微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构,研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果,在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个,平均杂合度为0．4810;Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个,平均杂合度为0．5039;NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个,平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中,9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因,其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个,在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低,说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系,具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

西门塔尔牛产奶性状的微卫星标记分析

通过对西门塔尔牛育种核心群6个父系组成的150头母牛产奶性状的测定,结合微卫星标记技术,于4条染色体上选择12个微卫星位点进行产奶性状的微卫星标记分析,研究各位点对乳脂、乳蛋白、乳糖、干物质和奶中体细胞数的遗传效应。结果表明： 12个位点都具有高度多态性,杂合度（H）在0.64～0.86之间,多态信息含量（PIC）也达到0.60以上,最高者ILST093的多态信息含量为0.85;位点ILST093对奶中体细胞数有显著性影响(P<0.05),位点BMS711对乳脂率有显著性影响(P<0.05),位点BM1905与奶中乳糖含量呈显著相关(P<0.05),位点BM6438与五个产奶性状均无相关性。     

利用微卫星标记分析蛋鸡配套系的遗传关系

选用20个微卫星标记分析了2001年和2002年引进的H高产蛋鸡配套系祖代各品系之间的遗传关系,计算杂合度、多态信息含量(PIC)、有效等位基因数、Nei氏遗传距离等统计量,分析了品系内和品系间的遗传变异,并采用非加权类平均法(UPGMA)对各品系进行聚类。结果显示：每个微卫星位点的平均等位基因数为3．250,平均有效等位基因数为2．395,20个微卫星标记共有等位基因65个,各位点的PIC在0．102—0．729之间变动,平均为0．454;各位点杂合度的变动范围是0．108—0．765,各品系杂合度的分布范围是从A2001的0．390到D2001的0．452之间,各品系的杂合度较低,群体内变异较小。配套系各品系是经过高度选育的,所以群体内变异较小,本研究结果与育种实际相符合,也从另一方面说明了品系的遗传特征能够由各微卫星位点的多态性得到真实的反映。A、B两系之间的遗传距离为0．005—0．016,遗传相似系数大于0．984;C、D两系之间的遗传距离为0．094～0．119,遗传相似系数为0．900左右。这些结果表明,A、B应为同一个品系或遗传关系非常近的两个品系,C、D是两个遗传关系较远的品系。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

实验兔三个封闭群微卫星DNA多态性遗传分析

目的 对日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰兔三个封闭群体开展群体遗传学分析.方法 利用10个微卫星位点,进行Hardy-Weinberg平衡(HWE)检验,统计三个种群的基因频率、观测杂合度、期望杂合度、F值和遗传距离.结果 青紫蓝品种在12L1E11位点,新西兰品种在INRACCDDV0087位点与INRACCDDV0203位点,日本大耳白兔在Sat12位点与INRACCDDV0203,P＜0.05,显著偏离HWE,多数表现为杂合子缺陷;三个群体在Sat13、So144、6L1F10、7L1F1、12L4A1、INRACCDDV0016点上均符合HWE;各位点平均等位基因数5.9,种群整体基因频率差别较大,其范围为0 -0.9060;三个种群的平均观测杂合度为0.6204,平均期望杂合度为0.6178;群体间分化系数(Fst)平均为0.0750,日本大耳白兔和青紫蓝兔遗传距离最近为0.1223,青紫蓝兔与新西兰兔遗传距离最远为0.1934.结论 三个种群的遗传结构均表现出遗传稳定性和均一性,在10个微卫星位点上呈现高度多态性,种群间遗传分化明显.     

微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较

目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

Z:ZCLA长爪沙鼠微卫星标记的遗传多态性研究

通过对9个微卫星座位的扩增,研究了Z：ZCLA长爪沙鼠的遗传多态性。结果表明,Z：ZCLA长爪沙鼠在其中1个位点上只有一个等位基因,在其它位点上均有2～4个等位基因,平均等位基因数2．6个。平均杂合度0．4684,平均多态信息量0．4166,平均有效等位基因数2．1756。全群基因纯合度从0．1111～0．5555,平均0．3389,提示目前本群遗传多样性水平处于中度多态。     

两个封闭群SPF级昆明小鼠遗传背景调查

目的：比较两个封闭群SPF级昆明（ KM）小鼠的遗传差异,调查引进的SPF级KM小鼠封闭繁殖6年后,其遗传构成是否发生变化。方法应用微卫星DNA标记方法对18个位点在两个群体中的遗传差异进行分析,主要包括观察等位基因数（ Na）、有效等位基因数（ Ne）、观察杂合度（ Ho）、期望杂合度（ He）、多态信息含量（PIC ）、Shan-non信息指数、遗传分化系数（ F st）、遗传距离等遗传参数。结果两个封闭群SPF 级KM小鼠在18个微卫星位点共发现67个等位基因,Na为2～8个,平均3．7222个;Ne为1．9459～6．5442,平均2．7966个;Ho为0．4225～1．0000,平均0．8823;He为0．4892～0．8527,平均0．6162;Shannon信息指数0．6792～1．9526,平均1．0598;PIC为0．3680～0．8301,平均0．5317;Fst平均值为0．0159,表明群体间的遗传差异仅1．59％,二者间的遗传距离（DA）为0．0499。结论两个封闭群SPF级KM小鼠遗传结构相似度极高,它们与原引进群体的分化差异极小。     

鳜原种群体和养殖群体遗传多样性的微卫星分析

本研究利用20对微卫星引物对鳜(Siniperca chuatsi)原种群体和养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明,在鳜原种群体中检测到多态性位点14个,养殖群体11个。在两个群体中共检测到等位基因数96个,其中原种群体检测到等位基因数53个,每个位点的等位基因数在1～7之间,平均有效等位基因数为2.7390;养殖群体检测到等位基因数43个,每个位点的等位基因数在1～6之间,平均有效等位基因数为2.1284。原种群体的平均观察杂合度0.5708,Nei氏期望杂合度0.5295,平均多态信息含量PIC0.5353;养殖群体的平均观察杂合度0.3839,Nei氏期望杂合度0.4011,平均多态信息含量PIC0.5043。因此,与养殖群体相比,鳜原种群体仍有丰富的遗传多样性。本研究可为鳜种质资源的保护、监测和遗传育种提供分子水平上的数据。     

Genetic variation in eight Chinese cattle breeds based on the analysis of microsatellite markers

Genetic variability and genetic relationships were investigated among eight Chinese cattle breeds using 12 microsatellite markers. Three hundred and fifty-two alleles were detected and the average number of alleles per locus ranged from 8.33 ± 1.67 in the Jiaxian breed to 21.33 ± 5.60 in the Qinchuan breed with a mean value of 13.91. The total number of alleles per microsatellite ranged from 21 (INRA005, HEL1) to 40 (HEL13), with a mean of 29.33 per locus. The fixation indices at the 12 loci in the eight breeds were very low with a mean of 0.006. A principal components analysis and the construction of a neighborjoining tree showed that these eight Chinese cattle breeds cluster into three groups i.e. the Yanbian andChineseHolstein, theNanyang and Jiaxian, and the four remaining breeds.This clustering agrees with the origin and geographical distributions of these Chinese breeds.     

Microsatellite DNA typing for assessment of genetic variability in Tharparkar breed of Indian zebu (Bos indicus) cattle, a major breed of Rajasthan

The present study estimates genetic variability with a set of 25 microsatellite markers in a random sample of 50 animals of Tharparkar breed of Indian zebu (Bos indicus) cattle. Tharparkar is a dual-purpose breed, valued for its milk as well as draught utility, and is adapted to the inhospitable Thar desert conditions of Rajasthan typified by summer temperature hovering above 50 degrees C, sparse rainfall and vegetation, and scarcity of even drinking water. The observed number of alleles ranged from 4 (ETH3, ILSTS030, INRA5, INRA63 and MM8) to 11 (HEL9 and ILSTS034), with allelic diversity (average number of observed alleles per locus) of 6.20. Observed and expected heterozygosity ranged from 0.25 (INRA63) to 0.77 (ETH10), and from 0.51 (HEL5 and HAUT27) to 0.88 (HEL9) respectively. Wide range of genetic variability supported the utility of these microsatellite loci in measurement of genetic diversity indices in other Indian cattle breeds too. Various average genetic variability measures, namely allele diversity (6.20), observed heterozygosity (0.57), expected heterozygosity (0.67) and mean polymorphism information content (0.60) values showed substantial within-breed genetic variability in this major breed of Rajasthan, despite accumulated inbreeding as reflected by high average inbreeding coefficient (F(IS) = 0.39). The Tharparkar population has not experienced a bottleneck in the recent past.     

Application of bovine microsatellite markers for genetic diversity analysis of Swiss yak (Poephagus grunniens)

In order to assess the applicability of bovine microsatellite markers for population genetic studies in Swiss yak, 131 bovine microsatellite markers were tested on a panel of 10 animals. Efficient amplification was observed for 124 markers (94.6%) with a total of 476 alleles, of which 117 markers (94.3%) were polymorphic. The number of alleles per locus among the polymorphic markers ranged from two to nine. Seven loci (ILSTS005, BMS424B, BMS1825, BMS672, BM1314, ETH123 and BM6017) failed to amplify yak genomic DNA. Two cattle Y-chromosome specific microsatellite markers (INRA126 and BM861) amplified genomic DNA from both male and female yaks. However, two additional markers on cattle Y-chromosome (INRA124 and INRA189) amplified DNA from only males. Of the polymorphic markers, 24 microsatellites proposed by CaDBase for within- and cross-species comparisons and two additional highly polymorphic markers (MHCII and TGLA73) were used to investigate the genetic variability and the population structure of a Swiss yak herd that included 51 additional animals. The polymorphic information content ranged from 0.355 to 0.752, while observed heterozygosity (HO) ranged from 0.348 to 0.823. Furthermore, a set of 13 markers, organized into three multiplex polymerase chain reactions, was evaluated for routine parentage testing. This set provided an exclusion probability in a family of four yaks (both parents and two offspring) of 0.995. These microsatellites serve as useful tools for genetic characterization of the yak, which continues to be an important domestic livestock species.     

Establishment of paternity testing system using microsatellite markers in Chinese Holstein

To estimate the efficiency of microsatellite markers in paternity testing among Chinese Holstein, 30 microsatellite loci were used to differentiate 330 Chinese Holstein genotypes, according to the calculation of the allele frequency, number of alleles, effective number of alleles, genetic heterozygosity, polymorphic information content (PIC), and the exclusion probability in this cattle population. The results demonstrated that the exclusion probability ranged from 0.620 in locus BM1818 to 0.265 in locus INRA005 with the average of 0.472 and 11 microsatellite markers exceeding 0.5. The combined exclusion probability of nine microsatellite markers was over 0.99. The result showed that paternity testing of Chinese Holstein was basically resolved using the nine microsatellite markers selected.     

奶牛微卫星基因座与产奶性能关系的研究

根据小鼠与牛的遗传比较图谱及相关报道选择了与weaver基因连锁的7个微卫星基因库,并在荷斯坦牛群体中对这些基因座进行群体遗传学特性分析。选择具有中度以上多态性的4个微卫星基因座（BM6438、BMS2321、BMS711和TGLA116）进行产奶性能的相关分析。最小二乘分析结果表明,4个微卫星基因座对产奶量影响不显著（P＞0．05）,BM6438生BMS711基因座对乳成分影响不显著（P＞0．05）,BMS2321基因座对乳蛋白量和乳蛋白率有极显著的影响（P＜0．01）,TGLA116对乳蛋白量和乳蛋白率的影响达到0．05的显著水平。     

利用微卫星技术分析不同类群鸡的遗传多样性

利用8个微卫星标记分析了6个生产类群鸡的遗传多样性。计算了各群体在各位点上的等位基因频率,并据此计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ne)。结果表明:6个鸡群在8个微卫星座位上的基因频率存在明显的差异,其平均基因杂合度为0.7317,平均多态信息含量为0.6815。其中,群体平均杂合度最高的是安卡红鸡,为0.7716;平均杂合度最低的是新罗曼鸡,为0.7073。所选的8个微卫星座位均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于鸡群体遗传多样性的分析。     

我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用20个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：20个微卫星标记在11个地方鸡品种保种群共检测到176个等位基因,平均为8.8个,基因频率分布在0.013～0.838之间。检测到等位基因中,有45个等位基因为11个地方鸡品种所共有;11个地方鸡品种平均杂合度在0.6800～0.7432之间。其中藏鸡最高,为0.7432;狼山鸡最低,为0.6800;平均多态信息含量在0.6329～0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;11 个鸡品种聚为4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类,河南斗鸡单独聚为一类;通过利用20个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案,并分析世代间的差异,预期可以达到监测保种效果的目的。     

波尔山羊9个微卫星标记与产羔性状的关联研究

选择与绵羊高繁殖力主效基因FecB和FecX紧密连锁的5个微卫星标记BM1329, BM143, OarHH55, TGLA68和LSCV043, 和其他4个微卫星标记ETH225, INRA063, BM1225和MAF0214, 分析研究其与波尔山羊产羔数的关联。结果表明: 所研究的9个波尔山羊微卫星基因座均为高度多态性基因座(PIC > 0.5)。找到与波尔山羊产羔性状显著相关的等位基因计12个。其中与波尔山羊第一胎产羔数有显著正效应的等位基因3个: BM143的120 bp和108 bp, ETH225的183 bp; 与波尔山羊第一胎产羔数有显著负效应的等位基因8个: BM1329的216 bp、BM143的110 bp、BM1225的255 bp和239 bp、INRA063的175 bp、177 bp和189 bp, ETH225的163 bp。与波尔山羊第二胎产羔数有显著正效应的等位基因1个: TGLA68的115 bp。     

7个微卫星座位与北京荷斯坦母牛体细胞评分关系的研究

选择与体细胞评分紧密连锁的7个微卫星座位BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21,用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析其在240头北京荷斯坦母牛中的遗传变异。计算了7个微卫星座位的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,并利用最小二乘法拟合线性模型初步探索了这7个微卫星座位与北京荷斯坦母牛体细胞评分的关系。结果表明：微卫星BM1818座位284bp／284bp、BM1258座位106bp／92bp、BM1443座位166bp／160bp、BM1905座位187bp／187bp、BM302座位142bp／140bp、BM4505座位240bp／236bp和CYP21座位215bp／198bp所对应的体细胞评分最小二乘均值较低,对乳房炎抗性而言它们是各自座位上的最有利基因型;微卫星BM1818座位286bp／286bp、BM1258座位102bp／102bp、BM1443座位170bp／160bp、BM1905座位197bp／195bp、BM302座位154bp／145bp、BM4505座位240bp／238bp和CYP21座位204bp／192bp所对应的体细胞评分最小二乘均值较高,对乳房炎抗性而言它们是各自座位上的最不利基因型。