| 一个基于Blast程序的多重序列对齐程序——Mblast |
| |
| 引用本文： | 孙焕东,张成岗,贺福初.一个基于Blast程序的多重序列对齐程序——Mblast[J].生物化学与生物物理进展,2001,28(3):419-422. |
| |
| 作者姓名： | 孙焕东 张成岗 贺福初 |
| |
| 作者单位： | 1. 军事医学科学院医学信息研究所,
2. 军事医学科学院放射医学研究所, |
| |
| 基金项目： | 国家“863”计划(863-102-10-04-04)、国家杰出青年科学基金(39620514)、国家自然科学基金重点项目(39730310, 39970247)、国家自然科学基金(39900041，39900074)与军事医学科学院科技创新研究启动基金(9905105)部分资助项目. |
| |
| 摘 要： | 核酸序列和蛋白质序列的相似性分析日益成为生物信息学研究的核心内容.NCBI的Blast程序是进行此类分析的最有力工具.虽然它提供了初步的将多条序列进行综合对齐的分析方案，但是实际效果却很不理想.在对Blast程序的输出结果进行仔细分析的基础上，基于“求同存异”的思想，我们编制了一个多重序列对齐程序Mblast.该程序与目前流行的序列多重对齐程序相比，更容易检出序列的同源区.
|
| 关 键 词： | Blast程序 序列多重对齐 |
| 收稿时间： | 2000/7/12 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2000年7月12日 |
Mblast: A Multiple Alignment Program Based on Blast Program |
| |
| SUN Huan-Dong,ZHANG Cheng-Gang and HE Fu-Chu.Mblast: A Multiple Alignment Program Based on Blast Program[J].Progress In Biochemistry and Biophysics,2001,28(3):419-422. |
| |
| Authors: | SUN Huan-Dong ZHANG Cheng-Gang and HE Fu-Chu |
| |
| Institution: | Institute of Medical Information, Academy of Military Medical Science, Beijing 100850, China;Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Science, Beijing 100850, China;Institute of Radiation Medicine, Academy of Military Medical Science, Beijing 100850, China |
| |
| Abstract: | The Blast program developed by National Center for Biotechnology Information (NCBI) is one of the powerful tools for sequence analysis including both nucleotide and amino acid sequences. Although it could be used for multiple sequences alignment, the result is not always available. After analysis of the blast result, a new algorithm was designed to optimize the multiple alignment of Blast. A program named "Mblast" was then developed for application. Result demonstrated that the program is useful in identifying conserved region of multiple sequences. |
| |
| Keywords: | sequence analysis multiple sequence alignment Blast program bioinformatics |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《生物化学与生物物理进展》下载免费的PDF全文 |
