核糖体谱技术及其应用

当前,基因组范围内分析细胞内蛋白质翻译事件的研究仍然落后于转录事件的研究.无论原核生物还是真核生物,细胞内的核糖体均是蛋白质翻译的工厂,因此对于核糖体的研究至关重要.早在1963年,Warner等[1]发现了细胞内的多聚核糖体结构.Wolin和Walter[2]用RNase消化正在翻译中     

多重PCR在质粒拷贝数检测中的应用

聚合酶链式反应(PCR)作为常规分子克隆技术已在分子生物学的各个领域得到广泛应用.然而,多重PCR技术应用于质粒拷贝数检测的研究尚未见报道.为深入探索多重PCR在质粒拷贝数测定中的应用,首先利用构建的多重PCR引物设计及评估体系分别针对细菌基因组DNA和质粒载体DNA序列设计多重PCR引物;然后以转化有不同质粒载体的大...     

实时荧光定量PCR的数据分析方法

实时荧光定量PCR是目前检测目的核酸拷贝数及分析靶基因在mRNA表达水平相对变化的主流技术。研究表明,分析结果的准确性依赖于数据分析方法的可靠性。我们简要综述实时荧光定量PCR的数据分析方法。     

用于寡核苷酸二级结构预测的热力学数据库研究进展

基于核酸分子杂交的生物技术（如PCR）在病原微生物检测、临床诊断等诸多领域中应用广泛,此类技术的可靠性在于寡核苷酸分子与其靶点结合的高稳定性与特异性,而精确预测寡核苷酸与靶分子结合的二级结构是分析其稳定性与特异性的关键。其中,基于热力学的最近邻模型是寡核苷酸二级结构预测最为可靠的计算方法,但其精确性强烈依赖于精确的热力学参数。由于寡核苷酸分子二级结构的复杂性,除了完美匹配外,还需要错配、内环、膨胀环、末端摇摆、CNG重复、GU摆动等特殊结构的热力学数据。本文综述了近年来用于寡核苷酸二级结构预测的有效热力学数据库及相关计算方法,并指出当前热力学数据库的局限及未来发展方向。     

基于表观基因组学的DNA元件鉴定方法研究进展

在人类基因组测序已经完成的"后基因组"时代,对基因组序列的功能注释,尤其是各种DNA调控元件的鉴定,已成为进一步理解人类基因组复杂机制的瓶颈问题.最近,针对染色质状态图谱的大规模研究工作,揭示了各类DNA元件特征性的染色质修饰标记.这些研究结果推动了一系列基于有监督和无监督学习的DNA元件预测方法的产生,其中一些方法已经成功应用于多个基因组的DNA元件预测,并且已成为未知基因组的常规注释工具.这些预测方法因其算法特点和预测策略不同而适用于不同类型的DNA元件预测任务.大多数情况下,使用者需要联合使用多个预测方法来达到预测敏感性和特异性的平衡.尽管各类算法在DNA元件预测中都有一些成功的应用,但每一类算法都有其特有的弊端,需要使用者认真避免.本文回顾了前期和当下DNA元件预测方法的主要类型,全面分析了各类方法的优缺点,指出了下一步可以改进的方向.本综述中的分析和观点有助于读者深入理解DNA元件预测算法的主要原则,进而在相关研究中更好地应用这些方法.     

利用MPprimer设计引物并优化扩增条件以提高多重PCR效率的实验研究

多重PCR技术广泛应用于多个研究领域,其中引物设计及扩增条件是提高多重PCR实验效率的关键因素.为探讨优化多重PCR实验的方法,以小鼠5个看家基因为研究对象,使用实验室新近开发的MPprimer程序设计多重PCR引物,并通过改变多种反应条件来优化多重PCR实验.结果表明,MPprimer程序能够设计出理想的多重PCR引物,并且通过对退火温度及延伸时间进行优化,可显著提高多重PCR实验效率,对于提高基因表达的规模化检测能力具有积极的促进作用.     

影响因子(IF)即输即现快速查询的实现

影响因子不仅是期刊影响力和有用性的重要指标,而且往往是科研工作者选择拟投稿期刊时所关注的重要因素之一。随着目前国际期刊数量的迅猛增长,影响因子的快速查询便成为一项重要工作。本文在传统的查询检索服务的基础上,构建了一个人性化的期刊影响因子查询的Web应用IFSearch,提供了一种快捷高效的查询服务,通过实现即输即现搜索的用户体验,提高了查询的便利性与效率,对于作者投稿选择合适的期刊具有一定参考价值(http://biocompute.bmi.ac.cn/IF-SearchEngine)。     

基于微信公众平台的文献定制服务

文献学习是科研人员跟踪领域进展,思考课题发展的必要途径。为了解决移动端跟踪文献的繁琐问题,本文借助移动互联网即时性、便捷性、个性化等特性,开发了基于微信公众平台的文献定制服务。该服务通过解析用户输入,动态匹配自构建的期刊名表,索引Pub Med数据库,实现期刊个性化订阅、文献查询、影响因子查询等便捷功能。对于提高科研人员的文献学习效率,降低追踪文献的时间成本具有较大的价值。     

PCR引物特异性核查系统(PSC)的构建与应用

聚合酶链式反应(PCR)虽已广泛用于分子生物学研究中,然而PCR实验中的非特异性产物问题将直接影响PCR的效率,在多重PCR实验中更是如此。为了最大限度地降低非特异性产物的出现率,同时避免用户频繁使用Blast比对检查非特异性,我们开发了基于NCBI-Blast的引物评估和模板DNA特异性结合能力评估的核查系统PSC(Primer Specificity Checking,http://biocompute.bmi.ac.cn/PSC),并基于虚拟PCR实验确定了用于引物质量核查计算的多种参数,能够在线提供多个物种的引物特异性核查结果。该系统可以有效地对引物序列可能产生的所有非特异性扩增进行预测,有助于实验前引物优化或者对非特异扩增结果进行解释,最终达到提高PCR效率的目的。