基于DNA池测序法筛选奶牛高信息量SNP标记的可行性

首先选择139个牛SNP标记, 利用DNA池测序法, 根据测序峰图中不同碱基信号峰高的比值确定了92个SNP为高信息量标记(比值>1/2); 为了进一步验证筛选的准确性, 对其中59个标记采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS)技术检测了122头荷斯坦牛的基因型。结果显示, 检出率高于85%的标记有56个, 其平均最小等位基因频率(Minor allele frequency, MAF)为0.41, 最小值为0.27, 最大值为0.5; MAF>0.3的标记有54个, 占96.4%(54/56)。文章结果表明, 采用DNA池测序法筛选高信息量SNP标记是可行和可信的。     

7个微卫星座位与北京荷斯坦母牛体细胞评分关系的研究

选择与体细胞评分紧密连锁的7个微卫星座位BM1818、BM1258、BM1443、BM1905、BM302、BM4505和CYP21,用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析其在240头北京荷斯坦母牛中的遗传变异。计算了7个微卫星座位的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数,并利用最小二乘法拟合线性模型初步探索了这7个微卫星座位与北京荷斯坦母牛体细胞评分的关系。结果表明：微卫星BM1818座位284bp／284bp、BM1258座位106bp／92bp、BM1443座位166bp／160bp、BM1905座位187bp／187bp、BM302座位142bp／140bp、BM4505座位240bp／236bp和CYP21座位215bp／198bp所对应的体细胞评分最小二乘均值较低,对乳房炎抗性而言它们是各自座位上的最有利基因型;微卫星BM1818座位286bp／286bp、BM1258座位102bp／102bp、BM1443座位170bp／160bp、BM1905座位197bp／195bp、BM302座位154bp／145bp、BM4505座位240bp／238bp和CYP21座位204bp／192bp所对应的体细胞评分最小二乘均值较高,对乳房炎抗性而言它们是各自座位上的最不利基因型。