SSH 法结合定量 PCR 技术研究双肌臀猪 肌肉组织的差异表达基因

利用抑制性消减杂交技术 (suppression subtractive hybridization , SSH) 成功地构建了双肌臀与非双肌臀大白猪肌肉组织差异表达的消减 cDNA 文库,获得有效克隆 686 个. 对整个文库测序分析,共获得 587 条有效序列. 利用 BLAST 在线软件与 GenBank、 GenBank EST 和 Tigr Porcine EST 等数据库进行同源序列比较,发现其中有 11 个未知新序列,可能代表“双肌臀”大白猪肌肉组织特异表达的新基因. 对文库中所包含的兰尼啶受体基因 (RYR1)、钙依赖性蛋白激酶 基因 (CAMK2)、人类胰岛素生长因子结合蛋白 -7 基因 (IGFBP7),以及 695号、 882号和480号3个新基因进行了实时荧光定量 PCR 检测,结果显示： RYR1、 CAMK2 及 IGFBP7 基因在双肌臀猪肌肉组织 RNA 池中的表达量,分别为对照的非双肌臀猪肌肉组织 RNA 池中表达量的 1.87、 1.90 和 1.85 倍; 695 号、 882 号和 480 号 3 个新的 ESTs 在双肌臀猪肌肉组织 RNA 池中的表达量为非双肌臀猪肌肉组织 RNA 池中表达量的 1.48、 1.44 和 1.78 倍. 这提示我们,上述基因的上调表达很可能与猪双肌臀性状的发生有密切的关系,可以作为研究该性状的候选基因.     

藏鸡胚胎的低氧适应特征及其血红蛋白突变效应

藏鸡能在4200 m以上海拔正常繁衍生息, 但低地鸡在模拟4200 m海拔(12.0%O₂)条件下孵化却只有3.0%的孵化率. 在两品种全期低氧和阶段低氧模拟孵化实验中, 4200 m全期低氧揭示4~11天是隐性白与藏鸡阶段存活率相差最悬殊的阶段, 12~21天相差极显著, 1~3天相差不显著. 但4200 m阶段低氧只能造成两品种孵化率显著差异, 而并不足以造成低氧阶段间阶段死亡率显著差异, 结果显示藏鸡具有优越的克服低氧损害后期不良影响的能力. 对藏鸡和隐性白鸡血红蛋白7条链全部编码序列进行多态分析, 筛选到α^D链编码基因的一个低氧功能突变位点(Met- 2D(B13)-Leu). 该突变基因为藏鸡独有, 其频率随着海拔升高而升高, 而且该突变基因频率越高的群体, 孵化率越高. 以鸡的HbD晶体为模板, 对突变血红蛋白结构和功能进行了同源预测, 结果表明Leu替代Met提供了一个更疏水环境, 有利于血红素的稳定, 从而提高了血红蛋白的血氧亲和力. 突变(Met-32D(B13)-Leu)发生的时间和地点与藏鸡家养化时间和地点密切相关.     

猪肥胖基因5''''调控区与内含子1的测序分析及其两个新微卫星的发现

根据猪肥胖基因(Obese gene,Ob)部分序列设计引物,并通过Southern杂交和杂交阳性片段的克隆进行测序,首次得到猪Ob基因内含子1和5'调控区16.4 kb序列,将外显子1定位在起始密码子上游11.1 kb处,同时在内含子1中发现了两个新的微卫星,命名为SW200和SW160.调控区潜在的调控元件分析显示,-1～ -300 bp区间包含了C/EBP和两个Sp1,可能更直接高效的调节其转录.为研究SW200和SW160与一些重要经济性状的关系,分析了等位基因和基因型频率,用SAS8.2软件分析显示,两个微卫星多态仅对二花脸猪的头胎总产仔数有显著的效应.     

无内源逆转录病毒中国实验用小型猪的筛选与鉴定

分布于猪基因组内的内源逆转录病毒(porcine endogenous retrovirus, PERV)序列是制约猪作为异种器官移植供体的主要因素, 其拷贝数在不同品种与个体间存在着很大差异. 实验中选取了中国农业大学畜牧实验站的3~6月龄、健康的雌性中国实验用小型猪67头, 通过PCR检测与Southern 杂交方法测定了内源病毒的拷贝数与囊膜蛋白类型. 从囊膜蛋白类型来看, 长白猪和中国实验用小型猪之间没有明显的差异, 但在两个猪种中含有两种囊膜蛋白基因(env-A和env-B, 记为env-AB)的个体所占比例明显高于仅含一种囊膜蛋白基因(env-A或env-B)的个体比例.在中国实验用小型猪中发现了2头内源病毒负载阴性的个体, 其他个体的内源病毒基因拷贝数也相对较低, 在10~20个拷贝之间. 这些都充分说明了中国地方猪种的遗传多样性以及中国实验用小型猪可以作为异种器官移植供体的可行性.     

《国外畜禽生产新技术》介绍

作为主审人,我有幸提前阅读了由张文灿(主编)等十几位在国外工作的博士(有的已经回国)编写的《国外畜禽生产新技术》一书。使我深受感动的是,尽管他们工作繁忙,但仍不忘祖国经济建设的需要,结合自己的专业和特长,介绍了国外畜禽生产新技术,为祖国畜牧业的发展作出重要贡献。     

牦牛基因组微卫星富集文库的构建与分析

根据生物素与链亲和素的强亲和性原理,用链亲和素磁珠亲和捕捉与生物素标记的微卫星寡核苷酸探针(CA)12、(CCG)8、(CAG)8、(TTTC)8退火结合的含有接头和牦牛微卫星序列的单链限制性酶切片段,获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pMD18-T载体上,转化至DH5α中,首次成功构建牦牛基因组微卫星富集文库。测序结果发现,阳性克隆率为77％(37／48),说明构建的牦牛基因组微卫星富集文库是一个高质量的文库。牦牛富集微卫星文库的建立和牦牛微卫星的筛选将为下一步进行牦牛基因组结构的分析、牦牛遗传连锁图谱的构建、分子进化和系统发育研究、标记辅助选择以及经济性状的QTL定位提供大量的微卫星标记。     

用放射杂交板定位鸡的MC4R基因以及其在鸡和人染色体上同源区的比较分析

黑素皮质素受体(melanocortin-4 receptor,MC4R)基因的突变与猪、鼠和人等的食欲、肥胖和生长有关联性,然而对鸡的MC4R基因的功能却知之甚少。为了确定鸡的MC4R基因在染色体上的位置,使用鸡-仓鼠杂交板(ChickRH6)做了该基因的定位工作。通过扩增ChickRH6杂交板上的93个样品,然后经整合分析将mC4R基因定位在2号染色体上的标记MCW0062、BCL2和OVY附近,即2q12。这个连锁图上的5个标记基于两点分析与MC4R的LOD值都大于5。同时,以MC4R基因为标记做了鸡和人的染色体比较分析。结果显示鸡的2号染色体(GGA2)和人的18号染色体(HSA18)存在同源区,且基因BCL2和肥胖基因(obesity)位于MC4R基因附近。推测鸡的MC4R基因与人的MC4R基因可能具有相似的功能。该研究揭示了鸡和人MC4R基因的染色体分布,并用杂交放射板将鸡的MC4R基因定位在2号染色体的12区带。     

影响动物模型MBLUP评定准确性的主要因素

标记辅助最佳线性无偏预测（marker-assisted best linear unbiased prediction,MBLUP）是对动物实施标记辅助选择（marker-assisted selection,MAS）的一种重要方法。通过计算机随机模拟研究了所选性状的遗传力、QTL方差和相邻两个标记间图距3个因素对动物模型MBLUP评定准确性的影响。结果表明,性状的遗传力越高、QTL方差和相邻两个标记间图距越小时,动物模型MBLUP评定的准确性越高;相反,当性状的遗传力较低、QTL方差和相邻两个标记间图距较大时,动物模型MBLUP评定的准确性则较低。     

小梅山、中梅山及大约克猪的SLA-DQB基因外显子2 PCR-RFLP多态性分析

采用限制性内切核酸酶Rsa I对中国地方猪种小梅山,中梅山及国外猪种大约克SLA－DQB基因外显子2的273bp扩增产物进行多态性分析,小梅山猪酶切后出现两种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),中梅山猪中出现4种基因型：246bp/27bp(AA),132bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC),246bp/143bp84bp/30bp/27bp(AB),大约克猪中出现5 基因型;246bp/27bp(AA),142bp/84bp/30bp/27bp(BB),132bp/114bp/27bp(CC);246bp/132bp/84bp/30bp/27bp(AB).273bp/246bp/27bp(AD),分析发现,SLA－DQB基因外显子2的11,94和124位碱基表现出多态性并在3个猪种中检测到A,B,C和D4个等位基因,χ^2适应性检验结果表明,小梅山,中梅山及大约克SLA－DQB基因外显子2在Rsa I酶切位点 Hardy-Weinberg平衡状态。     

香猪肌肉组织cDNA文库的构建及其EST测序成功率的分析

以香猪背最长肌为实验材料,以Lambda ZAP II为载体,构建了肌肉组织的cDNA文库。结果表明,cDNA文库的滴度在3.4×107 pfu/ml以上,重组率在94%以上,插入片段大小平均在1.5kb以上。同时指出,如果从3′端测序,多于30 个碱基T的插入片段是造成ESTs测序成功率低的主要因素。 Abstract:Using Longissimus Dorsi muscle as material and Lambda ZAP II as Vector,Xiang Pig Longissimus Dorsi muscle cDNA library has been constructed in our study.The results showed that the tritation of the library was 3.4×107 pfu/ml,the recombinant percentage was 94%,and the fragment length of inserted average cDNA were 1.5kb.The study pointed out that the more than 30 T insertion is the major factor for low percetage if sequencing the 3′-end.