三个黄颡鱼群体遗传多样性及亲缘关系的微卫星标记分析

利用微卫星标记技术对3个黄颡鱼群体(W S、TE和QF)的遗传多样性及亲缘关系进行研究。通过筛选的30个引物对3个黄颡鱼群体基因组DNA的扩增,获得了19个有效引物,其中有6个微卫星位点具有多态性,并计算出了3个黄颡鱼群体间的遗传相似系数和遗传距离,TE和QF群体间的遗传相似系数最大(0.8736),遗传距离最小(0.1790);W S和QF群体间的遗传相似系数最小(0.7284),遗传距离最大(0.2768)。同时运用聚类分析(UPGMA)的方法建立了3个黄颡鱼群体的系统发生树。     

中药XRD二阶导数指纹图谱的研究

以三种不同产地的丹参为研究对象,研究植物类中药XRD二阶导数指纹图谱方法学和植物类中药XRD二阶导数指纹图谱的特征。丹参XRD二阶导数指纹图谱具有峰位明确,峰型尖锐,特征性强的特点,不同产地丹参的差异性在二阶导数指纹图谱得以体现。通过相似度计算,三种丹参之间的相似度都小于0.8,可准确鉴定不同产地的丹参。结果表明:XRD二阶导数指纹图谱可用于植物类中药的XRD指纹图谱研究。     

AFLP标记在小香羊遗传多态性检测中的应用

研究了AFLP标记在研究小香羊遗传多态性方面应用的可行性和该山羊个体基因组DNA的AFLP扩增结果。实验应用10条AFLP引物,用PstI酶切,对15只小香羊基因组DNA进行AFLP反应,共获得113个AFLP标记,单引物获得的标记数在2～19之间,小香羊群体相似系数AFLP研究结果为0．913(0．814～0．980)。该研究为评价小香羊的遗传稳定性提供了相关的参数,准确评价尚待和其它品种对比研究后确定。     

鲤科四种鱼肠道菌群的相似性及其与系统进化的关系

在同一背景条件下,对草鱼、白链、团头鲂和鲤等4种鱼的肠道菌群中好氧性菌或兼性厌氧菌进行分析鉴定,得到4种鱼之间的肠道菌群相似值。用UPGMA和NJ法构建鲤科的雅罗鱼亚科,链亚科,Bian亚科和鲤亚科等4种亚科的系统演化树。不同亚科的鱼间菌群分布有较大差异。但雅罗鱼亚科和Bian亚科和菌群分布方面有极显的正相关性,哈夫尼亚菌属、致病杆菌属、气单胞菌属、柠檬酸菌属、假单胞菌属等在4种鱼肠道中均有分布,链球菌属,拉恩氏菌属、牙包杆菌属、葡萄球菌属等属于共生菌,雅罗鱼亚科和Bian亚科相邻邻接为一个共同接点,该接点与鲤亚科连接为一个接点,鲤亚科可能是最原始的类型。     

利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系

基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义.本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html).采用该工具对已测序的 109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5 886个ANIm值.整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系.很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95％,但种间ANIm值却大于95％,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans.同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平.     

HPLC指纹图谱技术在灵芝组织分离试验中的应用

利用HPLC指纹图谱技术研究从同一灵芝子实体不同部位组织分离获得的菌株三萜化合物的差异。用常规组织分离方法获得不同菌株,在A、B、C、D四种培养基上进行出菇试验,运用HPLC指纹图谱技术获得各子实体三萜提取物HPLC指纹图谱,计算图谱间的相似度,分析三萜指纹的差异。结果表明,从子实体不同部位分离获得的四个菌株在同一培养基相同条件下培养获得的灵芝子实体的三萜指纹图谱相似度均大于0.99;同一部位分离获得的菌株在不同培养基相同培养条件下获得的子实体,其粗三萜HPLC图谱相似度均大于0.96;不同的组织分离部位和不同的培养基对灵芝菌株三萜指纹图谱的影响均不显著。18号菌株在C培养基上培养获得的子实体三萜含量最高,上层菌肉为最优组织分离部位,C培养基为最优培养基。灵芝的三萜组成不受生长环境的影响,而生长环境会对其三萜化合物含量产生一定的影响。本文首次应用HPLC指纹图谱方法对灵芝组织分离获得的菌株的差异性进行了研究。     

甘肃裕固族HLA-DRB1基因多态性及其族源分析

目的:研究甘肃裕固族HLA-DRB1基因的多态性,探讨裕固族的起源、迁徙及其与其他民族的关系.方法:应用PCR-SSP基因分型技术,对54例裕固族个体进行了HLA-DRB1位点的基因分型并进行相应等位基因频率的比较.结果:甘肃裕固族HLA-DRB1位点共检出了14种等位基因,其中高频基因为DR5(0.2115),DR4(0.1346)和DR7(0.1250),低频的等位基因为DR14(0.0096)和DR13(0.0192);裕固族人HLA-DRB1座位等位基因总的分布格局与蒙古族最接近,与云南黎族则相差较远.结论:对裕固族和我国各地人群的HLA-DRB1频率进行了聚类分析,极为相似的HLA-DRB1背景提示裕固族和蒙古族之间密切的遗传关系.     

晋南牛瘤胃中古菌分子多样性的研究

采用3对古菌特异性引物扩增瘤胃古菌16S rRNA基因分别建立克隆库来研究晋南牛瘤胃古菌的多样性.每个克隆库随机挑选100个克隆.引物Arch f364/1386建立的克隆库中,克隆分为四类,分别与四种甲烷短杆菌1Y(61%)、SM9(23%)、NT7(14%)和AK-87(2%)相似.引物1Af/1100Ar建立的克隆库中,克隆分为两类,分别与Methanobacterium aarhusense(72%)和Methanosphaera stadtmanae DSM 3091(28%)相似.引物Met86F/Met1340R建立的克隆库反映的古菌种类较为全面,除以上4种甲烷短杆菌(所占比例分别为47%、26%、11%和3%)外,还有Methanomicrobium mobile(2%)、以及类似Methanobacterium aarhusense(1%)和Methanosphaera stadtmanae(3%)的序列,还有7%的未匹配序列.系统进化分析表明,这些克隆属于Methanobrevibacter、Methanobacterium、Methanosphaera、Methanomicrobium,和未知广域古菌等5个分支.有25类属于广域古菌的未知序列,提示瘤胃中存在大量的未知产甲烷菌.     

苦瓜中与AGAMOUS相似基因启动子的克隆和表达载体的构建

McAG2基因是苦瓜中分离得到的与AGAMOUS相似基因,在花器官和果实中特异表达,参与花的第三轮和第四轮器官的形成.文章采用染色体DNA步移技术克隆得到长为1 417 bp的McAG2基因5'上游片段.序列分析显示此片段含有典型的TATA-box、CAAT-box、丰富的激素应答调控元件.为了研究这些调控元件,还构建了McAG2基因5'侧翼缺失和内含子缺失表达载体.     

水淹对三峡库区岸生植物秋华柳(Salix variegata Franch.)存活和恢复生长的影响

植物在水淹后的存活和恢复生长状况可以衡量其对水淹的耐受能力,为了解三峡库区岸生植物秋华柳(Salix variegata Franch.)的水淹耐受能力,研究了长期水淹条件下秋华柳植株的存活和恢复生长状况.实验设置了3个水淹深度:对照,水淹根部(植株置于水中,仅地下部分被淹没)和水淹2m(植株置于水中,顶部距水面2m),6个水淹时间:20d,40d,60d,90d,120d和180d.研究结果表明:(1)水淹对秋华柳植株存活率的影响较小.水淹根部处理的植株在水淹180d后,存活率仍为100%,水淹2m处理的植株在水淹120d后,存活率也为100%,直到180d后,存活率才下降为0.(2)水淹后,秋华柳植株仍然可以进行恢复生长,表现出很强的恢复生长能力,但因水淹处理的不同,其恢复生长存在差异.随着水淹时间的延长,秋华柳植株出水后到开始恢复生长之前所需的时间增加,但所有水淹处理的植株在水淹结束后一周内都可以开始恢复生长.在相同水淹时间处理下,水淹处理的秋华柳植株在恢复生长期间的相对生长速率都高于对照植株,水淹40d,60d,90d后,水淹2m的秋华柳植株分别比对照植株高57.8%,143.4%,130.4%.水淹结束时,秋华柳地上部分生物量随水淹深度的不同而不同,水淹根部处理的植株几乎与对照植株无显著差异,水淹2m处理的植株都低于对照植株.水淹结束后,不同处理的秋华柳植株生长2个月后的地上部分生物量与其在水淹结束时不同处理植株地上部分生物量的变化趋势相似.本研究表明,秋华柳在长时间的水淹后具有很高的存活率,并可以进行很好的恢复生长,表现出较强的水淹耐受能力,可以考虑将其应用于三峡库区消落区的植被构建.