PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用

聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。     

影响因子(IF)即输即现快速查询的实现

影响因子不仅是期刊影响力和有用性的重要指标,而且往往是科研工作者选择拟投稿期刊时所关注的重要因素之一。随着目前国际期刊数量的迅猛增长,影响因子的快速查询便成为一项重要工作。本文在传统的查询检索服务的基础上,构建了一个人性化的期刊影响因子查询的Web应用IFSearch,提供了一种快捷高效的查询服务,通过实现即输即现搜索的用户体验,提高了查询的便利性与效率,对于作者投稿选择合适的期刊具有一定参考价值(http://biocompute.bmi.ac.cn/IF-SearchEngine)。     

真核基因可变剪接研究现状与展望

mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制,是功能基因组时代的研究重点之一。生物信息学在识别可变剪接基因及其结构、分析可变剪接的功能和调控方式等方面具有重要作用。除了耗时的实验研究,识别可变剪接基因及其结构主要通过EST、mRNA等转录数据与基因组序列进行比对,获得同一基因的不同结构方式。分析蛋白质产物可对可变剪接的功能进行预测;潜在调控元件的统计分析则可为可变剪接调控机制的研究提供必要的数据。转录数据的时空信息以及比较基因组学对理解可变剪接信息的精确调控将提供重要资料。可变剪接及其调控机制的深入研究将为基因组和蛋白质组之间的对接提供重要的桥梁。     

AP-1辅助激活因子JAB1的分子克隆及其与肝细胞生成素的相互作用

利用酵母双杂交方法,用肝细胞生成素(HPO)作为诱饵蛋白在人胎肝cDNA文库中筛选到能与HPO相互作用的蛋白：AP-1辅助激活因子JAB1.并用PCR方法从人胎肝cDNA文库中扩出JAB1全长cDNA,进行GST-JAB1原核融合蛋白表达与纯化.蛋白质结合实验表明,JAB1与人重组HPO以及COS7真核表达的HPO在体外有结合作用.     

一个基于Blast程序的多重序列对齐程序——Mblast

核酸序列和蛋白质序列的相似性分析日益成为生物信息学研究的核心内容.NCBI的Blast程序是进行此类分析的最有力工具.虽然它提供了初步的将多条序列进行综合对齐的分析方案,但是实际效果却很不理想.在对Blast程序的输出结果进行仔细分析的基础上,基于“求同存异”的思想,我们编制了一个多重序列对齐程序Mblast.该程序与目前流行的序列多重对齐程序相比,更容易检出序列的同源区.     

基于微信公众平台的文献定制服务

文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊名表,索引Pub Med数据库,实现期刊个性化订阅、文献查询、影响因子查询等便捷功能。对于提高科研人员的文献学习效率,降低追踪文献的时间成本具有较大的价值。     

人源细胞内物质转运调节分子ARFGAP1对细胞分泌功能的影响

 ARF GAP是重要的细胞内物质转运调节分子 .最近 ,在人胎肝 c DNA文库中发现一种新基因 ,其编码的氨基酸序列与大鼠的 ARF1 GAP有 32 %同源性 ,故将其命名为“ARFGAP1”.对ARFGAP1进行功能研究 ,利用分子克隆技术构建绿色荧光蛋白 (GFP) - ARFGAP1融合基因表达质粒 (p EGFP- C1 - ARFGAP1 ) ,经脂质体转染将其导入 COS- 7细胞瞬时表达 ,利用绿色荧光确定ARFGAP1的亚细胞定位 .结果显示 ,ARFGAP1位于细胞质部分 ,表达量高时 ,在核周高尔基体区聚集呈团块状或颗粒状 .构建真核表达质粒 pc DNA3.1 /myc- His- ARFGAP1 ,在 COS- 7细胞中表达 ,并用 ARFGAP1和分泌型碱性磷酸酶 (SEAP)真核表达质粒共同转染 COS- 7细胞 ,发现ARFGAP1在细胞中过表达能部分抑制 SEAP的分泌 .结果证明 ,ARFGAP1对细胞的物质转运和分泌功能有调节作用 .     

免疫组织化学方法检测脑红蛋白在大鼠中枢神经系统的分布

目的 探讨脑红蛋白（NGB）基因在中枢神经系统中的分布。方法 用免疫组织化学ABC法研究了NGB蛋白在成年大鼠脑内的分布和定位。结果 NGB蛋白在成年大鼠脑中有非常广泛的表达。其分布区域包括大脑皮质,海马,丘脑和下丘脑的部分核团,脑桥及小脑,NGB免疫反应阳性物质定位于神经元的细胞质。结论 NGB蛋白在大鼠脑中有非常广泛的表达,提示NGB基因在中枢神经系统的功能活动中可能起重要作用。     

柔性辟谷技术对肥胖人群代谢指标的改善作用

目的：依托医院营养科测评柔性辟谷技术对肥胖与相关慢病的改善效果。方法：按照肥胖与相关慢病遴选标准招募志愿者,在营养科医生的指导下进行连续7d的柔性辟谷干预。在柔性辟谷期间及前后不同时间点,对志愿者理化指标进行检测记录,基于自身对照结果进行统计分析,并记录主观受试反馈。结果：柔性辟谷干预后,电解质及肝肾功能正常,志愿者的体重、血压、空腹血糖、血脂指标均显著下降,表现出趋于改善的效果。结论：柔性辟谷技术减重效果明显,能有效改善肥胖人群的血压、血糖、血脂等指标,且安全性测评结果良好,有望成为肥胖人群改善慢病指征的一种方案,为后续将柔性辟谷技术纳入临床专家共识提供科学依据。