柴胡属植物HPLC指纹图谱及聚类分析

为给柴胡属植物的合理使用和基源选育提供理论依据,本文用HPLC法建立了北柴胡标准指纹图谱,确立了14个色谱峰为共有峰,测定了13批不同基源柴胡的指纹图谱及相似度,并对包括北柴胡在内的23批柴胡进行聚类分析。实验结果显示13批不同基源柴胡相似度均高于0.8,与北柴胡具有较高的相似性,可作为优质柴胡资源进一步研究。聚类分析结果显示竹叶柴胡聚为一类,北柴胡聚为一类,马尔康柴胡、马尾柴胡和抱茎柴胡聚为一类,与竹叶柴胡基源更为接近,聚类分析结果与传统分类结果具有一致性,可用于柴胡属植物的基源鉴定。     

耕作方式对中小型土壤动物多样性影响

为探讨耕作方式对中小型土壤动物群落结构及多样性的影响,选取中国科学院海伦农田生态系统国家野外科学观测研究站定位试验的5种耕作方式免耕、少耕、平翻耕作、组合耕作和旋耕为对象,采用改良干漏斗( Modified Tullgren)法分离0～15 cm土层中的中小型土壤动物,分析比较了不同耕作方式下中小型土壤动物的群落结构及分布特征.结果表明:不同耕作方式下中小型土壤动物群落结构及分布特征存在差异;高壳甲螨科和小甲螨科为5种耕作方式中共有的优势类群,传统耕作的旋耕和平翻耕作之间,保护性耕作的免耕和少耕之间中小型土壤动物群落结构相似度高;组合耕作很好地保持了中小型土壤动物垂直分布的表聚特征,少耕下中小型土壤动物群落结构具有较高的Shannon指数、均匀度和优势度;耕作方式可影响中小型土壤动物群落结构,少耕和组合耕作等保护性耕作措施有利于中小型土壤动物群落结构的稳定,且保持了中小型土壤动物垂直分布的表聚特征.     

铀尾矿库区的植物组成与多样性

对华中南某铀尾矿库区的植物组成及多样性进行了研究,并测定了各样地环境辐射状况。结果显示,库区有高等植物79种,隶属32科67属。不同环境辐射强度生境上植物重要值(IV)差别较大:轻度(LR)、中度(MR)辐射强度生境的群落物种重要值相对分散,乔灌草3层均出现多个优势植物;而重度(HR)辐射强度群落的优势植物集中于极少数种上。结合物种重要值、群落相似性系数(C)及聚类分析可把库区植物群落分为4类:1)轻度辐射(LR)的樟树+构树—红继木+牡荆—博落回+商陆群落;2)中度辐射(MR)的苦楝+构树—牡荆+白背桐—博落回+五节芒群落;3)白背桐—芦苇+白茅灌丛和4)盐肤木—狗尾草+白茅+圆果雀稗灌丛,分布于重度辐射(HR)。各样地的Shannon多样性指数(H)为0.463～1.734,表现为轻度中度重度;Margalef丰富度(DMA)为33.962～49.024,Pielou均匀度指数(Jsw)为0.463～0.986。文中还分析库区存在的生态环境问题。     

单克隆抗体制备的亲和填料在血浆高丰度蛋白分离中的应用研究

分离去除高丰度蛋白成为血浆蛋白质组研究的关键问题之一。我们从已建株的17株抗人血浆白蛋白单克隆抗体库中选出一株合适抗体。该抗体用Protein G Sepharose 4B吸附,然后用交联剂DMP（Dimethyl pimelinediimidate chloride）使之与Protein G 蛋白共价交联。实验结果显示600µL（结合1mg抗体）胶能分离10µL血浆中的白蛋白和球蛋白。填料进行重复使用10次后吸附能力变化无显著改变。对填料的吸附蛋白进行MALDI-TOF/TOF 鉴定主要为白蛋白和球蛋白,及其碎片,但发现吸附的蛋白有转铁蛋白,纤维蛋白原,抗胰蛋白酶,前脂蛋白,Vitamin D 结合蛋白,Keratin 10和 CD5 antigen like蛋白。实验结果表明该方法能在固定目的抗体同时最大量地保持抗体活性,该方法有望在蛋白质组学研究的高丰度蛋白分离中得到广泛应用。     

金线莲HPLC指纹图谱研究

以14批不同来源金线莲药材为原料,采用高效液相色谱法(HPLC),乙腈-甲酸水溶液为流动相,梯度洗脱,建立栽培及野生金线莲(Anoectochilus roxburgii)的指纹图谱,结合相似度分析,探讨金线莲与银线莲(Goodyera hachijoensis)的差异。结果表明,金线莲HPLC指纹图谱标定了24个共有峰,并指认了金线莲苷和葫芦巴碱、鼠李素-3-O-芸香糖苷、槲皮素、山柰酚、异鼠李素、Batatasin-Ⅲ等6个共有峰。除3批药材外,其余11批相似度均高于0.910,相似度总体较好。银线莲图谱相似度仅达0.529、0.721、0.698,均低于14批金线莲样品间的相似度。根据相似度评价,认为金线莲与银线莲存在差异,该结果可为分析评价金线莲与银线莲差异提供参考。     

利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系

基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义.本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html).采用该工具对已测序的 109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5 886个ANIm值.整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系.很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95％,但种间ANIm值却大于95％,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans.同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平.     

中国高校校园植物的多样性分析

城市生物多样性与人类生活密切相关,而校园植物是其中的重要一环。本研究统计了39个中国高校校园的完整植物名录,并对其进行区域划分,进而研究各区域内校园植物的多样性和区域间植物组成的相似性。此外,我们还选取了两个常见行道树分布的科——樟科(Lauraceae)和杨柳科(Salicaceae),分析它们在不同纬度校园间分布的差异性。结果显示,我国南方地区校园植物的多样性较高,但各区域间较为相似,相似性系数在0.675～0.721;北方地区的校园植物虽然丰富度较低,但各区域间的差异较大,相似性系数在0.417～0.609。与东、西部地区相比,同纬度中部地区的校园植物特异性较低。樟科植物的丰富度从南向北依次递减,杨柳科植物的种丰富度从南向北依次递增。地理环境和气候因素导致了这些差异的形成。这些信息有助于各地校园合理配置植物,并将为各地区城市生态系统的管理提供参考。     

不同产地南方红豆杉枝叶的紫杉醇含量及其指纹图谱的比较分析

采用HPLC法对来源于6个产地(陕西周至和汉中;甘肃天水;安徽胡乐、聂家山和仙寓山)的12份野生南方红豆杉[ Taxus chinensis var.mairei( Lemée et Lévl.) Cheng et L.K.Fu]枝叶中的紫杉醇含量进行了比较分析,并对不同产地南方红豆杉指纹图谱的相似度进行了比较和特征指纹图谱的构建.结果表明:不同产地南方红豆杉枝叶中紫杉醇的含量有明显差异,来源于陕西和甘肃的枝叶样品中紫杉醇含量明显高于来源于安徽的样品,以产自陕西周至的枝叶样品中紫杉醇含量最高(0.019 3 mg·g-1).各样品的指纹图谱均有12个共有峰,其中9号共有峰的保留时间(32.75 min)与紫杉醇标准品一致,被确定为南方红豆杉指纹图谱的参照峰(s).各共有峰相对保留时间的RSD值均低于1％,但相对峰面积的RSD值均高于40％,说明各样品共有峰的保留时间稳定,但相对含量差异较大.除来源于安徽聂家山的2个样品外,其他样品的相似度值均在0.8以上,说明各样品间指纹图谱的相似度较高.根据12个样品的指纹图谱建立了南方红豆杉枝叶的特征指纹图谱,可用于南方红豆杉的鉴定及质量控制.由测定结果推测:不同产地南方红豆杉枝叶中紫杉醇含量的差异可能与生长环境的差异有关.     

绞股蓝属三种植物的POD、EST和SOD同工酶研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳法对绞股蓝属的五柱绞股蓝、广西绞股蓝和绞股蓝3种植物的POD、EST和SOD同工酶进行了比较研究。结果表明,3种绞股蓝的3种同工酶谱带不同。3种同工酶在广西绞股蓝上表现最强。3种同工酶在同一物种不同器官中的表达具有一定差异,以叶中的表达最强,茎次之,根最弱。由同工酶推断的3种绞股蓝的亲缘关系为绞股蓝与广西绞股蓝亲缘关系较近,与五柱绞股蓝亲缘关系较远。