三种小型猪线粒体DNA控制区的比较研究

目的分析五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪线粒体DNA控制区碱基序列,比较研究不同猪种的遗传标志。方法应用PCR技术分别对这三种小型猪的血液总DNA样品中线粒体DNA D-loop区进行扩增,测序比对。结果猪的线粒体DNA D-loop区分三个区域。I区（靠近5’端区域）704bp,五指山小型猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点中归纳出3个单倍体,而巴马小型猪在此区有9个变异位点,通过9个变异位点归纳出4个单倍体,贵州香猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点归纳出3个单倍体。Ⅱ区（串联重复序列区）,五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪序列相同。Ⅲ区（靠近3’端区域）三种小型猪的序列几乎相同。结论五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪三种小型猪之间线粒体DNA碱基序列变异位点较少,五指山小型猪和巴马小型猪亲缘关系较近。     

西藏小型猪的线粒体DNA控制区分析

目的研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪的亲缘关系。方法扩增102头西藏小型猪以及16头巴马小型猪、17头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪进行比较。结果西藏小型猪线粒体DNAD-loop区分三个区域。串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29个10 bp的重复片段,分为A、B两种类型。D-loop 3′端340 bp,与国内其他猪的序列相同比较保守;5′端704 bp,共有22个变异位点。由22个变异位点中归纳出25个单倍型,其中有两种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%。根据三个转换位点：305、500、691,将西藏小型猪分成了两组,几乎与串联重复序列所分的A、B两组类型相对应。与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4种和2种单倍型,串联重复区也只有一个类型。结论西藏小型猪可能有两个母系祖先并且与我国西南地区的品种猪有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5′端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。     

西藏小型猪细胞色素b基因序列的比较

目的对西藏小型猪Cyt b-基因序列进行分析,研究其遗传背景及其与国内家猪的亲缘关系。方法提取西藏小型猪和巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪的全基因组DNA,设计引物扩增Cyt b基因,测序后进行碱基序列比对,建立亲缘关系树,分析西藏小型猪的遗传背景。结果西藏小型猪等国内部分品种猪的Cyt b基因序列与欧洲猪相比有14个变异位点;但是西藏小型猪与国内品种猪相比存在两个特殊碱基位点即在420位点T→C转换的同时在883位点存在G→A转换。结论西藏小型猪与巴马小型猪、贵州香猪、五指山猪等国内家猪有很近的亲缘关系。同时进一步证实西藏小型猪群体内存在一定的遗传分化。     

西藏小型猪线粒体D-loop区及微卫星多态性的遗传学分析

目的通过分析西藏小型猪线粒体控制区(D-loop区)及微卫星位点的遗传多态性,检测西藏小型猪的遗传背景,从而为其作为实验动物提供分子生物学方面的可靠依据。方法利用特异性引物对西藏小型猪的线粒体D-loop区及10个具有多态性的微卫星位点进行扩增,割胶纯化并对线粒体D-loop区进行测序,另外采用聚丙烯酰胺凝胶电泳的方法分离微卫星位点的等位基因。结果西藏小型猪线粒体D-loop区全序列没有多态性,微卫星位点则具有高度的遗传多态性和杂合度,分别为0.584和0.573。结论西藏小型猪线粒体基因组无多态性,证明其在母系进化和遗传上与其他猪种较为一致,本实验所用的西藏小型猪生长于一个封闭的环境,导致其微卫星位点遗传多态性的中低度水平。     

近交系小型猪线粒体基因组分析和家猪系统进化关系分析

广西巴马小型猪是长期近交培育而成的实验小型猪,遗传稳定.本研究拟通过线粒体基因组(mitochondrial DNA,mtDNA)分析来了解近交系的遗传背景,并从mtDNA角度进一步认识中国本土猪种的系统进化关系.实验设计29对特异性引物,PCR扩增和产物测序,拼接出广西巴马小型猪近交系7个世代猪的mtDNA序列;用42个品种猪的mtDNA D-loop区和基因编码区序列分布构建系统进化树.结果表明,广西巴马小型猪的mtDNA大小为16 761 bp,碱基组成、基因结构与其他猪种相似;近交系7个世代个体mtDNA发现有46个碱基差异位点,变异率为0.28％,mtDNA序列同源性在99.9％以上,表明该近交系母源单一;基于mtDNA序列构建的系统进化树不能清晰地区分地方品种猪之间的遗传关系.研究结果进一步表明广西巴马小型猪近交系的遗传背景单一,中国本土品种猪的母系关系复杂.     

中国三种实验用小型猪mtDNA D-l00P多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA(mtDNA)D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种品系猪的鉴别提供依据.应用PCR对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪血液总DNA样品中mtDNA D-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态.PCR扩增其mtDNA D-lcop 5′端227 bp高变区域,应用PCR-SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态.结果显示:3种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态;与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态.本研究认为:3种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其在母系起源和进化上的一致性,亲源关系很近,应用PCR-RFLP、PCR-SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为3种实验用小型猪品种品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异.     

中国三种实验用小型猪mtDNA D—loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA)D-loop的多态性,建立各品种系猪的遗传标记,为各品种品系猪的鉴别提供依据,应用PCR对西双版纳近交系小耳猪,广西巴马小型猪,贵州小型香猪和长白猪血液总DNA样品中mtDNA D-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态,PCR扩增其mtDNA D－loop5‘端227bp高变区域,应用PCR－SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态结果显示,3种小型猪之间未见酶切长度多态,单链构象多态和序列多态,与长白猪之间表现出单链的构象多态和序列多态,本研究认为：3种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其在母系起源和进化上的一致性,亲源关系很近,应用PCR－PFLP,PCR－SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为3种实验用小型猪品种品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。     

贵州小型香猪和广西巴马小型猪微卫星位点的遗传学分析

利用35个微卫星位点对贵州小型香猪,广西巴马小型猪的封闭群进行了遗传检测,计算出两个小型猪品系个体样本微卫星位点的平均杂合度,多态信息含量（PIC）、有效等效基因数及品系间的遗传距离。结果表明两个品系的小型猪平均杂合度和PIC均较低,有效等效基因数与实测等位基因数较接近,也表明两品系均有稳定的遗传;两者的遗传距离表明贵州小型香猪和广西巴马小型猪亲缘关系较近,同时表明两者已分别成为两个猛增的封闭群动物。     

小型猪葡萄糖转运子4外显子4a的基因多态性分析

目的分析我国特有的3个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪葡萄糖转运子4基因外显子4a的单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以3个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果在小型猪GLUT-4基因外显子4a上有2个SNP位点：SNP1：GCT→GCC（Ala133 Ala）,3个品系均发生了变化,均为纯合突变,其突变率为（22/22,100%）。SNP2：GGC→GGT（Gly146 Gly）,巴马小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;五指山小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;中国农大小型猪突变率为（10/10,100%）,其中包括6例纯合突变（6/10,60%）和4例杂合突变（4/10,40%）。结论SNPs1,在所有测定的小型猪品系中检出,这可能是所测小型猪的共有特征。SNPs2可能是小型猪品系之间的差异。     

巴马小型猪与贵州小型香猪遗传多样性的RAPD分析

应用经过筛选的31条引物对巴马小型猪和贵州小型香猪的基因组DNA进行RAPD扩增,分析二品系实验用小型猪的遗传多样性.两品系实验用小型猪品系内及品系间多态性位点的百分数分别为30.9%和25.7%,品系间及品系内的平均遗传距离分别为0.120、0.072和0.067.结果表明,两品系实验用小型猪品系间及品系内遗传多样性贫乏,遗传变异较小.     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素（IAPP）基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料。方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3~内含子3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1：43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪（G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%）和中国农大猪（G/A杂合突变60%,A纯合突变为20%两个品系中。SNPs2：214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪（T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%）和中国农大猪（T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%）两个品系中。结论在IAPP基因外显子3-内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同。     

三个品系小型猪正常心电图的比较

目的建立清醒状态记录小型猪心电图的方法,并对3个品系小型猪6个导联心电图进行分析比较。方法选用4月龄广西巴马猪7头、5月龄五指山小型猪6头、中国农大小型猪10头,清醒状态下吊床保定,测定Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、aVR、aVL和aVF6个导联的心电图。结果3个品系小型猪心电图的波形与人相似,心率较快,在3个品系之间差别不明显,存在偶发性窦性心率不齐。广西巴马猪、五指山小型猪和中国农大小型猪的P-R间期分别介于0．08—0．10s、0．08—0．11s和0．08—0．11s;QRS波群分别介于0．04—0．06s,0．04—0．07s和0．04～0．05s。3个品系小型猪均有清晰的S-T段,偏移小于1mm。结论本研究获得了3个品系小型猪清醒状态时的心电图基本数据,经比较,3个品系之间无明显差异。     

广西3个猪种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性及系统进化研究

本研究旨在了解广西石头猪、德保猪和隆林猪的起源、群体遗传结构和亲缘关系。通过PCR扩增和测序技术获得3个群体61个个体的线粒体D-loop序列,采用DNASP 5.0进行多态性分析,MEGA 6.0计算各品种间的遗传距离及构建系统发育树。结果显示,3个猪种mtDNA D-loop区全长1 124~1 325 bp,石头猪和德保猪的中间重复序列变异仅存在A型,隆林猪存在A型和B型;石头猪mtDNA D-loop区8个多态性位点归纳出10种单倍型,德保猪8个多态性位点归纳出5种单倍型,隆林猪11个多态性位点归纳出9种单倍型;3种猪单倍型多样度分别为0.857、0.81和0.917,核算多样度分别为0.002 29、0.002 9和0.002 83。石头猪和德保猪可能有相同的母源血统,隆林猪可能有2种母系起源;3个品种猪单倍型多样性较为丰富,但核苷酸多样性匮乏,亟需进行科学保护。     

贵州三个地方猪种的系统发育分析

采用PCR产物直接测序方法首次测定贵州3个地方猪种(白洗猪、从江香猪、黔北黑猪)共计57个个体线粒体DNA控制区的全序列,将它们与GenBank上已知的25个国内外猪种一起计算遗传距离,并构建系统发育树。结果表明,3个贵州地方猪种mtDNA D-loop区的序列长度为1 254-1 314 bp之间,贵州地方猪种遗传距离在0.002 9-0.007 2之间,白洗猪与黔北黑猪、从江香猪之间的距离最大,均为0.007 2。系统发育分析的结果支持中国家猪分别有南北两个母系起源的观点,且各地方猪种之间可能有基因交流。     

中国三种实验用小型猪线粒体DNAD-loop多态性分析

分析中国三种实验用小型猪线粒体DNA（mtDNA）D-loop的多态性,建立各品种品系猪的遗传标记,为各品种、品系猪的鉴别提供依据。应用PCR技术分别对西双版纳近交系小耳猪、广西巴马小型猪、贵州小型香猪和长白猪的血液总DNA样品中mtDNAD-loop进行扩增,用23种限制性内切酶消化,观察其酶切多态。PCR扩增其mtDNAD-loop5′端227bp高变区域,应用PCR?SSCP和PCR直接测序分析,观察其单链构象多态和序列多态。结果显示：三种小型猪之间未见酶切长度多态、单链构象多态和序列多态。与长白猪之间表现出单链构象多态和序列多态。本研究认为：三种实验用小型猪之间mtDNA多态性贫乏,证明其亲源关系很近,在母系起源和进化上有一致性,应用PCR RFLP、PCR SSCP和PCR直接测序分析,尚不能作为三种实验用小型猪品种、品系鉴定的依据,但与长白猪等欧系猪比较有一定差异。 Abstract：the present study is to analyze the polymorphism of the mtDNA D-loop in three breeds of laboratory miniature pigs in China , and to establish its cytoplasmic DNA markers to distinguish among them . The polymorphism of mtDNA D-loop and its 5′-end high variable regions were detected by PCR-RFLP , PCR-SSCP and PCR-direct sequencing on Xishuangbanna Small-ear inbred pig, Guizhou miniature Xiang pig , Guangxi Bama miniature pig and Landrace.There was no polymorphism obtained among or within three breeds of Chinese laboratory miniature pigs besides Landrace. It is concluded that the polymorphism of mtDNA D-loop within the three breeds of Chinese laboratory miniature pigs is poor , These methods cannot be used to distinguish among them , but it can be used to distinguish them from Landrace.     

实时荧光定量检测中国实验用小型猪肝脏CYP3A29 mRNA表达水平

CYP3A29是猪肝脏最重要的药物代谢关键酶。研究中国实验用小型猪肝脏CYP3A29 mRNA的表达特性对于评估其是否适宜于作为人CYP3A4介导的药理学研究动物模型具有一定意义。以b-actin作校正, 利用TaqMan定量技术对巴马香猪、贵州小型香猪肝脏CYP3A29 mRNA表达水平进行检测, 并以荣昌猪作为对照。结果表明, 巴马香猪、贵州小型香猪、荣昌猪肝脏CYP3A29 mRNA表达水平与报道的人肝脏CYP3A4相近; 三品系(种)猪间肝脏CYP3A29 mRNA表达水平较为接近, 但品系(种)内个体间变异较大。提示巴马香猪、贵州小型香猪作为药物评价的实验动物具有一定可行性。     

西藏小型猪线粒体DNA控制区变异类型及其血液指标比较研究

目的分析实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区碱基序列变异分化类型,比较血液生理生化指标的差异,为实验动物新品种的培育奠定分子遗传学基础。方法采集59头西藏小型猪血液,分别进行全基因组DNA提取、线粒体DNA控制区的扩增、测序并分类,同时进行血液生理生化指标的测定和比较研究。结果根据串联重复区重复片段的变化,西藏小型猪线粒体DNA控制区分为A、B两种类型,分别占57.6%和42.4%,几乎与5′端序列在305、500和691的3个主要转换位点的变化相对应。     

广州地区三种小型猪血液生理生化指标的比较

目的比较广州地区西藏小型猪、五指山小型猪和巴马小型猪血液生理生化指标的差异。方法全自动血液细胞和生化分析仪测定24个血液生理生化指标。结果 24个指标中,血红蛋白、白细胞、单核细胞、血细胞比容、葡萄糖指标的测定差异显著;淋巴细胞、中性粒细胞、平均红细胞容积、平均红细胞血红蛋白、血清总蛋白、血清清蛋白、血尿素氮、血肌酐指标的测定差异极显著。其中血红蛋白、血细胞比容、平均红细胞容积、平均红细胞血红蛋白、血清总蛋白、血清清蛋白、血尿素氮、血肌酐指标以西藏小型猪最高,白细胞、淋巴细胞指标以五指山小型猪最高,而中性粒细胞、单核细胞、葡萄糖指标以巴马小型猪最高。结论三种小型猪血液生理生化指标的比较,为建立小型猪生物学特性数据库提供了理论依据。     

两个品系普通级和SPF级小型猪部分血液学指标的比较

目的了解不同微生物控制程度（屏障环境和普通环境）对小型猪部分血液学和生化指标的影响。方法分别对10只SPF（无特定病原体）级五指山小型猪、10只普通级五指山小型猪和10只SPF级广西巴马小型猪1、0只普通级广西巴马小型猪测定13项血液学指标和21项血清生化指标。结果普通级小型猪红细胞数（RBC）、血球比积（HCT）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、高密度脂蛋白（HDL-C）低于SPF级小型猪,白细胞数（WBC）、天门冬氨酸转移酶（AST）高于SPF级小型猪（P〈0.05）;且部分指标在不同品种间有差别。结论普通级小型猪和SPF级小型猪部分血液学和血清生化指标等生物学特性存在显著差异。     

6个中国猪地方品种和3个瑞典猪DNA分子系统发育相关关系

线粒体DNA遗传多样性用于评价6个中国地方猪种和3个瑞典家猪系统发育关系。采用PCR和序列分析方法得到了来自9个品种140头猪的线粒体中控制区440bp和细胞色素b基因798bp核苷酸序列。系统发育分析结果表明：6个中国地方猪种起源于亚洲野猪。中国地方猪种和欧洲野猪的线粒体DNA核苷酸序列变异发生在413000－875000年以前,而亚洲紧猪的变异仅发生在7000－156000上以前,由于2000年以前或18世纪初中国猪种导入欧洲家猪,因此瑞典家猪既属于欧洲类也属于亚洲类。