特异亲和活性蓝染料的小分子RNA的SELEX筛选

化学合成含有２０ 个核苷酸随机序列, 长度为７３ 个核苷酸的单链 Ｄ Ｎ Ａ 随机库; Ｐ Ｃ Ｒ 扩增和双链化后, Ｔ７ Ｒ Ｎ Ａ 聚合酶体外转录得到单链 Ｒ Ｎ Ａ 随机库。以活性蓝染料凝胶柱为筛选介质, 体外进化方法筛选特异亲和活性蓝染料的 Ｒ Ｎ Ａ 分子。经８ 轮循环筛选, Ｒ Ｎ Ａ 群体亲和染料的比例从小于０ ．０３ ％ 上升至２２ ．４ ％ 。克隆筛选出 Ｒ Ｎ Ａ 序列后, 测定了３０ 个克隆的序列, 得到三类 Ｒ Ｎ Ａ 分子。经二级结构分析和活性蓝染料特异亲和能力测试,发现 Ｒ Ｎ Ａ 特异亲和活性蓝染料的主要结构因素是 Ｒ Ｎ Ａ 形成的双链结构     

固定化枯草杆菌色氨酰tRNA合成酶(英文)

为研究ｔＲＮＡＴｒｐ 与色氨酰ｔＲＮＡ合成酶（ＴｒｐＲＳ） 的相互识别及其结构、功能关系, 纯化了枯草杆菌ＴｒｐＲＳ并用溴化氰活化的Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ４Ｂ 将ＴｒｐＲＳ固定化, 固定化ＴｒｐＲＳ的蛋白质回收率为９５ ．５ ％ , 活力回收率为３１．３％ 。研究了固定化ＴｒｐＲＳ的酶学性质, 其热稳定性和贮存稳定性方面均比液相ＴｒｐＲＳ有了较大的提高, 最适温度、最适ｐＨ 均有一定程度的增大, 工作稳定性良好。以固定化ＴｒｐＲＳ为亲和层析介质, 对含有２０ 个核苷酸随机序列、长度为５６ 个核苷酸的单链ＲＮＡ 随机库进行了３ 轮筛选,ＲＮＡ 群体亲和固定化ＴｒｐＲＳ的比例从４ ．３ ％ 上升至１４ ．７ ％ 。筛选得到了与ｔＲＮＡＴｒｐ 氨基酸接受茎类似的ＲＮＡ二级结构。实验结果表明固定化ＴｒｐＲＳ可以作为ＳＥＬＥＸ 亲和层析介质, 进行模拟ｔＲＮＡＴｒｐ 分子的ＲＮＡ 随机库的ＳＥＬＥＸ 筛选。     

大鼠肝tRNA^Ile基因的克隆与体外转录

采用ＰＣＲ扩增出大鼠肝ｔＲＮＡ＾Ｉｌｅ基因,构建了重组质粒ｐＧＷＩＷ,并用Ｔ７ＲＮＡ聚合酶／启动子系统对其进行了体外表达。经过对转录产物片段大小及运用Ｎｏｒｔｈｅｒｍｂｌｏｔ鉴定,证明了获得了不含修饰核苷酸的大鼠肝ｔＲＮＡ＾Ｉｌｅ。生物学活性检测显示：合成基因体外转录产物氨基酰经活性是天然ｔＲＮＡ的４０％,提示修饰核苷酸在哺乳动物Ｉｌｅ－ｔＲＮＡ合成酶的识别过程中起重要作用。     

小双节RNA病毒中国株基因组第二节段的序列测定及分析

１９９７年从河北省一起成人腹泻暴发病人粪便中首次分离到小双节ＲＮＡ病毒（ｐｉｃｏｂｉｒｎａｖｉｒｕｓ,ＰＢＶ）中国株。为研究该病毒复制必需的依赖ＲＮＡ的ＲＮＡ多聚酶（ＲｄＲｐ）活性机理,采用改进的单引物扩增法克隆和测序了病毒基因组第二节段。结果表明：第二节段全长１６９６个核苷酸,只有一个ＯＲＦ,占全长的９３．９％,编码５３０个氨基酸残基的蛋白,５’－ＮＴＲ ＡＴ丰富（７５．４％）,可能是本位调控元     

特异切割12-脂加氧酶mRNA的核酶体外活性及动力学研究

根据锤头状核酶（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ）的作用模式,设计、合成并克隆了特异性切割１２－脂加氧酶（１２－ＬＯ）ｍＮＲＡ的核酶基因。以合成的２５个核苷酸长的１２－脂加氧酶ＲＮＡ片段为底物与转录的核酶ＲＮＡ一起保温检测其体 割活性。实验结果表明,在３７℃保温时,核酶在体外对１２－脂加氧酶具有较高的特异切割活性,其Ｋｍ值为１３００ｎｍｏｌ／Ｌ,其ｋｃａｔ值为０．０８３／ｍｉｎ,在５０℃保温时,核酶具有很高的切割     

人颌下腺cDNA文库的构建

本研究从新鲜的人颌下腺组织中提取总ＲＮＡ,从中分离出带ｐｏｌｙ（Ａ）尾的信使ＲＮＡ［ｐｏｌｙ（Ａ）〕ｍＲＮＡ］,并合成带ＮｏｔＩ位点的双链ｃＤＮＡ后,接上ＥｏｃＲＩ接头定向插入λｇｔ１１表达载体,经体外包装后转染Ｙ１０９０宿主菌,遂构建成人颌下腺ｃＤＮＡ文库。该文库有４．１×１０５个噬菌体,重组率为１００％,可供寡核苷酸探针和单克隆抗体两种方法筛选目的基因。     

条锈菌侵染初期小麦初生叶内可翻译mRNA的变化

小麦条锈菌毒性小种及其无毒性突变型侵染初期,是不亲和反应的小麦叶片内可翻译ｍＲＮＡ水平迅速增加,而呈亲和反应叶片的增加幅度小且滞后。同时前者的Ｐｏｌｙ（Ａ＋）－ＲＮＡ水平高于未接种对照,后者低于对照。３２Ｐ标记实验证实不亲和反应叶片Ｐｏｌｙ（Ａ＋）－ＲＮＡ的合成增加早于亲和反应叶片。Ｐｏｌｙ（Ａ＋）－ＲＮＡ体外翻译产物经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分离后,放射自显影图谱显示一些多肽条带的３５Ｓ－Ｍｅｔ相对掺入量有定量差异。     

一种中国发生的真菌传小麦花叶病毒RNA－13＇末端核苷酸序列分析

以采自河南的真菌传小麦花叶病毒（ＦＷＭＶ－Ｃ）为材料,抽提病毒ＲＮＡ,合成互补ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）。对杂交筛选所得ｃＤＮＡ克隆进行亚克隆及序列分析,结果表明,亚克隆ｐＧＳＩ含有一个长度为８９１个核苷酸的不完整开放阅读框架（ＯＲＦ）和长度为２５８个核苷酸的３＇末端非编码区（ＮＴＲ）,并带有Ｐｏｌｙ（Ａ）尾序。此段序列与大麦黄花叶病毒（ＢａＹＭＶ）及法国报道的一种小麦梭条花叶病毒（ＷＳＳＭＶ－Ｆ）的ＲＮＡ－１３＇末端分别具有６７．６％和６９．９％的同源性。由所测序列编码区（１－８９１ｎｔ）可推导产生２９６个氢基酸,并与ＷＳＳＭＶ－Ｆ及ＢａＹＭＶ外壳蛋白氨基酸序列分别具有７５．９％和７１％的同源性。此结果表明,ＦＷＭＶ－Ｃ为另外一种不同于ＷＳＳＭＶ－Ｆ的大麦黄花叶病毒组（Ｂａｙｍｏｖｉｒｕｓ）病毒,所测基因组片段应为ＲＮＡ－１３＇末端序列,其中可能包括了病毒全长外壳蛋白编码区域。     

中国河南株丁型肝炎病毒全基因组的cDNA克隆和序列分析

从我国河南－抗丁型肝炎病毒抗原（ａｎｔｉ－ＨＤＡｇ）及丁型肝炎病毒（ＨＤｖ）ＲＮＡ双阳性的ＨＢｓＡｇ携带者血清中提取ＲＮＡ,采用人工合成的引物进行逆转录和聚合酶链反应（ＰＣＲ）,获得了贯穿ＨＤＶ全基因组的６个相互重叠的ｃＤＮＡ片段。经双脱氧末端终止法进行核苷酸序列分析,得到了长度为１６７４ｂｐ的我国人河南株ＨＤＶｃＤＮＡ全序列。计算机分析表明,该株与我国台湾株（ＨＤＶＩＡ型）、美国－１株（ＨＤＶＩＢ型）、日本－１株（ＨＤＶⅡ型）和秘鲁－１株（ＨＤＶⅢ型）的核苷酸同源性分别为的９４．３％、８６．８％、７５．４％和６６．３％,氨基酸序列的同源性分别为８９．７％、８５．１％、７１．９％和６４．６％,并在核苷酸和推导的ＨＤＡｇ氨基酸序列中分别发现了５个和２个集中保守的区域。这些区域均与ＨＤＶ的某些重要功能密切相关。     

甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物自然缺失突变体缺失区域的定位分析

以甜菜坏死黄脉病毒内蒙分离物（ＢＮＹＶＶ ＮＭ）总ＲＮＡ为模板,经ＲＴ－ＰＣＲ扩增,分别获得ＲＮＡ２、ＲＮＡ３和ＲＮＡ４自然缺失突变体ｃＤＮＡ克隆。序列分析结果表明,ＲＮＡ２自然缺失突变体在７５ｋＤ通读蛋白编码区Ｃ端缺失３４８个核苷酸（缺失位置ｎｔ１４８８￣ｎｔ１８３５）。ＲＮＡ３在其２５ｋＤ蛋白编码区内缺失３６０个核苷酸（缺失位置ｎｔ７２９￣ｎｔ１０８８）。ＲＮＡ４的自然缺失区域位于３１ｋＤ蛋白     

两种富集方法相结合对蓖麻毒素进行SELEX筛选研究

为了获得能特异识别具有细胞毒性的蓖麻毒素蛋白寡核苷酸适配子,体外构建了含40个随机序列全长87nt的随机ssDNA文库,采用指数富集配基的系统进化(SELEX)技术方法,结合微孔板和亲和树脂两种分离、富集方法,经过数轮筛选,文库与蓖麻毒素的结合率达到了38．5％。结果表明,以亲和树脂为分离介质进行筛选,富集效果非常明显。     

魔芋葡苷聚糖（KGM）凝胶为亲和层析载体与Sepharose4B的比较 …

将ＫＧＭ和Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ４Ｂ凝胶在相同条件下活化、偶联接上染料Ｃｉｂａｃｒｏｎ Ｂｌｕｅ Ｆ３ＧＡ制成了ＫＧＭ和Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ４Ｂ染料亲和吸附剂,并用来与牛血甭白蛋白（ＢＳＡ）作用,每毫升ＫＧＭ亲和吸附剂可吸附ＢＳＡ ２８ｍｇ,用ＮａＳＣＮ洗脱时间为８４．５％,而Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ４Ｂ染料样和吸附剂每毫升可吸附ＢＳＡ １５．３ｍｇ,用ＮａＳＣＮ洗脱时间收迷８１．７％,并对两种凝胶的染     

核酸酶保护试验在黄瓜花叶病毒株系鉴定中的初步应用

采用黄瓜花叶病毒（ＣＭＶ）亚组Ⅰ株系Ｆｎｙ－ＣＭＶＲＮＡ＿２的１２０９～１６２６核苷酸片段和亚组Ⅱ株系Ｌｓ－ＣＭＶＲＮＡ＿２的２００２～２４３３核苷酸片段的ｃＤＮＡ克隆,体外转录,同时掺入￣（３２）Ｐ获得负链ＲＮＡ探针,与纯化的番茄和甜椒上的ＣＭＶ中国分离物的ＲＮＡ杂交,结果表明：ＣＭＶ番茄和甜椒中国分离物与Ｆｎｙ－ＣＭＶ的核苷酸有高度同源性,隶属于Ｆｎｙ－ＣＭＶ为代表的亚组Ⅰ株系。并利用Ｋ－ＣＭＶ株系（亚组Ⅰ,源于中国）的ＲＮＡ＿２全长ｃＤＮＡ克隆的两个ＥｃｏＲＩ位点间的核苷酸序列（１６５７～２１２５ｎｔ）作探针,与上述两种ＣＭＶ中国分离物的ＲＮＡ杂交,进一步比较分析了这两个分离物和Ｋ－ＣＭＶ株系的关系。讨论了核酸酶保护法在ＣＭＶ株系鉴定中的作用。     

文库筛选与分子进化的核糖体展示新方法

利用适当的文库筛选技术快速、简便地从DNA文库、随机肽库、抗体库或其它蛋白文库中筛选生物活性物质是目前分子生物学研究的一个热点.核糖体展示是一种完全离体进行的功能蛋白筛选和进化鉴定的新技术,避免了传统的活体筛选技术的缺陷,使得文库容量增大、分子多样性加强.本文系统地评述了核糖体展示技术在制备ScFv单链抗体方面的应用,包括ScFv单链抗体模板的构建、体外转录与体外翻译、亲和筛选及筛选效率的测定以及分子多样性和体外进化研究,讨论了核糖体展示技术目前的发展动态、存在问题及发展趋势.     

甜菜坏死黄脉病毒RNA4 cDNA克隆,序列分析及其编码蛋白基因在大肠…

以甜菜坏死黄脉病毒（ＢＮＹＶＶ）内蒙分离物（ＮＭ）ＲＮＡ为模板,通过反转录和ＰＣＲ扩增得到了ＢＮＹＶＶ ＲＮＡ４基因组的ｃＤＮＡ克隆ｐＧＢＦ６。序列分析结果表明,ｐＧＢＦ６含有全长ＲＮＡ４ ｃＤＮＡ插入片段,大小为１４６５个核苷酸,含有一个８４９个核苷酸的开放阅读框架,编码产生由２８２个氨基酸组成的分子量为３１ｋＤａ的蛋白。与法国Ｆ２分离物ＲＮＡ４相比,其核苷酸序列和由此推导的氨基酸序列同源性分别     

SELEX法筛选特异亲和淀粉的小分子RNA

ＳＥＬＥＸ法筛选特异亲和淀粉的小分子ＲＮＡ＊王琛金由辛＊＊王德宝（中国科学院上海生物化学研究所分子生物学国家重点实验室,上海２０００３１）关键词ＳＥＬＥＸ;２．５ＳＲＮＡ;兔肌糖元分枝酶指数式富集法配体进化,即ＳＥＬＥＸ［１］（ｓｙｓｔｅｍ－ａｔｉｃ...     

脓毒血症大鼠心肌II型磷脂酶A_2活性变化及其调控

观察了脓毒血症大鼠心肌ＩＩ型ＰＬＡ２ 活性、蛋白质含量及其ｍ ＲＮＡ 的变化。结果发现, 脓毒血症早期与晚期心肌ＩＩ型ＰＬＡ２ 活性较对照组分别降低２５ ．０ ％ （Ｐ ＜ ０ ．０５）及增高４７．６ ％ （Ｐ ＜ ０ ．０１）,ＩＩ型ＰＬＡ２ 蛋白质含量分别降低２７．０％ 及增高４８ ．０ ％（ 均Ｐ ＜ ０ ．０１）; 心肌ＩＩ型ＰＬＡ２ ｍ ＲＮＡ合成率与含量呈现类似的双相变化, 在脓毒血症早、晚期ｍＲＮＡ 合成率分别降低４５．０％ 和升高７０．０ ％ （均Ｐ ＜ ０ ．０１）,ｍＲＮＡ含量分别降低３４．１ ％ 和增加１５７ ．０％ （均Ｐ＜ ０ ．０１） 。脓毒血症早、晚期心脏ＩＩ型ＰＬＡ２ ｍ ＲＮＡ半衰期无显著变化（Ｐ ＞ ０．０５） 。实验结果表明大鼠脓毒血症发生过程中心肌ＩＩ型ＰＬＡ２ 活性呈现出先下降后升高的变化, 这一变化受其ｍＲＮＡ 转录水平的调节。     

SELEX：一种体外筛选核酸适配子的新技术

ＳＥＬＥＸ技术是一项新的体外筛选技术,它是用体外合成的、其库容为１０^15左右的随机寡核苷酸库与靶物质结合。通过数轮的筛选与扩增,筛选到靶物质的目的ＤＮＡ或ＲＮＡ片段,对疾病的诊断与治疗方面起着重要的作用。为核酸的结构和功能的研究,提供了一个有效的方法。     

适配体在食源性致病菌检测中的应用进展

适配体建立在仿生学基础上,是在体外从单链核酸随机序列库中筛选出的对某种靶物质具有高亲和度的寡聚核苷酸(DNA或RNA)片段。相较于食源性致病菌的常规检测手段,适配体具备特异性强、稳定性好及易于修饰等优点,因此在该领域得到了关注和应用。但前人对适配体与靶物质结合的原理认识尚不够深入,对食源性致病菌的适配体筛选及应用总结还存在许多不足。结合食源性致病菌的自身结构特点,介绍了该类物质的适配体筛选特点和检测领域中的最新研究进展,提出了目前存在的问题及发展趋势。     

基于螺旋区随机堆积的RNA二级结构预测

提出了基于螺旋区随机堆积的ＲＮＡ二级结构预测算法,包括三个步骤：１．根据螺旋区定义,找出所有可能螺旋区;２进行螺旋区随机堆积,形成一定数目的ＲＮＡ二级结构;３．统计处理,推测ＲＮＡ可能折叠方式。最后以酵母Ｐｈｅ－ｔＲＮＡ为例来说明方法的可行性。