan wuhei chickens had very closely genetic relationship,the genetic distance between the two populations was closer than any other pair of breeds.Therefore,the two chicken populations were suggested to be classified into one breed.In addition,Guangfeng baier huang and Jingde huang shown intimately relationship,it was consistent with the cultivation history of Jingde huang chicken breed,in which Guangfeng baier huang was introduced as one of parental breed.     

猪激素敏感脂肪酶(HSL)基因的研究概况

激素敏感脂肪酶(HSL)基因影响着脂肪的沉积,它在表达或活性上的轻微变异均有可能影响猪的背膘厚和瘦肉率。从激素敏感脂肪酶的功能及作用机制出发,通过候选基因策略克隆出HSL基因,将其精确定位于猪6号染色体6p1.1-1.2上;进而分析了HSL及其基因的分子结构,比较HSL基因在不同物种间的同源性。不同产肉型猪种间存在HSL基因的多态性,籍此可为了解猪脂肪沉积的基因效应、寻找与背膘厚及瘦肉率相连锁的分子标记提供通途,最终实现利用MAS、MAI等技术手段提高猪的瘦肉率。 Abstract:The gene affects the accumulation of lipid and its small variation on the activity or gene expression can influence the lean percentage and backfat traits.Based on the function and acting mechanism,this gene was cloned by candidate approach and located on the porcine chromosome 6P1.1～1.2.The molecular structure of HSL and HSL gene were analyzed.The homologies was attained by comparison between different mammal animals.The polymorphism of the gene in different pig breeds was detected.This will help the understanding of the genic effect on porcine fat deposition.The HSL gene should be regarded as a candidate gene for fatness in pis.It may have a potential use in MAS or MAI to increase the lean percentage of pig.     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌,a1—岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR—RFLP方法检测了5个西方商业猪种以及21个中国地方猪种(群)1458个个体在FUT1基因开放阅读框架的307核苷酸位点的G-A点突变(M307^G-A)遗传变异。结果表明：5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布,只有易感的GG基因型,没有多态性。由此提示：1)如果猪FUT1 M307^G-A点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。2)一般而言,在中国的养猪生产实践中,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究,寻找、定位其相应的QTL或／和抗性基因。     

猪黑素皮质素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究

猪的毛色表型虽然与经济性状没有直接相关,但它却对经济效益产生重要影响,在猪育种实践、商品猪生产等方面都有应用。结合PCR—AccⅡ—RFIP、PCR—BspH I—RFLP及PCR-SSCP技术,分析了16个全同胞家系和金华猪、嘉兴黑猪、玉山黑猪、乐平花猪、上高两头乌猪及嵊县花猪等6个地方猪种随机采样个体的黑素皮质素受体1(MCIR)基因型。结果显示,地方猪种在MCIR位点携带高频率的显性黑等位基因E^DI,表明我国地方猪种的黑毛色可能主要由显性黑等位基因E^DI调控。通过对嵊县花猪MCIR位点的分析,首次发现PCR-SSCP证据的新序列,与已知的其他5个等位基因带型不同。家系个体的分析结果进一步验证了E^DI对E^p、e为完全显性,E^p对e为不完全显性。