德州汉族人群37个Y⁃STR基因座遗传多态性分析

调查德州汉族人群598名男性无关个体37个Y-STR基因座的遗传多态性,分析其在法医学和群体遗传学方面的应用价值,用AGCU Y37荧光检测试剂盒对德州汉族群体的37个Y-STR基因座进行扩增,用3500xL基因分析仪对其进行检测。用MEGA 7.0软件,通过邻接法（neighbor-joining, NJ）构建德州汉族群体和其他15个参考群体的系统发生树,探索群体间的遗传关系。结果共检出593种单倍型,基因多样性（genetic diversity, GD）值为0.113 9（DYS645）～0.971 4（DYS385a/b）,单倍型多样性（haplotype diversity, HD）和识别能力（discriminative capacity, DC）分别为0.999 971 989和0.991 6。结果表明,这37个Y-STR基因座在德州汉族人群中有较高的多态性分布。群体遗传分析中,遗传距离、多维尺度分析( multi-dimensional scaling,MDS) 和系统发生树分析结果表明,德州汉族与其他地区的汉族群体遗传距离更近。不同群体的遗传特征与语系划分、历史形成、地理分布等方面具有一致性。研究结果可为德州汉族人群的法庭科学和群体遗传学研究提供基础数据支持。     

云南汉族HLA-DRB1多态性分析及与9个汉族群体的比较

主要应用聚合酶链反应—微孔板杂交(Polymerase Chain Reaction and Microtitre Plate Hybridization,PCR-MPH)的方法对云南129个无亲缘关系的汉族样品进行了HLA-DRB1的遗传多态性分析,对MPH初分出的DRB1*15组的样品进行了单链构象多态（Single-Strand Conformation Polymorphism, SSCP）检测。共发现36种等位基因,其中等位基因频率大于0.05的有DRB1*1501(0.1240),DRB1*09012(0.0969),DRB1*08032(0.0930),DRB1*1202(0.0891),DRB1*1201(0.0814),DRB1 *1401(0.0775),DRB1 *0701(0.0620)。云南汉族HLA-DRB1等位基因频率与中国其他9个汉族群体进行χ²检验,结果显示与云南汉族比较χ²>10的有西安汉族（DR8,χ²=13.9712）、上海汉族（DR4,χ²=10.1632）、广东汉族（DR9,χ²=12.6121）和南京汉族（DR4,χ²=10.5796）。从遗传距离分析发现,在9个国内汉族群体中云南汉族与辽宁汉族有最近的距离（0.0541）,而与广东汉族最远（0.1851）。云南汉族在构成上可能与辽宁汉族更为接近,尽管地处南方,但已不属典型的南方汉族。这也可能因云南汉族与当地的少数民族存在基因交流,从而形成了一个较为特殊的群体。     

云南泸西汉族17个Y-STR基因座多态性及遗传关系分析

调查云南泸西县汉族群体17个Y-STR基因座的多态性分布, 探讨其群体遗传学及法医学应用价值。应用AmpF?STR?Yfiler荧光标记复合扩增系统扩增156名汉族无关男性个体的17个Y-STR基因座, 用ABI3100遗传分析仪进行基因检测, 计算等位基因及单倍型频率, 并结合已公开发表的国内外其他16个群体的遗传学资料, 分析各群体间的遗传距离。云南泸西汉族男性群体中, 共观察到154种单倍型, 其中152种为仅观察到1次的单倍型, 2种单倍型观察到2次, 单倍型多样性(HD)值为0.9998, 基因多样性(GD)值在0.3901(DYS437)—0.9632(DYS385a/b)。17个群体遗传距离分析提示, 国内人群云南泸西汉族与湖南汉族的遗传距离最小(0.005), 与闽南汉族的遗传距离最大(0.035); 在中国周边群体中,云南泸西汉族与新加坡华人的遗传距离最小(0.015), 与日本人和马来西亚印度人群的遗传距离最大(0.060)。结果表明, 17个Y-STR基因座在云南泸西汉族中具有较高的遗传多态性, 适用当地的法医学应用。与其他民族群体的遗传多样性比较, 对了解各群体的起源、迁徙及相互关系有重要意义。     

PLCε基因敲除小鼠微卫星DNA遗传监测分析

目的利用多态性微卫星DNA位点分析PLCε基因敲除小鼠的遗传特性。方法用所筛选的15个微卫星DNA位点对28只PLCε基因敲除小鼠的DNA进行了PCR扩增,通过基因片段大小来分析群体的遗传多样性。结果 13个微卫星DNA位点中（D1Mit365、D3Mit51、D4Mit235、D6Mit102、D7Mit281、D8Mit113、D9Mit23、D10Mit180、D13Mit88、D16Mit145、D17Mit36、D18Mit94、D19Mit97）每个位点的28只小鼠DNA片段泳动距离一致,呈现单态性,表明该群体符合近交系的遗传特性;而利用Dq（敲基因型）和Dy（野生型）两个位点对28只小鼠的PCR扩增结果进行了鉴别分析,其中敲除基因型小鼠为6只;野生型为7只;杂合型为15只。结论利用微卫星标记技术可以对群体进行遗传质量监测,并能有效地鉴别不同的基因型,为小鼠的遗传质量监测提供了一种可行的方法。     

铜川汉族人群38个Y-STR基因座多态性调查

Y染色体上的短串联重复序列（Y chromosome short tandem repeats, Y-STRs）在法医鉴定,尤其是混合斑中男性成分的检测分析和家系排查中具有重要作用。随着Y-STR试剂盒的不断推出和数据库的建立,国内外针对不同地区和群体的Y-STR多态性研究日益增多,而有关铜川汉族Y-STR研究鲜有报道。基于此,采用YfilerTM Platinum复合扩增试剂盒对陕西铜川汉族669名无关男性个体进行38个Y-STR基因座遗传多态性调查,并探索铜川地区汉族与其他群体之间的遗传关系。调查共检出657种单倍型,单倍型多样性和识别能力分别为0.999 937 345和0.982 1。38个Y-STR基因座共检出428个等位基因,基因多样性值在0.108 9（DYS645）~0.969 9（DYS385）。群体遗传分析中,多维尺度分析（multi-dimensional scaling, MDS）和系统发育树分析结果显示铜川汉族与其他地区的汉族群体遗传距离更近。综上,研究结果中38个Y-STR基因座在铜川汉族群体中具有较高的遗传多态性,适合铜川地区法庭科学应用。     

草鱼种群SSR分析中样本量及标记数量对遗传多度的影响

利用45对微卫星分子标记（SSR）,以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)自然群体为实验材料,探讨野生群体遗传多样性研究中所需的最适样本量与标记量。实验设置6个样本量梯度,9个标记量梯度。对等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、观察杂合度（Ho）、期望杂合度（He）等遗传多样性指标的变化趋势进行统计分析。结果表明,样本量、微卫星标记的数量和多态性水平对群体遗传多样性均有较大的影响,其中等位基因数与样本量大小呈显著正相关,而杂合度随标记量的增多而剧烈波动。当取样量大于40,标记量大于25时,各遗传参数值趋于稳定。因此,在应用微卫星标记对水产动物自然群体的遗传学研究中,要根据所研究种类的特点,尽可能采样40尾以上,采用25个以上标记,避免由人为选择的偏差对群体遗传多样性水平的正确评估所造成的影响。同时根据上述研究结果,对陕西草鱼自然群体进行了遗传多样性的评估,结果显示该群体平均等位基因数（MNA）、平均有效等位基因数、平均观测杂合度、平均期望杂合度分别为7.26、4.21、0.73、0.68,认为该群体具有较高的遗传多样性。     

云南人群系统性红斑狼疮与TNF微卫星基因座关系的研究

位于MHC内的肿瘤坏死因子（tomor necrosis factor,TNF)基因区域有5个微卫星基因座a、b、c、d和e,本研究调查了中国云南汉族系统性红斑狼疮（systemic lupus erythematosus,SLE）与这几个微卫星基因座多态性的关系。本用荧光标记引物和半自动基因扫描方法对云南地区97例SLE患及79例健康对照的5个微卫星基因座进行了基因分型,结果发现,SLE患的TNFα1（P＝0.0206）,c2（P＝0.0000)等位基因频率较正常人显增高,而TNFα2(P=0.01630,c3(P=0.0065),c4(p=0.0012),d6(P=0.0448）等位基因频率则是正常对照较SLE患高。同时我们还发现在这5个微卫星基因座中,与白种人比较中国人出现了尚未发现的新等位基因。     

山西汉族17个Y-STR基因座遗传多态性及遗传关系

为了调查山西汉族群体17个Y-STR基因座的多态性分布,探讨其群体遗传学及法医学应用价值,文章应用Y-filer TM试剂盒检测222名山西汉族无关男性个体的17个Y-STR基因座,用ABI3130遗传分析仪进行基因分型,计算等位基因频率及单倍型多样性,并结合已公开发表的国内其他13个群体相关数据资料,分析山西汉族群体遗传距离和聚类关系。结果:山西汉族个体中共检出219种单倍型,单倍型多样性为0.9999;基因多样性GD值在0.3894(DYS391)~0.9755(DYS385a/b)。从遗传距离分析发现,山西汉族与吉黑汉族之间的遗传距离最近(?0.0001),与台湾群体(0.0152)之间的遗传距离相对较远。结果表明该17个Y-STR基因座在山西汉族群体中具有丰富的遗传多态性,对建立Y染色体STR数据库、研究群体遗传学和进行法医学应用有重要意义。     

树鼩微卫星DNA的多态性研究

目的探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法。方法利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测。结果所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差。结论所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性。     

中国6个人群中Y染色体15个双等位基因标记变异频率分布及单体群分析

以6个群体（5个民族）342名男性为研究对象,采用等位基因特异性PCR技术对Y染色体上15个双等位基因标记进行基因分型,得到15个标记的变异频率分布并界定了6个群体的单体群。结果显示,在两个汉族人群中M9G的频率相当高（96.20%和96.43%）,为一特征性标志;四川汉族以高M95T（82.14%）为显著特点：回族以M45A（18.57%）的高频率有别于其他5个群体（0%）。进一步对单体群分析表明,4个少数民族群体享有共同的基本单体群,并根据群体间的共有单体群比较推测出4个少数民族间的相对遗传距离,而两个汉族群体中的单体群类型即表现出显著不同。     

云南省15个民族红细胞PGM1亚型分布调查

采用超薄层聚丙烯酰胺凝胶等电聚焦电永地,对云南省汉族、彝族、白族、苦聪人、哈尼族、傣族、瑶族、基诺族、布郎族、瓦族、拉祜族、回、傈僳族、纳西族和普米族等１５个民族红细胞ＰＧＭ１亚型分布进行了调查。计算出上述１５个民族的ＰＧＭ１亚型分布的基因频率及ＤＰ值,经统计学检验表明：ＰＧＭ１亚型的分布上述１５个民族中存在着明显的民族间差异,但在北京、辽宁、西安、云南４个不同地区的汉族人群中ＰＧＭ１型分布却无显     

Analysis of East Asia Genetic Substructure Using Genome-Wide SNP Arrays

Accounting for population genetic substructure is important in reducing type 1 errors in genetic studies of complex disease. As efforts to understand complex genetic disease are expanded to different continental populations the understanding of genetic substructure within these continents will be useful in design and execution of association tests. In this study, population differentiation (Fst) and Principal Components Analyses (PCA) are examined using >200 K genotypes from multiple populations of East Asian ancestry. The population groups included those from the Human Genome Diversity Panel [Cambodian, Yi, Daur, Mongolian, Lahu, Dai, Hezhen, Miaozu, Naxi, Oroqen, She, Tu, Tujia, Naxi, Xibo, and Yakut], HapMap [ Han Chinese (CHB) and Japanese (JPT)], and East Asian or East Asian American subjects of Vietnamese, Korean, Filipino and Chinese ancestry. Paired Fst (Wei and Cockerham) showed close relationships between CHB and several large East Asian population groups (CHB/Korean, 0.0019; CHB/JPT, 00651; CHB/Vietnamese, 0.0065) with larger separation with Filipino (CHB/Filipino, 0.014). Low levels of differentiation were also observed between Dai and Vietnamese (0.0045) and between Vietnamese and Cambodian (0.0062). Similarly, small Fst''s were observed among different presumed Han Chinese populations originating in different regions of mainland of China and Taiwan (Fst''s <0.0025 with CHB). For PCA, the first two PC''s showed a pattern of relationships that closely followed the geographic distribution of the different East Asian populations. PCA showed substructure both between different East Asian groups and within the Han Chinese population. These studies have also identified a subset of East Asian substructure ancestry informative markers (EASTASAIMS) that may be useful for future complex genetic disease association studies in reducing type 1 errors and in identifying homogeneous groups that may increase the power of such studies.     

云南23个少数民族人群腺苷酸激酶(AK1)多态分布调查

采用淀粉凝胶电泳法,对云南彝、白、哈尼、壮、傣、苗、傈僳、回、拉祜、佤、纳西、瑶、藏、景颇、布朗、普米、怒、阿昌、德昂、基诺、布依、独龙和苦聪人等23个少数民族人群的红细胞腺苷酸激酶(AK1)的多态分布进行了调查。结果,在23个人群中均未检出AK21纯合子。但在彝、回、景颇、布朗、怒和德昂6个民族中检出了AK21杂合子,AK21基因频率在这6个民族中的分布在0.0045-0.0446之间,其中,仅回族的AK21基因达多态水平。 Abstract:The investigation on the distribution of adenylate kinase(AK1)polyorphism in 23 ethnic groups in Yunnan province of China,including the minorities of Yi,Bai,Hani,Zhuang,Dai,Miao,Lisu,Hui,Lahu,Wa,Naxi,Yao,Tibetan,Jingro,Bulang,Pumi,Nu,Achang,Deang,Jino,Buyi,Dulong and Kucong people,was carried out,using starch gel electrophoresis.The results showed that no AK21,homozygote and other variations were found.But AK21 heterozygotes were found in the minorities of Yi,Hui,Jingpo,Bulang,Nu and Deang.The ranges of AK21 gene frequencies were 0.0045-0.0446.     

广州地区106例汉族人群MICA和MICB微卫星基因座 单体型研究

利用聚合酶链反应和荧光（6－FAM）自动化检测技术对广东地区汉族106例无亲缘关系样本进行MICA基因外显子5和MICB基因内含子1微卫星基因座多态性及其单体型分布调查。根据群体资料估算两者间的单体型频率、连锁不平衡参数、相对连锁不平衡参数。结果显示,广州地区汉族人群MICA和MICB微卫星基因座基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡法则,共检出MICA微卫星基因座 5个等位基因, MICB微卫星基因座14个等位基因。其中MICA A5基因频率最高（0.2877）,A4基因频率最低（0.1321）。MICB CA14等位基因频率最高（0.3255）,CA19、CA28等位基因频率最低（0.0047）,未检出CA27。21种MICA－MICB单体型频率大于1%(连锁不平衡参数>0), 其中单体型A5－CA14 (16.73%), A5.1－CA18 (8.75%), A4－CA26(3.76%),A9－CA15(3.66%)和A6－CA21(2.61%)为强连锁常见单体型（χ2>3.84, P<0.05）。广州地区汉族人群MICA和MICB微卫星基因座多态性和单体型分布有其自身特点,MICA和MICB微卫星基因座适合做为遗传标志,用于人类学、遗传疾病基因连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等研究领域。Abstract: This study is to investigate genetic polymorphisms and haplotypes of microsatellite locus in the exon 5 of the MICA gene and intron 1 of the MICB gene based on 106 samples of Guangzhou Han Population by polymerase chain reaction and fluorescent technique (6-FAM). The corresponding haplotype frequencies, linkage disequilibria values and relative linkage disequilibria values were estimated based on population data. The results show that the genotype distributions of MICA and MICB microsatellite meet Hardy-Weinberg equilibrium in Guangdong Han population. In total, 5 alleles of MICA microsatellite locus and 14 alleles of MICB microsatellite locus were observed. MICA A5 was the most common allele (0.2877), whereas A4 was the least popular one (0.1321). MICB CA14 was the most common allele (0.3255), and CA19 and CA28 were the least popular ones (0.0047). CA27 was not observed. Twenty-one kinds of MICA-MICB haplotypes occurred at frequencies of more than 1% (linkage disequilibria value>0). The common MICA-MICB haplotypes were A5-CA14（16.73％）, A5.1- CA18 (8.75%), A4- CA26(3.76%),A9-CA15(3.66%) and A6-CA21(2.61%)（χ2>3.84, P<0.05）, and they were strong linkage disequilibria. The polymorphisms and haplotypes distributions of MICA and MICB microsatellite locus in Guangzhou Han population have their own genetic characteristics. The microsatellite locus of the exon5 of the MICA gene and intron 1 of the MICB gene could be used as the genetic markers in the studies of anthropology, linkage analysis of genetic disease genes, individual identification and paternity test in forensic medicine.     

云南10个民族红细胞酸性磷酸酶型分布调查

用淀粉凝胶电泳法对云南省汉族及9个少数民族的红细胞酸性磷酸酶(ACP_1)的表型分布进行了调查,检出A、BA和B3种表型,计算得云南汉、彝、白、傣、瑶、佤、哈尼、布朗、基诺和拉祜族ACP_1~A、ACP_1~B的基因频率依次为0.2067、0.7933;0.2406、0.7594;0.2341、0.7659;0.3750、0.6250;0.2300、0.7700;0.2727、0.7273;0.3594、0.6406;0.3036、0.6964;0.2381、0.76119和0.4474、0.5526。未发现ACP_1~C基因及其它稀有基因。研究表明,ACP_1表型的分布存在着一定的种族与民族差异。     

应用线粒体DNA D—loop区遗传多样性分析云南4个少数民族的遗传关系

对傣,佤,拉祜和藏族4个群体的99名个体mtDNA非编码区(D-loop)高变区I 16048－16569及I－41的563bp片优进行序列分析,计算了核酸多态度,并用Neighbro-Joining法构建系统进化树,在进化树中,99个mtDNA序列分别聚在4个群中,所有在COII／tRAN^Lys基因间序列存在9bp 缺失的个体均聚在C1如中,C2群由1个佤族个体和4个藏族个体组成,C3群中除2个藏族个体外均为其他3个民族个体,4个群体的大部分个体聚在C4群,根据核酸多态度计算的净遗传距离重建的进化树显示,傣族,佤族和拉祜族的亲缘关系较接近,与藏族距离较远,结果表明遗传距离与他们的地理分布是非常一致的,而拉枯族与相传同为氐羌后裔并有相近语言的藏族遗传距离却较远,这一结果提示这两个民族可能具有不同的起源。     

青海撒拉族侧面部几何形态测量分析

采用基于标志点的几何形态学测量方法对青海循化撒拉族自治县的撒拉族男性82人侧面轮廓形状进行了分析。撒拉族人群额部的变异主要体现在第7、8特征点区域(鼻凹点之上区域),额部其他区域的形态变异较小,而鼻区、嘴唇及下巴区域的形态变异较大,这些特征与土族较相似。同时,撒拉族也显示出明显区别于土族、藏族的形态。如撒拉族额部比较突出,显得前倾,额部相对较长,唇部相对土族较回缩。撒拉族额部特征点集的面积较大,可能反映了撒拉族额部的变异大于土族、藏族。聚类分析显示,男性两类侧面轮廓的差异主要集中在额部,与土族的类别间差异有相似之处。异速生长分析显示,尺寸大小能够解释形状变异的5.51%,随着CS值的增大,额部和下巴部变化明显,额度由陡直趋向于变得平缓,下巴部也随CS值的增大由较突出变为明显回缩。土族、藏族也是随着CS值的增大,额部由陡直趋向于变得平缓,下巴部由较突出变为明显回缩,似乎提示撒拉族、土族、藏族有相似的面部形态变化规律:长面型者的额部较低平,下巴部较回缩。     

云南十个少数民族的F13A01、FESFPS和vWA位点遗传多态分析

短串联重度序列（STR）是由几个碱基对作为核心单位串联重复形成的一类DNA序列,应用3个位点在同一反应体系中进行互不干扰的多重PCR,采用高分辨力的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离、银染法显影技术,对云南省特有的白族、傣族、阿昌族、景颇族、德昂族、拉祜族、布朗族、哈尼族、普米族和基诺族等10个少数民族的F13A01、FESFPS和vWA3位点等位基因的基因频率分布进行了调查,获得了满意的结果,在不同群体中发现一些有意义的遗传差异。     

PSCArs2294008 T polymorphism increases the risk of bladder cancer in Bai,Dai, and Han ethnicity in China and a potential mechanism

The aim of this study is to make a comparative evaluation on association of PSCArs2294008 C/T polymorphism with the risk of bladder cancer in Bai, Dai, and Han people in China. A potential mechanism of the T allele risk was also investigated. T allele increased the occurring risk of bladder cancer in Han (OR 1.34; 95% CI 1.17–1.69), Dai, (OR 1.33; 95% CI 1.12–1.70), and Bai (OR 1.14; 95% CI 1.08–1.57) people. T genotype was also observed to associate with invasive bladder cancer in all the three populations (Bai, OR 1.15, 95% CI 1.07–1.87; Dai, OR 1.17, 95% CI 1.05–2.23; Han, OR 1.22, 95% CI 1.10–2.09). PSCA m-RNA levels in T genotype bladder cancer tissues were significantly lower than those in C genotype. An enhancement of PSCA m-RNA level by over-expressing C or T genotype in bladder cancer cells both decreased the cell proliferation and migration, but not affected cell cycle. The increased cell apoptasis due to the over-expression of the two variants was observed. Those change of cell proliferation, migration, and apoptasis was more remarkable in over-expressed C genotype cells than those in over-expressed T genotype. T genotype was genetically high risk to the occurrence of bladder cancer. The decreased PSCA m-RNA levels were involved in the progress of bladder cancer. T allele takes more responsibility for PSCA m-RNA down-regulation to promote cell proliferation and migration and hinder cell apoptasis, thus leading to a higher risk.     

湖南地区HBV患者MHC—I类链相关基因A第五外显子微卫星多态性研究

分别提取湖南汉族人群108例慢性乙肝病毒（hepatitis B virus,HBV）患者、96例HBV携带者和142例健康对照者外周血基因组DNA,利用聚合酶链反应和基因扫描技术分别对它们的主要组织相容性复合体I类链相关A（major histocompatibility complex class I chain related A, MICA）基因第5外显子进行微卫星多态性分析;应用DNA测序分析对不同的基因型进行验证,同时应用PCR／SSP技术进行MICA＊Del检测,确定MICA基因第5外显子基因型。发现本研究的三组中分别检出44、A5、A5．1、A6、A9五种等位基因,且以A5和A5．1为主;在HBV携带组和健康对照组中分别检出MICA＊Del基因。结果同时显示慢性HBV患者组MICA＊A5．1／A9基因型频率、慢性HBV患者组的MICA＊A9等位基因频率、慢性HBV患者组MICA＊A9表型频率和HBV携带组MICA＊A5．I／A9基因型频率均低于相应的健康对照组;而湖南地区汉族人群HBV携带者和慢性HBV患者问的基因型频率、等位基因频率和表型频率无显著性差异;因而推测MICA＊A5．1／A9基因型和MICA$A9等位基因可能是抗HBV感染的一种保护性等位基因。为今后进一步研究HBV的感染、预防和治疗提供参考依据。