流行性感冒季节性的基本原因和模型理论

流行性感冒（流感）在世界范围内每年造成（300～500）万例严重疾病和（25～50）万例死亡。流感可造成严重的公共卫生和经济问题。流感流行和爆发都是以流感季节为特征。因为与甲型流感病毒相关疾病的发病率和死亡率水平较高,因此本研究从病毒学、流行病学、生物学和数学等方面重点讨论甲型流感季节性的基本原因和模型理论。     

辽宁省首次从急性弛缓性麻痹(AFP)病例分离的一株人腺病毒1型重组株的全基因组序列特征分析

人腺病毒(Humanmastadenoviruses,HAdV)是一种常见的病毒病原体,在儿科患者中普遍存在.本研究首次报道了 2017年从辽宁省急性弛缓性麻痹(AFP)病例的粪便标本中分离到的一株人腺病毒1型重组株LN2017,并对其全基因组进行测序和分析.我们首先测定了 LN2017的全基因组序列,并将其与从GenBank数据库中下载的来自8个国家的38个参考株一起,构建了基于全基因组、Hexon基因,Penton base基因,Fiber基因和E3基因的系统发育树,并用RDP4.97和SimPlot3.5.1软件进行了重组分析.结果显示,LN2017病毒为HAdV-C亚属,其Hexon,Penton base和Fiber基因与HAdV-1高度相似,但是其E3基因和HAdV-2、HAdV-6高度相似.重组分析显示毒株LN2017是一个重组病毒,在E3基因区域和HAdV-2发生了重组,重组区域位于28045-31042.本研究首次证实了LN2017与 GenBank 中的 JX173080(埃及株 E13)、MH183293(上海株 SH2016)和 MH121110(德国株43C1)具有相同的重组方式,在HAdV-1内构成一个独立的分支.未来,有必要对该分支人腺病毒1型重组株的致病性和临床特征进行进一步研究,并继续加强对HAdV的分子流行病学监测.     

辽宁省2012年至2013年呼吸道腺病毒型别鉴定

目的基于国家重大传染病防治科技重大专项项目平台,对2012年1月至2013年12月间辽宁省采集的发热伴呼吸道症状患者标本进行检测,了解腺病毒的流行情况并对其型别进行分析。方法采集具有发热伴呼吸道症状患者的咽拭标本470份,经多重PCR检测,检出阳性标本30份,选取阳性标本进行病毒分离,共获得人类腺病毒(Human Adenovirus,HAdv)毒株20株。将所得腺病毒的核酸进行巢式PCR扩增并进行测序,获得Hexon基因序列。将基因序列在NCBI进行Blast比对。结果在分离的得到的20株腺病毒毒株中包含HAdv-2型6株,HAdv-3型11株,HAdv-5型2株,HAdv-14型1株。结论2012至2013年间,辽宁省引发发热伴呼吸道症状的腺病毒型别以2型和3型为主,同时也有少量其他型别检出。     

2014-2018年辽宁省手足口病病原构成及其他肠道病毒基因进化特征

目的了解辽宁省2014-2018年手足口病病原构成以及其他(非EV71和非CA16的肠道病毒)肠道病毒基因进化特征。方法采用2014-2018年辽宁省14个市送检的手足口病确诊病例的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA,采用RT PCR法对肠道病毒VP1区基因进行扩增和序列测定。利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型别,并构建系统进化树。结果手足口病阳性标本病原构成以其他肠道病毒为主,构成比为51.96%,在重症病例中阳性标本构成比是59.29%。优势流行病原在2014和2016年以CA16为主,其他年份以其他肠道病毒为主。CA10、CA6和CA4肠道病毒的分离株与相应的原型株的亲缘关系较远,与国内的分离株的亲缘关系较近。结论EV71和CA16感染的构成比总体呈下降趋势,其他肠道病毒的构成比缓慢上升,是本地手足口病的优势病原,要加强对其他肠道病毒的检测和分型工作,有效预防和控制手足口病。     

SARS-CoV-2污染的进口冷链产品导致的一起大连本土新冠疫情

2020年12月15日,大连市报告了4名码头冷链货物搬运工人SARS-CoV-2核酸检测呈阳性,在此之前,大连市已经连续136天没有报告本土病例.在这次大连COVID-19疫情(简称"大连新冠疫情")中,我们收集了2020年12月15日至2021年1月8日期间大连新冠疫情中全部感染者(83)及部分接触的轮船货物样本,其中确诊病例占61.45％(51/83),无症状感染者占38.55％(32/83).通过高通量测序,共获得76条SARS-CoV-2全基因组序列,其中72条(86.75％,72/83)来自临床样本,4条来自R国籍A货船上的冷链食品外包装样本.基因组分析数据显示,与武汉参考株(NC_045512)相比,76条全基因组分别存在12～16个核苷酸突变位点,共享12个核苷酸突变位点,符合B.1.1进化分支突变特征.结合病毒基因组学和现场流行病学调查结果综合分析表明,大连新冠疫情是一起由SARS-CoV-2污染的进口冷链产品感染码头工人导致的本土疫情,在传播过程中至少形成了3个病毒代际和3个相对独立的传播链.     

2013年至2018年辽宁省柯萨奇病毒A10型分离株VP1区基因特征分析

为了解辽宁省地区手足口病患者中分离到的柯萨奇病毒(Coxsackievirus)A10型VP1区基因特征,收集了2013年至2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者非EV-A71和非CV-A16肠道病毒的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA;通过RT-PCR法进行肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定;利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型;对鉴定为CV-A10的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树。2013年至2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他肠道病毒的阳性标本9 431份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出CV-A10 165株。CV-A10分离株间的VP1区基因核苷酸同源性为91.3%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%,和A、B、C、D各基因型之间的VP1区同源性比较,与C基因型代表株的同源性最高,核苷酸同源性为92%～100%,氨基酸同源性为93.9%～100%。系统进化树分析表明,辽宁省CV-A10分离株为C基因型。CV-A10是引起辽宁省手足口病的重要病原体,CV-A10分离株与C基因型代表株处于同一分支上均属C基因型,有C1和C2两个进化分支共同流行,其中C2分支是优势流行株。     

辽宁省1997～2014年H1a基因亚型麻疹野病毒流行株血凝素(H)基因特征分析

了解辽宁省1997~2014年流行麻疹野病毒血凝素(Hemagglutinin,H)基因特征,为控制和消除麻疹提供依据。本研究选用1997~2014年分离的63株H1a基因亚型麻疹病毒(Measles,MEV),应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增麻疹病毒(MEV)血凝素(H)基因全长和N基因的450个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析。将辽宁省63株MEV序列与GenBank中收录的1993~1994年麻疹病毒H基因型代表株、中国疫苗株沪191(S-191)和长春47(C-47)基于H全长构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸和氨基酸变异分析。结果显示辽宁省1997~2014年63株MEV均属于H1基因型的H1a亚型,并分为两个簇(cluster 1和2)。H基因的进化速度低于N基因的进化速度。所有63株MeV在H基因第240位均由丝氨酸(Ser S)突变为天冬酰胺酸(Asn N),在243位由精氨酸(Arg R)突变成甘氨酸(Gly G),第481位由酪氨酸(Tyr Y)突变为天冬酰胺酸(Asn N),另外在397位上cluster 2毒株均由脯氨酸(Pro P)突变成亮氨酸(Leu L),其他具有生物学和免疫学活性的位点未发生改变。     

辽宁省鼠伤害沙门氏菌噬菌体分型的研究

本文报道了辽宁省不同来源鼠伤寒沙门氏菌噬菌体型的分布情况。实验结果表明：１５１株鼠伤寒沙门氏菌能分型者１４７株,分型率高达９７．３５％;１４７株鼠伤寒沙门氏菌可分成１４个噬菌体型,其中４７７４型（４６．２６％）、７７７７型（２４．４９％）、６７７４型（１１．５６％）、４０００型（６．８０％）。上述４型为辽宁省鼠伤寒沙门氏菌优势噬菌体型（８９．１２％）。辽宁省各种来源鼠伤寒沙门氏菌均以４７７４型最为常见,肠炎病人和健康带菌者型别众多,医院交叉感染病人型别相对集中,食物中毒鼠伤寒沙门氏菌流行型别为４７７４型和６７７４型。