SARS病毒基因组的多态性

对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS—CoV BJ202全基因组序列（AY864806）。应用比较基因组研究方法对GenBank中公布的115株SARS—CoV基因组序列以及BJ202进行分析。以GZ02序列为参照,发现2个以上基因组中同时存在单核苷酸多态（SNP）位点共278个。多态位点在SARS—CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点（50．4％,140／278）发生在基因组3’末端1／3区域。编码Orf10-11、Orf3／4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段（15个片段总长度为6．0kb）,结果显示：BJ202特有的3个多态位点（13804、1503l和20792）以及另外3个多态位点（26428、26477和27243）均检出两种不同核苷酸;位点18379虽在已公布的115株SARS—CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS—CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域（基因组序列27700—28000bp处）。以邻位连接法（Neighbor-Joining）构建了116株SARS—CoV系统发育树,BJ202与BJ01和LLJ-2004等SARS—CoV的亲缘关系较接近。     

鲍曼不动杆菌整合子介导耐药机制的初步研究

【摘 要】 目的 研究整合子参与鲍曼不动杆菌耐药的分子机制。结果 收集2008年1月至2011年12月瑞安市中医院临床分离的200株鲍曼不动杆菌,采用K-B法进行体外药敏试验,采用聚合酶链式反应进行整合子整合酶基因的检测;整合子可变区扩增、克隆、测序,分析整合子基因结构。结果 59.0%的医院感染鲍曼不动杆菌Ⅰ类整合子阳性,未检测出Ⅱ、Ⅲ类整合子;编码对氨基糖苷类、磺胺类抗菌药物和氯霉素耐药的基因;整合子阳性组多药耐药菌均明显高于阴性组。结论 Ⅰ类整合子在医院感染鲍曼不动杆菌中广泛分布,可通过质粒在不同菌属间水平传播,在耐药基因传播中起重要作用,应引起临床足够的重视。     

一株洛菲不动杆菌对碳青霉烯类抗生素耐药机制的研究

目的研究洛菲不动杆菌对亚胺培南、美洛培南耐药的分子机制。方法K-B纸片琼脂扩散法检测洛菲不动杆菌B69对头孢他啶、头孢曲松、环丙沙星、阿米卡星的耐药性,琼脂对倍稀释法检测B69对亚胺培南、美洛培南的最低抑菌浓度;PCR扩增OXA、IMP、VIM型碳青霉烯酶基因,测序确定耐药基因型别;粗提酶水解亚胺培南纸片试验检测酶活性。结果洛菲不动杆菌B69具有多重耐药性;PCR扩增IMP基因阳性,经测序为IMP-8;粗提酶水解亚胺培南。结论产IMP-8型金属β-内酰胺酶是洛菲不动杆菌B69对碳青霉烯耐药的重要机制。     

SadC合成的c-di-GMP信号通过PilZ和FlgZ调节铜绿假单胞菌的泳动能力

【目的】探究铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa)鸟苷酸环化酶(diguanylate cyclase,DGC)SadC合成的环二鸟苷酸(cyclicdi-GMP,c-di-GMP)信号与PilZ结构域受体间的信号传递关系,分析鉴定出特定PilZ结构域受体的调控功能和机制。【方法】SadC突变株和过表达菌株的构建及泳动能力分析;SadC过表达背景下,PilZ结构域受体突变各菌株的泳动表型分析和筛选;基因敲除和过表达解析筛选出的PilZ结构域受体功能;定点突变和遗传互补检测筛选出的PilZ结构域受体是否参与SadC合成c-di-GMP对泳动能力的调控。【结果】SadC通过影响鞭毛功能而非鞭毛形成抑制铜绿假单胞菌的泳动能力;PilZ结构域受体突变菌株筛选发现PilZ、FlgZ这2个受体参与了SadC介导的泳动能力抑制;功能分析发现ΔpilZ或ΔflgZ的泳动能力相比野生型PA14显著增强,而过表达PilZ或FlgZ则抑制了泳动能力;定点突变和回补实验发现PilZ第10位和FlgZ第140位氨基酸R对其介导SadC负调控泳动能力至关重要,多序列比对分析表明这些位点是其保...     

藻蓝蛋白抑制人结肠癌SW480细胞增殖的初步研究

目的研究藻蓝蛋白对人结肠癌SW480细胞的体外抑瘤作用,为进一步探讨藻蓝蛋白抑制肿瘤的机制提供依据。方法用不同浓度的藻蓝蛋白处理结肠癌SW480细胞后,应用MTT实验来检测藻蓝蛋白对细胞增殖的抑制作用并计算出半数抑制率,利用HE染色法和电镜技术观察凋亡细胞形态结构,采用流式细胞术分析其对SW480细胞周期的影响。结果 MTT试验证明藻蓝蛋白能够抑制SW480细胞的增殖,且呈时间和剂量依赖性;HE染色以及电镜的观察结果显示藻蓝蛋白能够诱导SW480细胞的凋亡,流式细胞术显示SW480细胞被阻滞在G2/M期,G0/G1期细胞比例降低。结论藻蓝蛋白在体外能够抑制结肠癌SW480细胞的增殖,具有可开发人结肠癌治疗光敏剂应用前景。     

原核生物基因组DNA链组成的非对称性

迄今,已有60多个原核生物的基因组全序列被发表。我们因此有可能对它们基因组的构成有更深入的认识。绝大多数生物基因组DNA的G与C和A与T的含量相等^[1]。但是,在许多原核生物基因组的先导链和后随链内存在G与C或A与T分布的不对称(Gc shew或AT shew)、原核生物DNA链的非对称性表现在碱基、密码子和基因水平。     

临床分离肺炎克雷伯菌Ⅰ类整合子的结构与功能

为了探索细菌多重耐药性的产生和播散的分子机制, 文章对2002～2007年间179株临床分离的肺炎克雷伯菌进行耐药性、I类整合子可变区基因盒结构以及基因盒携带的耐药性基因进行分段克隆和耐药性功能测定。结果显示：65.9%(118/179)的肺炎克雷伯菌表现出对至少两种以上的抗生素(主要为β-内酰胺类、氨基糖苷类和喹诺酮类抗菌药物)的耐药性; 36.3%(65/179)的菌株检出单条或者双条I类整合子基因盒条带; 对整合子阳性组与阴性组的耐药率进行比较发现, 除氨基糖苷类、喹诺酮类和复方新诺明等药物的耐药性存在显著性差异(P<0.01)外, 其余药物的差异不显著; 共发现15种耐药基因构成形式的整合子基因盒, 其中以dfrA17-aadA5最为多见, 实验证明整合子可由接合转移耐药性质粒携带; 对整合子基因盒(dhfr17-orfF-aadA2)分段克隆的耐药性功能研究发现, 3个克隆重组子(pET28a-dhfr17、pET28a-dhfr17-orfF和pET28a-dhfr17-orfF-aadA2)对复方新诺明的抗性(MIC值)均为256 µg/mL, 重组子pET28a-dhfr17-orfF与重组子pET28a-dhfr17对链霉素的抗性无明显区别, 和受体菌一样MIC值均为8 µg/mL, 而pET28a-dhfr17-orfF-aadA2对链霉素的抗性则明显提高, MIC值为256 µg/mL。结果表明, I类整合子在肺炎克雷伯菌中较常见, 携带氨基糖苷类和甲氧苄啶类的耐药基因盒在数量上占优势, 且整合子携带的耐药基因具有耐药性功能, 位于可水平转移耐药性质粒的耐药性基因相关的整合子对病原菌耐药性播散具有重要意义。 目的基因     

PCR产物直接测序技术中影响因素的研究

探讨了PCR产物直接测序技术中的影响因素,结果表明：PCR产物特异性是影响其测序成败的关键因素,PCR反应只有产生惟一扩增产物时,其产物才能被用来直接测序;PCR反应体系残留混合物（dNTP、引物和盐离子等）对其测序质量有明显不利影响,PCR产物纯化后其测序质量能明显提高;同时,PCR产物大小不同,其测序反应的模板用量也不同,在一定长度范围内,最适模板用量随PCR产物长度增加而增加。 Factors that Influence Direct Sequencing of PCR Products XU Zu-yuan1,2,BAO Qi-yu1,NIU Yu-xin1 1.Beijing Genomics Institute / Human Genome Center,Institute of Genetics and Developmental Biology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China; 2.Jingzhou Teachers College,Jingzhou,Hubei 434104,China Abstract:Factors influenced direct sequencing of PCR (polymerase chain reaction) products were investigated in this paper.It showed that the specialization of PCR products played a key role in their sequencing reactions and only which could be sequenced directly.It also showed that the PCR reaction residues (including dNTP,primers,and metal ion) affected badly on the sequencing quality,so the purification of PCR products was necessary before sequencing.In addition,the optimum templates amount in sequencing reaction rose with the increasing of their DNA size in a certain range. Key words：polymerase chain reaction(PCR); direct sequencing of PCR product; ABI 377-DNA sequencer; Q20     

苏云金杆菌Vip蛋白经历正向达尔文选择的证据

营养期杀虫蛋白(Vip)是苏云金杆菌在营养期所产生的一类新型杀虫蛋白,代表了第二代转基因杀虫蛋白,它能在一定程度上克服许多害虫对δ-内毒素低敏感或者不敏感的缺陷。但是,目前和已经深入研究的δ-内毒素相比较,有关Vip蛋白结构和功能关系方面的报道还甚少。本文采用最大似然方法和基于最大简约的滑窗分析对Vip蛋白的分子进化机制进行了评价。结果发现Vip蛋白在进化过程当中经历了正选择,并采用贝叶斯方法确定了16个正选择氨基酸残基。有意思的是所有这些正选择残基都位于Vip蛋白C端从705到809的区域。当把这些正选择残基定位到二级结构和三级结构时,发现绝大部分正选择残基都暴露在Vip蛋白空间结构的表面并且聚集在环的区域。推测Vip蛋白分子进化的机制应该是受到了正选择压力而不是功能约束的松弛。导致Vip蛋白C端多样性的潜在正选择压力可能是Vip蛋白为了在和目标昆虫之间竞争取得优势,或者是为了扩大Vip蛋白的杀虫范围。文中确定的经历了正选择残基很有可能是和昆虫宿主范围有关,因此可以为今后研究Vip蛋白的结构和功能提供相应的靶点。