大黄鱼生长激素基因的分离及序列测定

本文从大黄鱼 (Pseucdosiaenacrocea)脑下垂体中提取得到总RNA ,根据近源鱼种生长激素(GH)基因保守序列设计了上游和下游引物 ,通过反转录和PCR扩增得到大黄鱼生长激素cDNA片断 ,并进行序列分析。所得到的序列与近源鱼种生长激素基因序列有较高的同源性 ,断定为大黄鱼生长激素基因序列 ,本序列的测定对进一步研究其生物活性和在工程菌中的表达及应用打下了基础。     

大黄鱼16SrRNA和18SrRNA基因的测定与序列分析

利用多对引物,扩增并测定出大黄鱼16SrRNA基因和18SrRNA基因的部分序列,其长度分别为1202bp和1275bp,16SrRNA基因序列的GC含量为46．12％,18SrRNA基因的Gc含量为53．oo％。将大黄鱼16SrRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合,同时将其18SrRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合,运用软件获得各自序列间差异百分比,转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列,利用NJ法和BI法,分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18SrRNA构建的系统树包括三大支,一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种,一支为两栖类的1个物种,另一支为2种硬骨鱼类。16SrRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。     

新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系

对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼(Leuciscus merzbacheri)、贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)和高体雅罗鱼(Leuciscus idus)3个鱼种共24尾个体的线粒体DNA D-loop控制区核苷酸序列进行了测定,获得24条长度为667—669bp的同源基因序列。3种雅罗鱼之间的序列差异在6．39％—9．89％之间,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高,变异程度小;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体(赛里木湖和额尔齐斯河)内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为1．07％和1．08％;两群体间的序列差异为1．07％,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示,这3种鱼类线粒体DNAD-loop序列变异丰富,24尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基64．1％,GC碱基35．9％,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD-loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近,准噶尔雅罗鱼是3种雅罗鱼中较古老的鱼种。     

饥饿状态下草鱼生长激素的分泌

以两种规模草鱼为对象,研究了饥饿对其生长激素的影响。检测由背大动脉导管抽取的连续血样的结果表明;饥饿状态下草鱼（体重为0．5－1．0kg）生长激素分泌仍是间歇性的,但饥饿明显提高其总体生长激素平均值、基础生长激素平均值和其最大峰值。对于草鱼鱼种（体重为25．30g）,饥饿也明显提高其血液中生长激素水平,但草鱼种的肥满度系数和血糖浓度却。在体外灌流实验中,饥饿的草鱼种脑垂体碎片生长激素基础分泌值明显高于正常投喂的对照组。这些结果表明：饥饿状态下草鱼生长激素分泌增强。     

美国红鱼生长激素基因的克隆及其遗传进化分析

采用PCR方法从美国红鱼肝脏中扩增出美国红鱼生长激素基因。该基因序列长为1 497 bp,与5个已报道的鲈亚目鱼类生长激素基因结构比较发现,他们的外显子和内含子之比均为6∶5,而且相对应的6个外显子大小一致。用Clustal X软件对美国红鱼和其他13种鲈形目鱼类生长激素基因序列进行比对,选取同源性较高的551 bp的编码区序列构建NJ和MP系统进化树,结果发现由其构建的MP和NJ树与根据形态特征构建的系统发育树基本一致,特别是在鲈形目鱼类科间及科以上分类阶元的系统发育研究方面比较一致。研究结果表明鱼类生长激素基因序列能够较真实反映近缘鱼类之间的关系,是进行鲈形目鱼类系统进化分析的较好遗传标志。     

大黄鱼ubc9基因的克隆和组织表达

类泛素化(sumoylation)是一种重要的转录后修饰过程.激活的SUMO(small ubiquitin-related modifer)和E2结合酶结合稳定后共价结合到底物上,从而完成对底物的类泛素化.UBC9(ubiquitin-conjugating enzyme)作为惟一的E2结合酶,在完成类泛素化中起着重要作用.从已构建的大黄鱼性腺线性化cDNA文库中筛选出ubc9同源片段,用SMART-RACE方法克隆得到了846 bp的全长cDNA序列.该序列编码一个由158个氨基酸组成的蛋白.该蛋白序列与已知的UBC9高度同源,含UBC保守结构域和UBC9激活位点区域.实时定量PCR分析ubc9基因在各组织器官的表达,结果发现,ubc9基因在大黄鱼的性腺中大量表达.推测UBC9在大黄鱼性腺发育中起重要的生物学作用.     

温度和病原菌感染对大黄鱼热激蛋白90基因表达的影响

热激蛋白（heat shock protein,HSP）是进化上非常保守的蛋白质家族之一,普遍存在于各种生物体中,在多种生理活动中起到重要作用。该实验克隆了大黄鱼HSP90基因,并分析了温度和病原菌感染对其表达的影响。克隆到的大黄鱼HSP90序列长3 930 nt,含4个外显子和3个内含子,其中编码区2 178 nt,编码725个氨基酸。同源性分析发现,大黄鱼HSP90基因序列和其它鱼类的同源性在90%以上。在不同水温下,HSP90基因在不同组织中的表达量变化不同,心、肠和脑等组织在29 oC时表达量最高,而肌肉、脾和肝等组织在24 oC时表达量最高。用病原菌感染大黄鱼,感染48 h后,鳃、心、脾、肠、肾和脑组织HSP90的表达量明显上升;发病时（感染7天后）,受检的9种组织中HSP90的表达量都比未感染时明显增加。     

牛生长激素基因克隆和核苷酸序列

我们从牛基因文库小分离出编码牛生长激素基因。发现该基因编码区的核苷酸序列和近乎全长的牛生长激素CDNA克隆的核苷酸序列是一致的。该基因序列长约1800碱基对,含有四个插入顺序。具有227核苷酸的第二个插入顺序不含有象在大鼠生长激素基因中发现的那个重复因子。通过比较牛、人和大鼠生长激素基因的5’和3’侧翼区与非转译区发现许多具有高度保守顺序的区域。值得注意的是在所有这三种动物的生长激素基因中都具有一个38核苷酸的同源顺序,其位于离它们的转录起始座位上方大约100碱基对的5’侧翼区中。     

16S rRNA基因和COI基因序列分析在石斑鱼物种鉴定中的应用

对台湾海峡常见的8种石斑鱼进行了16S rRNA基因和COI基因的序列测定,并通过GenBank和BOLD两个数据库进行鱼种鉴定.序列分析表明,COI基因较16S rRNA基因有更大的分辨率;两个基因序列在GenBank中的搜索结果和COI基因序列在两个数据库的搜索结果大部分一致,但仍有部分差异.建议同时使用COI和16S rRNA两种保守基因,进行序列测定,然后在GenBank和BOLD SYSTEMS数据库进行搜索,选择一致的鉴定物种作为鉴定结果.     

儿茶酚胺类药物对草鱼生长激素分泌的影响

本文研究了儿茶酚胺类药物对草鱼生长激素水平的影响。腹腔注射儿茶酚胺合成抑制剂α－甲基－对－酪氨酸（α－ＭＰＴ,５μｇ／ｇｂ·ｗ和５０μｇ／ｇｂ·ｗ）显著降低草鱼鱼种血清生长激素水平,腹腔注射儿茶酚胺能神经毒素６－羟多巴胺（６－ＨＯＤＡ,５μｇ／ｇｂ·ｗ和５０μｇ／ｇｂ·ｗ）也显著降低草鱼鱼种血清生长激素水平。阿卟吗啡（ＡＰＯ,７．１ｍｇ／Ｋｇｂ·ｗ和１２．５ｍｇ／Ｋｇｂ·ｗ）通过背大动脉插管注入草     

侵染落葵的黄瓜花叶病毒分离物CP基因序列分析

通过间接酶联免疫法(ID-ELISA)检测到染病落葵病样中存在黄瓜花叶病毒（Cucumber Mosaic Virus,CMV）。从病叶中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增得到657bp的CMV CP基因片断,将扩增产物与T载体连接并进行测序。用DNA MAN将得到的CP基因序列与GenBank收录的黄瓜花叶病毒两亚组部分株系或分离物的CP基因序列进行比较,结果表明该CP基因与CMV亚组Ⅰ、亚组Ⅱ之间的核苷酸序列同源性分别为91.17~95.43%和75.30~75.76%,推导氨基酸序列同源性分别为95.41~97.71%和81.28~81.74%,表明CMV-Ba与亚组Ⅰ同源关系密切。     

团头鲂胰岛素样生长因子-Ⅰ基因克隆与分析

胰岛素样生长因子－Ⅰ（IGF－Ⅰ）是一单链多肽。在脊椎动物中,IGF－Ⅰ通过介导生长激素达到促进生长的作用。为研究鲤科鱼类IGF－Ⅰ的结构功能及在水产养殖中的潜在应用前景,采用逆转录－聚合酶链式反应（RT－PCR）方法,从团头鲂（Megalobrama amblycephala）肝脏的总RNA中扩增出IGF－Ⅰ cDNA。测定了该基因序列,推导其编码的蛋白质序列,克隆的cDNA序列编码包括信号肽和B、C、A、D、E6个区域的161个氨基酸。E区域分析结果表明所克隆的团头鲂IGF－Ⅰ序列属于IGF－ⅠEa-2亚型。     

革胡子鲶生长激素cDNA克隆与蛋白质结构分析

从革胡子鲶(Clarias lazera(Burchell))的脑垂体组织中提取总RNA, 应用RT-PCR方法, 扩增得到了革胡子鲶生长激素(Growth hormone, GH)基因cDNA的开放阅读框(Open reading frame, ORF)序列。ORF全长为603 nt, 编码由22个信号肽氨基酸和178个成熟肽氨基酸共同组成的生长激素前体蛋白。序列同源比较结果表明, 研究中得到的革胡子鲶生长激素氨基酸序列与GenBank中已报道的其他6种鲶形目鱼类的氨基酸序列同源性高达95.8%。二级结构预测分析结果表明, 革胡子鲶生长激素蛋白中含有a 螺旋、b 折叠和b 转角以及无规卷曲等二级结构, 以a 螺旋为主, 是典型的a 型结构蛋白质。此外, 抗原性分析表明, 在氨基酸序列中的4个区域均可形成优势抗原表位, 其结构特点非常适合改造成为重组生长激素疫苗或单克隆抗体制剂加以开发利用。     

鲤鱼生长激素基因的改造及其在大肠杆菌中的表达

用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）改造了锂鱼生长激素基因,扩增出编码锂鱼生长激素成熟肽的序列,并将此序列克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ Ⅱ ＫＳ质粒中,序列分析后,亚克隆到大肠杆菌表达载体ｐＢＶ２２０中。经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ和薄层扫描,结果表明锂鱼生长激素基因已大肠杆菌中获得表达。锂鱼生长激素成熟肽的分子量为２２０００道尔顿,表达率占细胞总蛋白的１８％以上％。     

舟山市东极大黄鱼养殖系统能值评估

以能值理论为基础,选择浙江省舟山市东极大黄鱼养殖系统为研究对象,在定量分析大黄鱼养殖系统的物流和能流基础上,通过建立能值评价指标体系,综合评价了东极大黄鱼养殖系统对环境的影响及其可持续性.结果表明:东极大黄鱼养殖系统的太阳能值转换率TR为1.46× 106 sej/J,环境承载力ELR为91.10,能值投入的生产效率PEEl为6.91× 10-7,能值持续性指数ESI为0.011.东极大黄鱼养殖系统虽然生产效率较高,但是过分依赖于外部购买资源,并且系统对环境的压力较大,环境的持续性也较差.另外,与广东珠江口3个不同鱼种养殖系统的有关指标进行了对比,提出了大黄鱼养殖系统的可持续性发展建议.     

古尼虫草与亚香棒虫草亲缘关系初探

目的：用分子生物学方法,对古尼虫草和亚香棒虫草进行研究,对其寄主昆虫COI（cytochrome oxidase subunit I,细胞色素氧化酶亚基I）和真菌ITS（Internal Transcribed Sequence,内转录间隔区）区的基因序列进行比较,以确定两者亲缘关系。方法：在古尼虫草和亚香棒虫草性状研究的基础上,对两者来源真菌ITS区和寄主昆虫COI基因进行了PCR扩增和序列测定,对序列进行比对分析,并与GenBank核酸序列数据库中的序列进行BLAST检索比对。结果：发现古尼虫草和亚香棒虫草的来源真菌ITS区和寄主昆虫COI基因序列均有较高相似度。结论：古尼虫草和亚香棒虫草有较近的亲缘关系。     

一个有假基因特点的鼻咽癌相关基因的分离和克隆

用定位候选克隆法克隆了一个与鼻咽癌相关的基因,命名为NAG73基因,结构分析显示NAG73的基因序列无内含子,无典型的启动子序列,polyA尾,与人类生长激素促分泌因子基因的第4个外显子和3′端非翻译区同源,说明NAG73可能是人类生长激素促分泌因子基因的假基因,同时,实验证明NAG73在一些细胞和组织中活跃表达,在正常鼻咽上皮细胞,鼻咽癌上皮细胞和鼻咽癌活检组织,NAG73有表达差异,序列分析显示NAG73有编码翻译产物的可能,NAG73可能可编码产物,该产物在鼻咽癌的发病发展中发挥作用。     

α-葡萄糖苷酶基因序列分析及真核表达载体构建

目的：Aspergillus niger（CU-1）菌株α-葡萄糖苷酶基因（agdA）克隆并对其序列进行分析,构建该基因的真核表达载体。方法：设计合成的一对特异性引物,采用PCR以总DNA为模板,扩增得到DNA片段（D1）;采用RT-PCR方法扩增得到DNA片段（D2）。将DNA片段D1和D2转入大肠杆菌中并进行了序列测定,序列进行BLAST比对分析。将α-葡萄糖苷酶基因的cDNA片段与表达载体pGAPZαA连接,构建重组表达载体。结果：基因agdA大小为3 127bp,含有3个外显子和4个内含子。该基因的cDNA序列大小为2 958bp,包含完整的编码框,编码985个氨基酸。agdA基因序列与已发表的α-葡萄糖苷基因序列同源性达99%,其中有6个位置的碱基发生了变化。已成功构建重组表达载体pGAPZαA-agdA。结论：Aspergillus niger（CU-1）菌株α-葡萄糖苷酶基因序列分析及重组表达载体pGAPZαA-agdA的构建为在毕赤酵母中表达Aspergillus niger（CU-1）菌株的α-葡萄糖苷酶奠定基础。     

猪生长激素cDNA的全序列分析

本文报道了两个猪生长激素cDNA的全序列分析的结果。猪生长激素cDNA是我们由猪垂体mRNA经过反向转录、克隆和筛选后获得的。文中还将这两个序列与Seeburg等(1983)报道的序列以及Vize等(1987)报道的猪基因组生长激素基因的序列进行了比较和讨论。     

大黄鱼虹彩病毒PCR快速检测试剂盒的研制

针对近年来由虹彩病毒所引起的海水养殖鱼类疾病呈日趋严重的态势,该文在证实了引发我国大黄鱼大规模流行病的病原为一种虹彩病毒及测定病毒全基因组序列(111,760bp;GenBank accession numberl．AY779031)的基础上,通过与已报道虹彩病毒核酸序列进行分析比较,结合生物信息学手段,确定了以虹彩病毒ATPase基因保守区序列(295bp)作为扩增靶序列,设计合成了一对特异性引物,通过改进PCR模板的制备方法和优化扩增条件,建立了大黄鱼虹彩病毒PCR快速检测技术,并开发成简便、快速、实用的检测试剂盒,该试剂盒的检测灵敏度相当于30个病毒粒子,模板制备时间约30min、回收率为52％、半个工作日即可得到准确的结果,无非特异性扩增带,适用于大黄鱼虹彩病毒病的早期快速诊断、苗种的检疫及水质环境的监测,目前正在推广应用。