Polymorphisms of three gene-derived STS on pig chromosome 13q41 are associated with susceptibility to enterotoxigenic Escherichia coli F4ab/ac in pigs

Neonatal diarrhea caused by enterotoxigenic Escherichia coli(ETEC)F4 is a common and serious disease,resulting in significant economical loss in the pig industry.The locus encoding ETEC F4 receptor has been mapped to pig chromosome(SSC)13q41,and one of the most significantly linked markers is S0075.In this study,we selected three genes including SLC12A8,MYLK and KPNA1 from a chromosomal region flanking S0075 on SSC13 to develop pig specific sequence tagged sites(STS). Seven single nucleotide polymorphisms were identified in the three pig STS using DNA of four full-sib susceptible and resistant animals in a White Duroc×Erhualian intercross.All grandparents,parents and 755 offspring in the intercross were genotyped for three polymorphisms,including SLC12A8 g.159A>G,MYLK g.1673A>G and KPNA1 g.306A>G.Family-based transmission disequilibrium test(TDT) revealed that all polymorphisms and the corresponding haplotypes are significantly associated with ETEC F4ab/ac(especially F4ac)brush border adhesion phenotypes,indicating that these polymor- phism are in linkage disequlibrium with causal mutation(s)of the gene encoding ETEC F4ab/ac receptor. Our results strengthen the evidence for the involvement of SSC13q41 in high acquiring risk of ETEC F4ab/ac infection,and provide novel polymorphic markers for fine mapping of the ETEC F4ab/ac receptor locus.     

β-LG基因外显子2多态性对荷斯坦牛乳成分的影响

目的：为了研究中国荷斯坦奶牛的β乳球蛋白（β-lactoglobulin,β-LG）基因外显子2多态现象对乳产量及成分影响。方法：本实验采用单链构象多态（PCR-SSCP）技术对中国荷斯坦奶牛β-LG基因（NCBI登录号：DQ489319）外显子2进行克隆及多态性研究。结果：8种SSCP带型：ab,abc,abed,abd,abe,abcde,abce和abde型,带型频率分别为：0．14,0．10,0．27,0．23,0．05,0．04,0．11和0．06（P〈0．05）;6个单核苷酸位点：位点1C〉T,位点2T〉C,位点3C〉T,位点4C〉G,位点5C〉A,位点6A〉T或C,且它们的遗传多态信息含量处于中度或高度多态（PIC〉0．25）。结论：中国荷斯坦奶牛β-LG基因外显子2区具有单核苷酸多态,单个核苷酸的改变影响奶牛的生产性能（牛乳产量、乳蛋白和脂肪含量等）。     

猪Pitx2c基因4个SNPs的鉴定及其与肉质性状的关联分析

为研究猪Pitx2c基因与肉质性状的关系,在猪Pitx2c基因中共发现了8个SNPs位点,对其中的4个SNPs位点在4个商业猪种及8个中国地方猪种进行了等位基因频率检测,并在大白×梅山猪F2资源家系中进行了性状关联分析.结果显示,位点c.474C〉T（P〈0.01）及c.636C〉T（P〈0.05）与肉色（MCV1）存在显著或极显著相关;位点c.＊37G〉A及c.＊47G〉A与滴水损失（DLR）、系水力（WHC）及肉色（MCV1）均存在显著相关（P〈0.05）.连锁不平衡分析表明,临近的位点两两之间存在连锁不平衡（LD）.单倍型分析显示,存在两种主要单倍型,并且两拷贝的单倍型-CCGG-有利于肉质的改善.     

HTR2A基因多态性与云南彝族酒精依赖关联性研究

目的：探讨酒精依赖和云南彝族5-羟色胺2A受体（HTR2A）基因多态之间的关系。方法：采用PCR-RFLP技术对330健康人（对照组）和110名酒精依赖者（病例组）的5-HT2A受体基因的遗传多态性进行检测。结果：在440例样本中共检测到2种等位基因A和G,三种基因型AA,AG,GG．三种基因型在对照组中频率分别是38．5％,55．8％,5．8％;在病例组中的频率分别是30％,63．6％,6．4％。结论：在云彝族人群中,HTR2A基因rs6311（A－1438G）位点与酒精依赖无显著关联,HTR2A基因rs6311（A-1438G）位点在云南汉族和云南彝族酒精依赖组中无显著差异,但是在健康对照组中存在关联性．     

3个猪品种黑素皮质素受体1(MC1R)基因变异研究

利用测序、PCR-RFLP和PCR-SSCP等技术对杜洛克、长白、大白猪MC1R基因进行研究发现了5个多态位点。其中,668位点G→C突变发生在5′UTR,其余4个多态位点nt894insCC(894位点CC插入),1318C→T,1554G→A和1197G→A发生在编码区。nt894insCC导致编码蛋白过早终止。1318C→T,1554G→A和1197G→A突变分别导致a164Val,Ala243Thr和Asp124Asn氨基酸的改变。所有长白、大白猪个体在894位点均存在CC插入,其余多态位点基因型分别为668GG,1197AA,1318CC,1554GG。所有杜洛克个体在894位点均不存在CC插入,其余多态位点基因型分别为668CC,1197GG,1318TT,1554AA。所有突变位点无杂合子出现。由此可以推测,668G→C,1318C→T和1554G→A可能与杜洛克的红毛色存在相关,导致1197G→A突变无意义的894位点CC插入可能与长白、大白猪白毛色存在相关。     

利用传递不平衡分析在多群体中鉴别猪脐疝易感基因

在本实验室前期利用白色杜洛克×二花脸F₂资源家系开展脐疝易感位点全基因组扫描定位的基础上,文章在7号染色体上的SWR1928和10号染色体上的SW830易感标记区域,结合脐疝发病机制在多群体中进行脐疝位置功能候选基因的筛选和易感位点的精细定位。在两个显著关联的微卫星位点区域搜寻到12个位置功能候选基因,采用比较测序法,选取12个候选基因内共计40个SNP位点在白色杜洛克×二花脸资源家系F₂/F₃脐疝群体中进行基因分型,利用Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制和传递不平衡(Transmission disequilibrium test,TDT)分析。结果表明,IL16(Interleukin 16)基因中的g.708C>T位点和CDC73(Cell division cycle 73)基因中的g.10664G>A位点与脐疝的关联性达到显著水平(P<0.05)。对这两个位点在西方商业猪种脐疝患病家系中进行基因分型和TDT验证分析,发现CDC73基因中的g.10664G>A位点仍与猪脐疝呈显著关联(P<0.05)。同时对CDC73基因中与资源家系脐疝呈弱相关的两个SNP位点g.10546A>G和g.10811A>G在西方商业猪种中进行TDT验证分析,发现这两个SNP位点与商业猪种脐疝发生的关联性达到极显著水平(P<0.01)。根据文章的分析结果,结合脐疝发生的生理机制及CDC73基因的生物学功能,推测CDC73基因可能为猪脐疝发生的易感基因。     

不同猪种肠毒素大肠杆菌（ETEC）F4受体微卫星标记遗传差异性研究The

采用13号染色体上与K88ab和K88ac受体基因连锁的2对引物（S0223和S0068）,研究沙子岭猪和大约克猪的遗传差异性。结果表明,2个猪种在2个基因座均存在多态性,其基因杂合度和Shannon信息指数存在很大差异,而中外猪种的K88ab和K88ac受体基因也存在遗传差异,这2对引物可望作为K88ab和K88ac受体基因的遗传标记。Abstract: The genetic variation of ETEC F4 receptor in Shaziling and Yorkshire breeds were studied using two microsatellite markers(S0223 and S0068). The results showed that there were polymorphisms in the two markers, and there were great variations of the gene heterozygosity and Shannon information index in the two breeds. It was also reported that there were differences in K88ab and K88ac receptors in Chinese native breeds and foreign breeds, so the two markers might be the genetic markers of F4 receptor gene.     

猪前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)基因的遗传变异及其与繁殖性状相关性研究

前列腺素内过氧化物酶2是花生四烯酸合成前列腺素的限速酶,在包括排卵、受精、着床、分娩等一系列生殖过程中起着重要作用,因而编码该酶的基因是影响繁殖性状的重要候选基因。通过PCR—RFLP分析前列腺索内过氧化物酶2基因在15个中外不同繁殖性能猪种中的遗传变异,结果表明,不同类型中国地方猪种和外来商业猪种往此摹因位点上存在丰富的多态性,繁殖性能相埘较好的江海型、华北型和华中型猪种中A等位基因表现为优势等位基因,卡方检验显示其基因频率分布与西方商业猪种及繁殖性能较低的高原型藏猪和华南型猪种差异均极为显著（P〈0．001）。利用二花脸x杜洛克资源家系F2群体分析该基因与繁殖性状的相关性,在180头F2代母猪群体中,未能进一步证实该基凶位点对总产仔数、产活仔数和死胎数3个繁殖性状存在显著影响（P〉0．05）,但携带优势等位基因4的个体趋向于拥有较高的总产仔数、产活仔数和偏低的死胎数,鉴于该基因的重要作用,基于全基因序列的SNP扫描和大样本群体的相关性分析仍很有必要。     

MTHFR、MTRR和MTR基因多态性与唐氏综合征发生的相关性研究

应用PCR-RFLP方法分析31例唐氏综合征（Down＇s syndrome, DS）患儿母亲和68例正常生育女性叶酸代谢相关基因：MTHFR 677C〉T、MTRR 66A〉G和MTR 2756A〉G多态性,探讨其与唐氏综合征DS发生的关系。采用Pearson χ^2 检验基因和基因型频率分布,并分析各基因之间的相互作用,计算比值比评价相对危险度。MTHFR基因T等位基因频率在病例组和对照组中具有显著性差异（P〈0.05）,而MTRR和MTR基因G等位基因频率在病例组和对照组中的差异无显著性。MTHFR TT基因型母亲生育DS风险显著增加（OR=3.51,95 %CI=1.04-11.85,P〈0.05）。MTRR GG基因型生育DS的风险增加3.57倍（OR=3.57,95 %CI=1.19-10.73,P〈0.05）。MTR突变基因型AG和GG与生育DS的风险无显著关系。MTHFR （CT＋TT）/MTRR GG、MTHFR （CT＋TT）/MTR AA和MTRR GG/MTR AA联合基因型与DS发生风险显著相关。结果表明,MTHFR 677C〉T、MTRR 66A〉G位点变异是生育DS的独立风险因子,尚不能认为MTR 2756A〉G多态与DS发生相关。基因与基因多态位点之间存在交互和修饰效应。     

健康人群肿瘤坏死因子-α基因多态性的分析

了解汉族健康人群中TNF-A基因多态性的分布,研究TNF-α表达与相关疾病之间的联系。采用PCR-限制性长度片段多态分析法检测140名重庆地区汉族健康人群的TNF—A-308,TNF—A-857位点基因多态性,计算其基因型和等位基因频率,结果显示TNF-A-308G／G、G／A、4朋基因型的频率分别为89％、11％、1％,其等位基因的发生频率以G等位基因最常见（93％）,其次为A等位基因（7％）。TNF—A-857C／C、C／T、形,基因型的频率分别为68％、36％、8％,其等位基因发生频率以C等位基因最常见（81％）,其次为T等位基因（19％）。由结果可以得出重庆地区汉族健康人群TNF—A-308位点存在G／A多态性,TNF-A-857位点存在C／T多态性。     

NEDD4L基因变异体与内蒙古地区蒙古族人群中高血压的相关分析

目的：探讨内蒙古地区蒙古族人群中NEDD4L基因多态性位点rs4149601（G／A）突变与高血压的相关性。方法：应用病例对照方法研究包头地区蒙古族高血压病个体308例及蒙古族血压正常个体454例。检测所有个体舒张压,收缩压。使用TaqManPCR技术进行rs4149601多态基因分型。结果：rs4149601多态基因型及等位基因分布在GG基因型、GA基因型、AA等位基因的频率在高血压组及对照组分别为54．7％,92．8％;11．4％及56．2％;71．4％,7．9％。rs4149601多态基因型及等位基因分布与对照组差异有显著性。应用多元logistic回归分析对性别、年龄进行校正后发现rs4149601多态基因与高血压病患病风险相关。结论：上皮细胞钠通道亚单位基因多态性（rs4149601）同内蒙古地区蒙古族人群高血压病发病有关。     

猪GH基因部分突变位点对生产性能的影响

本试验利用PCR－RFLPs技术,用MspⅠ,ApaⅠ两种限制酶,检测了猪生长激素基因＋206－＋711位共506bp片段中[ 295- 300, 563- 566]2处突变位点,分析各多态位点在姜曲海猪中的分布及其与生产性能的关系。发现：姜曲海猪中,MspⅠ酶切突变位点中的G1G2基因型和G2G2基因基因型个体的生产性能没有差异,不同日龄体重在两组间变化没有规律。ApaⅠ酶切突变位点G4G4基因型个体的20个日龄体重、45日龄体重高于G3G3／G3G4基因型个体,但差异不显。G4G4基因型个体的70日龄体重极显高于G3G3／G3G4基因型个体（P＜0．01）。G4G4基因型个体的0－70日龄日增重也极显高于G3G3／G3G4基因型个体（P＜0．01）。这些结果显示GH基因有可能作为数量性状基因座的侯选基因。     

线粒体DNA G7444A突变可能影响A1555G突变的表型表达

线粒体12S rRNA和tRNASer(UCN) 基因是导致非综合征型听力损失的两个突变热点区域。作者收集了1个母系遗传感音神经性聋家系, 该家系同时携带线粒体DNA (mtDNA) A1555G和G7444A突变。临床资料分析表明, 该家系包括药物致聋的耳聋外显率(所有耳聋患者/所有母系成员)为58%, 而非药物致聋的耳聋外显率(非药物性聋患者/所有母系成员)为25%, 明显高于其他携带A1555G突变的耳聋家系。先证者的线粒体全序列分析表明, 该线粒体基因组共有28个多态位点, 属于东亚人群B4c1单体型。在这些多态位点中, 除A1555G和G7444A突变外, 未发现其他有功能意义的突变。这表明mtDNA G7444A突变可能加重由A1555G突变造成的线粒体功能缺失, 从而增加耳聋的外显率。     

中国汉人纤维蛋白原β链基因-148C／T,-455G／A多态性与冠心病关系的Meta分析

有关中国汉人纤维蛋白原β链基因多态性与冠心病关系的研究屡见报道,但不同的研究之间结果存在一定的差异．本研究根据相应的入选条件,通过文献检索收集中国汉人纤维蛋白原β链基因-148C／T,455G／A多态性与冠心病关系的病例-对照研究,剔除不符合要求的文献,对入选文献进行一致性检验并根据检验结果进行数据合并荟萃（Meta）分析,计算总OR值．共13篇文献符合要求纳入研究,其中7篇关于-148C／T多态性研究包括1488例冠心病患者和1234例对照人群,9篇关于-455G／A多态性的研究包括1023名患者和1081名对照者,入选研究无明显发表偏倚,入选研究的同质性检验显示各研究结果间存在明显的异质性,数据合并结果显示-148C／T多态性位点C／T＋T／T比C／C的OR值为1．31,95％CI为0．94-1．84（P=0．11）,-455G／A多态性位点G／A＋A,A比G／G的OR值为1．75,95％CI为1．24-2．46（P=0．001）．本研究的初步结果显示纤维蛋白原B链基因-455G／A多态性与中国汉人冠心病易感性相关,-455A等位基因可能是冠心病的遗传易感基因,-148C／T基因多态性与中国汉人冠心病易感性无明显关系．     

POLG1外显子1、3、4、7突变与弱精子症的相关性及其对mtDNA和4977bp缺失的影响

为了探索POLG1外显子1、3、4、7突变与弱精子症的相关性及对mtDNA序列突变和4977bp缺失的影响,按WHO标准收集了120例弱精子症和101例精子活力正常的精液标本,经PCR测序分析POLG1外显子1、3、4、7突变,继而测序检测9例外显子4c．948G〉A突变的弱精子症标本、9例无C．948G〉A突变的弱精子症标本和9例正常对照标本的mtDNA全序列,利用巢式PCR技术分析94Pie．948G〉A突变标本、9例无C．948G〉A突变的弱精子症标本和9例对照标本的4977bp缺失。结果显示：在120例弱精子症中发现P说G,外显子4c．948G〉A突变9例（7．5％）,显著高于对照组（0％,P〈0．05）。c．948G〉A突变组mtDNA全序中突变率与对照组比无统计学差异俨〉0．05）。作者关注的两组中,突变数有差异的位点累积突变频次突变组显著高于对照组俨〈0．05）,但与无C．948G〉A突变的弱精子症标本的累积突变频次比较无统计学意义;突变组mtDNA4977bp缺失率（7／9,77．8％）显著高于对照组（2／9,22．2％,P〈0．05）和无c．948G〉A突变的弱精子症组（2／9,22．2％,P〈0．05）。以上结果提示,弱精子症的发生可能与POLG,c．948G〉A突变有相关性,弱精子症线粒体DNA某些位点的累积突变率增高,但可能不是POLGlc．948G〉A突变引起;c．948G〉A突变可能会增加mtDNA4977bp缺失,从而影响精子线粒体功能,导致精子活动力下降。     

SARS病毒基因组的多态性

对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS—CoV BJ202全基因组序列（AY864806）。应用比较基因组研究方法对GenBank中公布的115株SARS—CoV基因组序列以及BJ202进行分析。以GZ02序列为参照,发现2个以上基因组中同时存在单核苷酸多态（SNP）位点共278个。多态位点在SARS—CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点（50．4％,140／278）发生在基因组3’末端1／3区域。编码Orf10-11、Orf3／4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段（15个片段总长度为6．0kb）,结果显示：BJ202特有的3个多态位点（13804、1503l和20792）以及另外3个多态位点（26428、26477和27243）均检出两种不同核苷酸;位点18379虽在已公布的115株SARS—CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS—CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域（基因组序列27700—28000bp处）。以邻位连接法（Neighbor-Joining）构建了116株SARS—CoV系统发育树,BJ202与BJ01和LLJ-2004等SARS—CoV的亲缘关系较接近。     

肿瘤坏死因子α基因启动子区多态性与皖南地区Graves病发生的关系

目的 探讨肿瘤坏死因子α（TNF-α）基因启动子区-238G/A和-308G/A多态与皖南地区汉族人Graves病（GD）发生的关系.方法 采用Taqman探针等位基因鉴别技术,检测和分析432例Graves病患者和629例正常对照者的TNF-α基因-238G/A和-308G/A多态位点的基因型和等位基因的频率.结果 TNF-α-238G/A和-308G/A多态基因型和等位基因频率在病例组和对照组的分布均无统计学差异（P＞0.05）,根据基因型分组进行临床病理特征比较亦未发现相关性.结论 TNF-α-238G/A和-308G/A多态与皖南地区汉族人GD发病无相关性.     

NPY及YWHAH基因多态性与精神分裂症的关联分析

调查了583例精神分裂症患者及372例健康人,对NPY（neuropeptide Y）及YWHAH（14—3．3 eta chain gene）基因中几个已报道过的阳性关联位点进行了检测。YWHAH基因上的-134（GCCTGCA）2-4位点因扩增失败未能考察,NPY基因上的T1128C位点在样本中则不存在。重点对-485C〉T（NPY）和G753A（YWHAH）两个位点进行了分析,各相匹配组间比较均未发现等位型频率（P值分别是0．696和0．743,OR值分别是1．041和0．962）和基因型频率（P值分别是0．45和0．75,x^2值分别是1．51和0．58）的显著性差异。对两个基因之间的基因型相对风险分析表明,它们也不能协同导致疾病风险（P〉0．05）。结果提示,在中国汉族人群中-485C〉T（NPY）和G753A（YWHAH）两个多态性位点与精神分裂症的遗传易感性不存在关联。     

中国汉族人群DNA酶I基因多态性与不稳定性心绞痛的关系

目的：探讨脱氧核糖核酸酶（IDNA酶I）基因多态性与汉族人群不稳定性心绞痛（unstable angina pectoris,UAP）易感性的关系。方法：以196例UAP患者为病例组,排除冠心病的297例体检者为对照组,应用PCR及PCR-限制性片段长度多态（PCR-RFLP）分析DNA酶I基因8外显子单核苷酸多态位点A2317G及4内含子56bp可变串联重复序列（HumDN1）多态性;协方差分析A2317G、HumDN1各基因型与UAP患者血脂的关系,将年龄、性别、高血压、糖尿病及吸烟作为协变量;x2检验分析UAP患者冠脉血管病变支数与DNA酶I基因型的关系。结果：UAP组与对照组A2317G、HumDN1各基因型及等位基因分布无明显统计学差异（P〉0.05）,两组DNA酶I单体型分布亦无差异。UAP患者DNA酶I各基因型血脂水平、冠脉血管病变支数的差异无明显统计学意义,所有P值均〉0.05。结论：DNA酶I基因多态性与中国汉族人群不稳定心绞痛及其血脂水平无明显相关性。     

野桑蚕性信息素结合蛋白基因pbp1、气味受体基因or1和or3的克隆及其与家蚕同源基因的进化分析

昆虫能够特异性识别同类异性。雄蚕蛾对雌蚕蛾感知定位过程中, 性信息素结合蛋白PBP1、气味受体OR1和OR3起重要作用。为研究家蚕Bombyx mori和野桑蚕Bombyx mandarina杂交困难的分子机制, 了解性识别相关基因的进化, 本研究克隆得到了野桑蚕的性信息素结合蛋白基因pbp1（GenBank注册号：GQ246497）和气味受体基因or1（Genank注册号：GQ246496）和or3（GenBank注册号：GQ246498）。序列分析发现, 家蚕与野桑蚕相比, pbp1基因存在4个SNP位点, 分别为C10A, A40T, T270C和A333G, 其中2个SNP位点引起氨基酸的改变, 分别为Q→K和N→Y; or1基因存在5个SNP位点, 分别为T910C, A1147C, A1192T, T1276C和G1282A, 其中1个SNP位点引起氨基酸F→L的改变; or3基因存在4个SNP位点, 分别为A507G, A513G, T605C和G672A, 其中1个SNP位点引起氨基酸I→T的改变。3个基因的遗传距离很近, 进化速率也很慢。氨基酸的分子量和等电点有细微差异或无差异。PHD预测的二级结构表明, 变异位点对附近区域的结构没有任何影响, 功能位点也没有变化。推测家蚕与野桑蚕之间, 这些基因功能可能没有差异, 即二者的雌雄性个体间可以相互感知、识别, 这与实验观察结果一致。