小鼠39个微卫星的PCR条件及其运用

目的探索小鼠基因组39个微卫星的PCR条件,评价微卫星在小鼠遗传检测中的运用.方法采用梯度法探索39个微卫星的PCR条件;选择本中心不同来源及引种时间的C57BL/6、BALB/c、DBA/2J、CBA/N、FVB/NJ、ICR共6个品系(8个组)小鼠,每组采用10只个体的鼠尾,提取DNA并混合成DNA池,用39个微卫星扩增后电泳观察、比较种系纯度.结果小鼠微卫星的PCR条件差异较大,Mg2+浓度多数在1.5 mmol/L左右,退火温度多数在59℃左右.在6个品系小鼠的39个微卫星位点中,C57BL/6、BALB/c、DBA/2J都是纯合的; 其余品系有1～3个杂合位点. BALB/c在D5Mitl68、D8Mit320、D13Mit262三个位点,DBA/2J在D14Mit205位点与数据库记录有差异.结论本研究为小鼠39个微卫星提供了候选的PCR条件,并对6个品系小鼠的微卫星概貌及微卫星的运用价值进行了探讨.     

微卫星座位对KM封闭群小鼠的遗传分析

应用微卫星分子标记对昆明小鼠(KM)封闭群相隔10代的两个群体(分别命名为A9和A19)进行遗传背景分析,共设计位于小鼠7条染色体上的7对微卫星引物用于实验研究,选取具有多态性的一个微卫星位点D3Mit22进行详细分析.结果表明:所研究的位点D3Mit22在两个群体共发现2个不同的等位基因,3种不同的基因型,其中A9代有3种不同的基因型,即AB,AA,BB.A19代有两种不同的基因型,即AB,BB.进一步埘不同的微卫星位点克隆测序,分析了该位点的DNA分子特性.对封闭群小鼠检测方法的建立及保持封闭群小鼠的遗传稳定性提供了重要的分子数据.     

树鼩微卫星DNA的多态性研究

目的探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法。方法利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测。结果所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差。结论所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性。     

恒河猴与食蟹猴微卫星DNA多态性的比较分析

目的分析恒河猴和食蟹猴群体间的遗传多样性,确立一种对恒河猴和食蟹猴种群个体的遗传鉴别方法。方法利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术采用15个多态性微卫星DNA位点对50只恒河猴和50只食蟹猴个体进行了DNA多态性的分析,对比两群体间等位基因数目差异。结果筛选的15个具有显著多态性的微卫星DNA位点对恒河猴和食蟹猴种群可以进行DNA多态性分析,其等位基因数目均在7个以上,且两群体间有11个位点的等位基因数存在一定的差异。结论利用这些多态性微卫星DNA位点建立一种有效鉴别恒河猴和食蟹猴种群遗传背景的方法具有一定的可行性。     

先天性骨-肾畸形综合征小鼠(KM-ld)致病基因1d的染色体定位

对KM－1d小鼠的致病基因ld进行染色体定位。采用异构蛋白及同功酶电泳技术和体外扩增技术对同源导入近交系小鼠C57BL／6·KM－1d20对染色体上的14个生化标记基因位点和61个SSLP位点进行筛选,发现ld基因与2号染色体上的D2Mit30、D2Mit62和D2Mit633个SSLP位点连锁,从而把ld基因初步定位于2号染色体。为进一步对ld基因准确定位,培育了86只（C57BL／6×KM－ld）F1×KM－ld回交后代小鼠用于连锁分析。体外扩增所有回交后代的D2Mit13、D2Mit30、D2Mit62和D2Mit634个SSLP位点,结合表型,分析与ld基因的连锁关系,通过计算遗传距离,将ld基因具体定位于2号染色体上76cM处,距D2Mit30、D2Mit62和D2Mit6325．58cM,距D2Mit1331．39cM。     

应用40对微卫星引物对6种近交系小鼠遗传背景进行监测的研究

采用40对引物的微卫星DNA PCR遗传质量符合要求的BALB／C－nu0nu-,DBA/2,SCID,T739,TA2,615等6种近交系小鼠进行遗传监测,结果26对引物有稳定的扩增结果,5对引物表现为单态性,21对引物表现出多态性,其中D2Nds3,D3Mitl5,D3Mitl7,D3Mit18,D16Mit7等6对引物表现出显著的多态性,反映了各品系小鼠独特的遗传背景,可应用于区别小鼠品系,监测系间的遗传污染,为有关小鼠品系积累了遗传背景资料,有助于将实验动物的遗传监测从表墼这度到DNA水平。     

Presenilin-1/Presenilin-2双基因敲除小鼠的繁育及基因型鉴定

目的:繁殖及鉴定Presenilins双基因敲除小鼠,为进一步研究阿尔茨海默症(AD)奠定基础。方法:将引进的野生型及PS1/PS2双基因敲除小鼠进行饲养并繁殖,繁殖成功的子代小鼠基因型有野生型、杂合子和纯合子3种。提取子代小鼠鼠尾基因组DNA,用PCR法和琼脂糖凝胶电泳鉴定基因类型。结果:PS1/PS2双基因敲除小鼠的饲养和繁殖均获得成功,繁殖结果符合孟德尔遗传规律,同时获得更多基因型小鼠和Presenilins双基因敲除小鼠。结论:正确的饲养繁殖以及鉴定方法是获得PS1/PS2双基因敲除小鼠的有效途径。     

恒河猴群微卫星DNA多态性的分析

目的　确立一种对恒河猴群个体的遗传物质进行准确可靠、快速简便的遗传检测方法。方法　利用聚合酶链反应 (PCR)扩增技术对 2 0只恒河猴群个体间进行了DNA多态性的分析。结果　筛选出 9个微卫星DNA位点具有显著多态性 ,4个微卫星DNA位点没有多态性 ,还有 2个位点等位基因数目较少。结论　利用这些多态性微卫星位点建立一种对恒河猴群个体进行有效、准备可靠、快捷简便的遗传背景监测方法。     

罗氏沼虾不同群体线粒体COI基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）线粒体DNA的COI基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点（占2.01%）,17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COI基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。     

敲除NDRG2 基因的AD模型小鼠的构建与鉴定

目的:构建与鉴定NDRG2基因全身敲除的阿尔茨海默症(AD)小鼠模型。方法:将NDRG2-/-、APP/PS1进行饲养杂交繁殖,将通过PCR技术鉴定基因型为NDRG2+/-APP/PS1的子一代小鼠再与NDRG2-/-小鼠回交获得子二代小鼠,提取子二代小鼠的基因组DNA再利用PCR方法:扩增NDRG2和APP/PS1基因片段并进行琼脂糖凝胶电泳检测获得4种基因型的小鼠。结果:选取基因型为NDRG2-/-APP/PS1的小鼠即为全身NDRG2敲除且淀粉样蛋白基因过表达的阿尔茨海默症模型小鼠。应用PCR方法:鉴定NDRG2基因全身敲除的AD小鼠模型。成功获得NDRG2基因全身敲除的AD小鼠,该基因型小鼠有繁殖能力,其繁殖符合孟德尔遗传规律。结论:成功构建NDRG2基因敲除的阿尔茨海默症模型小鼠,为进一步研究NDRG2基因在阿尔茨海默症病理发展过程中的作用机制及新的治疗方法的研究提供模型基础。     

用微卫星标记技术对国内BALB/c小鼠遗传质量的分析

为了解和掌握国内BALB/c小鼠遗传质量状况,验证微卫星标记技术在近交系小鼠遗传检测中应用的可靠性,应用所筛选的小鼠不同染色体上的14个微卫星基因座,通过PCR扩增对北京、上海、沈阳、广州、长春、重庆和哈尔滨7个地区11个厂家提供的BALB/c小鼠进行遗传质量分析.结果北京、上海、哈尔滨及广州地区7家BALB/c小鼠在14个基因座均呈现一条清晰条带,且群体间呈单态性.沈阳、广州、长春和重庆4个群体有8个基因座在群体内表现杂合或呈多态性;其中沈阳和长春分别在1个基因座上表现多态性和杂合;广州另一群体有4个基因座出现杂合或多态性;重庆群体有7个基因座表现为杂合或多态性,在D10Mit180基因座与上海群体比较呈现多态性.     

两种白斑小鼠突变基因的染色体定位

以本中心ENU诱变获得的两种白斑突变小鼠W-4Bao与Kitl-1Bao为研究对象[均为C57BL/6J(B6)背景],遗传试验表明它们都为单基因显性遗传,W-4Bao及Kitl-1Bao突变基因纯合子小鼠的表型分别为全白色及“黑头白”;将白斑杂合子小鼠与DBA/2(D2)交配获得具有白斑表型的F1小鼠,F1小鼠再回交D2繁殖[(B6×D2)F1×D2]F2小鼠,利用微卫星标记对F2代小鼠进行连锁分析。结果发现W-4Bao与微卫星D5Mit356、D5Mit308之间的LOD值分别为56.82、51.50,从而把该突变基因定位于第5号染色体D5Mit356与D5Mit308之间;Kitl-1Bao与微卫星D10Mit70、D10Mit68之间的LOD值分别为27.37、21.20,从而把该突变基因定位于第10号染色体上D10Mit70与D10Mit68之间。经过检索小鼠基因组数据库确认它们的候选基因分别为kit及kitl。     

利用荧光PCR技术对Crispr/Cas9敲除microRNA 505的小鼠进行鉴定

利用荧光PCR技术对Crispr/Cas9系统敲除的micro RNA 505小鼠进行鉴定,能快速检测出敲除小鼠的基因型,有效加快敲除小鼠基因功能验证的进程。首先,在Crispr/Cas9系统敲除的基因位点区域设计PCR引物,并在上游引物的5′端使用羟基荧光素(5-carboxyfluorescein,FAM)荧光修饰。模板经过PCR的扩增后,将PCR产物与已知片段大小的6-羧基-X-罗丹明琥珀酰亚胺酯(6-carboxy-X-rhodamine,ROX)混合,在377测序仪上通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。随后,根据相对分子质量内标法计算出PCR产物大小,从而达到鉴定小鼠基因型的目的。将上述荧光PCR技术应用于实践发现,两只奠基鼠、16只F1代小鼠以及26只F2代小鼠都能得到准确的鉴定,其中包括microRNA 505基因区段被敲除了17 bp和23 bp。因此,利用荧光PCR技术可以快速、准确地鉴定Crispr/Cas9敲除小鼠。     

利用双重PCR技术研究长爪沙鼠的微卫星结构

目的为了建立快速检测长爪沙鼠群体遗传多样性的方法及获得Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群现用微卫星位点的结构。方法利用17个微卫星位点（9个来自长爪沙鼠,8个来自大小鼠）进行了PCR反应体系及反应条件的优化,组合了6组双重PCR及两个复合式点样,用上述8个组合对普通级Z：ZCLA长爪沙鼠封闭群43、444、5三个世代核心群各100只种鼠进行遗传检测。结果三个世代的300只种鼠的检测结果表明,9个长爪沙鼠位点均为微卫星,其中7个位点为完全型的微卫星,1个为复合型,1个为不完全型,多态性主要表现在核心序列的重复;来自大小鼠的8个微卫星位点,有7个在Z：ZCLA长爪沙鼠核心群中得到有效扩增,只有3个位点在三个世代中均有出现,对测序结果分析后发现,其核心序列均为小卫星。结论来自长爪沙鼠的位点,无论结构还是遗传方式均符合微卫星遗传标记的特点,可用作检测长爪沙鼠的群体遗传多样性。     

新疆维吾尔族和哈萨克族人群3个微卫星座位分析

采用基因扫描技术研究了新疆维吾尔族和哈萨克族群体D16S539、D13S317、D7S8203个微卫星位点上的等位基因及基因型分布情况,获得3个基因座的群体遗传学数据。结果表明3个基因位点在两民族中均具有遗传多态性,两民族样本在这3个微卫星位点基因频率分布大致相同。     

Grx-1基因敲除鼠的繁殖及子代基因型鉴定

目的探讨glutaredoxin-1(Grx-1)基因敲除小鼠的优化繁殖及子代鼠的鉴定方法,为进一步研究Grx-1在支气管肺发育不良(BPD)中的作用奠定基础。方法将从美国哈佛医学院引进的纯合子Grx-1基因敲除小鼠与野生型小鼠进行交配后得到的子一代小鼠同代间相互交配,繁殖出的子二代中将出现纯合子、杂合子以及野生型3种基因型。从出生起观察其生长发育情况,2周龄时剪尾提取基因组DNA,用PCR方法扩增目的基因片段,琼脂糖凝胶电泳结果判定基因型。结果 Grx-1纯合子小鼠的饲养繁殖取得成功,获得了一批Grx-1基因敲除纯合子小鼠。结论正确的饲养繁殖以及鉴定方法是获得Grx-1基因敲除纯合子小鼠的有效途径,为相关研究提供动物实验模型奠定了基础。     

近交系小鼠微卫星DNA多态性的研究

随机选择位于小鼠不同染色体上的微卫星引物42对,用PCR技术对C3H、C57、BALB/c、DBA、TA2、T739、B615、BACB/c－nu－nu和SCID等9种实验室常用近交系小鼠微卫星DNA多态性进行了研究。结果显示有信息的40对引物中,9种近交系小鼠在各基因座上均出现一条清晰条带,28个基因座表现为多态性。其中D3Mit22、D7Nds1、D11Mit12、D12Nds2、D15Mit17、D16Mit3、D16Mit4基因座表现为显著多态性。T739、B615和TA2的遗传背景相近,其相似系数分别为90％和85％;其次为TA2、SCID和B615,其相似系数分别为80％和82.5％。结果表明所检测的小鼠符合近交要求,筛选出的引物能典型地反映9个近交系小鼠的品系特异性和遗传背景,可用于常规检测小鼠品系来源和遗传背景等。 Abstract：Forty-two microsatellites DNA loci on different chromosomes in nine kinds of inbred strain mice including C3H,C57,BALB/c,DBA,TA2,T739,B615,BALB/c-nu-nu and SCID were investigated by PCR analysis.It showed that all these mice tested display single allelic gene band with forty pairs of informative primers.Twenty-eight loci are polymorphisms,among which the polymorphisms of D3Mit22,D7Nds1,D11Mit12,D12Nds2,D15Mit17,D16Mit3,and D16Mit4 loci are significant.The genetic background of T739 was similarity with that of B615 and TA2 ,the similarity indices were 90％ and 85％ respectively;and that of TA2 was similarity with SCID and B615,the similarity indices were 80％ and 82.5％.These results suggest that these mice tested meet the request of inbred strain.Screened primers showing marked polymorphisms topically reflect the speciality of strains and genetic backgrounds,which could be used in determining the strains origin and genetic background of mice.     

近交系小鼠微卫星DNA多态性的研究

随机选择位于小鼠不同染色体上的微卫星引物42对,用PCR技术对C3H、C57、BALB/c、DBA、TA2、T739、B615、BACB/c－nu－nu和SCID等9种实验室常用近交系小鼠微卫星DNA多态性进行了研究。结果显示有信息的40对引物中,9种近交系小鼠在各基因座上均出现一条清晰条带,28个基因座表现为多态性。其中D3Mit22、D7Nds1、D11Mit12、D12Nds2、D15Mit17、D16Mit3、D16Mit4基因座表现为显著多态性。T739、B615和TA2的遗传背景相近,其相似系数分别为90％和85％;其次为TA2、SCID和B615,其相似系数分别为80％和82.5％。结果表明所检测的小鼠符合近交要求,筛选出的引物能典型地反映9个近交系小鼠的品系特异性和遗传背景,可用于常规检测小鼠品系来源和遗传背景等。 Abstract：Forty-two microsatellites DNA loci on different chromosomes in nine kinds of inbred strain mice including C3H,C57,BALB/c,DBA,TA2,T739,B615,BALB/c-nu-nu and SCID were investigated by PCR analysis.It showed that all these mice tested display single allelic gene band with forty pairs of informative primers.Twenty-eight loci are polymorphisms,among which the polymorphisms of D3Mit22,D7Nds1,D11Mit12,D12Nds2,D15Mit17,D16Mit3,and D16Mit4 loci are significant.The genetic background of T739 was similarity with that of B615 and TA2 ,the similarity indices were 90％ and 85％ respectively;and that of TA2 was similarity with SCID and B615,the similarity indices were 80％ and 82.5％.These results suggest that these mice tested meet the request of inbred strain.Screened primers showing marked polymorphisms topically reflect the speciality of strains and genetic backgrounds,which could be used in determining the strains origin and genetic background of mice.     

荧光标记复合PCR扩增微卫星位点的构建与优化

本研究采用毛细管电泳技术,构建并优化了荧光标记复合PCR同时扩增多个微卫星位点。主要过程为：首先根据设计所扩增微卫星位点的期望长度,将9个微卫星位点分成两组,5个位点用FAM（蓝色）标记,4个位点用HEX（绿色）标记;两种荧光类型分组优化,用琼脂糖胶电泳检测。其次,荧光标记的复合PCR扩增8个中华绒螯蟹样品的9个微卫星位点,采用ABI3730xl毛细管电泳检测,以ROX500（红色）为长度标准物,结果经Genemapper3.5软件 分析,检测结果表明毛细管电泳检测荧光标记复合PCR产物不仅精确读取微卫星位点的长度（分辨率高达1bp）,还能区分微卫星位点复制时滑链所引起的“回声斑”;调整各微卫星位点引物比列使所有位点扩增强弱均匀。最后,逐一检测复合PCR基本参数（dNTP浓度、 PCR程序和模版DNA用量）对复合PCR产物的影响,优化PCR。结果表明通过毛细管电泳检测荧光标记复合PCR产物来读取微卫星位点的基因型具有精确性、高效性和稳定性。     

PCR扩增近交系大鼠微卫星位点DNA多态性的研究

本实验选取大鼠7条染色体上的微卫星位点合成了10对引物,利用聚合酶链反应（PCR）扩增技术对国内北京和哈尔滨等4家单位提供伯6个品系（SHR、SHRSP、LEW、RCS、WKY和F344）的8个近交系大鼠群体进行了DNA多态性分析的研究。结果表明：9个微卫星位点具有显多态性;不同品系个体之间具有多态性;同一群体不同个体之间除SHR（哈）的SMST位点和WKY（哈）的AGT位点出现一定的差异,其他均没有差异;不同地区同一品系的不同个体之间也存在一定的差异。该方法能有效地对近交系与杂交系、品系与品系、品系与亚系加以区分。因此,本实验为开展近交系大鼠遗传作图、基因定位和为实验动物的遗传背景监测提供可靠的信息,为大鼠遗传基因的研究提供了一个快速简例、特异准确的方法。