一种简单高效的酵母单菌落 PCR 方法

目的:为快速简便地挑选出酿酒酵母重组克隆,探索建立一种经济、直接、高效的酵母单菌落 PCR 方法.方法:以 Leu2MX6基同重组或重组质粒转化得到的酵母突变菌为材料,分别采用传统的提取基组或质粒的方法、煮沸法及化学试剂处理法等制备 PCR 模板进行重组克隆鉴定,并对6种 PCR 模板制备方法的效果进行比较与分析;对加热提取法进行优化并进行重组子的提取和验证.结果与结论:直接以1 mm2单克隆菌株95℃处理5 min 后的酵母菌落水悬浮液为模板进行单菌落 PCR,是一种简单高效的酵母重组克隆鉴定方法.该方法能弥补传统方法的不足,且简便快速、结果稳定,可作为筛选和鉴定阳性克隆的有效手段.同时,这种单菌落 PCR 法也可应用重组毕赤酵母的阳性克隆筛选.     

一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法

建立一种快速高效获取丝状真菌PCR反应模板的方法,提高丝状真菌PCR鉴定效率。通过单因素法对机械破壁联合微波法进行条件优化,利用优化后的方法获取13株不同种属丝状真菌的PCR反应模板,同时与Chelex-100法、机械破壁法作对比,以试剂盒抽提法作为阳性对照,进行ITS序列扩增,琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果。机械破壁联合微波法获取丝状真菌PCR反应模板的最佳条件为40 Hz机械破壁1 min、微波700 W高温裂解3 min,采取该法与试剂盒抽提法获得的模板均成功扩增13株不同种属丝状真菌ITS序列,且PCR鉴定结果一致;Chelex-100法获得的模板成功扩增6株丝状真菌ITS序列;机械破壁法获得的模板虽成功扩增9株丝状真菌ITS序列,但扩增效果欠佳。机械破壁联合微波法能够有效获取丝状真菌PCR反应模板,与试剂盒抽提法相比具有操作简便、快速高效的优点,提高丝状真菌PCR鉴定效率。     

日本脑炎病毒E蛋白在酵母双杂交系统中的表达及其对报告基因激活作用的检测

用日本脑炎病毒(JEV)E蛋白基因片段构建酵母双杂交诱饵载体,并检测其表达产物对酵母细胞有无毒性作用及对报告基因有无激活作用。用RT—PCR从JEV感染的鼠脑中扩增出JEV E蛋白基因片段,克隆入pUCl9质粒,经测序正确后,再亚克隆入酵母双杂交诱饵载体pGBKT7中。将重组质粒导入酵母菌AHl09,检测其表达产物在酵母细胞中对报告基因有无激活作用。成功获得JEV E蛋白基因片段,表达的E蛋白对酵母菌AHl09无毒性,对报告基因亦无激活作用。为利用酵母双杂交GAL4系统3进行JEV细胞受体蛋白的研究奠定了基础。     

利用酵母双杂交技术筛选与生殖支原体黏附蛋白(MgPa)相互作用的宿主蛋白

从利用基于分离的泛素介导膜蛋白酵母双杂交系统构建的人尿道上皮细胞cDNA文库中筛选生殖支原体(Mg)黏附蛋白(MgPa)的互作蛋白。以pET30a-MgPa为模板,经PCR扩增MgPa基因,将其分别连接到pBT3STE和pBT3SUC载体以构建诱饵质粒pBT3STE-MgPa和pBT3SUC-MgPa;将诱饵质粒分别转化到酵母菌株NMY32内,检测其毒性和自激活活性;将人尿道上皮细胞cDNA文库质粒pPR3-N-207-Zeng转入到含pBT3SUC-MgPa诱饵质粒的酵母菌株中,筛选阳性克隆。检测阳性克隆LacZ报告基因的活性。提取阳性克隆质粒进行DNA测序与BLAST分析。结果显示,成功构建的诱饵质粒pBT3STE-MgPa和pBT3SUC-MgPa两者都没有自激活功能,且pBT3SUC-MgPa的活性强于pBT3STE-MgPa。用pBT3SUC-MgPa转化NMY32酵母作为受体酵母细胞。经DNA测序与BLAST分析结果表明筛选到的28个阳性克隆归属于23个不同的蛋白。从利用分离的泛素介导膜蛋白酵母双杂交系统构建的人尿道上皮细胞cDNA文库中筛选到23个与MgPa相互作用的蛋白,为阐明MgPa的功能及Mg可能的致病机制提供参考。     

针对miR-221基因干扰慢病毒载体的构建及其有效靶序列的筛选与检测

目的：构建携带人miR-221基因的miRNA干扰慢病毒载体并寻找其有效靶序列,为胶质瘤的研究提供一种新的方法。方法：合成含干扰序列的双链DNAoligo直接连入酶切后的RNA干扰载体上。将产物转入细菌感受态细胞,对长出的克隆进行PCR鉴定,阳性克隆即为目的基因RNA干扰慢病毒载体质粒。再将目的基因与目的载体分别进行双酶切,纯化酶切产物后进行定向连接,其产物转入细菌感受态细胞,再对PCR鉴定阳性的克隆进行测序和分析比对,比对正确即为融合蛋白过表达质粒载体,然后将两种质粒共转染入293T细胞,用westernbolt法检测其有效敲减靶序列。结果：重组质粒经测序鉴定证明各转录模板完整、正确插入到相应质粒中,共转染后发现编号为PscSI576的靶点干扰效果最好。结论：本实验成功构建了人miR-221基因的RNA干扰慢病毒载体,并找到了有效的干扰靶序列。     

针对miR-221 基因干扰慢病毒载体的构建及其有效靶序列的 筛选与检测

目的:构建携带人miR-221基因的miRNA干扰慢病毒载体并寻找其有效靶序列,为胶质瘤的研究提供一种新的方法。方法:合成含干扰序列的双链DNAoligo直接连入酶切后的RNA干扰载体上。将产物转入细菌感受态细胞,对长出的克隆进行PCR鉴定,阳性克隆即为目的基因RNA干扰慢病毒载体质粒。再将目的基因与目的载体分别进行双酶切,纯化酶切产物后进行定向连接,其产物转入细菌感受态细胞,再对PCR鉴定阳性的克隆进行测序和分析比对,比对正确即为融合蛋白过表达质粒载体,然后将两种质粒共转染入293T细胞,用westernbolt法检测其有效敲减靶序列。结果:重组质粒经测序鉴定证明各转录模板完整、正确插入到相应质粒中,共转染后发现编号为PscSI576的靶点干扰效果最好。结论:本实验成功构建了人miR-221基因的RNA干扰慢病毒载体,并找到了有效的干扰靶序列。     

鸭圆环病毒Cap基因酵母双杂交诱饵载体的构建及鉴定

为构建鸭圆环病毒Cap基因酵母双杂交诱饵载体,以本实验室分离鉴定的DuCV GH01株Cap基因为模板,对其进行酵母密码子优化后,连接到pGBKT7载体上构建诱饵质粒,经菌落PCR、酶切鉴定以及测序后,转化酵母菌株Y2HGold感受态,检测诱饵蛋白表达以及诱饵蛋白对酵母细胞毒性和自激活现象。结果表明,优化后的Cap基因全长774bp,成功连接到诱饵载体pGBKT7中,重组质粒pGBKT7-Cap转入酵母细胞后,Western blot检测到50kD左右的蛋白条带,诱饵蛋白对酵母细胞既无毒性,又没有自激活现象。为进一步利用酵母双杂交技术筛选与Cap蛋白互作的蛋白奠定了基础。     

一种简便的适用于酵母双杂交系统的酵母质粒提取方法

目的:建立一种适用于酵母双杂交系统的简便快捷的酵母质粒提取方法。方法:以酿酒酵母为供试材料,用玻璃珠振荡法破除酵母细胞壁,提取酵母总DNA,最后通过电转化大肠杆菌DH10B获得目的质粒。结果:粗提得到的质粒可直接转化DH10B,作为模板用于PCR分析及酵母双杂交后续的序列分析等,大大降低了工作量。结论:该方法简便快捷,经济实用,降低了成本,提高了效率,可以作为一种实验室酵母质粒提取方法。     

酵母双杂交筛选心脏cDNA文库中与人热激蛋白70相互作用的蛋白质

目的:利用酵母双杂交系统从人心肌cDNA文库中筛选与热激蛋白70(HSP70)相互作用的蛋白质。方法:从人心脏cDNA文库扩增Hsp70基因,克隆于pGBKT7载体上,酶切鉴定及序列分析,并检测pGBKT7-Hsp70酵母细胞AH109中的自激活活性;将构建的酵母表达诱饵质粒载体pGBKT7-Hsp70转化AH109酵母细胞,与转化有人心脏cDNA文库的酵母Yl87进行交配实验,筛选与HSP70相互作用的蛋白质,通过一对一的回复杂交实验排除假阳性,对阳性克隆进行序列测定和生物信息学分析。结果:构建了"诱饵"质粒栽体pGBKT7-Hsp70,并证明其在酵母双杂交系统中无自激活活性,筛选得到多个与Hsp70相互作用的阳性转化子,并最终得到HSP70的1个相互作用蛋白质HIP。结论:应用酵母双杂交系统筛选出与HSP70相互作用的1个蛋白质,它们的相互作用可能与HSP70发挥细胞分子伴侣作用有关。     

HCV截短型E2蛋白在酵母双杂交系统中的表达及自激活作用检测

目的：获得不包含C末端跨膜区的HCV包膜糖蛋白E2蛋白（E2 661）编码基因,构建酵母双杂交诱饵载体,并检测对报告基因的激活作用。方法：PCR扩增HCV E2661 cDNA片段,先克隆入pMD-18T载体中,经测序正确后,再亚克隆入诱饵载体 pGBKT7,将重组质粒pGBKT7-E2661用醋酸锂法转化入酵母菌AH109,检测目的蛋白在酵母细胞中的表达以及对报告基因有无激活作用。结果：成功构建含有HCVE2661基因片段的酵母双杂交诱饵载体,目的片段可在酵母细胞AH109中正确表达,对酵母菌无毒性且对报告基因无自主激活作用。结论：可利用所构建的pGBKT7-E2661作为酵母双杂交系统中的“诱饵”,进行相互作用分子的筛选研究。     

筛选G-box结合蛋白的酵母单杂交文库的构建

目的：筛选花青素合成中的关键基因查尔酮合成酶基因CHS启动子中G-box的结合蛋白,从而找到调节CHS表达的转录因子。方法：采用Matchmaker Gold Yeast One-Hybrid Library Screening System,将CHS启动子G-box序列串联后整合入酵母染色体,构建诱饵菌株;采用SMART技术合成芜菁幼苗下胚轴cDNA,将该cDNA与pGADT7-Rec表达载体共同转化诱饵菌株,通过同源重组在酵母细胞内同步进行cDNA文库的构建和筛选;用酵母菌落PCR法获得阳性克隆中的cDNA插入片段,测序后在NCBI网站进行Blast分析。结果：共筛选了2.52×106个酵母克隆,得到94个阳性克隆,菌落PCR获得了长度为0.4~2.0 kb的cDNA插入片段,并通过Blast推测了其编码蛋白。结论：实验结果证明酵母单杂交文库构建成功,初步筛选获得了G-box结合蛋白的候选蛋白,为研究CHS的表达调控奠定了基础。     

单菌落PCR法直接快速鉴定重组克隆

利用单菌落PCR法直接筛选含有GFP、LTB-ST外源基因的重组克隆,阳性克隆可以扩增出目的条带,和质粒PCR扩增的结果一致。同时,单菌落PCR法也可应用于重组质粒转化后的农杆菌的筛选,单菌落PCR法的扩增结果和农杆菌液扩增的结果一致。结果表明,单菌落PCR法是一个有效简便的鉴定重组阳性克隆的方法。     

降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

酵母双杂交技术筛选与hCLP46蛋白相互作用的蛋白

目的：利用酵母双杂交技术,筛选人类白细胞cDNA文库中能与人类CD34＋干/祖细胞异常表达蛋白hCLP46（Human CAP10-Like Protein46）相互作用的未知蛋白。通过对其相互作用蛋白的筛选和研究,深入探讨hCLP46的功能,为骨髓增生异常综合症MDS-AML的病理提供线索。方法：以pGBKT7-hCLP46为诱饵质粒筛选人类白细胞cDNA 文库,得到阳性克隆,并对验证后的阳性克隆的外源性片段进行测序及同源性分析。结果：从人类白细胞cDNA文库中得到86个阳性克隆,经过验证,最终得到5个阳性克隆。对验证后的阳性克隆的外源片断进行测序及同源性分析,最终得到4个不同的候选基因序列。结论：应用酵母双杂交系统,共筛选得到4个不同的基因,其编码蛋白与hCLP46 有相互作用,可能与MDS-AML发病机制相关。     

松墨天牛成虫标本保存及其DNA提取质量比较

【目的】探讨适合DNA提取的天牛成虫标本保存方法。【方法】采用SDS-蛋白酶K消化法对液氮中冷冻保存、无水乙醇-20℃冷冻保存、无水乙醇室温保存和干标本室温保存且保存时间在2年以上的松墨天牛Monochamus alternates Hope成虫标本基因组DNA进行提取,并对不同保存方式提取的DNA样本进行了质量比较和分析。【结果】在上述常见的松墨天牛成虫标本4种保存方式中,以液氮中冷冻保存效果最佳,其次为无水乙醇-20℃冷冻保存,插针干标本室温保藏效果最差。利用昆虫线粒体基因CO I和CO II的通用引物从上述DNA中均能够成功扩增出目的片段,测序结果证实扩增片段符合预期。【结论】液氮和无水乙醇-20℃冷冻保存适合松墨天牛成虫标本长期保存,且不影响后续的PCR扩增和测序。     

Analyses of soil fungal communities in adjacent natural forest and hoop pine plantation ecosystems of subtropical Australia using molecular approaches based on 18S rRNA genes

Soil fungal communities were studied using 18S rDNA-based molecular techniques. Soil DNA was analyzed using temperature gradient gel electrophoresis (TGGE), single-stranded conformational polymorphism (SSCP), cloning and sequencing methods, following community DNA extraction and polymerase chain reaction (PCR). The extracted community DNA was successfully amplified using the primer pair of EF4f-Fung5r which produced ca. 550bp 18S rDNA fragments. TGGE screening of the PCR products showed some differences in band position and intensity between two soil samples in adjacent natural forest (YNF) and hoop pine plantation (YHP) ecosystems at Yarraman in subtropical Australia. TGGE and SSCP could be used for screening PCR products. However, care must be exercised when interpreting the TGGE and SSCP results with respect to microbial diversity, because one band may not necessarily represent one species. It is recommended that the PCR products should be purified before TGGE or SSCP screening. SSCP screening of the clone sequences revealed differences among the clones. Sequence and phylogenetic analyses revealed that all obtained clones were affiliated to the kingdom Fungi, including three phyla, i.e., Zygomycota, Ascomycota and Basidiomycota. Our results suggested that community DNA extraction, PCR, cloning, SSCP screening of clones, sequencing of selected clones and phylogentic analyses could be a good strategy in investigation of soil fungal community and diversity.     

抗菌肽Magainin基因的克隆及其在Pichia pastoris中的表达

用化学合成法合成了以酵母偏爱密码子编码的抗菌肽magainin基因片段 ,合成片段拼接后 ,与pUC19重组 ,获得magainin基因 .Magainin基因与酵母表达载体pPIC3重组 ,构建胞内表达载体pPIC3 Mag ,电击法转化GS115宿主菌 ,经表型筛选和PCR鉴定证实了目的基因已稳定整合入Pichiapastoris酵母基因组中 .阳性克隆用甲醇诱导表达 ,用免疫印迹法确定了产物的正确性 .利用琼脂孔穴扩散法和液相测定法证明了重组magainin具有抗菌活性