白桦RAPD遗传连锁图谱的构建

以80个来自欧洲白桦(Betula pendula Roth)×中国白桦(Betula platyphylla Suk)的F1个体为作图群体。利用2个亲本和10个F1个体对1,200个10 bp的随机寡核苷酸引物进行筛选, 确定了208个多态性引物。利用RAPD标记, 按照拟测交的作图策略, 分别构建了欧洲白桦和中国白桦的分子标记连锁图谱。对2个亲本和80个F1代作图群体进行随机扩增, 共获得了364个多态性位点。χ2检验结果表明有307个位点符合1∶1分离的拟测交分离, 26个位点符合3∶1分离, 31个位点属偏分离位点。拟测交位点中有145个位点来自欧洲白桦, 有162个位点来自中国白桦。利用2点连锁分析, 欧洲白桦中的145个连锁标记构成了14个不同的连锁群(4个以上标记), 6个三连体和6个连锁对, 37个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为955.6 cM (centimorgan), 平均图距14.9 cM。而来自中国白桦的162个标记构成了15个连锁群(4个以上标记), 4个三连体和6个连锁对, 21个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1,545.8 cM (centimorgan), 平均图距15.2 cM。该图谱的建立为进一步将两个图谱整合为一个高密度图谱及重要基因的定位奠定了基础。     

白桦AFLP遗传连锁图谱的构建

以80个中国白桦(Betula platyphylla Suk)×欧洲白桦(Betula pendula Roth)的F1个体为作图群体, 利用扩增片段长度多态性(Amplified fragment length polymorphism, AFLP)标记, 按照拟测交作图策略, 分别构建了中国白桦和欧洲白桦的分子标记遗传连锁图谱。从64对AFLP引物组合中筛选出34对多态性丰富的引物组合, 这些入选的引物组合在分离群体中共检测到451个多态性位点。χ2检验结果表明, 有362个位点符合1∶1分离(拟测交分离位点), 41个位点符合3∶1分离, 20个位点符合1∶3分离, 28个位点属偏分离位点。在符合拟测交分离的位点中, 201个位点来自中国白桦, 161个位点来自欧洲白桦。利用2点连锁分析, 来自中国白桦的201个标记构成了14个连锁群(4个以上标记), 10个三连体和14个连锁对, 45个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 296.1 cM, 平均图距15.5 cM。而来自欧洲白桦的161个标记构成了17个不同的连锁群(4个以上标记), 8个三连体和4个连锁对, 15个为非连锁位点, 连锁标记覆盖的总图距为1 035.8 cM, 平均图距12 cM。     

用AFLP标记构建白桦遗传连锁图谱

用AFLP的方法分析中国白桦×欧洲白桦的78个F1个体,并按照拟测交作图策略,建立了中国白桦和欧洲白桦遗传连锁图谱。从群体的45对引物组合中分离出343个分离位点,χ^2检验表明,其中有311个符合1：1拟测交分离位点。在这些位点中168个来自中国白桦,143个来自欧洲白桦。软件分析表日月,中国白桦的168个位点构成9个连锁群,11个三联体和14个连锁对,55个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1909．2cM,平均图距为16．9cM;来自欧洲白桦的143个位点构成12个连锁群,4个三联体和9个连锁对,21个为非连锁位点,连锁标记覆盖的总距离为1857．3cM,平均图距为15．2cM。     

姜花属SRAP分子标记连锁图谱构建

采用拟测交作图策略,利用白姜花×圆瓣姜花的F1群体87个单株,分别构建了父母本的基于SRAP标记的连锁图谱。通过筛选,414对引物中,92对引物可以检测到拟测交位点。在检测到的398个拟测交位点中,237个来自于父本圆瓣姜花,161个来自于母本。经过卡方（x^2）测验及连锁分析,父本中,203个标记进入23个连锁群,覆盖了1386．8cm;母本中,139个标记进入18个连锁群,覆盖了917．1cm。     

利用RAPD标记构建美洲黑杨×欧美杨分子标记连锁图谱

本文利用RAPD标记和美洲黑杨(Populusdeltoides)×欧美杨(P.euramericana)的F1 群体 ,构建了美洲黑杨×欧美杨的分子标记连锁图谱。实验过程中对1040个寡核苷酸随机引物进行了重复筛选 ,共选出127个引物用于作图群体(包括双亲共92个无性系)的随机扩增 ,这127个引物产生229个多态基因座 ,其中符合“拟测交”1∶1分离的有214个。利用多点连锁分析 ,形成19个连锁群及6个三连体和14个连锁对。由19个连锁群构成的图谱含标记129个 ,总图距为1914 2cM ,覆盖杨树基因组约73 62 %。标记间的平均间距为14 84cM。本研究获得了中等密度的美洲黑杨×欧美杨的一个连锁框架。     

构建分子标记连锁图谱的一种新方法：三点自交法

作者从数学上导出了基因作图的三点自交方法。这一方法同用三点测交法一样能提供各种作图信息,但不需要选育三隐性纯合基因亲本或品系,因而能大大提高作图功效。,从理论上证明,该方法也适合于小群体作图分子标记连锁图谱,同时用Ｆisher单一观察信息（即Ｆ信息）量证明,三点自交法是一种有效的作图方法,应用ＭＡＰＭＡＫＥＲ程序中所提供的才鼠Ｆ２群体中３３３个个体的１２个ＲＦＬＰ标记位点中前６个位点的数据对三点自交图图距计算具有与ＭＡＰＭＡＫＥＲ程序一样的功能,而且还提供了位点间的交叉干涉和位点的相引或相斥构型等信息以及紧密位点间发生负干涉作用的证据。     

用双单倍体群体构建水稻的分子连锁图

本研究以窄叶青８号（籼稻）×京系１７（粳稻）的Ｆ１花培株系──ＤＨ群体为基础建立了１个水稻的ＲＦＬＰ连锁框架图,该图含ＲＦＬＰ标记、同功酶标记等共１０８个位点,标记间的平均间距为８．６ｃＭ。该图谱与已发表的用其他群体构建的图谱有很高的可比性。利用该框架图定位了２个未知位点的同功酶标记基因和１个籼稻亲本的抗稻瘟病基因。研究表明,目前的群体可进一步扩大成为一个永久性的作图群体,并应用于水稻基因定位和基因组研究     

油菜分子标记图谱构建及抗菌核病性状的QTL定位

以油菜品种０８５（抗菌核病）与湘油１３号杂交得到的Ｆ２代作为作图群体,以ＲＡＰＤ标记来构建油菜连锁图谱。通过对３００个１０－ｍｅｒ随机引物的筛选,共获得２００个多态性ＲＡＰＤ位点。经Ｍａｐｍａｋｅｒ／ＥＸＰ３．０软件处理,构建了１张含１９３个标记位点、１９个连锁群、覆盖长度为１３２４ｃＭ的连锁图谱。在此基础上利用Ｍａｐｍａｋｅｒ／ＱＴＬ １．１将抗菌核病基因定位在第四、八和十四３个连锁群上,即：Ｓ     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木11分离的分子标记位点,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略.通过二点连锁分析,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计.对于一个连锁群中的最优排序,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析.该作图方法比通常林木上所用的"拟测交"作图方法更有效.采用该作图策略,利用句容0号无性系(♀)×柔叶杉(♂)的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱.在句容0号无性系的连锁图谱中,有101个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 282.6 cM,平均图距为22.6 cM,单个连锁群上最多含有17个标记,最少含有5个标记;在柔叶杉的连锁图谱中,有94个标记分布在11个连锁群上,图谱的总长度为2 565.8 cM,平均图距为27.3 cM,单个连锁群上最多含有16个标记,最少含有4个标记.构建的句容0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了26个标记和28个标记,双亲的图谱共增加了54个AFLP标记,使图谱上的分子标记总数达到195个,双亲遗传图谱的跨度均超过了2 000 cM,基本上达到了杉木基因组的长度,图谱的覆盖率接近于100%.利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率,得到可认为是覆盖了整个基因组的遗传连锁框架图.     

利用杉木的F1代群体构建遗传连锁图谱

对于杉木 1∶1分离的分子标记位点 ,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略。通过二点连锁分析 ,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计。对于一个连锁群中的最优排序 ,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析。该作图方法比通常林木上所用的“拟测交”作图方法更有效。采用该作图策略 ,利用句容0号无性系 (♀ )×柔叶杉 (♂ )的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱。在句容 0号无性系的连锁图谱中 ,有 10 1个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 2 82 6cM ,平均图距为 2 2 6cM ,单个连锁群上最多含有 17个标记 ,最少含有 5个标记 ;在柔叶杉的连锁图谱中 ,有 94个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 5 6 5 8cM ,平均图距为 2 7 3cM ,单个连锁群上最多含有 16个标记 ,最少含有 4个标记。构建的句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了 2 6个标记和 2 8个标记 ,双亲的图谱共增加了 5 4个AFLP标记 ,使图谱上的分子标记总数达到 195个 ,双亲遗传图谱的跨度均超过了 2 0 0 0cM ,基本上达到了杉木基因组的长度 ,图谱的覆盖率接近于 10 0 %。利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率 ,得到可认为是     

RAPD标记构建水稻分子连锁图

利用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）,在一个水稻（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）的双单倍体（ＤＨ）群体中发展分子标记,仅用５２ 个ＲＡＰＤ标记建成了一个水稻ＲＡＰＤ分子连锁图。该图覆盖基因组的总长度为８９８．４ ｃＭ （ｃｅｎｔｉｍ ｏｒｇａｎ）,标记间的平均间距为１７．３ ｃＭ,它能与用同一群体构成的ＲＦＬＰ图谱互相补充     

RAPD标记构建家蚕分子连锁图

以大造、Ｃ１０８及其Ｆ２群体构建了１个家蚕的ＲＡＰＤ连锁框架图,该图含ＲＡＰＤ标记位点１８２个,来自大造的１０３个标记分属前２３个连锁群,来自Ｃ１０８的７９个标记分属后１６个连锁群,覆盖基因组的总长度为１１４８．３ｃＭ（ｃｅｎｔｉｍｏｒｇａｎ）,它能与本室用同一群体构建的ＳＡＤＦ图谱相整合,亦可与相应的ＲＦＬＰ图谱相互补充。     

RAPD标记构建家蚕分子链锁图

以大造、Ｃ１０８及其Ｆ２群体构建了１个家蚕的ＲＡＰＤ连锁框架图,该图含ＲＡＰＤ标记位点１８２个,来自大造的１０３个标记分属前２３个连锁群,来自Ｃ１０８的７９个标记分属后１６个连锁群,覆盖基因组的总长度为１１４８．３ｃＭ（ｃｅｎｔｉｍｏｒｇａｎ）,它能与本室用同一群体构建的ＳＡＤＦ图谱相整合,亦可与相应的ＲＦＬＰ图谱相互补充。     

中国明对虾AFLP分子标记遗传连锁图谱的构建

以中国明对虾抗WSSV(白斑综合症病毒,WhiteSpotSyndromeVirus)选育群体第四代为母本,野生中国明对虾为父本,采用单对杂交方式产生F1代,F1代个体姊妹交产生F2代共42个个体为做图群体。62对AFLP选择性引物组合共产生529个分离位点,符合1∶1孟德尔分离类型位点共253个,3∶1孟德尔分离类型位点共276个。利用拟测交理论分别构建中国明对虾雌虾、雄虾的遗传连锁图谱,利用F2自交模型构建共同的AFLP分子标记连锁图谱。三张连锁图上分别有31、25和44个连锁群,图谱分辨率为分别为2.4cM、2.4cM和2.1cM。标记间隔距离分别为12.20cM、11.45cM和11.12cM图谱覆盖率分别达到50.21%、51.93%和48.08%。能够基本满足进行QTL(数量性状位点,QuantitativeTraitLocus)定位的需要。将该图谱和其他对虾类遗传连锁图谱进行了比较分析,探讨了利用相关分子标记将已有图谱进行整合的可能。     

基于SRAP分子标记的冰草遗传连锁图谱构建

构建高密度遗传连锁图谱是冰草抗性、品质、产量等重要性状QTL精细定位及标记辅助育种研究的基础。该试验以四倍体杂交冰草F2群体的202个分离单株及其亲本为材料,利用SRAP分子标记技术和Join Map 4.0作图软件对冰草的遗传连锁图谱进行了构建。结果表明:(1)共筛选出22对多态性好、标记位点清晰稳定的SRAP适宜引物,对冰草杂种F2分离单株的基因组DNA进行PCR扩增,共获得510个SRAP多态性标记位点,其比率占88.2%。(2)偏分离分析表明,偏分离标记比率仅为14.12%,符合遗传作图的要求。(3)成功构建了冰草的SRAP分子标记遗传连锁图谱,该图谱有14个连锁群、510个标记,连锁群间长度范围86.4～179.0cM,覆盖基因组总长度1 912.9cM,标记间平均间距3.75cM,为高密度遗传图谱。     

水稻DH群体的分子连锁图谱及基因组分析

利用扩大的籼粳杂交来源（窄叶青８号×京系１７）的水稻（ＯｒｙｚａｓａｔｉｖａＬ．）加倍单倍体（ＤＨ）群体,构建了包含４４４个位点的分子连锁图谱,覆盖水稻基因组１９６２ｃＭ（ｃｅｎｔｉＭｏｒｇｏｎ）,标记间的平均图距小于５ｃＭ。此图谱包括２７６个ＲＦＬＰ标记、３４个ＲＡＰＤ标记、８９个微卫星标记、１０个ＡＦＬＰ标记、２６个端粒重复相关序列（ＴＡＳ）标记以及９个同工酶标记。该遗传图谱与其它的水稻高密度遗传图谱具有较高的可比性,并有自己的特点,适于进行各种持续性的遗传学研究     

巴西橡胶树SSR遗传图谱的构建

以热研88-13×IAN873的94个F1群体为试材, 利用简单序列重复(Simple sequence repeat, SSR)标记, 采用FsLinkageMAP 1.0软件, 构建了巴西橡胶树热研88-13×IAN873的遗传连锁图谱。从441对SSR引物中筛选出160对具有多态信息的引物, 在分离群体中共检测到206个多态性位点, 176个位点用于遗传图谱的构建; χ²检验结果显示, 有147个位点符合1:1分离比例, 有12个符合1:2:1分离比例, 有17个符合1:1:1:1的分离比例, 共有13个偏分离位点, 偏分离率低(7.38%); 91个SSR位点被分为18个连锁群, 覆盖橡胶树基因组1 937.06 cM, 每个连锁群包含2～16个位点, 标记间的平均距离为21.29 cM。     

三点自交法和两点最大似然法构建水稻F2群体分子标记连锁图谱的比较

根据连锁遗传的原理,列出了三点自交法和两点自交最大似然(ML)法估算显性标记遗传距离的具体步骤和算法,将水稻F2群体含香味基因Aro及其连锁的RFLP数据转变为显性标记数据后,用上述两种方法构建的连锁图谱与用MAPMAKER软件计算共显性数据得到的图谱排序相同、标记间距离相近．但是标记数据存在较大程度偏分离时,由三点自交法构建的图谱中标记间图距有增大趋势．作者为提高作图精确性,简化计算过程,讨论了三点自交法对估算重组值的影响及其在分子标记作图中的应用价值,并建议将共显性标记转变为显性标记时进行两次自交ML法估算。     

RAPD和SSR两种标记构建的中国对虾遗传连锁图谱

利用RAPD和SSR分子标记结合拟测交策略,对中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)“黄海1号”雌虾与野生雄虾作为亲本进行单对杂交产生的F1代,采用RAPD和SSR两种分子标记技术初步构建了中国对虾雌、雄遗传连锁图谱。对460个RAPD引物和44对SSR引物进行筛选,共选出61个RAPD引物和20对SSR引物,用于对父母本和82个F1个体进行遗传分析。共得到母本分离标记146个(RAPD标记128个,微卫星标记18个)和父本分离标记127个(RAPD标记109个,微卫星标记18个)。雌性图谱包括8个连锁群、9个三联体和14个连锁对,标记间平均间隔为11·28cM,图谱共覆盖1173cM,覆盖率为59·36%;雄性图谱包括10个连锁群、12个三联体和7个连锁对,标记间平均间隔为12·05cM,图谱共覆盖1144·6cM,覆盖率为62·01%。中国对虾遗传图谱的构建为其分子标记辅助育种、比较基因组作图及数量性状位点的定位与克隆奠定了基础。     

与偏分离位点连锁的QTL作图的统计方法

提出了一种统计方法,可以估计与偏分离位点连锁的QTL的位置和效应。该方法利用回交群体中呈现偏分离的分子标记,首先用最大似然法对偏分离位点与标记位点之间的重组率和配子存活率进行估计,然后用区间作图法估计加性-显性模型下QTL的位置和效应参数。该方法可用于对常规作图研究中表现偏分离的标记进行分析,以帮助我们发现新的偏分离基因（或不育基因）和数量性状位点。