猪FSHβ亚基基因结构区逆转座子插入突变及其与猪产仔数关系的研究

通过聚合酶链式反应 (Polymerasechainreaction ,PCR)对猪FSHβ亚基基因结构区的插入突变进行了精确定位 ,并对插入片段进行了克隆及序列测定 ,发现该插入片段位于猪FSHβ亚基基因已发表序列的 +80 9与 +810碱基中间 ,长度为 2 92bp ,两端具有相同序列并具有一个 polyA结构 ,为一典型的逆转座子结构 (retroposon) .在此基础上 ,成功地创建了PCR程序对几个猪种的个体进行了FSHβ亚基基因位点的基因分型 ,分析了FSHβ位点在不同猪种中的多态性分布情况 ,并把FSHβ亚基基因作为控制猪产仔数主效基因的候选基因与猪产仔数进行了连锁分析 ,首次证明FSHβ亚基基因座位在约克夏、长白、杜洛克等商业猪种中与控制猪产仔数的主效基因紧密连锁 .优势基因型AA纯合子比BB型纯合子母猪平均每胎多产仔 1.5头 .     

北京黑猪FSHβ亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象,以FSHβ亚基基因为产仔性状的候选基因,分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性.结合测序发现:FSHβ-1位点上,北京黑猪BB型的134与135 bp(D00621序列的6473与6474bp)之间插入273 bp的片段而产生多态,序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子,在插入片段中还发现了一个RNA聚合酶Ⅲ内部启动子;FSHβ-2位点上,由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变,使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态;2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布,且处于低度多态.x2适合性检验结果表明,该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05).用SAS 8.2软件最小二乘法拟合线性模型,将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)和出生重(WB)进行了关联分析,结果表明:就初产母猪而言,FSHβ-1位点上,AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头(P＜0.05),AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05).FSHβ-2位点上,AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头(P＜0.05);AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头(P＜0.05);就经产母猪而言,FSHβ-2位点上,AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg(P＜0.05).全部群体的FSHβ-1位点的A等位基因和初产母猪FSHβ-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应.     

猪雌激素受体基因Pvu II多态性与产仔数性状的关系

雌激素受体（estrogen receptor,ESR）能调控雌激素的合成,影响繁殖功能。将ESR基因作为控制猪产仔数的候选基因,分析其Pvu II多态性与高产猪种莱芜猪和国外引进猪种长白猪产仔数的关系。序列分析发现,PCR扩增区56bp的Pvu II酶切片段位于RFLP分析获得的37kb正向序列的起始部分。因ESR基因在高产仔数的莱芜猪中的Pvu II多态性分布不能证实B基因为优势基因,故推测37kb条带对该猪种产仔数可能不起决定作用。 Abstract:Estrogen receptor (ESR) can regulate the synthesis of oestrogen and affect the reproduction of swine.The relationship between PvuII polymorphisms at estrogen receptor gene and litter size was analyzed in Laiwu breed and Landrace breed by candidate gene method.The results were shown that 56bp of PvuII polymorphisms was the same as the beginning sequence of 37kb of RFLP.The distribution of PvuII polymorphisms also could not prove that B gene was a superior gene,and there was no decisive effect of 37kb band on litter size in pigs.     

北京黑猪FSHb 亚基基因的多态性与繁殖性状的关联分析

本研究以北京黑猪为研究对象, 以FSHb 亚基基因为产仔性状的候选基因, 分别采用PCR产物直接电泳和PCR-RFLP方法来检测FSHβ亚基基因2个位点的多态性。结合测序发现: FSHb-1位点上, 北京黑猪BB型的134与135 bp (D00621序列的6 473与6 474 bp) 之间插入273 bp的片段而产生多态, 序列分析表明该插入片段为一典型的逆转座子, 在插入片段中还发现了一个RNA 聚合酶Ⅲ内部启动子; FSHb-2位点上, 由于扩增片段173 bp处存在C→T的突变, 使得HaeⅢ酶切位点消失而产生多态; 2个位点的A、B等位基因在北京黑猪群体中都有分布, 且处于低度多态。χ2适合性检验结果表明, 该群体在这2个位点的突变都达到Hardy-Weinberg平衡状态 (P>0.05)。用SAS 8.2 软件最小二乘法拟合线性模型, 将基因座不同基因型与繁殖性状总产仔数 (TNB)、产活仔数 (NBA) 和出生重 (WB) 进行了关联分析, 结果表明: 就初产母猪而言, FSHb-1位点上, AA型比AB和BB型个体的TNB分别多0.96头和1.85头 (P＜0.05), AA和AB型比BB型个体的NBA分别多0.95头和1.69头(P＜0.05)。FSHb-2位点上, AA型比AB型和BB型个体的TNB分别多1.57头和2.15头 (P＜0.05); AA和AB型比BB型个体的NBA分别多1.00头和0.94头 (P＜0.05); 就经产母猪而言, FSHb-2位点上, AA型个体的WB比BB型的WB重0.25 kg (P＜0.05)。全部群体的FSHb-1位点的A等位基因和初产母猪FSHb-2位点的A等位基因对TNB、NBA和WB表现为正效应。     

猪整合素β1基因CRS-PCR多态性与产仔数的关联性分析

文章采用CRS-RFLP技术对长白猪、大白猪和杜洛克猪3个品种的整合素β1基因第5外显子T32207C位点及第7外显子A35230G位点进行单核苷酸多态性分析,并将基因多态性与猪的产仔数进行关联分析。结果表明:32207多态位点的基因型效应对3个品种的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA)影响均不显著;35230多态位点的基因型效应对大白猪和长白猪头胎、二胎及所有胎次的TNB和NBA的影响达到显著(P<0.05)或者极显著水平(P<0.01),基因型GG、AG与AA对产仔数的影响存在差异,其效应为GG,AG>AA。可见整合素β1基因35230位点的G等位基因对大白猪和长白猪的产仔数性状有显著影响。     

利用DNA池技术研究猪GH基因启动子序列的多态性

目的:分析猪GH基因启动子区序列的多态性,期望筛选出对猪生长性状有显著影响的SNP位点,为地方猪种的选育及选种提供一定的理论依据.方法:以大约克、可乐猪、香猪和黔北黑猪为试验对象,构建品种DNA池,采用PCR产物直接测序法对猪GH基因启动子区-856～+171片段共1 027bp进行单核苷酸多态性检测.结果:除香猪外,在其他3个猪种5'-端侧翼序列发现5个SNP位点:C22T、A- 26T、G- 219A、T- 385A和C-391T,并且在大约克GH基因启动子区-640处发现了一个12bp碱基序列(GGCAAAGTGTAG)的缺失.结论:DNA池结合PCR产物直接测序技术能够很好的筛选SNP位点,本研究采用该技术在猪GH基因启动子区- 856～+171片段检测到了5个SNP位点.     

梅花鹿FSH β亚基基因克隆与融合表达

以原构建的克隆载体为模板,PCR扩增梅花鹿FSHβ亚基基因,TA克隆后经双酶切插入表达载体pGEX-6P-2,阳性克隆导入E.coli BL21,IPTG诱导表达GST-FSHβ融合蛋白,SDS-PAGE进行分析鉴定.结果显示,FSHβ PCR产物大小约410 bp,测序结果与GenBank序列一致,成功构建了重组表达载体pGEX-6P-2-FSHβ,融合蛋白经SDS-PAGE分析,在相对分子量39.5 kD处,出现特异性蛋白条带,说明梅花鹿FSHβ亚基基因片段已在E.coli BL21中成功表达了FSHβ-GST融合蛋白,融合蛋白功能有待进一步分析.     

东北虎促卵泡激素和促黄体激素基因的克隆及其序列分析

本研究首次从东北虎（Panthea tigris altaica)脑垂体提取总RNA,利用RT－PCR技术扩增出东北虎垂体促性腺激素α亚基,促卵泡激素（FSH）β亚基和促黄体激素（LH）β亚基的编码区序列,并进行克隆,测序和比较分析。结果表明,其α亚基,FSHβ亚基,LHβ亚基基因的开放阅读框分别为363bp,390bp和420bp,分别编码120,129和142氨基酸的前体蛋白。与已发表的人,牛,绵羊,猪,大鼠,小鼠等物种相应序列比较,无论在核苷酸水平,还是在氨基酸水平都显示出较高的同源性（64．7％－96．6％）,其中与猪的同源性最高（86％－96．6％）。东北虎的基因序列还具有其明显的特异性,首次发现LHβ亚基cDNA编码的前体蛋白在信号肽部分比其它物种相应序列多一个亮氨酸残基（Leu)。     

猪骨骼肌MyHC-Ⅱb基因上调表达的分子机制

哺乳动物骨骼肌由各种不同类型的肌纤维镶嵌而成,不同类型肌球蛋白重链的表达是造成不同类型肌纤维的主要原因.目前已知的肌球蛋白重链家族包含8种亚型,其中长白猪骨骼肌My HC-Ⅱb的表达量显著高于中国地方猪,然而造成这种差异的分子机制未见报道.本研究用荧光定量PCR证明了长白猪背最长肌中My HC-Ⅱb m RNA的表达量显著高于莱芜猪(P=0.013).删除实验结果表明,从转录起始位点上游-1024 bp删除到-187 bp之后,My HC-Ⅱb表达量显著下降,分析发现,在这段启动子区域内存在3个E-box序列;分别突变这3个E-box序列后,My HC-Ⅱb启动子驱动的荧光素酶活性显著下降(P=0.036).另外,在My HC-Ⅱb上游启动子区?1398 bp处发现一个GT的突变,所检测的64头莱芜猪在该位点全部为GG型,65头长白猪中13头为GG型,16头为TT型,36头为GT型.在C2C12细胞系中的转染实验结果显示,G突变为T之后有增加My HC-Ⅱb表达的趋势.Western blot的结果表明,转录因子Myo D在两猪种间表达差异不显著(P=0.136),而Myf-5在长白猪中的表达量极显著高于其在莱芜猪中的表达量(P=0.0036).这些数据表明,Myf-5是造成猪My HC-Ⅱb基因m RNA上调表达的重要因素之一.     

猪CuZnSOD基因启动子的克隆鉴定及分析

猪铜锌超氧化物歧化酶(CuZnSOD)是一种重要的抗氧化酶,其功能已被广泛研究,但CuZnSOD基因的转录调控尚不明确。为了研究猪CuZnSOD基因的核心启动子区域,并对其转录调控机制进行探讨,运用PCR方法从猪基因组克隆CuZnSOD基因5′上游调控区853 bp的片段,然后通过巢式PCR方法获得5′末端逐渐缺失的启动子系列片段,并将这些片段定向插入到荧光素酶报告基因表达载体(pGL3-Basic)中。瞬时转染小鼠胚胎细胞(NIH/3T3),利用双荧光素酶报告基因检测不同长度启动子活性。检测结果显示,在CuZnSOD基因5′上游调控区-87 bp和-266 bp处分别存在2个潜在转录起始位点,-383 bp~+67 bp启动区活性最强,进一步缺失分析发现-75 bp~-32 bp区域内含有猪CuZnSOD基因转录所必需的基础启动子序列,其中存在多个潜在的转录因子结合位点,研究结果提示这些转录因子结合位点可能是参与CuZnSOD基因转录的重要调控序列。     

番茄LeDREB1转录因子基因RNAi载体的构建和鉴定

利用rd29A基因启动子的DRE元件从番茄(丽春)cDNA文库中通过酵母单杂交技术筛选得到转录因子基因LeDREB1。核苷酸序列测定结果表明,该基因片段全长1 782 bp,具有900 bp的cDNA开放阅读框序列,编码300个氨基酸。该基因属于AP2/EREBP家族[1],可能调控许多逆境应答基因的表达。运用RNA干扰的思路,设计特异性引物,扩增正向和反向基因片段。将LeDREB1正向+反向基因片段插入到pCAMBIA2300-OCS的35s启动子下游,构建干扰载体pCAM-RNAi-LeDREB1,通过酶切和测序鉴定证明目的片段与载体片段连接正确。这一载体的成功构建为进一步研究LeDREB1的功能和调控作用机制提供有效的材料与技术支撑。     

绿豆种子8S球蛋白基因启动子的克隆及分析

根据绿豆种子8S球蛋白α'亚基基因的末端序列设计3个特异反向引物.以绿豆基因组DNA为模板,采用基因组步移法,获得了8S球蛋白α'亚基基因起始密码子上游784 bp的DNA片段,通过序列测定和生物信息学分析,发现该序列含有启动子核心区以及大量的种子特异表达相关的顺式作用元件,表明此序列为种子特异启动子序列.通过PCR方法在启动子3'端加上翻译增强序列TMV-omega序列,构建了植物双元表达载体pBI-8SG α'-omega-gus,并成功将其转化进入农杆菌.     

人β1整合素启动子核心启动序列初步分析

目的:分析人β1整合素在HaCat细胞中核心启动片段.方法:以本室构建的含整合素β1全长启动子1745 bp基因序列(-1745bp～+11 bp)的重组栽体pGL3-1756为模板,用含有酶切位点的特异性引物扩增出整合素β1启动子-845 bp～304bp间基因序列,克隆至荧光素酶表达载体pGL3 basic,构建含正确目的基因重组载体pGL3-542.用pGL3-1756、和pGL3-542质粒转染人表皮细胞株HaCat进行活性分析.结果:酶切及序列测定表明,克隆后插入pGL3 basic中的启动子片段与GenBank DNA序列数据库对比分析序列一致,且插入方向正确.在人永生化表皮细胞株(HaCat细胞)中构建的pGL3-542载体具有很强的启动活性.结论:成功构建了整合素Bl远端启动子542 bp片段载体,在HaCat细胞中具有非常强的启动活性.人整合素β1整合素启动子核心启动序列可能位于-845 bp～-304 bp.     

山羊卵泡刺激素α亚基cDNA的分子克隆与序列分析

从新屠宰的雌山羊脑垂体中提取总RNA ,反转录获得cDNA .以此cDNA为模板用PCR法扩增目的片段 ,获得长为 380bp的山羊卵泡刺激素α亚基cDNA片段 .将它克隆至pMD 18 T Verctor.随机挑选 3个阳性重组子进行测序 ,将测序结果与绵羊、牛、猪等多种哺乳动物该基因的核苷酸序列及相应氨基酸序列进行比较 .结果表明 ,山羊卵泡刺激素α亚基基因氨基酸序列与绵羊、水牛的同源性最高 ,达 96 % ,与牛的同源性达 95 % ,与人的同源性较低 ,为 74 % .山羊卵泡刺激素α亚基基因编码区的核苷酸与绵羊的同源性最高 ,达 95 % ,与水牛、牛的同源性达 94 % ,与马和大鼠的同源性较低 ,为 85 % .总体来看 ,在哺乳类动物中FSHα亚基基因同源性还是很高的 .     

猪PRLR基因PCR—SSCP多态性与产仔性能的关联分析

采用PCR-SSCP技术分析了杜洛克猪、长白猪、大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种472个个体催乳素受体基因(PRLR)的多态性,检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、CC 5种基因型.在马身猪中, B等位基因为优势基因,频率为0.55;其他品种中,优势基因为A等位基因,频率分布在0.79～0.89之间;C等位基因除在大白猪频率略高外(0.20),在其他品种中频率都很低,在0～0.09之间.对AA、BB、CC三种纯合子进行克隆测序和同源序列比较,发现在扩增片段内有6处SNP,都发生在PRLR基因的第8内含子,分别是内含子8第26位、54位和99位的C→T突变,47位和68位的A→G突变,63位的G→A突变.利用最小二乘分析研究了PRLR基因型对母猪头胎总产仔数和产活仔数的影响,结果表明PRLR基因不同基因型母猪的头胎总产仔数和产活仔数差异均不显著.     

猪MyoG基因内含子1的一个遗传多态性及其遗传效应分析

以长白猪(73),大白猪(68),沂蒙黑猪(57)和莱芜猪(83)为研究对象,采用PCR-SSCP方法 对猪MyoG基因遗传多态性进行分析,并研究基因型与初生重、日增重、肌肉嫩度和背膘厚的相关性.根据猪MyoG 基因的DNA序列（M14331）设计引物,结果在内含子1扩增的片段上发现了一个多态性,检测到2个等位基因(A、B),3种基因型（AA、AB、BB）,并对纯合子进行测序,发现2　943位G→C突变.基因型在不同猪种分布的多重比较,结果表明,大白猪与长白猪、沂蒙黑猪和莱芜猪比较差异显著（P<0.05）,莱芜猪与长白猪和沂蒙黑猪比较差异显著（P<0.05）,长白猪与沂蒙黑猪比较差异不显著（P>0.05）.固定效应模型分析结果表明,初生重及嫩度基因型间差异显著（P<0.01）,而日增重及背膘厚基因型间差异不显著（P>0.05）.最小二乘分析结果表明,BB基因型个体与AA基因型个体比较肌肉嫩度的差异显著（P<0.05）,AA基因型个体与AB和BB基因型个体比较背膘厚的差异显著（P<0.05）.因此,推测MyoG基因对猪肉品质、生长速度及背膘厚存在一定的影响,将 MyoG基因应用于猪育种过程中的标记辅助选择将可以改善猪肉品质,提高生长速度,加快猪的育种进程.     

猪肠道抗菌肽PR-39基因克隆与分析

浙江大学饲料科学研究所汪以真、俞颂东和林文学对猪肠道抗肽PR 39基因作了克隆 ,并进行了序列分析 ,他们从杜长大猪的骨髓中提取基因组RNA ,用反转录聚合酶链式反应RT PCR进行cDNA扩增 ,得到349bp的片段 ,克隆于 pGEM TVector后进行序列分析 ,证明这个片段为PR 39基因cDNA的部     

不同品种猪HSL基因5′-UTR和外显子Ⅰ片段的克隆测序及多态性分析

激素敏感脂肪酶(Hormone sensitivelipase,HSL)是负责分解脂肪组织中甘油三酯释放游离脂肪酸的关键和限速酶,也是影响动物脂肪沉积的关键酶。将HSL基因作为影响猪脂肪代谢和沉积相关性状的候选基因,对不同品种猪HSL基因 5′ UTR和外显子Ⅰ片段进行了克隆测序并开展多态性与性状间的关系研究。序列比较发现,在测定的HSL基因靠近起始密码子(ATG)的 419bp中,杜洛克、梅山猪、大白猪和清平猪序列完全一致,与长白猪序列比较,在-13 ~-12bp位置存在GC→CG的碱基变异;梅山猪(3个体)、通城猪(3个体 )、长白猪 (3个体 )、大白猪(3个体)HSL基因外显子Ⅰ的 442bp位置有G→A碱基间的变异,G→A的转换改变了限制性内切酶BsaHⅠ酶识别位点,且导致了编码氨基酸Val→Ile的替换。经PCR RFLP分析,HSL基因外显子ⅠBsaHⅠ位点多态性有AA、AG和GG 3种基因型。“大白×梅山”F2 代资源家系猪BsaHⅠ位点不同基因型个体背膘厚、肌内脂肪等性状协方差统计分析发现,AG基因型和GG基因型在眼肌面积上存在显著差异。     

猪激素敏感脂肪酶基因外显子1的遗传多态性分析

采用PCR-SSCP方法检测猪激素敏感脂肪酶（hormone sensitive lipase,HSL）基因外显子1的多态性,并分析其与初生重、断奶重、6月龄重和背膘厚的关联性。根据猪HSL基因的DNA序列（AJ000483）设计5对引物,结果在P5引物对扩增的片段上发现了多态性,并对纯合子进行测序,发现外显子1的874bp处存在G-A转换,且存在3种基因型（AA、AB、BB）。统计结果表明,3种基因型在各品种中的分布不一致,长白猪和大白猪与莱芜猪和沂蒙黑猪比较差异极显著（P〈0．01）,长白猪与大白猪比较,莱芜猪与沂蒙黑猪比较差异均不显著（P〉0．05）。固定效应模型分析结果表明,背膘厚基因型间差异显著（P〈0．05）,而初生重、断奶重和6月龄重基因型间差异均不显著（P〉0．05）。最小二乘分析结果表明,BB基因型个体同AB和AA基因型个体比较背膘厚的差异显著（P〈0．05）,3种基因型在背膘厚的大小排列顺序为BB〈AB〈AA。因此,推测HSL基因对个体胴体瘦肉率存在一定的影响将HSL某因应用于猪育种过程中的标记辅助选择可以加快猪的育种进程。     

用直接测定基因组DNA序列的方法检测β-地中海贫血基因突变

本文报道一种结合聚合酶链反应(PCR)技术直接测定基因组DNA中单考贝基因片段序列的方法,以及利用这种方法测定两例β-地贫纯合子的β珠蛋白基因序到结果。测定出基因点突变,一例为编码子17(A→T)突变纯合子,另一例为编码子69(G→A)突变纯合子。针对上述两个点突变合成寡核苷酸片段,末端标记~(82)P后为探针进行斑点杂交的结果与测序结果一致。