我国分离的肠道病毒71型(SHZH03病毒株)全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH03进行了全基因组(未包括多聚腺苷尾)7406个碱基的核苷酸序列测定.结果表明,SHZH03株与其它肠道病毒71型毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,其5′UTR和3′UTR区的长度和序列有一定的差异.核苷酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与SHZH98株、中国台湾流行株(TW2086、TW2272)的同源性较高(分别为92.5%,90.1%和87.9%),与新加坡流行株SIN5666、SIN5865及标准株MS、BrCr的同源性则在81%左右,而与Coxsackievirus A16(Cox.A16)的同源性最低(63.6%).氨基酸同源性比较结果表明,在P1区SHZH03株与Cox. A16的同源性最低,但在P2和P3区SHZH03株与Cox.A16的同源性最高.P1区的遗传进化分析表明,SHZH03株和中国台湾1998年流行的EV71毒株的亲缘关系较近,属于同一型(genogroup),而与标准株BrCr和MS的亲缘关系较远.上述结果有助于肠道病毒71型的基础研究和中国对于EV71所致疾病的预防.     

肠道病毒71型中国分离株全基因组核苷酸序列分析

对肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)中国(深圳)分离株SHZH98基因组建立了覆盖全基因组的5个首尾重叠的克隆,并在此基础上进行了全基因组(未包括多聚腺苷酸尾)7408个碱基的核苷酸序列测定.数据分析表明,SHZH98株与其他EV71毒株相比,5′UTR和3′UTR的长度和序列有一定的差异.同源性分析发现,与免疫源性密切相关的P1结构蛋白基因与台湾流行株的同源性最高,与欧美流行株的同源性较低,P2,P3区非结构蛋白基因的同源性与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株较高,而与台湾流行株相比则较低.遗传进化分析发现,SHZH98株结构蛋白基因与台湾流行株亲缘关系较近,而非结构蛋白基因与Coxsakievirus A16及MS,BrCr株的亲缘关系较近.上述结果在分子水平上对肠道病毒71型中国分离株进行分析,并探索了中国分离株的可能进化途径,有助于肠道病毒71型及整个肠道病毒的基础研究和我国对于EV71所致疾病的预防.     

肠道病毒71型基因组中小干扰RNA的靶位点预测

肠道病毒71型（EV71）已经在世界范围内有过十多次大的爆发与流行,近年来EV71病毒的流行在亚洲逐渐呈上升的趋势,但是目前尚无有效的治疗措施,因此迫切需要一种治疗EV71的有效药物。本文采用生物信息学的方法,对人类EV71病毒三个不同株型（SHZH03,SHZH98和MS）RNA序列的局域二级结构进行了预测,并从这些病毒株的基因组中分别得到了长度在21～25nt的小干扰RNA靶序列碱基片段。这一结果将有助于治疗EV71药物的开发研究,对预防和控制EV71的爆发和流行也会有重要意义。     

人肠道病毒A71型分离株全基因组序列及毒力相关位点分析北大核心CSCD

为了解人肠道病毒A71型（Enterovirus A71,EV-A71）的基因重组和遗传进化特征,探索其毒力相关位点。本研究通过对郴州市3株EV-A71分离株进行全基因组序列测定和分析,应用RDP软件（版本4.1.6）将其与231条EV-A71全基因组序列进行比较分析,检测可能的重组事件及重组位点;采用SimPlot软件（版本号3.5.1）对重组序列、2条亲本序列和其他A组肠道病毒（EV-A）代表株序列进行相似性分析;采用MEGA软件（版本5.2）构建系统发生树;结果发现郴州市3株EV-A71毒株均检测到重组信号,其共同的亲本主序列为广东省2009年毒株,亲本亚序列为中国台湾地区2008年毒株;我国C4b进化分支EV-A71代表株（分离于1998年的SHZH98株）和C4a进化分支EV-A71代表株（分离于2008年的安徽阜阳株）均与CVA4、CVA14及CVA16原型株在3D区域检测到型间重组信号。采用SPSS软件（版本19.0）对不同病例类型的变异位点作卡方检验以筛选出可能的毒力相关位点。发现死亡病例组与重症病例组间未找到具有统计学意义的突变位点;而死亡与重症病例合并组与一般病例组进行比较,共发现18个突变位点具有统计学意义,这些突变位点仅分布于P2区和P3区,而P1区未见。我国大陆的EV-A71流行株与EV-A其他毒株的型间重组早在1998年前即已经发生,并且在2008~2012年的手足口病暴发疫情中,EV-A71的型内重组频繁发生。此外,EV-A71毒力的改变可能与非衣壳蛋白区的变异相关,因此应该关注非衣壳蛋白基因改变对病毒毒力的影响。     

2009年云南省2株肠道病毒71型分离株全基因组序列遗传特性分析

对2009年云南省肠道病毒71型分离株KMM09和KM186-09进行全基因组序列测序,并与我国及其它国家流行的EV71基因型进行比较和进化分析。KMM09和KM186-09基因组长为7 409bp,编码2 193个氨基酸,VP1系统进化分析显示2009年云南分离株属于C4基因型的C4a亚型。在结构区,与其它基因型相比较,C基因型之间的核苷酸和氨基酸的同源性高于其它基因型;而在非结构区,C4与B基因型和CA16原型株G10同源性高于其它C基因亚型。通过RDP3重组软件和blast比对分析,发现EV71C4基因型与B3基因型,与CA16原型株G10的基因组在非结构区存在重组。EV71全基因组序列的比较和分析,对了解引起我国手足口病暴发或流行C4基因亚型EV71毒株的遗传特性具有重要意义。     

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.     

柯萨奇病毒A组16型中国分离株(Cox.A16 SHZH00-1)全基因组序列测定及分析

对分离自2000年中国深圳地区手足口病患儿粪便标本的柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,Cox．A16)病毒SHZH00—1株进行全基因组序列测定及分析后发现,Cox．A16SHZH00—1的基因组(未包括多聚腺苷酸尾)长度为7410bp,其中5’端非编码区(5’UTR)长为745bp,病毒基因组编码区全长6582个核苷酸,编码一个含2193个氨基酸残基的多聚蛋白,3’端非编码区长为83bp。Cox．A16SHZH00—1基因组的结构与Cox．A16亚洲地方株Tainan-5079-98(AFl77911)十分相近,整个基因组的核苷酸同源性为97．5％,氨基酸同源性为98．8％;而与Cox．A16国际标准株G10(U05876)差别较大,两者核苷酸同源性仅为79．1％,氨基酸同源性为94．5％。Cox．A16SHZH00—1与两株肠道病毒71型SHZH03(AY465356)和BrCr(U22521)比较,核苷酸同源性均不超过80％。     

2008～2010年河南省人肠道病毒71型基因特征和重组分析

对河南省2008～2010年河南省人肠道病毒71型进行基因特征及重组特点研究。对河南省2008～2010年分离的5株肠道病毒EV71型构建VP1序列系统进化树并分析其全基因组序列的重组特点。VP1序列系统进化分析显示2008～2010年河南株均属于C4基因型的C4a亚群,Bootscan分析和5’NCR、P1、P2、P3区的进化树证实C4基因型在2A～2B处存在EV71的B基因型和C基因型的型内重组及在3B～3C处存在EV71的B基因型和CA16/G-10间的型间重组。2008～2010年河南EV71分离株为C4基因型的C4a亚群,与2004年以来的中国大陆优势株流行趋势完全一致,EV71C4基因型存在基因型内和型间双重组现象。     

2007―2008年肠道病毒71型北京地区分离株的VP4基因序列分析

为了解2007 ― 2008 年北京地区流行的肠道病毒71 型( EV71) 是否存在基因序列变异及其与病毒毒力的关系, 我们选择2007 年分离的3 株EV71( 其中1 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子标本, 其余2 株分离自普通手足口病患儿咽拭子标本) 和2008 年分离的5 株EV71( 其中3 株分离自重症手足口病患儿的咽拭子或鼻拭子标本, 2 株分离自普通手足口病患儿的疱疹液标本) , 提取基因组RNA, 经反转录-聚合酶链反应( RT-PCR) 扩增得到VP4 基因片段, 并进行核苷酸序列测定, 使用生物信息软件与GenBank 中的EV71 VP4 基因进行序列及病毒型别分析。结果表明, 所测得的8 株EV71 VP4 基因全长均为207 bp, 编码69 个氨基酸, 理论相对分子质量( Mr) 为7 ×10³。8 株EV71 病毒VP4 基因的核苷酸同源性在94% ～100% , 与GenBank 中其他EV71 病毒株VP4 的核苷酸同源性为82% ～100% , 与阜阳、深圳和台湾等地区流行的EV71 VP4 的核苷酸同源性比其他地区高。除了与印度报道的VP4 编码的氨基酸在第7 和54 位不同外( 印度株: 7 位蛋氨酸, 54位苏氨酸; 其余株7 位苏氨酸,54 位丙氨酸) , 这8 株EV71 VP4 编码的氨基酸序列之间以及与其他EV71 VP4编码的氨基酸同源性均为100%。8 株EV71 病毒VP4 与文献报道的3 株重症感染病毒株VP4 ( BrCr、MS 和NCKU9822) 核苷酸有较大差别, 而8 株病毒株中从重症感染( BJ97、BJ110B、BJ110Y 和BJ4243) 与轻症感染( BJ25、BJ47、BJ65 和BJ67) 分离到的毒株之间VP4 基因序列未见明显改变, 只有几个核苷酸存在差别。VP4 核苷酸序列的进化树分析表明, 这8 株EV71 均属于C4 亚型, 显示2007 ― 2008 年北京地区流行的EV71的VP4 基因相当保守, 分离自伴有神经系统感染的重症手足口病和普通手足口病患儿的EV71 的VP4 基因之间在核苷酸水平未出现同样的变异。结果提示, 近2 年来北京地区所流行的EV71 属C4 亚型。     

The complete genome of Enterovirus 71 China strain

Five overlapping clones covering the full genome of Enterovirus 71 China strain SHZH98 were obtained and then the sequences were determined by the chain termination method. It showed that the full length of EV71 SHZH98 genome (not including Poly A tail) is 7408 bp. There are some diversities on the lengths and sequences of 5' UTR and 3' UTR between SHZH98 and the other EV71 strains. In P1 capsid region, which is closely associated with viral immunogenicity, EV71 strain SHZH98 shares the highest homology with Taiwan strains; but in P2 and P3 non-structural gene regions there are higher identities with Coxsakievirus A16 and EV71 strains MS, BrCr than with Taiwan strains. Phylogenetic tree constructed by structural gene region indicates that China strain SHZH98 has a closer relationship with Taiwan strains, however, in the non-coding region it has a closer relationship with Coxsakievirus A16, EV71 strains MS and BrCr. EV71 China strain was analyzed at the molecular level. The results will contribute to the     

The complete genome of Enterovirus 71 China strain

Five overlapping clones covering the full genome of Enterovirus 71 China strain SHZH98 were obtained and then the sequences were determined by the chain termination method. It showed that the full length of EV71 SHZH98 genome (not including Poly A tail) is 7408 bp. There are some diversities on the lengths and sequences of 5′ UTR and 3′ UTR between SHZH98 and the other EV71 strains. In P1 capsid region, which is closely associated with viral immunogenicity, EV71 strain SHZH98 shares the highest homology with Taiwan strains; but in P2 and P3 non-structural gene regions there are higher identities with Coxsakievirus A16 and EV71 strains MS, BrCr than with Taiwan strains. Phylogenetic tree constructed by structural gene region indicates that China strain SHZH98 has a closer relationship with Taiwan strains, however, in the non-coding region it has a closer relationship with Coxsakievirus A16, EV71 strains MS and BrCr. EV71 China strain was analyzed at the molecular level. The results will contribute to the basic study on enteroviruses and the EV71 prevention in China.     

林氏果蝇种群间mtDNA的比较研究

运用１０种限制性内切酶分析了林氏果蝇来自不同地区的２２个单雌系的线粒体ＤＮＡ限制性片段长度多态性。采自台湾省的ＴＡＷ３１４６．１与大多数采自广东的品系相同,而广东省品中则存在一定度的分化,ＤＨＳ３０７、３１５和ＮＫＳ９２３４仅在ＨｉｎｄⅢ的酶切位点上与其余单雌系不同;ＴＡＷ３１４６．１与来自缅甸中部的ＭＭＹ３０７,ＭＤＭＹ３２６之间的遗传距离为０．００２７４;ＭＭＹ３０７与ＭＭＹ３２６之间无差异。     

我国新分离ECHO30病毒VP1序列分析

测定了引起2003年苏北地区无菌性脑膜炎暴发流行的病因病毒FDJS03分离株的VP1基因序列,并与国外同型流行毒株做比较,以了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律。随机选取FDJS03分离毒株中的4株,用肠道病毒、VP1序列的特异性引物008／011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank,用BLAgr程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取32株不同地区不同年代的ECHO30分离毒株,在PHYLIP3．573C和TREE-PUZZLE5．0中构建进化树,比较它们完整VP1序列(876nt)的进化关系。核苷酸和氨基酸同源性比较结果证明：4株分离病毒均为ECHO30。进化树分析显示：本次FDJS03分离株与欧美20世纪70、80年代流行株亲缘关系最近,但自成一簇,与国外毒株仍然有地区差别。ECHO30的VP1基因进化有时间效应,但存在地区差异。本次流行的病原可能是单一基因型的ECHO30病毒。     

Molecular analysis of natural root grafting in jack pine (Pinus banksiana) trees: how does genetic proximity influence anastomosis occurrence?

Natural root grafting has been observed in more than 150 tree species where up to 90 % of trees could be interconnected within a stand. Intraspecific root grafting was previously found in Pinus banksiana stands, ranging from 21 to 71 % of trees grafted with one another. It is not known why root grafting is frequent in some species and not in others, or why not all roots that cross form root grafts. We investigated genetic diversity of grafted and non-grafted trees to determine if there was a relationship between genetic distance and the probability of forming natural root grafts. Seven plots were hydraulically excavated in four natural forest stands and three plantations of P. banksiana in the western boreal forest of Quebec, Canada. At pairs scale, we studied the effect of geographic and genetic distances on root grafting occurrence. At stand level, we analysed the effect of tree density, soil type, stand type and mean pairwise relatedness on the mean number of grafts per tree and on the percentage of grafted trees per plot. At pairs scale, our analysis revealed that root grafting presence was influenced by spatial distance between trees and less importantly, by genetic distance between individuals. At stand level, root grafting frequency was correlated with stand type (greater in naturally regenerated stands), but not with genetic diversity between individuals. In conclusion, root grafting appears to be principally linked to tree proximity and slightly to genetic proximity between individuals.     

Four novel species of the anamorphic yeast genus Candida found in Thailand and Taiwan

Four strains of yeasts isolated in Thailand and Taiwan were found to represent four distinct novel species of the ascomycetous anamorphic yeast genus Candida. These strains are located in the Clavispora-Metschnikowia clade in a phylogenetic tree based on the D1/D2 domain sequences of the large subunit rRNA genes. Together with Candida picinguabensis and Candida saopaulonensis, the four novel species constitute a well-separated subclade from other species of the Clavispora-Metschnikowia clade. Three species from Thailand are described as Candida bambusicola sp. nov. (type strain, ST-50(T) = BCC 7750(T) = NBRC 106734(T) = CBS 11723(T)), Candida nongkhaiensis sp. nov. (type strain, ST-95(T) = BCC 8331(T) = NBRC 105874(T) =CBS 11724(T)) and Candida succicola sp. nov. (type strain, ST-631(T) = BCC 15314(T) = NBRC 106736(T) = CBS 11726(T)), respectively, and the species from Taiwan is described as Candida touchengensis sp. nov. (type strain, SY4S03(T) = NBRC 102647(T) = BCRC 23097(T) = CBS 10585(T)).     

3株肠道病毒71型毒株的全基因组序列分析

目的：对获得的3株肠道病毒71（EV71）型毒株进行全基因组序列测定,并对其进化特点及分型进行初步分析。方法：提取病毒RNA,反转录得到eDNA,PCR分段扩增覆盖病毒全长序列的6个重叠片段（不包括多聚腺苷酸尾）;用软件将3株EV71的备片段序列进行拼接、编辑和校正,随后进行氨基酸翻译及序列比较;用MEGA4.1软件构建系统进化树。结果：获得了3株EV71的全长序列：GDV103株基因组全长7404 nt,包括741bp的5’端非编码区（UTR）、6582bp的病毒基因组编码区（ORF）及81bp的3’UTR;安徽株（Anhui2007）基因组全长7405nt,包括742bp的5＇UTR、6582bp的ORF及81bp的3＇UTR;VR1432株基因组全长7408nt,包括743bp的5’UTR、6582bp的ORF及83bp的3’UTR长。经同源性比对和进化树分析,证实GDV103和安徽株EV71属于C基因型的C4基因亚型。而VR1432株则属于C基因型的C2基因亚型。结论：获得了3株EV71的全长基因组序列,并进一步探讨了其型别,为下一步的干扰素保护宴,哈重定了基础．