不同猪种肠毒素大肠杆菌（ETEC）F4受体微卫星标记遗传差异性研究The

采用13号染色体上与K88ab和K88ac受体基因连锁的2对引物（S0223和S0068）,研究沙子岭猪和大约克猪的遗传差异性。结果表明,2个猪种在2个基因座均存在多态性,其基因杂合度和Shannon信息指数存在很大差异,而中外猪种的K88ab和K88ac受体基因也存在遗传差异,这2对引物可望作为K88ab和K88ac受体基因的遗传标记。Abstract: The genetic variation of ETEC F4 receptor in Shaziling and Yorkshire breeds were studied using two microsatellite markers(S0223 and S0068). The results showed that there were polymorphisms in the two markers, and there were great variations of the gene heterozygosity and Shannon information index in the two breeds. It was also reported that there were differences in K88ab and K88ac receptors in Chinese native breeds and foreign breeds, so the two markers might be the genetic markers of F4 receptor gene.     

用混合模型定位一个复杂家猪家系13号染色体QTL的研究

用混合模型方法 ,分析了一个复杂家猪家系 13号染色体上微卫星座位与数量性状间的相关性 ,结果发现 ,该家系猪 13号染色体上存在一个显著影响屠宰重和日均屠宰重的QTL。区间定位将该QTL定位到SW1898～SW398标记内 ,相对位置估计为 ρ =0 .5 2± 0 .36 ,在遗传连锁图上的平均位置为 75 .19cM。该QTL对于屠宰重的加性和显性效应分别为 1.31± 0 .5 5kg和 1.95± 0 .80kg ,对于日均屠宰重的加性和显性效应分别为 0 .0 18± 0 .0 0 7kg d和 0 .0 12± 0 .0 0 7kg d。估计的屠宰重和日均屠宰重QTL方差分别 0 .90 37和 0 .0 0 10。该区域实际上是测夹PIT1基因的区域 ,PIT1基因是生长激素、催乳激素、促甲状腺激素 β亚基的一个重要的转录调节因子 ,为PIT1基因作为重要的生长QTL提供了一个有利的旁证。由此推论 ,PIT1对于生长的影响不只是早期的 ,可能延续至个体生长发育的全过程。此外 ,13号染色体上可能存在一个背膘厚QTL ,相距屠宰重QTL约 2 8.3～ 6 3.4cM ,不确定因素是标记 -性状相关在世代间存在差异。     

不同猪种E.coli F18受体基因的多态性

采用PCR—RFLP技术检测了大约克、长白、杜洛克、宁乡、沙子岭和大围子6个品种共867头猪的E.coli F18受体(ECF18R)基因座的遗传变异。结果表明：Hin6 Ⅰ-RFLP位点上,大约克、长白、杜洛克3个外来猪种均存在多态,且以敏感型(GG型和AG型)居多,平均占94％,3个外来猪种的G等位基因频率平均为0．76,AA抗性型个体占少数,平均为6％,猪群中M307处G→A的突变频率并不高。宁乡、沙子岭和大围子3个本地猪种的所有检测样品都表现为GG型,在该位点上均不存在G→A的突变。各猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布X^2检验结果表明,每个外来猪种ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布与3个本地猪种的相比均差异显著或极显著,3个本地猪种间的ECF18受体基因座的PCR—RFLP基因型分布完全一致。外来猪种间只有长白与杜洛克各基因型的分布差异显著,其余均不显著。     

牛SNP芯片分型检出率和分型错误率对基因型填充准确率的影响

SNP芯片已被广泛应用于动植物的遗传研究和生产实践,其基因分型的准确性至关重要。但在实际应用中,常有一定数量的基因型因缺失而需要去估计(填充)。此外,由于各种原因,又常常需要在不同芯片的基因型之间相互填充彼此没有的SNP基因型,或从低密度SNP填充到高密度SNP基因型。因此,基因型填充准确率直接影响后续数据分析的准确性和可靠性。为深入了解基因型填充准确率的影响因素,本研究利用20 116头美国荷斯坦牛的50K SNP芯片基因分型数据,在SNP分型检出率与错误率存在相关和没有相关两种情形下,分别评估了上述两个因素对下游基因型填充准确率的影响。当两者不相关时,模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率由0%提升到50%。当两者存在相关时,基因分型的检出率和错误率之间的关系是基于一个实际数据中这两个变量之间的线性回归方程来确定,即模拟的SNP分型检出率从100%降低到50%,SNP分型错误率从0%升高到13.35%。最后,采用5折交叉验证的方法评估基因型填充的准确率。结果表明,当原始数据的SNP分型检出率与错误率彼此独立发生时,基因型填充的错误率受原始SNP分型检出率影响不大(P0.05),却随着原始SNP分型错误率的升高而显著提高(P0.01)。当原始数据的SNP分型检出率与错误率存在负相关时,基因型填充的错误率随着原始SNP分型检出率的降低而显著提高(P0.01)。在这两种情形下,建议SNP分型检出率应在90%以上,基因型填充准确率才能不低于98%。该结果可为提升实际的SNP分型和下游数据分析的质控提供参考依据。     

利用杂种细胞克隆板将猪CDC16基因定位于11号染色体

运用比较基因组学的方法,根据人的CDC16基因序列设计引物,从大围子猪和宁乡猪基因组DNA分离了CDC16基因内含子4和内含子8（GenBank收录号为AY880670和DQ206823）,通过扩增体细胞杂种克隆板上27个样品和辐射杂种克隆板上118个样品,确定了CDC16基因在猪染色体上的物理位置,首次将CDC16基因物理定位于猪SSC11 q11-17.该基因与微卫星SW1452标记紧密连锁,LOD值为16.08,存留率为22%,在放射杂交图谱上的图距为62 cR.CDC16基因区间定位结果与精细定位结果相一致,也与比较定位结果相一致,进一步验证了猪11号染色体和人13号染色体大部分片段存在同源性,这为该基因的克隆及和功能研究打下坚实基础.     

对家鸡血清酯酶发育调控的初步研究

采用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳方法跟踪测定了 １０ 羽优黄 ３８０ 商品蛋鸡血清酯酶的遗传表现型,结果表明：血清酯酶（ Ｅｓ１）的遗传表达具有明显的发育阶段差异性,开产前均为有带类型,并表现出遗传多态现象,开产后 Ｅｓ１ 酶带消失,表现为无活性 Ｏ 型⒚对 Ｉ Ｓ Ａ Ｂ３８０ 父母代 Ｃ Ｄ 母鸡的扩大抽样测定结果验证了上述的结论⒚由此我们推测,母鸡产蛋期 Ｅｓ１ 区无活性“ Ｏ 型”可能是基因表达在不同发育阶段调控（抑制）的结果,因此不存在“ Ｅｓ１基因座位上决定 Ｏ 型的等位基因 Ｅｓ１ｏ ⒚ Ｅｓ１ 基因在开产前处于转录活跃状态,开产后基因转录就被抑制,以维持产蛋期母鸡体内所需较高的血脂水平⒚母鸡血清酯酶表达发育遗传学规律可能广泛存在于家禽各种群体之中⒚如果该推测成立的话,家鸡酯酶的生物合成就可能成为研究禽类基因表达和调控的理想模型⒚     

不同猪种肠毒素大肠杆菌（ETEC）F4受体的微卫星标记遗传效应分析

从猪13号染色体选取与E.coli F4受体基因连锁的4个微卫星座位研究中外猪种间的遗传差异性,并分析不同基因型与F4受体黏附表型的关系。结果表明,4个猪种在4个基因座均具有高度多态性,杂合度（H）在0.6117～0.7500之间,多态信息含量（PIC）达0.5749以上;同时中外猪种基因频率存在差异,微卫星座位连锁越紧密,差异性越大。微卫星S0222不同基因型间在沙子岭猪F4ab血清型黏附表型中差异显著;SW458座位AC基因型在沙子岭、大白两个品种中无黏附表型,可望作为对E.coliF4抗性基因的遗传标记。