基于扩展起始节点和加权融合策略预测肺癌风险致病基因

肺癌风险致病基因预测有助于了解疾病发病机制、提高临床治疗效果.目前,以重启游走为框架的风险致病基因预测算法,普遍存在起始节点少、节点转移概率相同、信息源单一的问题.为此,本文提出一种基于扩展起始节点和加权融合策略的风险致病基因预测算法(命名为AFMFSC),并在肺癌中验证算法有效性.首先,基于增广模糊测量思想,计算疾病表型近似基因间的增广功能相似得分,从中选出重要基因与致病基因作为扩展起始节点;其次,采用节点拓扑相似度转移矩阵及基因表达差异相关性转移矩阵,分别在蛋白质网络中重启随机游走,并将两种结果加权融合排序;最后,通过富集分析排名靠前基因,得到有显著意义的风险致病基因.AFMFSC算法预测的73个肺癌风险致病基因,均与肺癌发生、发展有密切联系,生物学意义显著.与其他排序算法相比,AFMFSC算法的Top 1%、Top 5%和AUC值比较大,平均排名和受拓扑特性偏差影响程度小;融合策略排名性能优于单一转移矩阵或普通邻接矩阵游走排名.AFMFSC算法不仅能准确有效地预测肺癌风险致病基因,而且可推广预测其他疾病风险致病基因,为探索癌症致病机理提供新视角及依据.     

ISSR标记在黑木耳单核体遗传分析中的应用

采用原生质体单核化和单孢分离法分别获得黑木耳Auricularia auricula栽培菌株新科5号两个亲本单核体（T1、T2）和33个F1代孢子单核体。从73条ISSR引物中筛选出13条可区分两个亲本单核体（T1、T2）的引物,对新科5号及F1代孢子单核体进行扩增,共扩增出70条带,其中63条在供试菌株间表现出多态性,多态位点百分率为90.0%。根据扩增结果采用软件NTsys2.10e计算菌株间的遗传相似系数并进行聚类分析,36个菌株间的遗传相似系数（GS值）的变化范围为0.2500～0.8382,其中T1和T2之间的GS值最小,遗传相似程度最低;F1代33个孢子单核体中24个与T1聚为一类,其余9个与T2聚为另一类,但并非严格按照交配型进行归类。试验表明黑木耳子实体上各个担子在减数分裂中染色体交换极具多样性,F1代孢子单核体表现出偏向其中一个亲本的现象,ISSR标记在黑木耳杂交育种中具有潜在的应用价值。     

新奇水果“菠萝莓”

据媒体报道,一种外形似草莓,味道尝起来却和菠萝相似的新品种水果即将开始在英国销售。 这个新品种的水果被称为“菠萝莓”。它的外形与草莓十分相似,只不过果肉是奶白色的,表面分布着均匀的小红粒,与一般的草莓颜色恰好相反。     

《科学》：老鼠和人类具相似“焦虑”基因

据国外媒体报道,美国魏尔康奈尔医学院研究者发现人类和老鼠身上具有相同的“焦虑”相关基因。表明实验室动物可以用来研究相关人类行为。这项研究结果可帮助科学家开发出新的临床药物,治疗人类的恐惧症和创伤后应激障碍等焦虑症相关疾病。研究结果已经发表在1月15日出版的《科学》杂志上。     

基于温度指数-温暖指数和最冷月低温对韩国森林植被分布变化的模拟

利用温暖指数(WI)和最冷月平均最低气温(MTCI)预测韩国森林覆盖和植被分布的变化. 为模拟气候变化引起的植被分布变化, 利用过去30年(1971~2000年)的气候数据和第5代NCAR和Penn State Mesoscale 模型(MM5)计算得到IPCC特别报告中A1B情景下的未来气候数据. WI 和MTCI是非常重要的热量指标, 它们与植物获得的有效热量和抗寒能力密切相关, 树种的最适分布范围也受这两种热量指标的影响. 为获得树种的热量相似组合(TAG), 将树种分布范围的WI和MTCI配置于二维网格图上, 然后根据处于相似WI和MTCI 范围的树种划为同一TAG. 通过聚类分析产生出17种用于解释韩国森林植被分布的TAG. 预测结果显示, 未来几年韩国境内的WI和MTCI分布将向右上方移动. 同时发现, 与Pinus densiflora和P. koraiensis等种类有关的热量相似组合的面积将会缩小, 而常绿阔叶树(如Camellia japonica, Cyclobalanopsis glauca)占优势的热量相似组合的面积将扩大. 与过去使用的全球或大陆尺度的植被模型相比, 针对TAG的过程分析能够更明确地解释气候变化在区域尺度上的影响.     

青海秦艽高效液相色谱指纹图谱的研究

利用高效液相色谱法建立了青海秦艽的色谱指纹图谱.色谱条件:K rom as il C18柱(250 mm×4.6 mm×5μm),甲醇∶磷酸水(0.04%)梯度洗脱,流速为1 mL/m in,检测波长222 nm.通过比较发现秦艽样品的13个主要共有峰,可作为鉴别秦艽药材的主要依据.对12批秦艽药材进行了相似度计算和聚类分析,结果表明,所建立的秦艽指纹图谱可用于秦艽药材的真伪鉴别和质量评价.     

中药XRD二阶导数指纹图谱的研究

以三种不同产地的丹参为研究对象,研究植物类中药XRD二阶导数指纹图谱方法学和植物类中药XRD二阶导数指纹图谱的特征。丹参XRD二阶导数指纹图谱具有峰位明确,峰型尖锐,特征性强的特点,不同产地丹参的差异性在二阶导数指纹图谱得以体现。通过相似度计算,三种丹参之间的相似度都小于0.8,可准确鉴定不同产地的丹参。结果表明:XRD二阶导数指纹图谱可用于植物类中药的XRD指纹图谱研究。     

台湾桤木引种气候生态适生区分析

选择了年平均温度、最冷月平均温度等9个影响台湾桤木(Alnusformosana)分布和生长的关键气候因子,运用模糊相似优先比法,探讨台湾桤木在我国的适生范围。结果表明,台湾桤木气候生态适生区主要分布在长江流域及其以南的部分中亚热带、南亚热带和热带地区,适宜区表现出明显的热带南亚热带性质,次适宜区以中亚热带性质为主。适生区的气候特点是:年均温度在15℃以上,极端最低温在-10℃以上,年降水量在1 000 mm以上,一年中降水量<50 mm的月份不超过5个月。适生区气象因子的主成分分析表明,第一主成分温度因子(年均温、≥10℃积温、最冷月平均温和极端最低温)影响台湾桤木的成活和分布,第二主成分和第三主成分(温度和降水)的综合作用影响台湾桤木的生长。四川和福建的引种实践表明,本预测具有一定的实用价值。     

野生木本植物油--光皮树油制取生物柴油的研究

研究了光皮树原料油酯交换反应制取成品生物柴油工艺和技术,并对所得生物柴油的物化性质进行了测定。通过L9(34 )正交试验来确定光皮树油酯交换反应的最优条件,结果表明:其最佳工艺条件是A1 B3C2 D3,光皮树油为原料通过酯化反应制取的生物柴油与0 #柴油燃烧性能相似,是一种安全(闪点>10 5℃)、洁净(灰分<0. 0 0 3)的生物质燃料油。     

利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法

利用分子标记技术对生物物种群进行类群分类时,一般需要通过分析电泳图谱获得0/1矩阵,通过统计计算来得到其遗传相似系数和遗传距离指数。科学工作者常借助计算器徒手计算,容易出错,速度又慢。本文介绍一种以MicrosoftExcel电子数据表为平台,能较轻松又准确地根据0/1矩阵实现遗传相似系数和遗传距离指数计算的操作方法。