FS2M01.pl,转换片段大小表为0/1矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本———FS2M01.pl来实现片段大小表向0/1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0/1矩阵的问题。     

利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法

利用分子标记技术对生物物种群进行类群分类时,一般需要通过分析电泳图谱获得0/1矩阵,通过统计计算来得到其遗传相似系数和遗传距离指数。科学工作者常借助计算器徒手计算,容易出错,速度又慢。本文介绍一种以MicrosoftExcel电子数据表为平台,能较轻松又准确地根据0/1矩阵实现遗传相似系数和遗传距离指数计算的操作方法。     

江西省主要地方鸡种的RAPD分析及其群体遗传关系的研究

采用RAPD技术分析了南城黑鸡、余干五黑鸡、泰和乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、崇仁麻鸡、宁都三黄鸡、广丰白耳黄鸡和万载康乐黄鸡等8个江西地方鸡种、1个培育鸡种--景德黄鸡以及1个外来鸡种--以色列隐性白羽鸡基因组池DNA的多态性,经OPERONA,B,C,D,G5组100种随机引物扩增筛选,14种引物获得了33个多态标记.各品种间的遗传距离指数的计算结果和UPGMA聚类关系图表明:在10个鸡种间,南城黑鸡和余干五黑鸡的遗传距离最近,两者有着极密切的亲缘关系.据此认为这两个鸡群可视为同一品种的两个地方系.此外,广丰白耳黄鸡和景德黄鸡也表现出较密切的亲缘关系,这与景德黄鸡在培育过程中曾掺有白耳黄鸡血缘的选育历史相吻合。 Abstract:Random amphfied polymorphic DNAs (RAPD) analysis was explored to investigate genetic polymorphisms of pooled genomic DNA from 8 native and 1 cultivated chicken breeds in Jiangxi province as well as 1 exotic chicken breed,which include Guangfeng baier huang,Jingde huang,Yugan wuhei,Nancheng hei,Congren ma,Taihe Silky Fowl,Ningdu san huang,Dongxiang green-shell,Wanzai kangle huang and Israel Recessive White Feather Fowl.of 100 OPERON random primers screened,14 primers produced 34 polymorphic RAPD markers.The genetic distance index and UPGMA dendrogram indicated that Nancheng hei and Yugan wuhei chickens had very closely genetic relationship,the genetic distance between the two populations was closer than any other pair of breeds.Therefore,the two chicken populations were suggested to be classified into one breed.In addition,Guangfeng baier huang and Jingde huang shown intimately relationship,it was consistent with the cultivation history of Jingde huang chicken breed,in which Guangfeng baier huang was introduced as one of parental breed.     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)在26个中外猪种中的遗传变异研究

肠毒素大肠杆菌F18(ECF18)是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌,a1—岩藻糖转移酶基因(FUT1)是ECF18侵染猪小肠的受体蛋白候选基因。通过采用PCR—RFLP方法检测了5个西方商业猪种以及21个中国地方猪种(群)1458个个体在FUT1基因开放阅读框架的307核苷酸位点的G-A点突变(M307^G-A)遗传变异。结果表明：5个外来猪种以及中国地方猪种中的临高猪在该FUT1基因位点存在多态性,其他中国地方猪种均表现为极端的单态分布,只有易感的GG基因型,没有多态性。由此提示：1)如果猪FUT1 M307^G-A点突变是决定猪小肠上ECF18受体表达与否的关键因素,则绝大部分中国地方猪种均不具备抵抗ECF18的遗传基础,这除了表明ECF18抗性基因有可能起源于西方猪种外,同时也表明对中国地方猪种中在这个位点惟一存在多态性的海南临高猪的品种资源保存具有非常重要的意义。2)一般而言,在中国的养猪生产实践中,中国地方猪种的仔猪抗水肿与腹泻病能力普遍强于外来猪种,研究的结果提示有必要对中国地方猪种所具备的上述遗传抗性做更深入的研究,寻找、定位其相应的QTL或／和抗性基因。     

猪黑素皮质素受体1(MC1R)基因与毛色表型的研究

猪的毛色表型虽然与经济性状没有直接相关,但它却对经济效益产生重要影响,在猪育种实践、商品猪生产等方面都有应用。结合PCR—AccⅡ—RFIP、PCR—BspH I—RFLP及PCR-SSCP技术,分析了16个全同胞家系和金华猪、嘉兴黑猪、玉山黑猪、乐平花猪、上高两头乌猪及嵊县花猪等6个地方猪种随机采样个体的黑素皮质素受体1(MCIR)基因型。结果显示,地方猪种在MCIR位点携带高频率的显性黑等位基因E^DI,表明我国地方猪种的黑毛色可能主要由显性黑等位基因E^DI调控。通过对嵊县花猪MCIR位点的分析,首次发现PCR-SSCP证据的新序列,与已知的其他5个等位基因带型不同。家系个体的分析结果进一步验证了E^DI对E^p、e为完全显性,E^p对e为不完全显性。     

24个中外猪种(群)的AFLP多态性及其群体遗传关系

利用12对AFLP引物组合检测了19个中国地方猪种（群）,1个培育猪种和4个欧美引进猪种混合基因组DNA的遗传变异,根据AFLP分析结果计算了24个猪种（群）间的遗传相似系数,据此构建了UPGMA聚类关系图,结果表明,AFLP标记有着很高的多态检测效率（Ai),平均每个引物组合检测到17.3个多态标记,非常适合于猪种（群）遗传多样性分析和品种鉴定;中国地方猪种与欧美引进猪种间的遗传分化十分明显,两类猪群间的亲缘关系较远;南昌白猪与大白猪,铅山黑猪与玉山黑猪有着极近的亲缘关系,分别与其育成历史,地理分布和RAPD分析结果相一致。另外还对部分猪种（群）的聚类分析结果与其形态学,地理分布和现行分类情况不相一致的原因进行了探讨。     

FS2M01．pl，转换片段大小表为0／0矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本——FS2M01．pl来实现片段大小表向0／1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0／1矩阵的问题。     

生长激素基因(GH2)多态性与猪部分生产性能的关系

采用PCR -RFLP对南昌白猪 (117头 )和大约克夏猪 (36 1头 )的GH 2基因 - 119～ +486bp的片段进行了扩增 ,并用ApaⅠ酶切 ,产生了 2个等位基因A(44 9+10 1+5 5bp)和B(316 +133+10 1+5 5bp)。分析了不同基因型对个体初生重、2月龄重、4月龄重、6月龄重、校正背膘厚、平均背膘厚、瘦肉率和料重比等生产性能的影响。结果表明 ,在南昌白猪中 ,不同GH 2基因型间在所测的生产性能上差异不显著 (P >0 0 5 ) ;在大约克夏猪中 ,AA型猪的瘦肉率最低、与BB型猪相比 ,差异显著 (P <0 0 5 )。     

猪MyoG基因的PCR-RFLP多态性分析

以杜洛克、长白、大约克、南昌白、二花脸、梅山猪、玉山黑猪、乐平花猪、金华两头乌及上高两头乌等中外10个猪种共计561头猪为研究材料,采用3对引物（PCR1、PCR2、PCR3）分别扩增猪肌细胞生成素（MyoG）基因的不同区域,扩增产物经限制性核酸内切酶MspⅠ酶切后发现：（1）在PCR1 MspⅠ-RFLP位点上,外来品种杜洛克、长白、大约克及培育品种南昌白中极大多数个体表现为AA型,个别为BB型;而6个中国地方猪种除乐平花猪外均以BB型居多。（2）在PCR2 MspⅠ-RFLP位点上,6个中国地方猪种除一头玉山黑猪表现为MN型外,其余均为MM型;而外来品种以NN型占大多数,培育品种南昌白更趋向于外来品种。（3）在PCR3 MspⅠ-RFLP位点上,所有猪种均可得到扩增产物,但无MspⅠ酶切位点。（4）在梅山猪及与其亲缘关系较近的二花脸猪中,没有发现Soumillion等(1997)报道的梅山猪特异性MspⅠ多态性酶切位点。