近交系剑尾鱼的STR遗传检测技术

目的建立近交系实验用鱼DNA检测方法,用于遗传质量控制。方法以RR-B、RW-H、BY-F三个近交系剑尾鱼的基因组DNA为主要研究对象,并以非选育剑尾鱼作对照,采用STR（short tandem repeat）引物扩增方法检测不同品系在DNA上的异同。设计10对STR引物,优化PCR电泳条件,使用相同的实验条件进行重复,以得到可靠的扩增条带,筛选出特异性引物。结果有4对引物可扩增出稳定条带,1对引物（AY204223）的PCR扩增条带在非选育群中表现多态性,在RR-B与BY-F系表型一致,与RW-H表型不同。这些STR位点能够区分剑尾鱼三个近交系品系。结论STR检测技术可望用于近交系剑尾鱼的遗传质量监测。     

近交系剑尾鱼的遗传生化标记研究

目的通过研究对RR-B、RW-H、BY-F三个近交系和非选育剑尾鱼的研究比较,建立近交系剑尾鱼的遗传生化标记检测技术。方法依照国标GB／T14927.1-2008的遗传操作规程优化实验条件,对三个近交品系及非选育群剑尾鱼的不同组织的6个遗传生化位点进行研究,以得到其遗传生化图谱。结果在6个生化位点中,同一品系剑尾鱼同工酶存在组织特异性,多数同工酶在肝中活性较强。同一生化位点在不同品系间存在差异。RR-B系在葡萄糖磷酸异构酶（Gpi）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（Gpd）位点表现出特异性条带,RW-H系在过氧化氢酶（Ce）位点表现出特异性条带。同一生化位点在各品系内表现较为一致,而在非选育剑尾鱼中在上述三个生化位点表现出多态性。在酯酶（ES）、碱性磷酸酶（AKP）、乳酸脱氢酶（LDH）位点,各品系谱带不易区分其差异。结论建立了剑尾鱼近交系生化标记检测技术,可望用于近交系剑尾鱼的遗传质量监测。     

剑尾鱼近交系遗传纯度的RAPD分析

目的　分析近交系剑尾鱼 (Xiphophorushelleri)的遗传纯度 ,以指导剑尾鱼实验动物化的培育工作。方法　应用经过筛选的 2 9条随机引物对剑尾鱼的第 19代近交系 12尾剑尾鱼个体基因组DNA进行RAPD扩增 ,计算近交系个体间的相似系数及遗传距离。结果　筛选的 2 9条引物共扩增出 30 6条带 ,扩增片段的大小在 0 2 - 3kb之间。其中多态性带 2 9条 ,多态性带频率在 0～ 5 0 0 0 %之间 ,平均为 9 48%。近交系剑尾鱼不同个体拥有相同条带的比率较高。计算得到近交系的平均相似系数 (S)为 0 9839(0 973～ 0 997) ,平均等位基因频率 ( q)为 0 8731,最低平均杂合率 ( H)为 0 12 6 9。 结论　剑尾鱼第 19代近交系有较高的遗传纯合度。     

10个品系小鼠的RAPD 分析

小鼠是应用最为广泛的实验动物,预先了解品系或近交系的遗传纯度或系间遗传距离,对于试验材料的选取和实验结果分析都有很大帮助.传统的实验动物遗传监测多限于基因表型的检测,检测位点在整个基因组中所占比例小,分布不均.由于RAPD方法的优势,用一系列引物可检测出覆盖整个基因组的遗传改变,在动、植物品系鉴定和遗传监测方面已取得大量成果(陈洪等,1994;沈曦等,1999),但对多品系小鼠的研究报道较少.因此,本研究选用10个常用小鼠品系,筛选较好的多态标记,建立各品系的RAPD图谱,以区分不同品系的小鼠,为今后的质量监测工作提供参照标准;同时根据RAPD扩增结果计算出各品系间的相对遗传距离,在DNA水平探讨不同品系小鼠间的亲缘关系.     

利用微卫星多重PCR技术鉴定剑尾鱼RR-B系

目的建立多重PCR技术鉴定选育剑尾鱼RR-B系的方法。方法根据可明显鉴定剑尾鱼RR-B系的6对特异性微卫星引物Msa012、Msa014、Msa033、Msb025、Msd003、Msd051,采用不同的组合方式对RR-B系剑尾鱼和红眼红体的非选育剑尾鱼进行多重PCR扩增。结果引物组合1(Msa014、Msb025、Msd003)和组合2(Msa012、Msa033、Msd051)两个三重PCR反应体系能清楚的扩增各个微卫星座位,且各目的片段之间无干扰,易于识别,引物组合1的排除概率为99.98%,引物组合2的排除概率为99.96%,能准确鉴定剑尾鱼RR-B系。结论本检测方法具有较高的稳定性,可快速准确鉴定剑尾鱼RR-B系。     

基于EST-SSR标记的甘薯种质资源DNA指纹图谱构建

采用EST-SSR标记构建了国家种质广州甘薯圃中52份甘薯种质资源的DNA指纹图谱。利用52份供试资源,从早期筛选出的342对候选多态性引物中筛选出16对核心引物,16对引物在52份资源中共扩增出159个等位位点,每对引物的等位位点数为5~19个不等,平均为9.94个,多态性信息含量变化范围为0.6235~0.9593,平均为0.7991。选择带型清晰、重复性好、易于统计且能将52份资源完全区分开的2对引物组合构建供试资源的DNA指纹图谱。NTSYS软件聚类分析表明,EST-SSR标记能正确反映出不同资源间的亲缘关系,为构建甘薯大型DNA指纹图谱数据库奠定了基础。     

红麻微卫星DNA标记指纹图谱的构建

DNA指纹图谱对新品种选育、种质资源保存和管理具有重要的意义。然而,利用SSR标记构建红麻DNA指纹图谱的研究仍十分有限。在本研究中,利用课题组开发并筛选出的131对SSR引物,分析不同来源的96份红麻种质资源,包括红麻品种审定的区试对照品种福红952。结果表明,131对引物共扩增出375条带,平均每对引物扩增出2.6条带。以遗传相似系数0.614为切割线时,可以分为2个类群,52个为类群P1,44个为类群P2;以遗传相似系数0.710做切割线,可分为5个亚群。利用这131对引物标记所得的数据成功绘制了一份85个品种独特的指纹图谱,其中福红952可被HcEMS238引物特异识别。其他11份因存在遗传相似性高的现象,未被识别。上述结果为红麻品种的真实性鉴定及遗传多样性分析提供依据。     

甘蓝品种''''争春''''和''''寒光2号''''的DNA指纹图谱构建

用SDS法提取甘蓝（Brassfca oleraceavat．capitata）品种‘争春’、‘寒光2号’及其各自亲本的基因组DNA,通过SRAP、RAPD两种分子标记方法,构建其DNA指纹图谱,用于种子纯度鉴定。利用30对SRAP引物组合和200个RAPD随机引物,以各品种及其亲本的基因组DNA为模板组进行筛选,结果显示：多数SRAP引物组合对模板组的扩增带型一致,少数组合扩增出差异,但未能找到具有互补差异的引物组合;通过RAPD标记方法筛选出能鉴定2个品种纯度的引物分别为S42、S103、S193和S42、S89、S151,其中引物S42对2组材料均能扩增出特异的RAPD指纹图谱,并将RAPD指纹图谱转变为相应的数字指纹。     

基于棉花参比种质的SSR多态性核心引物筛选

棉花品种间遗传多样性的评价和遗传图谱构建都需要大量多态性的SSR标记。本研究通过构建棉花参比种质(panel), 高效快速地筛选出棉花多态性核心引物。本实验选用12份表型性状和遗传差异较大的棉花种质作为参比种质, 对来自Cotton Microsatellite Database (CMD)网站上 (http://www.cottonssr.org) 的5,914对棉花SSR引物进行了PCR扩增。结果表明: 在不同棉种间多态性的引物有4,800对, 约占有效扩增引物(5,300对)的90.6%; 能区分不同品种间差异的引物大约有500对, 占有效扩增引物的9.4%。我们推荐其中319对扩增效果好、条带清晰的引物作为棉花种质资源鉴定和分子指纹分析的核心引物, 其中277对能把陆地棉品种间的差异鉴别出来。此外, 我们还找到了在陆地棉、海岛棉及亚洲棉三大栽培棉中都有差异的13对共同SSR引物, 建议作为分子指纹分析和种质鉴定的首选引物。本研究公开了319对核心SSR引物及其多态性信息, 有利于规范引物筛选程序、提高引物筛选效率, 对棉花种质资源的遗传多样性分析、指纹图谱构建, 以及种子真伪性和纯度的鉴定等都具有现实意义。     

微卫星DNA标记在近交系大鼠HFJ和MIJ遗传监测中的应用

目的 用24对引物对近交系HFJ和MIJ大鼠的微卫星位点进行多态性分析,并选用近交系Lewis和F344大鼠作为对照,进行比较分析.方法 用传统的酚-氯仿法分别提取4个近交系大鼠MIJ、HFJ、Lewis和F344 的基因组DNA,选取大鼠24个微卫星位点,通过PCR扩增,扩增产物经过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染,根据电泳结果,比较分析4种品系近交系大鼠之间微卫星多态性.结果 4种品系及品系内不同个体的近交系大鼠在24个微卫星位点上的扩增产物均出现一个条带,MIJ和HFJ大鼠在品系间和品系内均表现为单态性,同Lewis 和F344的扩增结果比较,14个位点显示多态性,有10个位点显示单态性.结论 两个近交系大鼠品系MIJ和HFJ符合近交系要求,筛选出的14个多态性微卫星位点可用于有关近交系大鼠的遗传背景监测.     

用微卫星指纹识别天鹅洲保护区长江江豚个体

DNA指纹个体识别技术是保护遗传学研究中的一种非常重要的手段。为了准确地识别天鹅洲保护区中的每一头长江江豚以开展保护遗传学及其它相关研究 ,并实施有效的种群管理 ,本研究应用 4个微卫星座位初步构建了该群体的DNA指纹图谱 ,并利用此图谱成功地对不同时期在保护区捕获的江豚进行了个体识别研究。结果显示微卫星指纹技术是一种适用于长江江豚个体识别研究的可靠手段     

DNA fingerprinting of human cell lines using PCR amplification of fragment length polymorphisms

Summary Methods for monitoring cell line identification and authentication include species-specific immunofluorescence, isoenzyme phenotyping, chromosome analysis, and DNA fingerprinting. Most previous studies of DNA fingerprinting of cell lines have used restriction fragment length polymorphism analysis. In this study, we examined the utility of an alternative and simpler method of cell line DNA fingerprinting—polymerase chain reaction (PCR) amplification of fragment length polymorphisms. Fourteen human cell lines previously found by other methods to be either related or disparate were subjected to DNA fingerprinting by PCR amplification of selected fragment length polymorphism loci. Cell identification patterns by this method were concordant with those obtained by isoenzyme phenotyping and restriction fragment length polymorphism-DNA fingerprinting, and were reproducible within and between assays on different DNA extracts of the same cell line. High precision was achieved with electrophoretic separation of amplified DNA products on high resolution agarose or polyacrylamide gels, and with fragment length polymorphism (FLP) loci-specific “allelic ladders” to identify individual FLP alleles. Determination of the composite fingerprint of a cell line at six appropriately chosen fragment length polymorphism loci should achieve a minimum discrimination power of 0.999. The ability of PCR-based fragment length polymorphism DNA fingerprinting to precisely and accurately identify the alleles of different human cell lines at multiple polymorphic fragment length polymorphism loci demonstrates the feasibility of developing a cell line DNA fingerprint reference database as a powerful additional tool for future cell line identification and authentication.     

中国30个陆地棉主栽品种的SSR指纹图谱

利用SSR分子标记技术,对中国不同生态棉区曾经或正在种植的主要来源于岱字棉、斯字棉、福字棉、乌干达棉的30个陆地棉主栽品种进行了DNA指纹分析。从1 803对SSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的20对核心引物。这些引物分属棉花15条染色体,共检测到116个等位基因,平均每对引物5.8个;PIC值范围为0.384~0.900,平均为0.716;MI值范围为1.152~9.000,平均为4.374。30个品种中有4个品种具有各自的特异引物,可将其与其它26个品种区分开,其它26个品种可利用至少2对引物组合进行区分。为更方便、准确地鉴定各品种,构建了30个品种20对核心引物的十进制数字指纹代码。该研究为陆地棉的品种鉴定和纯度检测、新品种权益保护以及标准DNA指纹库构建提供了重要依据。     

DNA Fingerprinting of Chinese Melon Provides Evidentiary Support of Seed Quality Appraisal

Melon, Cucumis melo L. is an important vegetable crop worldwide. At present, there are phenomena of homonyms and synonyms present in the melon seed markets of China, which could cause variety authenticity issues influencing the process of melon breeding, production, marketing and other aspects. Molecular markers, especially microsatellites or simple sequence repeats (SSRs) are playing increasingly important roles for cultivar identification. The aim of this study was to construct a DNA fingerprinting database of major melon cultivars, which could provide a possibility for the establishment of a technical standard system for purity and authenticity identification of melon seeds. In this study, to develop the core set SSR markers, 470 polymorphic SSRs were selected as the candidate markers from 1219 SSRs using 20 representative melon varieties (lines). Eighteen SSR markers, evenly distributed across the genome and with the highest contents of polymorphism information (PIC) were identified as the core marker set for melon DNA fingerprinting analysis. Fingerprint codes for 471 melon varieties (lines) were established. There were 51 materials which were classified into17 groups based on sharing the same fingerprint code, while field traits survey results showed that these plants in the same group were synonyms because of the same or similar field characters. Furthermore, DNA fingerprinting quick response (QR) codes of 471 melon varieties (lines) were constructed. Due to its fast readability and large storage capacity, QR coding melon DNA fingerprinting is in favor of read convenience and commercial applications.     

莲品种DNA指纹图谱的构建

为了克服单纯依据形态特性鉴定品种的局限性, 我们开展了莲品种DNA指纹图谱构建研究, 旨在对其品种的快速准确鉴定及专利权保护等起一定作用。本研究以圆明园保存的72个莲品种为实验材料, 用来自不同地点的1,409份野生莲(Nelumbo nucifera)和58份美洲黄莲(N. lutea)群体样本作遗传背景参照。从104对核微卫星引物(nSSR)中筛选出15对, 从17对叶绿体微卫星(cpSSR)引物中筛选出2对, 共17对引物作为72个莲品种DNA指纹鉴定的条码。15对nSSR引物共检测到94个等位基因(平均6.27个), 其中11个属于美洲黄莲, 65个属于野生莲, 18个不能区分; 多态信息含量(PIC)介于0.3899-0.8023之间 (平均0.5748)。2对cpSSR引物共检测到13个单倍型, 其中9个属于野生莲, 4个属于美洲黄莲。全部17对引物标记结果显示, 共有19个品种含有美洲黄莲遗传组分, 其中8个母系来源于美洲黄莲; 有36个品种(涉及12对引物)具有至少1个特有基因型; 最少8对引物组合可完全区分开68个品种。有2组共4个品种组内全部17对引物均不能区分。本研究通过核心引物组合法使68个莲品种获得特异性DNA指纹。推荐13对nSSR和2对cpSSR共15对引物作为莲品种鉴定的核心条码, 并建议将形态特征与DNA指纹相结合作为莲品种的鉴定标准。     

西瓜DUS测试标准品种SSR指纹图谱构建及应用

本研究采用代表最大限度西瓜遗传多样性的SSR核心引物组合,分析了西瓜DUS测试指南中的24份标准品种遗传多样性与核酸指纹。以基于重测序获得的SNP标记构建的17份西瓜材料的系统发育树为参照,对24份标准品种进行了遗传多样性分析,在遗传相似系数0.80处将24份标准品种分为3大类群,分析表明：核酸指纹分类比传统形态学分类更为准确。采用二维（QR）编码构建了西瓜24份标准品种的SSR指纹图谱,并利用本技术以保护品种“京欣2号”与对照品种“京欣1号”为例,进行了DUS分子鉴定测试,共扩增32个SSR位点,“京欣1号”和“京欣2号”之间存在4个位点的差异,品种间遗传相似系数为0.89,比形态学鉴定的差异位点更多且更准。本研究建立的西瓜DUS标准品种SSR指纹图谱与分子检测技术,可以应用到西瓜品种DUS分子检测实践,同时也为西瓜品种纯度与真实性鉴定及遗传背景分析提供了技术方案。