小型猪葡萄糖转运子4外显子4a的基因多态性分析

目的分析我国特有的3个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪葡萄糖转运子4基因外显子4a的单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以3个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果在小型猪GLUT-4基因外显子4a上有2个SNP位点：SNP1：GCT→GCC（Ala133 Ala）,3个品系均发生了变化,均为纯合突变,其突变率为（22/22,100%）。SNP2：GGC→GGT（Gly146 Gly）,巴马小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;五指山小型猪突变率为（6/6,100%）,均为纯合突变;中国农大小型猪突变率为（10/10,100%）,其中包括6例纯合突变（6/10,60%）和4例杂合突变（4/10,40%）。结论SNPs1,在所有测定的小型猪品系中检出,这可能是所测小型猪的共有特征。SNPs2可能是小型猪品系之间的差异。     

中国农大小型猪胰淀素基因部分未知序列扩增与分析

目的扩增中国农大小型猪IAPP基因序列,分析其序列结构特点。方法提取中国农大小型猪血液基因组DNA,设计3对特异性引物进行PCR扩增,产物鉴定、测序和同源性比对分析。结果成功扩增出中国农大小型猪IAPP基因的1028bp的序列。结论经同源性比对分析显示,中国农大小型猪与人的IAPP基因的同源性为77%。     

从江香猪MC4R基因多态性及生物信息学分析

[目的]旨在对3个群体猪MC4R基因进行SNPs筛选,为从江香猪选种选育提供一定的理论基础。[方法]以从江香猪作为研究对象,野猪×从江香猪二元杂交猪和杜×大×长外三元杂交猪作为对照,构建品种DNA池,PCR扩增MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列,采用直接测序法对3个群体的MC4R基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对MC4R基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。[结果]在3个群体中共检测出10个SNPs位点,其中,C860T、G1392A和G1577A位于第2外显子区;G1699A、T1702A、A1870C、G1875A、C2025T、G2073A和A2111T位于3’非编码区序列。C860T为同义突变,G1392A和G1577A为错义突变,分别导致了精氨酸变为组氨酸、天冬氨酸变为天冬酰胺。经分析软件预测,处于第二外显子中的3个SNPs位点对MC4R基因的mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定的影响。[结论]DNA池结合测序技术检测到MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列共10个SNPs。     

贵州地方山羊ADAMTS1基因序列多态性及生物信息学研究

本研究选择黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,分别构建DNA池,结合PCR产物直接测序法分析两品种中ADAMTS1基因外显子2~8中可能与繁殖性状相关的单核苷酸多态位点。结果表明在黔北麻羊和贵州黑山羊两个群体中共检测到ADAMTS1基因的10个SNPs位点,其中该基因第2、5、6外显子中各存在1个SNP位点,依次是C266T、T2210C、C2513A,均引起所编码氨基酸的同义突变,第3、4、6、8内含子中各存在1个SNPs位点,依次是C1073T、A1326G、G2698A、T4261A,第7内含子中同时存在3个SNPs位点,为T3401C、T3045T、T3064C,其中9个SNPs位点(C266T,C2513A,C1073T,A1326G,G2698A,T4261A,T3401C,T3045G,T3064C)为两品种所共有,T2210C仅存在黔北麻羊中。位点A1326G的A和G等位基因频率在检测的两个羊种间差异较大,通过后续的生物信息学分析显示,ADAMTS1基因外显子2的C266T和外显子6的优势突变C2513A的位点变异共同引起m RNA二级结构发生显著改变。     

贵州地方山羊ADIPOQ基因外显子1和3多态性研究

为分析山羊ADIPOQ基因的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的SNPs位点,本研究以黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,构建池DNA,采用PCR产物直接测序法对2个品种山羊该基因的外显子1和3进行单核苷酸多态性检测,估算各SNPs等位基因频率,并利用在线软件预测不同基因型的m RNA二级结构。结果显示,4对引物扩增片段均存在多态性,共发现5个单碱基突变,分别位于内含子1中的C109G,外显子3中的A730G、G1055A、A1691T和A2244G。利用生物信息学软件对外显子3中的A1691T、A2244G进行分析,结果表明2个SNPs位点均导致编码的m RNA二级结构发生改变。表明ADIPOQ基因在黔北麻羊和贵州黑山羊群体中存在较高的遗传多样性,ADIPOQ位点有望丰富两个山羊品种繁殖性状的研究内容。     

番鸭CRHBP基因多态性及生物信息学分析

为研究促肾上腺皮质激素释放激素结合蛋白(corticotropin-releasing hormone binding protein,CRHBP)作为番鸭异常行为研究候选基因的可能性。实验以半番鸭为实验材料,设计9对引物对CRHBP基因内含子和外显子序列进行扩增,其PCR产物经测序后,利用生物信息学软件分析SNPs位点突变前后CRHBP基因及其蛋白结构的变化。结果表明,在扩增的CRHBP基因中筛选出12个SNPs:Exon3-G~(5805)A、Exon3-C~(5906)T、Exon7-A~(10747)G、Intron3-A~(5984)G、Intron3-T~(6019)G、Intron3-C~(6021)T、Intron3-G~(6035)A、Intron3-G~(6036)A、Intron7-C~(10506)T、Intron7-A~(10613)G、Intron8-G~(12097)A和Intron8-G~(12118)A,其中Exon3-G~(5805)A和Exon7-A~(10747)G为同义突变;Exon3-C~(5906)T是错义突变,导致编码的缬氨酸(Val)突变为异亮氨酸(Ile);Intron3-A~(5984)G、Intron3-T~(6019)G、Intron3-C~(6021)T、Intron3-G~(6035)A、Intron3-G~(6036)A、Intron7-C~(10506)T、Intron7-A~(10613)G、Intron8-G~(12097)A和Intron8-G~(12118)A处于内含子区域,不参与氨基酸编码。     

DNA池快速筛查牛STAM1基因SNPs及估算等位基因频率

目的:旨在对不同牛种STAM1基因进行SNPs筛查,为地方牛种选种选育提供一定理论依据.方法:选取生长发育性状明显差异的务川黑牛和贵州荷斯坦奶牛2个牛种构建DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种STAM1基因第14外显子序列总长898bp.切胶回收后对PCR产物进行双向测序.结果:在牛STAM1基因中快速筛查到5个SNPs:A33C、C66G、C356T、T523A、T652C,其中A33C(Tyr→Ser)、C66G(Pro→Arg)、C356T(Glu→Lys)为错义突变,T523A为同义突变,T652C位于内含子区.贵州荷斯坦奶牛在T523A和T652C两个位点基因频率为1.0000,而务川黑牛分别为0.6730和0.8106.生物信息学分析表明:突变前后STAM1的RNA二级结构和蛋白质二级、三级结构均有明显改变.结论:DNA池结合测序技术可快速筛选SNP位点,检测到STAM1基因第14外显子5个SNPs.     

榕江香猪生长激素基因的鉴定及功能分析

生长激素是调节动物生长的主要激素.本研究应用聚合酶链式反应技术从榕江香猪的基因组文库中分离出1.903kb生长激素基因.克隆的生长激素基因由五个外显子和四个内含子组成.榕江香猪生长激素基因的碱基序列与已知四个国外猪种和9个中国地方猪种之间的同源性为97%～99%,其间的差异主要集中在内含子2和4.通过限制性内切酶（DdeI,NarI,BsmNI）分析,鉴定出榕江香猪生长激素基因的五个多态性位点,分别位于5＇-侧翼区274（T/C）位点,外显子2的622（G/A）和631（G/A）位点,内含子2中的841（T/C）以及外显子4中的1 358（A/G）位点.同时,1 358（A/G）位的碱基改变导致榕江香猪生长激素成熟肽第108位异亮氨酸替换,三维结构分析表明,异亮氨酸的存在可能导致生长激素与受体间亲合力降低.     

牙鲆MyoD基因单核苷酸多态性位点的筛选

运用PCR-SSCP技术研究100尾牙鲆(Paralichthys olivaceus)MyoD基因的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs), 并将筛选到的突变位点与牙鲆生长性状进行相关性分析。结果表明, 在外显子1和内含子1上存在3个SNPs, 在外显子1 (MyoD2)基因座发现3种基因型AA、AB和BB, G863A突变, 属于同义突变。在内含子MyoD4基因座检测到DD、FF、CD、CE、DE和DF型个体。利用最小二乘法研究MyoD基因多态性位点对牙鲆生长性状的影响。结果表明, 外显子1的SNPs对生长性状无显著影响(P0.05)。内含子1的SNPs对牙鲆的生长性状影响均显著(P0.05)。研究结果为SNPs位点与牙鲆生长性能关联分析奠定了基础。       

HLA-B*2736等位基因的序列分析

使用FLOW-SSO、PCR-SSP以及测序等分型技术, 发现一个与HLA-B*270401基因相关的未知基因。设计基因特异性引物单独扩增B*27基因的外显子2-5, 包括内含子2-4, 并进行双向测序, 分析与B*270401基因序列的差异。该基因的扩增产物为1 815 bp。与B*270401相比在外显子3和4共有10个碱基的改变, 从而使相应氨基酸发生错义或同义突变。碱基634 A→C (密码子130丝氨酸→精氨酸); 670 A→T (密码子142苏氨酸→丝氨酸); 683 G→T (密码子146色氨酸→亮氨酸); 698 A→T (密码子151谷氨酸→缬氨酸); 774 G→C (密码子176谷氨酸→天冬氨酸); 776 C→A (密码子177苏氨酸→赖氨酸); 781 C→G (密码子179谷氨酰胺→谷氨酸); 789 G→T (密码子181丙氨酸同义突变); 1 438 C→T (密码子206甘氨酸同义突变); 1 449 G→C (密码子210甘氨酸→丙氨酸)。在IMGT/HLA数据库中B*27组只有3个基因（B*270502 / 2706 / 2732）提交了内含子序列。该未知基因的内含子2序列与B*2706相同, 显示了与B*27组基因的同源性, 但其同源性在内含子3、4均未得到支持, 与B*27组基因相比, 内含子3的第106个碱基C→G, 碱基168缺失, 碱基179 G→A, 碱基536 G→A; 内含子4中碱基82 T→C。但其内含子3、4序列却与B*070201完全相同。该基因序列已提交GenBank, 编号为被DQ915176, 被WHO确认为HLA-B*2736等位基因。     

两个品系普通级和SPF级小型猪部分血液学指标的比较

目的了解不同微生物控制程度（屏障环境和普通环境）对小型猪部分血液学和生化指标的影响。方法分别对10只SPF（无特定病原体）级五指山小型猪、10只普通级五指山小型猪和10只SPF级广西巴马小型猪1、0只普通级广西巴马小型猪测定13项血液学指标和21项血清生化指标。结果普通级小型猪红细胞数（RBC）、血球比积（HCT）、丙氨酸氨基转移酶（ALT）、高密度脂蛋白（HDL-C）低于SPF级小型猪,白细胞数（WBC）、天门冬氨酸转移酶（AST）高于SPF级小型猪（P〈0.05）;且部分指标在不同品种间有差别。结论普通级小型猪和SPF级小型猪部分血液学和血清生化指标等生物学特性存在显著差异。     

SNP detection and haplotype analysis in partial sequence of MSTN gene in sheep

Polymerase chain reaction (PCR) products of the MSTN gene amplified from sixty sheep of nine Chinese indigenous sheep breeds and one imported sheep breed were sequenced to identify the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in a 378-bp fragment including intron 2 and exon 3 of the MSTN gene. A total of fifteen SNPs (A1937C, T1942G, C1956T, A1972C, A1990G, A2008C, A2011G, C2019T, A2025C, A2027C, T2085G, T2173C, C2198T, C2210T and C2213T) were detected among the sixty sequenced individuals and they were all located in intron 2. Twelve haplotypes were identified from these fifteen SNPs, of which haplotype I (CGTCGCGTCCGCTTT) and VIII (ATCAAAACAATTCCC) were the two major and basic ones with frequencies of 12.25% and 77.80%, respectively. Haplotype VIII was distributed in all sheep breeds and all individuals of the meat or meat-wool type sheep breeds were homozygous with respect to this haplotype. This suggests that haplotype VIII might be related to meat production traits in sheep. Haplotype I was only distributed in the fur, lambskin type and fur-meat type sheep breeds. This suggests that haplotype I may have some relationship with fur traits in sheep.     

Identification and Validation of Single Nucleotide Polymorphisms in Poplar Using Publicly Expressed Sequence Tags

By using assembled expressed sequence tags （ESTs） from 14 different eDNA libraries that contain 84 132 sequences reads, 556 Populus candidate single nucleotide polymorphisms （SNPs） were identified. Because traces were not available from dbEST （http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html）, stringent filters were used to identify reliable candidate SNPs. Sequences analysis indicated that the main types of substitutions among candidate SNPs were A/G and T/C transitions, which accounted for 22.0% and 30.8%, respectively. One hundred and ten candidate SNPs were tested. As a result, 38 candidate SNPs were confirmed by directed sequencing of PCR products amplified from six different individuals. Thirteen new SNPs in intron regions were found and multiple SNPs were found to be located in both intron and exon regions of four contigs. Heterozygosis was found in all 47 candidate sites and five SNP sites were heterozygous in all six samples. This is the first report of SNP identification in a tree species which reveals that assembled ESTs from multiple libraries of the public database may provide a rich source of comparative sequences for an SNP search in the poplar genome.     

小鼠SNP与Car2、Gpi1基因多态性的关联性

目的研究单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与小鼠生化标记基因Car2、Gpi1多态性间的关联性。方法从DNA、cDNA和蛋白多肽3个方面分析研究Car2与Gpi1基因的多态性。结果 Car2基因DNA和cDNA中有3个SNP与Car2a/b多态性相关,分别为外显子2中的C(T)、G(C)和外显子7中的A(G);蛋白多肽中发现第38位Gln/His与Car2a/b多态性相关,对应于外显子2中的G(C)。Gpi1基因DNA中没有发现与Gpi1a/b多态性相关的SNP;cDNA水平有2个SNP与Gpi1a/b多态性相关,分别为外显子9中的T(C)和18中的A(G);蛋白多肽中发现第247位Phe/Leu与Gpi1a/b多态性相关,对应于外显子9中的T(C)。结论 Gln/His(38)、Phe/Leu(247)间的转换可能分别是近交系小鼠形成Car2a/b,Gpi1a/b多态性的原因。     

PCR—DGGE法研究葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症基因突变

目的：应用PCR-DGGE法和DNA测序分析云南籍G6PD缺乏症患者基因突变类型和特点、方法应用硝基四氮唑蓝（NBT）纸片法进行G6PD缺乏症定性筛查,G6PD／6PGD比值法验证,应用PCR—DGGE法和DNA测序分析46例云南籍G6PD缺乏症患者基因突变类型和特点。结果：46例云南籍G6PD缺乏症样本中有30例经PCR—DGGE法分析G6PDexon12发现有异常电泳条带,DNA测序证实26例（56、52％）为nt-1388G→A,4例（8.7％）nt-1376G→T．而PCR—DGGE法分析G6PDexon2未发现有异常电泳条带的样本出现。结论：（1）nt-1388G→A（56．52％）、nt-1376G→T（8．7％）是云南省主要的基因突变型也是中国人中最常见的两种突变型,揭示中华民族有着共同的起源;（2）所检样本中未发现nt95A→G。（3）应用PCR—DGGE法结合DNA测序检测G6PD缺乏症患者的基因型,阳性检出率高,方法简便、快捷、灵敏、结果准确可靠。     

β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性与新疆哈萨克族原发性高血压关系的研究

目的：检测β2-肾上腺素能受体（β2-AR）基因5’-调控区部分序列单核苷酸多态性（SNPs）,并探讨这些SNPs与新疆哈萨克族原发性高血压的关系。方法：应用MALDI-TOFMS方法测定β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性确定SNP类型,并进行基因分型。结果：β2-AR基因5’-调控区-654位与-1429位单核苷酸多态性分别为-654位G→A、-1429位T→A碱基变异。2种SNPs基因型频率在正常人群分布符合Hardy-Weinberg平衡。其中-654位SNPs基因型GG、GA、AA频率在正常血压和高血压人群间的分布没有显著性差异（x2=1.26,df=2,P〉0.05）,位于-1429bp处SNPs基因型在2组人群中分布差异无显著性（x^2=1.85,df=2,P〉0.05）。结论：β2-AR基因-654位与-1429位SNPs可能仅为基因多态性标志。     

一种单核苷酸多态性的单倍型分析技术

运用多步PCR和测序技术,完成基因组中相距较远的单核苷酸多态位点的单倍型构建。通过设计2条等位基因特异性引物,扩增大片段DNA(10kb左右),以此大片段DNA作为下一轮PCR反应的模板,再在该片段中设计待检测区域的PCR引物,进行第2轮PCR。对PCR产物进行测序分析,确定其多态位点处的等位基因。结合第1轮PCR中的等位基因特异性引物,即可确定该大片段DNA中不同单核苷酸多态性构成的单倍型。以脂蛋白脂酶基因为例,应用其启动子区以及第4外显子区的等位基因特异性引物扩增约16kb的DNA片段,然后检测位于该片段中第2、3外显子的多态性。在￡-尸￡-基因第2内含子中发现了 13557G→A多态性。经分析确定出-421G／ 13557G／ 15222A、-421A／ 13557G／ 15222A、-421G／ 13557G／ 15222G、-421G／ 13557A／ 15222A等4种单倍型。等位基因特异性PCR结合小片段测序是一种快捷高效的对相距较远的多个SNP进行单倍型构建的新策略。