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1.
microRNA靶基因预测算法研究概况及发展趋势   总被引:4,自引:2,他引:2  
microRNA(miRNA)是一类约22个核苷酸(nt)长的非编码小分子RNA,广泛存在于动植物细胞中,通过和靶基因的不精确互补配对而裂解mRNA或抑制翻译的起始。准确地预测miRNA靶基因和正确地认识miRNA及其靶基因的作用机理已成为当前研究的热点。作者试图对目前常用的10余个高等生物miRNA靶基因预测软件的实现原理、适用对象及各算法的创新之处等加以综述,以便为进行靶基因预测算法设计人员提供参考,对生物学实验验证提供更好的理论指导。  相似文献   
2.
肠道菌群在维持宿主免疫和消化系统功能方面发挥着重要作用,肠道菌群的多样性和丰富度是衡量宿主健康状况的重要生理指标。性激素对动物生长发育发挥重要作用,但其对肠道菌群构成影响的相关实验研究相对较少。本研究以模式生物小鼠(Mus musculus)为对象,探究性激素的变化对小鼠肠道菌群构成的影响。采用外科手术方式建立小鼠去势模型,通过16S r RNA高通量测序技术,研究性激素对小鼠肠道菌群构成的影响。研究结果表明,雌性小鼠和雄性小鼠去势后,性激素水平显著下降。肠道菌群在门水平上,正常小鼠和去势小鼠肠道细菌群落均由拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、埃普西隆杆菌门(Epsilonbacteraeota)、髌骨细菌门(Patescibacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、脱铁杆菌门(Deferribacteres)、酸杆菌门(Acidobacteria)和蓝藻细菌门(Cyanobacteria)组成,主要菌群为厚壁菌门和拟杆菌门物种,两门占物种相对丰度百分比...  相似文献   
3.
生物网络是生物体内各种分子通过相互作用来完成各种复杂的生物功能的一个体系。网络水平的研究,有助于我们从整体上理解生物体内各种复杂事件发生的内在机制。microRNA(miRNA)是一类在转录后水平调控基因表达的小RNA分子。研究结果表明,miRNA调控的靶基因分布范围很广,因此必然与目前所研究的生物网络有着各种各样的联系。对这种关系的揭示,将对阐明miRNA的调控规律起到重要的作用。本文重点讨论了miRNA调控的基因调控网络、蛋白质相互作用网络以及细胞信号传导网络的特征。此外,还总结了miRNA调控的网络模体(motif)和miRNA协同作用网络的特征。  相似文献   
4.
目的:筛选花青素合成中的关键基因查尔酮合成酶基因CHS启动子中G-box的结合蛋白,从而找到调节CHS表达的转录因子。方法:采用Matchmaker Gold Yeast One-Hybrid Library Screening System,将CHS启动子G-box序列串联后整合入酵母染色体,构建诱饵菌株;采用SMART技术合成芜菁幼苗下胚轴cDNA,将该cDNA与pGADT7-Rec表达载体共同转化诱饵菌株,通过同源重组在酵母细胞内同步进行cDNA文库的构建和筛选;用酵母菌落PCR法获得阳性克隆中的cDNA插入片段,测序后在NCBI网站进行Blast分析。结果:共筛选了2.52×106个酵母克隆,得到94个阳性克隆,菌落PCR获得了长度为0.4~2.0 kb的cDNA插入片段,并通过Blast推测了其编码蛋白。结论:实验结果证明酵母单杂交文库构建成功,初步筛选获得了G-box结合蛋白的候选蛋白,为研究CHS的表达调控奠定了基础。  相似文献   
5.
花青素是由类黄酮途径一个特异的分支合成的,它不仅能够决定花和果实的颜色,还能保护植物免受各种生物和非生物胁迫损伤。bHLH转录因子广泛存在于植物中,在植物的生长发育与形态建成、次级代谢产物的合成及对外界环境胁迫应答中起着重要的调控作用。近年来,随着大规模基因组测序技术和分子生物学的发展,植物中越来越多的bHLH转录因子得到鉴定。本文主要对花青素合成相关的bHLH转录因子及其在调节结构基因表达和花青素合成中的作用进行了综述。  相似文献   
6.
灰飞虱唾液腺三大解毒酶家族的转录组分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
刘长莉  卢利霞  许艳丽  杨鹏程  崔峰 《昆虫学报》2013,56(12):1509-1515
灰飞虱Laodelphax striatellus (Fallén)是危害多种禾本科经济作物的重要刺吸式害虫。唾液腺对刺吸式口器昆虫取食植物尤其重要, 其分泌的唾液可以帮助刺吸式口器昆虫刺穿植物、 消化食物、 解毒植物的次生物质。细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygenase, P450)、 谷胱甘肽S 转移酶(glutathione S transferase, GST)和羧酸酯酶(carboxylesterase, CarE)是昆虫主要的解毒酶系。为了分析解毒酶基因在灰飞虱唾液腺中的表达谱, 本研究对灰飞虱成虫唾液腺进行转录组测序、 重头组装和注释, 并与豌豆蚜Acyrthosiphon pisum和西方蜜蜂Apis mellifera的同源蛋白进行系统发育分析。发现有9个谷胱甘肽S 转移酶(glutathione S transferase, GST)基因、 22个羧酸酯酶(carboxylesterase, CarE)基因和39个细胞色素P450单加氧酶(cytochrome P450 monooxygenase, P450)基因在灰飞虱唾液腺中表达。通过对同源蛋白进行系统发育分析, 发现灰飞虱唾液腺大部分的CarE是参与消化/解毒和激素/信息素的加工, 而参与神经/发育的CarE很少; 灰飞虱唾液腺表达的P450基因远远少于豌豆蚜和西方蜜蜂基因组的P450基因数, 且只有CYP6和CYP4家族的成员; GST家族在3种昆虫的保守性最高。研究结果为灰飞虱对寄主植物和杀虫剂的适应性研究奠定了基础。  相似文献   
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