辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

2014-2018年辽宁省手足口病病原构成及其他肠道病毒基因进化特征

目的了解辽宁省2014-2018年手足口病病原构成以及其他(非EV71和非CA16的肠道病毒)肠道病毒基因进化特征。方法采用2014-2018年辽宁省14个市送检的手足口病确诊病例的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA,采用RT PCR法对肠道病毒VP1区基因进行扩增和序列测定。利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型别,并构建系统进化树。结果手足口病阳性标本病原构成以其他肠道病毒为主,构成比为51.96%,在重症病例中阳性标本构成比是59.29%。优势流行病原在2014和2016年以CA16为主,其他年份以其他肠道病毒为主。CA10、CA6和CA4肠道病毒的分离株与相应的原型株的亲缘关系较远,与国内的分离株的亲缘关系较近。结论EV71和CA16感染的构成比总体呈下降趋势,其他肠道病毒的构成比缓慢上升,是本地手足口病的优势病原,要加强对其他肠道病毒的检测和分型工作,有效预防和控制手足口病。     

2013年至2018年辽宁省柯萨奇病毒A10型分离株VP1区基因特征分析

为了解辽宁省地区手足口病患者中分离到的柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A10型VP1区基因特征,收集了2013年至2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者非EV-A71和非CV-A16肠道病毒的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA;通过RT-PCR法进行肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定;利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型;对鉴定为CV-A10的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。2013年至2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他肠道病毒的阳性标本9 431份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出CV-A10 165株。CV-A10分离株间的VP1区基因核苷酸同源性为91.3%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%,和A、B、C、D各基因型之间的VP1区同源性比较,与C基因型代表株的同源性最高,核苷酸同源性为92%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%。系统进化树分析表明,辽宁省CV-A10分离株为C基因型。CV-A10是引起辽宁省手足口病的重要病原体,CV-A10分离株与C基因型代表株处于同一分支上均属C基因型,有C1和C2两个进化分支共同流行,其中C2分支是优势流行株。     

黄芪红花配伍对大鼠脑缺血后血管新生及Cav-1/VEGF信号通路的影响

目的:黄芪红花配伍是否通过调节小凹蛋白1(Caveolin-1,Cav-1)/血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)通路促进血管新生保护大鼠脑缺血损伤。方法:60只雄性SD大鼠随机分为5个组:对照组(Sham组,n=12),模型组(MACO组,n=12),黄芪红花40:1组(n=12),20:1组(n=12),5:1(n=12)。大鼠脑缺血再灌注损伤模型采用尼龙线栓法制作,连续给药21d后,评价神经功能学评分,计算脑梗死体积,采用免疫组化法测定皮质区的微血管密度,采用RT-PCR法检测皮质区VEGF m RNA和Cav-1 m RNA表达,采用Western-blotting法测定皮质区VEGF和Cav-1的蛋白表达。结果:连续给药21d后,各组大鼠的神经功能学评分均有所降低,3个不同比例的黄芪红花组的神经功能学评分降低最为明显(P0.01),脑梗死体积较模型组显著减少(P0.05~P0.01),微血管密度、VEGF和Cav-1 m RNA和蛋白表达水平均较模型组明显升高(P0.05~P0.01)。结论:黄芪红花配伍可能通过调节Cav-1/VEGF信号通路促进脑缺血再灌注损伤大鼠脑内的血管新生,从而减轻脑缺血损伤,且最佳的配伍比例为黄芪红花5:1。     

基于UPLC-QTOF-MS代谢组学研究灰树花发酵的代谢差异

为了解天麻苦荞复配液的添加对灰树花深层发酵过程中代谢产物的差异性,采用超高效液相色谱-四级杆串联飞行时间质谱（UPLC-QTOF-MS）技术结合多变量统计分析方法,对发酵7d的灰树花菌丝体细胞代谢物进行分析。主成分（PCA）模型显示添加天麻苦荞复配液的菌丝体细胞与对照组菌丝体细胞相比代谢产物差异明显（P<0.05）,通过正交偏最小二乘判别分析（OPLS-DA）,以VIP（varible importance in the projection）>1和P<0.05为条件进行筛选和鉴定得到44种差异代谢物,包括糖类6种、氨基酸类13种、维生素类5种、核苷酸类7种、有机酸类10种、脂肪酸类3种。其中,与对照组相比鼠李糖、D-半乳糖、D-甘露醇、果糖-6-磷酸等7种物质含量显著下调,D-木糖醇、异亮氨酸、赖氨酸、泛酸、二十二碳六烯酸、D-葡萄糖醛酸、琥珀酸等37种物质含量显著上调。通过对差异代谢物进行通路分析,得到具有显著影响的代谢通路14条,推测了灰树花胞外多糖合成通路。由此推断天麻苦荞复配液的添加对灰树花胞外多糖的增效作用和提升营养品质的原因,为今后深层次研究外源添加物对灰树花发酵过程的影响提供理论依据。     

纤维素降解菌烟曲霉HZ1的基因组测序及生物信息学分析

【目的】烟曲霉Aspergillus fumigatus作为一类具有纤维素降解能力的真菌,对其基因组的研究,将有利于从A. fumigatus中挖掘和开发利用与纤维素降解相关的酶资源。【方法】利用CMC选择培养基和刚果红染色法从长足大竹象肠道中分离和筛选出纤维素降解菌A. fumigatus HZ1,同时采用Illumina PE150平台进行基因组测序,随后进行了相关的生物信息学分析,此外还利用了DNS法测定了其纤维素酶活。【结果】纤维素降解菌A. fumigatus HZ1基因组大小为27.45 Mb,GC含量为49.43%;通过NR、KOG、GO、Swissprot、eggNOG、KEGG和Pfam数据库注释结果表明基因组包含9473个基因;同时碳水化合物活性酶(CAZyme)注释结果表明基因组含有534个CAZyme基因,并与其他4种A. fumigatus基因组CAZyme分布无显著差异;本研究还鉴定出多种与木质纤维素降解相关的纤维素酶基因、半纤维素酶基因和木质素酶基因;此外纤维素酶活结果表明,在CMC培养基中其酶活呈上升趋势且具有较高活性。【结论】本研究首次对A. fumigatus HZ1基因组进行了测序和分析,探讨了其纤维素降解的遗传基础,并通过酶活验证了其纤维素降解潜力,为该菌的实际应用提供了理论基础。     

辽宁省2006-2012年霍乱弧菌表型特征及分子分型研究

目的分析辽宁地区2006-2012年霍乱弧菌的表型及分子分型特征。方法采用K-B纸片法,对29株霍乱弧菌菌进行10种抗菌药物的药敏试验;以PCR检测霍乱毒素基因(ctx A)、小带联结毒素基因(zot)、辅助霍乱肠毒素基因(ace)、溶血素基因(hly A)、毒素协调菌毛基因(tcp A)、外膜蛋白基因(omp U)和调控蛋白基因(toxR);采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对菌株进行分子分型。结果霍乱弧菌对大部分抗生素敏感。毒力基因检测中,只有2011年水产品来源的菌株含有ctx A基因,水产来源菌株都含有hly A、toxR、omp U;外环境来源菌株均检出hly A、toxR。对29株霍乱弧菌进行PFGE分型(Not I酶切),共分为16个型别,分成4个聚类。结论辽宁省霍乱弧菌随着时间推移表型及分子特征均发生了变化。