铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。     

基因分型在皮肤癣菌研究中的意义

基因分型是皮肤癣菌研究常用的分子生物学方法,它克服了皮肤癣菌传统表型分型的缺点.基因分型在皮肤癣菌菌种分布的变迁、对阐明种系发生关系、亲缘性的研究及追踪皮肤癣菌病感染源、传播途径中的作用、对皮肤癣菌病的临床诊断、治疗和流行病学调查具有重要意义.     

虹鳟弗氏柠檬酸杆菌的分离鉴定与多位点序列分型

本研究旨在对虹鳟体内分离菌进行分子鉴定分型及耐药性分析。通过形态学观察、生理生化反应、16S rRNA基因比对进化分析及管家基因多位点序列分型等方法,确定分离菌的种属地位、分析种内分子变异特征;利用纸片扩散法与PCR方法,分析分离菌耐药表型与基因型之间关系;进行人工感染小鼠试验,评估分离菌致病力强弱。结果显示,分离菌(GZBJ2017)为革兰氏阴性杆菌;16S rRNA基因与弗氏柠檬酸杆菌16S r RNA基因同源性达95.4%,结合生理生化反应结果,确定分离菌为弗氏柠檬酸杆菌;分离菌7个管家基因均发生变异,多位点序列分型鉴定为新序列型,与标准菌株ST-132亲缘关系最近;分离菌对头孢曲松、多粘菌素B、环丙沙星、氧氟沙星4种药物敏感,对四环素、庆大霉素、泰乐菌素、复方新诺明、青霉素、卡那霉素6种药物耐药;分离菌携带Sul1、Sul2、Intl1等3种耐药基因,与耐药表型相符;人工感染试验结果显示,该菌对小鼠具有一定的致病力。本研究对本次虹鳟发病的病因作出了准确诊断,为虹鳟弗氏柠檬酸杆菌感染的防治与分子流行病学研究提供依据。     

申克孢子丝菌基因分型的研究现状与展望

申克孢子丝菌以往被认为单一菌种,呈全球性分布。然而不同区域来源的菌株,在药物敏感性、致病力等方面差异较大。RAPD、RFLP等多种分子生物学技术曾被用于该菌基因分型的探讨。近年来,以CAL基因结合菌株表型的分类方法,已成为申克孢子丝菌复合体公认的划分方法。本文将对申克孢子丝菌的基因分型方法进行综述,并着重阐述CAL基因分型的研究进展。     

沙门氏菌分型研究进展

沙门氏菌是重要的致病菌之一,该菌属型别繁多。沙门氏菌的分型方法可分为以表型特征为依据的表型分型方法和以基因特征为依据的分子分型方法。沙门氏菌的表型分型主要有血清分型和噬菌体分型。分子分型主要有分子血清分型、脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)、多位点序列分析(Multi-locus sequence typing,MLST)、多位点可变重复序列分析(Multi-locus variable numbers tandem repeat analysis,MLVA)以及成簇的规律间隔的短回文重复序列分析(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)等。与表型分型相比,分子分型技术具有快速、准确、重复性好等特点,现已得到广泛应用。其中,分子血清分型是鉴定沙门氏菌血清型的新方法,PFGE被认为是病原微生物分子分型的"金标准",MLST和MLVA以其分辨率高、可重复性好和可比性强等优势满足了全球流行病学发展的要求,能实现序列数据交换和共享,成为新一代的分子分型新工具,而近年发现的CRISPR分型对同源性较高的同种血清型具有较高的分型能力。但每种分型方法也有各自的优缺点和使用条件及适用范围,因此可以根据菌株特性、分型目的和实验室拥有的条件选择最合适的分型方法。     

一起沙门菌引起的食源性疾病爆发的溯源分析

目的:对一起沙门菌引起的食源性疾病爆发进行溯源分析。方法:采用GB4789法对采集的样品进行分离及鉴定,采用16S r RNA基因分型方法及PFGE分型方法对分离的菌株进行分子生物学分析,并对爆发进行溯源分析。结果:生化及血清学结果表明,该起爆发分离的菌型为伦敦沙门氏菌。16S r RNA基因分型表明爆发所分离的菌株均为肠道沙门菌肠道亚种,菌株12 sam与其他4个菌株分子发育距离较远,均为16S r RNA基因分型的TYPE1-11型;PFGE分型结果表明菌株10 sam、16 sam、27 sam及29sam的PFGE带型相似度为100%,菌株12sam跟其他菌株相似率为96%。结论:GB4789法结果表明该起爆发是由伦敦沙门氏菌引起的,16S r RNA基因分型及PFGE分型方法的结果均表明该起食源性疾病来源一致。     

辽宁省2006-2012年霍乱弧菌表型特征及分子分型研究

目的分析辽宁地区2006-2012年霍乱弧菌的表型及分子分型特征。方法采用K-B纸片法,对29株霍乱弧菌菌进行10种抗菌药物的药敏试验;以PCR检测霍乱毒素基因(ctx A)、小带联结毒素基因(zot)、辅助霍乱肠毒素基因(ace)、溶血素基因(hly A)、毒素协调菌毛基因(tcp A)、外膜蛋白基因(omp U)和调控蛋白基因(toxR);采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对菌株进行分子分型。结果霍乱弧菌对大部分抗生素敏感。毒力基因检测中,只有2011年水产品来源的菌株含有ctx A基因,水产来源菌株都含有hly A、toxR、omp U;外环境来源菌株均检出hly A、toxR。对29株霍乱弧菌进行PFGE分型(Not I酶切),共分为16个型别,分成4个聚类。结论辽宁省霍乱弧菌随着时间推移表型及分子特征均发生了变化。     

HIV-1分型技术进展

建立发展大规模、准确、快速、经济的HTV-1分型技术对于及时监测HTV-1流行状况，预测流行趋势，制定科学的防治策略具有重要的参考价值。该文就近年来HTV-1基因分型、血清学分型、表型分型等分型技术的发展及其优缺点做一综合比较。     

随机扩增DNA多态性及其在微生物分型中的应用

用于微生物分型的现代技术包括表型和基因型方法。随机扩增多态性ＤＮＡ是在聚合酶链反应技术基础上发展起来的一种新的基因分型法。主要特点是利用随机寡核苷酸引物扩增基因组ＤＮＡ片段,进而通过凝胶电泳分析其指纹图特征,借以显示不同菌株间存在细微差别。这种方法简单,快速,现已在许多微生物分型中得到运用。     

金黄色葡萄球菌的流行病学分型

金黄色葡萄球菌引起的医院获得性感染问题至今仍备受国内外有关部门重视。控制感染的一个重要策略就是弄清传染源及传播途径，中断菌株在敏感病人之间或无症状携带者与病人之间的传播，这样的流行病学研究依赖于有高鉴别力的分型系统来辨别菌株的相关性。本文就金葡菌传统的基于表型的噬菌体分型、血清学分型、耐药谱分型、凝固酶分型以及新兴的质粒分型、染色体ＤＮＡ脉冲电泳分型、核糖分型和全细胞蛋白图谱分型等分子生物学分型方法作一综述。     

结核分枝杆菌基因分型技术的应用

结核分枝杆茵在分子生物学检测技术方面的发展使人们对结核流行和传播的理解有了革命性的变化。目前该茵基因分型主要的技术方法有IS6110分型法、分枝杆茵重复单位分型法、Spologotyping分型法。基因分型法的应用在临床、结核病传播预测、结核病控制,以及对相应基因型的结核发病机制的认识等方面都有很重要的意义,尤其在结核病的预防和控制中显示出更美好的应用前景。     

幽门螺杆菌的基因分型方法及其应用

近几年,有关幽门螺杆菌（ＨＰ）基因分型方法及其应用的研究取得了很大进展。基因分型方法包括：质粒分型、限制性内切酶分型（ＲＥＡ）、核糖分型、染色体ＤＮＡ脉冲场凝胶电泳（ＰＦＧＥ）分型、多聚酶链反应限制性内切酶消化（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）分型、任意引物ＰＣＲ（ＡＰ－ＰＣＲ）分型、ＰＣＲ单链构型多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）分型和核苷酸序列分析等。基因分型方法广泛用于ＨＰ的研究,如基因图的构建、感染复发、耐药机     

大肠埃希氏菌的分型方法及其研究进展

大肠埃希氏菌是一种条件性致病菌,致病性的大肠埃希氏菌具有高度的传染性,会严重危害健康。快速准确地测定大肠埃希氏菌的污染来源对有效缩小疫情影响范围极有帮助,从而避免对人类健康和经济贸易造成重大损失。建立简便高效的分型方法是微生物溯源的关键,常见的大肠埃希氏菌分型方法可分为表型分型和分子分型,这些分型方法各有优劣,具有不同的适用范围。本文详细介绍了大肠埃希氏菌的分型方法,并对国内外大肠埃希氏菌分型的研究进展进行综述,为致病菌溯源方法的选择提供参考依据,对防御并控制致病菌引起的流行病传播具有重要的意义。     

全耐药鲍曼不动杆菌分子分型和分子流行病学调查

重复片段引物PCR和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对临床分离全耐药不动杆菌分子分型,并进行流行病学调查.从ICU病房感染多重耐药不动杆菌患者的标本分离不动杆菌,碱裂解法提取全基因组,重复片段引物PCR(Rep-PCR)和随机引物扩增(RAPD),对8株临床分离的全耐药菌基因分型,并与生物学分型和质粒分型比较,调查医院流行全耐药菌的基因型.结果显示,8株分离菌经两对重复片段引物分型可分为6种和4种基因型,经随机引物分型为4种和3种基因型,经质粒分型可分为2种基因型,生物学分型归属为1种表型.PCR方法用于全耐药不动杆菌分子分型简便易行,重复性好,适合医院感染流行病学调查,本医院同一部门出现多种基因型,各科室间不存在交叉传染.     

醋酸菌多相分类研究进展

醋酸菌是一大群革兰氏染色阴性、绝对好氧的细菌的总称, 能将乙醇或糖类不完全氧化为有机酸。醋酸菌的分类在近30年经历了很大变化, 早期的分类系统主要以表型和生化特征为基础。如今, 大多采用结合表型、化学分类法和基因型数据的多相分类法对醋酸菌进行分类。本文综述了醋酸菌的多相分类研究进展, 主要介绍了醋酸菌的现行分类情况及表型分类、化学分类和基因分型等方法在醋酸菌分类中的应用。     

基于全基因组序列的弯曲菌特征分析

空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)和结肠弯曲菌(Campylobacter coli)是引起人类腹泻的主要致病菌。传统生化方法在鉴定弯曲菌时存在步骤多、耗时长、通量低等问题。本研究通过利用生物信息学方法对弯曲菌全基因组进行序列、基因注释、耐药基因、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等分析,挖掘能够有效区分空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的高分辨力特征。实验结果表明,空肠弯曲菌和结肠弯曲菌在基因组序列长度、GC含量、基因数量、多位点序列分型以及CRISPR-Cas系统等方面存在显著差异。同时,研究还发现了一段在空肠弯曲菌基因组中广泛存在的高分辨力CRISPR重复序列。这些特征可用于构建能够准确鉴别空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的生物信息学方法。     

血流感染产ESBLs肺炎克雷伯菌毒力基因及 分子分型研究

目的研究血流感染产ESBLs肺炎克雷伯菌的毒力基因和基因分型特点。方法采用PCR检测菌株中高毒力因子、荚膜血清型以及ST分型;采用微量肉汤稀释法对菌株进行药敏试验;采用加克拉维酸的复合药(头孢他啶/克拉维酸或头孢噻肟/克拉维酸)与单药(头孢噻肟或头孢他啶)的药敏纸片组合进行肺炎克雷伯菌产ESBLs的表型确证试验。结果 128株血流感染肺炎克雷伯菌中,有23株产ESBLs(产ESBLs组),占17.97%(23/128);105株不产ESBLs(非产ESBLs组),占82.03%(105/125)。本地区血流感染肺炎克雷伯菌主要流行ST型别为ST23、ST65、ST37和ST29,其中ST23、ST29、ST65为非产ESBLs的优势ST型别菌株,而在产ESBLs菌株中无优势型别。两组菌在高黏液表型、荚膜血清型和毒力基因分布上差异均无统计学意义(P0.05)。产EBSLs组中发现8株高毒力产EBSLs肺炎克雷伯菌。结论临床诊疗中需在肺炎克雷伯菌耐药株中识别出高毒力肺炎克雷伯菌并给与及时的治疗,避免其并发症的发生。     

金黄色葡萄球菌分子生物学分型方法进展

金黄色葡萄球菌的分子生物学分型方法和如质粒谱分析法，核糖体基因分型法，脉冲电泳分型法和随意引物ＰＣＲ法等正兴起，并有取代传统方法的趋势。本文对这些新分型法作了简要评述。     

血流感染大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的ESBLs基因分型

目的 了解深圳市人民医院致血流感染大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的检出率及基因型特点.方法 收集来自临床血液培养标本中的大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌115株,采用ESBLs表型确证试验检测菌株的ESBLs,应用PCR扩增产ESBLs菌株TEM、SHV和CTX-M基因,并对阳性扩增产物进行DNA测序分型.结果 115株菌中共检出ESBLs阳性38株,检出率为33.0％;其中大肠埃希菌阳性25株,肺炎克雷伯菌阳性13株.25株产酶肠埃希菌中18株检出CTX-M-14基因,3株检出CTX-M-9基因.13株产酶肺炎克雷伯菌均检出SHV型基因,其中SHV-12阳性10株,SHV-2阳性2株,SHV-59阳性1株;该13株产酶菌中10株同时被检出含CTX-M-14或CTX-M-13基因.结论 该院致血流感染大肠埃希菌产ES-BLs以CTX-M-14为最主要基因型,肺炎克雷伯产ESBLs最常见为SHV-12和CTX-M-14型.     

大熊猫源肺炎克雷伯菌耐药性和分子分型研究

【目的】对大熊猫源肺炎克雷伯菌进行耐药性及分子分型分析,掌握肺炎克雷伯菌在大熊猫圈养种群中的耐药和流行情况,指导临床用药。【方法】对2018–2019年收集到的178株大熊猫源肺炎克雷伯菌使用纸片扩散法(K-B法)分析耐药表型,使用Wafergen Smartchip超高通量荧光定量PCR法分析其耐药基因和可移动遗传元件,使用多位点序列分型(MLST)法分析其序列类型(ST)。【结果】178株大熊猫源肺炎克雷伯菌对多西环素耐药率最高(15.2%),而且2019年分离到的肺炎克雷伯菌对头孢噻肟、亚胺培南和阿奇霉素的耐药性显著高于2018年(P<0.05);检出耐药基因106种(106/227),可移动遗传元件11种(11/19),涉及的耐药机制主要为外排泵(42.0%)、抗生素失活(41.8%)和改变作用靶位(16.2%);MLST分型显示大熊猫源肺炎克雷伯菌主要分为42个不同的ST型,且ST型与耐药性具有一定的相关性。【结论】从2018年到2019年大熊猫源肺炎克雷伯菌对β-内酰胺类和大环内酯类抗生素耐药率有所增加,耐药机制以外排泵和抗生素失活为主。ST17、ST23和ST400...