铜绿假单胞菌分型研究进展

铜绿假单胞菌（特别是多重耐药菌株）是引起医院内感染,甚至大规模暴发流行的重要条件致病菌,本文对铜绿假单胞菌流行病学研究常用的两种分型方法（表型分型法及基因分型法）的研究现况和进展进行了简要介绍。     

红色毛癣菌的研究进展

红色毛癣菌是最常见的也是世界范围内传播是广的一种皮肤癣菌,属毛癣菌属,本文简述了最近几年在该菌的基因鉴定,基因分类,基因结构的分子生物学研究和免疫学研究方面的主要进展,在基因鉴定中发展了红色毛癣菌特异性探针TR20S和毛癣菌属特异性引物TR1、TR2和NS5,NS6;利用测序方法对毛癣菌属进行了重新分类,并且用探针,限制性片段多态性分析等方法对红色毛癣菌进行了种内分型研究。     

淋病奈瑟菌基因分型进展

淋病奈瑟菌表型分型方法的局限性限制其在该菌分型方面的应用。近年来,一系列该菌基因分型方法的建立弥补了表型分型方法的不足。各种基因分型方法,如Opa分型法、Por分型法、脉冲场凝胶电泳等有着各自不同的基因分型基础、应用范围及优缺点等。本文就近年来新发展的最主要的该基因分型方法作一简要介绍。     

对石家庄地区106例甲真菌病的病原学及临床资料分析

目的 研究石家庄地区甲真菌病的临床分型、病原菌组成,对患病相关因素进行分析.方法 2011年1～12月,在河北医科大学第四医院皮肤科门诊就诊疑似甲真菌病的患者,选取患者病损最严重的1枚甲作为靶甲,对靶甲进行取材及分型,对培养阳性患者进行问卷调查,汇总所有数据,进行统计学处理.结果 106例甲真菌病患者中远端侧位甲下型50例(47.17％),全甲毁损型48例(45.28％),近端甲下型5例(4.95％),白色浅表型3例(2.97％).致病真菌111株,其中皮肤癣菌72株(64.86％),酵母菌34株(30.63％),非皮肤癣菌霉菌5株(4.50％).混合感染5例(4.72％),均为两种真菌的混合感染.106例培养阳性患者的年龄越大,病程越长;病程越长,病甲数目越多.结论 甲真菌病是一个逐渐进展的慢性疾病,临床分型复杂,病原菌组成多样,应引起重视,及早治疗.     

幽门螺杆菌的基因分型方法及其应用

近几年,有关幽门螺杆菌（ＨＰ）基因分型方法及其应用的研究取得了很大进展。基因分型方法包括：质粒分型、限制性内切酶分型（ＲＥＡ）、核糖分型、染色体ＤＮＡ脉冲场凝胶电泳（ＰＦＧＥ）分型、多聚酶链反应限制性内切酶消化（ＰＣＲ－ＲＦＬＰ）分型、任意引物ＰＣＲ（ＡＰ－ＰＣＲ）分型、ＰＣＲ单链构型多态性（ＰＣＲ－ＳＳＣＰ）分型和核苷酸序列分析等。基因分型方法广泛用于ＨＰ的研究,如基因图的构建、感染复发、耐药机     

丙型肝炎病毒基因分型研究状况

当前HCV基因分型研究十分活跃，但由于在基因分型的方法，命名等方面尚不统一，所以各国学报道的分型结果很不一致，本对近来HCV基因分型的现状，存在的问题及开展HCV基因型研究的意义进行了综述。     

基于基因组序列的脑膜炎奈瑟菌分型方法

【目的】建立并评估1种适宜的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)基因组分子分型方法。【方法】本研究以125株代表性Nm菌株的基因组序列为对象,建立了基于核心基因SNP的基因组分型方法,并与pubMLST网站公布的MLST和cgMLST分型方法进行比较。【结果】基于核心基因SNP的基因组分型方法和cgMLST方法对125株Nm菌株的分型结果一致性较高,两种方法均明显优于MLST分型方法。基于SNP的基因组分型方法在认识Nm菌的种群结构、界定克隆群方面具有优势;cgMLST分型方法能够对任一菌株进行分型,但不能进行克隆群的界定和归类。【结论】基于核心基因SNP的基因组分型方法和cgMLST均明显优于MLST分型方法,未来仍有待进一步整合和提高。     

全耐药鲍曼不动杆菌分子分型和分子流行病学调查

重复片段引物PCR和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对临床分离全耐药不动杆菌分子分型,并进行流行病学调查.从ICU病房感染多重耐药不动杆菌患者的标本分离不动杆菌,碱裂解法提取全基因组,重复片段引物PCR(Rep-PCR)和随机引物扩增(RAPD),对8株临床分离的全耐药菌基因分型,并与生物学分型和质粒分型比较,调查医院流行全耐药菌的基因型.结果显示,8株分离菌经两对重复片段引物分型可分为6种和4种基因型,经随机引物分型为4种和3种基因型,经质粒分型可分为2种基因型,生物学分型归属为1种表型.PCR方法用于全耐药不动杆菌分子分型简便易行,重复性好,适合医院感染流行病学调查,本医院同一部门出现多种基因型,各科室间不存在交叉传染.     

468例甲真菌病临床类型及病原菌分析

目的探讨本地区甲真菌病的菌种构成、临床分型和各年龄段发病情况。方法对2010年1月至2013年12月来平湖市中医院皮肤科就诊的468例甲屑培养阳性病例病原菌进行回顾性统计分析。结果甲真菌病以皮肤癣菌为主,占58.76%;酵母菌次之,占30.13%;霉菌第三,占11.11%。临床分型远端甲下型(DLSO)、全甲营养不良型(TDO)、近端甲下型(PSO)和浅表白色型(SWO)分别为50.64%、25.21%、16.03%和8.12%。发病年龄以36~50岁为主,20~35岁次之。结论甲真菌病病原菌以皮肤癣菌为主,临床分型以DLSO型为主,年龄分布以20~50岁为主。     

红色毛癣菌基因分型技术研究进展

红色毛癣菌是皮肤癣菌中最常见的致病菌,可引起皮肤浅部的各种癣病,也可引起皮肤的深部感染,甚至多器官的播散性感染。红色毛癣菌形态多样,且不稳定,其所致疾病容易反复发作,临床上治疗往往非常棘手。对红色毛癣菌进行基因分型可以有助于解答复发和再感染的问题,也可从分子水平阐明疾病的流行传播情况,对疾病的预防和治疗具有重要的意义。本文试对红色毛癣菌基因分型技术的进展进行概述。     

皮肤癣菌的分子鉴定技术研究进展CSCD

皮肤癣菌是临床最常见的真菌之一,目前已报道的50余种皮肤癣菌中有20余种对人类有致病性。新兴的分子鉴定技术,具有快速、简便、特异的优点,能够克服传统的直接镜检和病原菌培养耗时费力的局限性,帮助皮肤癣菌病的快速精准诊断和合理用药。该文回顾近二十年来国内外文献,从皮肤癣菌标记基因和分类学进展、基于PCR的分子鉴定技术、恒温核酸扩增技术和MALDI-TOF MS技术这四个方面,介绍皮肤癣菌的分子鉴定技术的研究进展。     

一起沙门菌引起的食源性疾病爆发的溯源分析

目的:对一起沙门菌引起的食源性疾病爆发进行溯源分析。方法:采用GB4789法对采集的样品进行分离及鉴定,采用16S r RNA基因分型方法及PFGE分型方法对分离的菌株进行分子生物学分析,并对爆发进行溯源分析。结果:生化及血清学结果表明,该起爆发分离的菌型为伦敦沙门氏菌。16S r RNA基因分型表明爆发所分离的菌株均为肠道沙门菌肠道亚种,菌株12 sam与其他4个菌株分子发育距离较远,均为16S r RNA基因分型的TYPE1-11型;PFGE分型结果表明菌株10 sam、16 sam、27 sam及29sam的PFGE带型相似度为100%,菌株12sam跟其他菌株相似率为96%。结论:GB4789法结果表明该起爆发是由伦敦沙门氏菌引起的,16S r RNA基因分型及PFGE分型方法的结果均表明该起食源性疾病来源一致。     

人乳头瘤病毒基因分型方法的进展

人乳头瘤病毒(HPV)的不同基因型有不同的致病能力,其基因分型方法在HPV治疗、疫苗研究、流行病学预防控制措施制定中均有重要作用.HPV主要基因分型方法有杂交法和以聚合酶链反应为基础的分型法两大类.由于不同基因分型方法有各自不同的优、缺点,因此可根据不同的临床和实验需要,选择合适、有效的方法.     

幽门螺杆菌毒力基因分型与相关胃病

幽门螺杆菌毒力基因是其致病的原因之一,目前已知的主要毒力基因包cagPAI,vacA,iceA,babA等,不同毒力基因分型及其结合与相关性胃疾病的关系在不同地区报道不同。对幽门螺杆菌毒力基因分型的研究有利于鉴别其毒力菌株,揭示其致病机制及为幽门螺杆菌感染的流行病学研究提供帮助。     

大肠埃希菌耐药性及其基因同源性分析

目的 研究临床分离的大肠埃希菌对常用抗生索的耐药性及其基因分型,了解其耐药性趋势与传播流行情况,为临床合理治疗大肠埃希菌引起的感染提供参考依据。方法 采用常规鉴定技术鉴定细菌;采用K—B纸片扩散法测定77株大肠埃希菌对19种药物的耐药性;K—B法鉴定产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）;通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）法对其进行基因分型以确定菌株之间的亲缘关系;FINGERPRINT Ⅱ软件进行细菌基因指纹图谱分析。结果 大肠埃希菌对青霉素类、喹诺酮类药物和氨曲南的耐药性明显增高,亚胺培南和美罗培南是大肠埃希菌感染患者的首选药物;经ESBLs确证试验,ESBLs阳性率为28．60％（22／77）;产ESBLs大肠埃希菌经PFGE指纹图谱分析,除第62株和第70株相似性系数为78．27％外,其余相似度均低于70．0％;ESBLs大肠埃希菌阴性株中除少数几对菌株相似性系数较高外,其余呈散在分布,且电泳带存有6条以上的不同条带,为流行病学无关的不同克隆。结论 大肠埃希菌对常用抗生索耐药性明显增高,且呈多重耐药趋势;该研究尚不能证明存在大肠埃希菌爆发性流行感染,提示可能存在院内感染大肠埃希菌的优势克隆;PFGE基因分型方法是耐药性与流行状况分析的有效手段。     

东亚飞蝗病原褪色沙雷氏菌的分型分析

对东亚飞蝗的致病性菌褪色沙雷氏菌进行分型研究,为东亚飞蝗的生物学防治研究或可构建基因工程菌的候选菌株。利用血清型分型与脉冲场凝胶电泳分型方法对不同地区及个体的病死蝗虫中分离的10株细菌与模式菌株(ATCC 13880)进行了分析。结果显示,由不同地区及个体中分离得到的褪色沙雷氏菌同源性存在差异性,基因分型相似性在64%~100%之间,存在不同程度的亲缘关系。本试验丰富了褪色沙雷氏菌的生物学性状内容,也为对褪色沙雷氏菌的检验与进一步深入研究提供了具有参考价值的资料。     

流感嗜血杆菌的分型研究

目的分析同济医院分离的流感嗜血杆菌的生物学分型及荚膜基因分型,了解本地区分离的流感嗜血杆菌的主要流行株。方法2012年1月1日至2012年12月31日从华中科技大学同济医学院附属同济医院分离流感嗜血杆菌100株。根据脲酶、吲哚和鸟氨酸脱羧酶试验对流感嗜血杆菌进行传统的生物学分型,分为Ⅰ～Ⅷ八个生物型。回顾患者病史资料,分析生物学分型和流感嗜血杆菌所引起的疾病之间的关系。用流感嗜血杆菌荚膜编码基因（bexA）和a—f型特异性荚膜基因设计引物,采用PCR技术对流感嗜血杆菌进行荚膜基因检测。通过生物学分型和荚膜基因分型结果的比对,探讨两者之间的关联。结果分离的100株流感嗜血杆菌生物学分型结果如下：Ⅲ型6株,Ⅳ型28株,Ⅴ型1株,Ⅵ型54株,Ⅶ型11株。未分离到Ⅰ型、Ⅱ型和Ⅷ型。分析患者的临床诊断,发现主要流行株Ⅵ型流感嗜血杆菌主要引起患者肺炎（包括支气管肺炎和新生儿肺炎）和支气管炎（包括毛细支气管炎和喘息性支气管炎）。荚膜基因分型结果显示,未分离到b型和b-型流感嗜血杆菌。共分离到1株f型,其余99株均为无荚膜抗原的不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜分型之间无明显的相关性。结论该院分离的流感嗜血杆菌主要为生物型Ⅵ型。回顾患者病史,发现Ⅵ型主要引起肺炎和支气管炎。荚膜基因分型显示,本地区分离的流感嗜血杆菌主要为不可分型流感嗜血杆菌。生物学分型和荚膜基因分型之间无明显相关性。     

不同地区宋内志贺菌耐药性及脉冲场凝胶电泳分型分析

摘要:【目的】通过对不同地区的宋内志贺菌株进行药物敏感性检测、耐药基因的扩增以及基因分型,了解不同地区宋内志贺菌的耐药情况与流行趋势。【方法】使用微量肉汤稀释法测定了54 株宋内志贺菌对21种药物的敏感性,用PCR方法扩增相关耐药基因,利用脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)技术进行宋内志贺菌的基因分型,最后采用BioNumerics分析软件对所有菌株进行聚类,分析其相似度。【结果】实验菌株对于甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑、四环素、替卡西林/棒酸、氨苄西林、庆大霉素5种抗生素普遍耐药,对亚胺培南、头孢吡肟、左氟沙星、诺氟沙星、阿米卡星5种抗生素全部表现为敏感。共检测出包括blaTEM,blaCTX以及整合子在内的7 种不同的耐药基因。全部实验菌株可分为26个不同的PFGE带型,分型后表现出较高的基因同源性。宋内志贺菌的耐药性、携带基因与带型具有一定地域相关性。【结 论】目前各地区流行的宋内志贺菌株对甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑与四环素已经普遍耐药,不同地区出现相同聚类分型的菌株表明存在跨区域流行的宋内志贺菌群。因此,加强对不同地区宋内志贺菌的监控对减少多重耐药菌株的产生具有重要意义。     

Tm-shift基因分型方法在遗传学中的应用

Melting Temperature shift(Tm-shift)是一种新的基因分型方法,主要通过在两条特异性引物5′端加入不同长度的GC序列,PCR扩增后根据熔解曲线中产物Tm值的差异来完成分型。文章建立了Tm-shift法对2 048份样品的29个SNP进行分型,通过分型成功率、重复检测一致率、测序验证准确度综合评价分型效果。结果显示,29个SNP中有27个可以采用本方法分型,分型成功率为93.1%。测序验证准确性达到100%。3种基因型阳性标准对照重复检测一致率为100%;100个随机样品重复检测,重复性为97%。因此,Tm-shift基因分型法是一种成本低廉、准确灵敏、稳定可靠、通量灵活、操作简便的基因分型方法,可在遗传学研究中推广应用。     

家庭内红色毛癣菌病患者间菌株差异性分析

目的用PCR技术比较分离自同一家庭红色毛癣菌病患者的菌株差异性,分析家庭内多发的红色毛癣菌病的致病菌株是家内相互感染,还是家外感染。方法以家庭内多发的皮肤癣菌病患者为研究对象,分离致病菌株并以传统方法鉴定菌种。再分别用随机扩增多态性DNA(RAPD)和巢式PCR特异扩增红色毛癣菌的串联重复亚元件(TRSS:TRS-1/TRS-2)产生的指纹图谱分析种内株间有无差异性。结果纳入实验的16株菌分离自8个家庭,用形态学等方法及种特异引物均鉴定为红色毛癣菌。RAPD显示4个家庭内的菌株间有差异性,TRS-1区PCR指纹图谱显示5个家庭内菌株有株间差异,TRS-2区能鉴定出2个家庭内菌株间有差异。综合各方法共区分出6个家庭内的菌株间有带型差异。结论该研究提示家庭内多发红色毛癣菌病从家外途径感染率高于家内感染。TRS-1区PCR指纹图谱对红色毛癣菌的菌株区分度高于RAPD,更适于红色毛癣菌株间分型。结合多种分子分型方法可最大限度发现不同菌株间的差异。