中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

基于SSR标记的新疆野杏群体遗传多样性及遗传结构

利用27对SSR分子标记对新疆4个野杏群体遗传多样性和遗传结构进行分析,评价新疆野杏遗传多样性水平和分化程度,为新疆野杏合理保护与利用提供科学依据。结果显示：（1）27对SSR引物共检测到431个等位基因（N_a）,各位点平均等位基因数（N_a）和多态性信息含量（PIC）分别为15.96和0.84;物种水平上Shannons信息指数（I）和期望杂合度（H_e）分别为2.21和0.78。（2）群体水平上等位基因数（N_a）、有效等位基因（N_e）、Shannons信息指数（I）、期望杂合度（H_e）和观察杂合度（H_o）分别为10.98、5.85、1.92、0.79和0.55;其中新源县野杏群体遗传多样性最丰富,巩留县群体遗传多样性最低。（3）基于F统计量分析的遗传分化系数（F_st）为0.05,基因流（N_m）为5.26;分子方差分析显示新疆野杏群体大部分遗传变异来自群体内（95.4%）,群体间的遗传变异仅占4.6%。（4）新疆野杏群体遗传距离为0.06~0.49,平均为0.24;遗传相似度为0.61~0.94,平均为0.80;遗传相似度的聚类分析和遗传距离的主坐标分析结果一致,均将供试4个群体划分为两组;Mantel检测显示,新疆野杏群体遗传距离与地理距离无显著相关（r=0.332,P＝0.16）。研究表明,新疆野杏资源具有丰富的遗传多样性,群体遗传分化程度较低,群体间遗传距离较小,这与新疆野杏群体的大小和悠久的演化历史以及群体间频繁的基因交流相关。     

小毛茛居群的遗传分化及其与空间隔离的相关性

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对分布于华中地区的11个小毛茛（Ranunculus ternatus）居群的遗传分化进行了检测。对8个酶系统17个酶位点上的分析结果表明,该种各居群 的各项遗传多样性指标处于一个相对较低的水平：多态位点比率（P）为0～53.0%,平均每位点等位基因数（A）为1～1.647,平均预期杂合度（H_e）和观察杂合度（H_o）分别为0～0.108和0～0.102。居群间遗传一致度甚高（I＝0.9754～0.9991）。根据Nei′s遗传距离所作出的聚类分析表明,豫南信阳地区3个居群与湖北省武汉地区8 个居群之间关系较远。而在武汉地区,长江以北的居群及长江以南的部分居群分别相聚在一 起。用GPS定位方法得到居群间空间距离并据此聚类,结果显示了该种的遗传分化与地理因 素 的相关性,并推测出长江的隔离作用加强了两岸居群间的遗传分化。同时发现一个生于独特 生境的居群在表型和遗传结构上都已与其他邻近居群有了很大分异,由于该居群在所检测的 酶位点上均无特有等位基因出现,作者认为不宜将其作为新种或新变种处理。     

濒危物种巴东木莲的等位酶遗传多样性及其保护策略

为了确定中国特有濒危植物巴东木莲(Manglietia patungensis)的就地保护优先单元和制定迁地保护的取样策略,采用超薄平板聚丙烯酰胺等电聚焦电泳技术对巴东木莲的7个野生居群的等位酶遗传多样性及遗传结构进行了分析。通过对8个酶系统19个酶位点的分析结果来看,巴东木莲具有较高的遗传多样性和一定程度的遗传分化。每位点平均等位基因数（A）为1.57,多态位点百分率（P）为48.1%,平均预期杂合度（H_e）为0.192。巴东木莲居群间的遗传分化系数（G_ST）为0.165,说明其16.5％的遗传变异存在于居群间;基于遗传分化系数计算的基因流（N_m）为1.27,说明居群间存在适度的基因流;固定指数(F)为-0.191,显示巴东木莲居群杂合体轻微过量,纯合体略显不足。本研究表明,目前巴东木莲仍具有较高的遗传多样性并且在其适宜生境中可以完成自然更新,因此应采取以就地保护为主的综合保育策略。     

山东省地方绵羊品种微卫星遗传多态性

利用24个微卫星标记,分析了山东省内原有地方绵羊品种的遗传多样性.结果表明,在来自4个品种共71个种群的164只绵羊中,共检测到等位基因467个,有效等位基因占49.59％,不同微卫星基因座之间的等位基因数差异大于品种之间的差异;发现特有等位基因123个,优势等位基因43个.在所有微卫星基因座中,89％处于Hardy-Weinberg不平衡状态,有50％属于中性基因座.不同品种的微卫星基因座多态信息含量呈高度多态（PIC＞0.5）,Shannon指数较高（I＞1.5）,平均观察杂合度（范围0.454～0.560）明显低于期望杂合度（范围0.831～0.849）,证明4个地方绵羊种群具有丰富的遗传多样性和广泛的遗传基础,但品种内存在着一定程度的近交.聚类分析表明,山东地方绵羊品种遗传进化关系明确,可划分为鲁西地区的小尾寒羊和大尾寒羊、鲁东地区的山地绵羊和洼地绵羊两大类群,其遗传距离与地理分布距离相一致.     

基于微卫星标记的5个尼罗罗非鱼品系的遗传多样性分析

为了对生产上应用的5个尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)品系的遗传背景进行本底调查,以期为育种工作提供基础数据, 本文用19对微卫星引物对5个尼罗罗非鱼品系(苏丹品系、台湾品系、吉富品系、超雄品系Ⅰ和超雄品系Ⅱ)进行了遗传多样性分析,计算并统计了等位基因数、多态信息含量( PIC)、杂合度、遗传相似性系数、遗传距离等参数。结果表明19个微卫星位点在5个罗非鱼品系中共检测到113个等位基因,平均期望杂合度在0.578–0.692之间,平均多态信息含量在0.473–0.628之间。5个尼罗罗非鱼品系有较丰富的遗传多样性,而超雄品系Ⅰ的遗传多样性相对较为贫乏。     

8个栽培水杉居群遗传多样性的等位酶分析

水杉(Metasequoia glyptostroboides)是我国特有的活化石植物,有50多年的栽培历史。栽培水杉在多大程度上涵盖了野生水杉的遗传多样性,是评价水杉保育策略成功与否的关键所在。为了评估水杉栽培居群的遗传变异水平,作者采用超薄平板微型聚丙烯酰胺等电聚焦电泳方法对水杉的8个人工栽培居群的等位酶变异和遗传多样性进行了研究。对9个酶系统23个酶位点的检测结果表明: 有8个酶位点的等位基因频率分布差异非常显著, 在2个居群中存在稀有等位基因;平均等位基因数Ａ=1.375,多态位点百分率PPL=33.15,平均预期杂合度H_e=0.161。与孑遗居群相比,　栽培水杉的遗传变异水平偏低,表明栽培居群的遗传多样性不能完全涵盖孑遗居群。将采于潜江的9个丛枝水杉（Metasequoia glyptostroboides var.caespitosa）样品与分别采自潜江、武汉和上海的各9个水杉样品的等位酶资料进行了UPGMA单株聚类分析,并将丛枝水杉作为一个居群与其他8个水杉居群作UPGMA聚类分析,其结果不支持将丛枝水杉作为水杉的一个变种的分类处理。     

丹参线粒体和叶绿体微卫星标记开发及多样性分析

该研究通过生物信息学方法,对丹参线粒体、叶绿体基因组序列进行SSR位点搜索,利用Primer3.0软件在线设计SSR引物,通过PCR扩增,筛选出扩增效果好、多态性高的10对cpSSR引物和13对mtSSR引物,用于分析61份丹参品种的遗传多样性和鼠尾草属植物种间的通用性。结果显示：（1）从2条基因组序列中搜索到32个cpSSR位点和24个mtSSR位点,其中叶绿体单核苷酸的重复序列最多为31个,占96.9%,重复类型中以A/T形式的微卫星最为丰富。（2）23对SSR引物共检测出46个等位基因,平均每个SSR位点等位基因数是2个,有效等位基因数为1.566;预期杂合度(H_e)为0.346,高于双子叶植物的平均水平（H_e=0.190）;多态信息含量（PIC）为0.278,大于0.250小于0.500;Shannons信息指数为0.519,表明所采集的丹参呈中等水平的遗传多样性。（3）聚类分析表明,61份丹参材料的遗传相似系数在0.54~0.96之间,并在遗传相似系数为0.64处将 61份丹参分为6个亚群：四川、山东和安徽省的丹参聚集在Ⅰ和Ⅱ亚群中,说明四川中江、山东和安徽地区的丹参亲缘关系较近,而来源于四川中江的丹参分布于所有亚群,表明四川中江的丹参具有丰富的多态性。（4）通用性检测结果显示,11对mtSSR引物在9种鼠尾草属中的平均通用性比率为64.63%,通用性较高;9对cpSSR引物在10种鼠尾草属中的平均通用性比率为44.66%,通用性较低;引物cp5p、cp8p和cp10p在野芝麻亚科植物属间的通用性较好。研究表明,开发的23对SSR引物在鼠尾草属内具有很好的适用性,可以为该属种间的亲缘关系和种内遗传分化研究提供分子依据。     

采用6个微卫星位点研究6个绵羊品种遗传多样性

利用6个微卫星座位对中国乌珠穆沁羊、小尾寒羊、滩羊、昭通绵羊、呼伦贝尔羊和甘肃高山细毛羊6个绵羊品种,共计280个个体进行遗传多样性分析。计算了6个绵羊品种间的多态信息含量、杂合度和遗传距离,并进行了主成分分析和UPGMA聚类。发现了101个等位基因,平均杂合度0.599-0.691,平均多态信息含量0.609-0.680;甘肃高山细毛羊与其他绵羊品种遗传分歧最大,而呼伦贝尔羊与乌珠穆沁羊间的分歧最小。结果表明6个绵羊品种均具有较高的遗传多样性,品种间的遗传关系与其形成历史、分化及地理分布基本一致。     

山羊群体遗传多样性的微卫星分析

为了保护和合理利用我国地方山羊品种遗传资源提供理论基础,本研究利用国际农粮组织和国际家畜研究所推荐的10对微卫星引物,结合荧光标记PCR,检测了中国9个地方山羊品种和1个引进山羊品种的遗传多样性。所研究的10个品种中7个呈现出高度多态,3个呈现出中度多态。并共检测到119个等位基因,有效等位基因数在1.4641~9.2911之间,座位平均杂合度在0.2618~0.7672之间,品种平均杂合度在0.5196~0.7024之间,其中SRCRSP23位点和河西绒山羊(HXR)平均杂合度最高。聚类关系(NJ和UPGMA)和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致。     

菲律宾蛤仔EST-SSRs标记开发及不同地理群体遗传多样性

利用13对微卫星引物对大连、莆田、青岛3个地理群体蛤仔遗传多样性进行了检测。结果表明:13个基因座共检测到154个等位基因,每个座位检测到的等位基因数在2-7个之间,平均有效等位基因数为2.7657;3个群体平均观测杂合度分别为0.4387、0.4194、0.2383,平均期望杂合度分别为0.6488、0.6484、0.5526;群体间的遗传多样性差异不显著(P＞0.05)。NJ聚类结果显示大连和莆田群体的蛤仔亲缘关系较近,二者与青岛群体关系较远。3个群体均有不同程度的偏离Hardy-Weinberg平衡现象,表明各群体基因频率和基因型频率的稳定性相对较低。本研究所获得的微卫星标记的多态信息含量(PIC)>0.5,说明这些微卫星位点的多样性较高,可为下一步遗传图谱构建研究提供参考。     

云南48种木兰科野生植物资源遗传多样性研究

为了解云南省木兰科（Magnoliaceae）野生植物资源的遗传多样性,利用ISSR分子标记技术对48种木兰科野生植物资源进行研究。结果表明,10对引物共扩增出151条带,均为多态性条带,多态性条带百分率为100%。总的观测等位基因数（N_a）为2.000 0,有效等位基因数（N_e）为1.564 5,Nei’s基因多样性指数（H）0.337 9,Shannon’s信息指数（I）为0.510 1。总的基因多样性指数（H_t）为0.368 0,属间基因多样性指数（D_st）为0.251 9,占68.4%,基因分化系数（G_st）为0.684 0,基因流（N_m）为0.231 0。UPGMA聚类分析将48种木兰科植物划分为7个类群,各类群并非按照属聚在一起,而是不同属植物相间分布,长喙厚朴（Magnolia rostrata）、素黄含笑（Michelia flaviflora）和球花含笑（M.sphaerantha）可能为云南省木兰科植物中的原始种。48种木兰科野生植物总体具有较高的遗传多样性,但属间遗传变异较高,基因流较小,存在遗传漂变的风险,聚类结果与刘玉壶的分类系统存在分歧,这从分子水平为木兰科植物间的起源、进化与分类提供了重要依据。     

跨种扩增筛选大鳄龟微卫星标记及遗传多样性分析

跨种扩增是一种能够快速、有效地获得物种微卫星标记的方法。本研究利用在近缘种中已发表的微卫星DNA引物,对大鳄龟（Macroclemys temminckii）进行跨种PCR扩增,在合成的69对引物中获得8对具有多态性的微卫星位点。对PCR扩增产物进行统计,得出观测杂合度（H_o）的范围是0.041 7~0.954 5,平均为0.384 8;期望杂合度（H_E）的范围为0.041 7~0.811 8,平均为0.479 1;多态信息含量范围为0.040 0~0.759 2,平均为0.423 2;经过卡方检验后,部分微卫星位点符合哈迪-温伯格平衡。总体来说,这些位点是研究大鳄龟遗传结构的良好分子标记。     

河南地方山羊品种的遗传多样性

采用18个微卫星位点对河南省5个地方山羊品种（牛腿山羊、槐山羊、河南奶山羊、太行黑山羊和伏牛白山羊）的遗传多样性进行了评价.结果表明：18个微卫星位点在5个山羊品种均为高度多态;5个山羊品种的多态信息含量、群体杂合度、有效等位基因数值较高,说明其遗传多样性和各品种内的遗传变异比较丰富;聚类分析显示,牛腿山羊与太行黑山羊的关系较近,与河南奶山羊的关系较远.群体遗传分化系数和群体遗传距离表明,河南省地方山羊的变异主要存在于品种内,品种间的变异相对较小.结合5个山羊品种的实际生态地理分布,提出了避免近交,并有选择地进行品种间杂交的保种模式.     

籽用西瓜种质资源SSR分析及初级核心种质库构建

采用SSR分子标记技术对50份不同来源的籽用西瓜材料进行遗传多样性研究,并基于SSR分子标记聚类分析采用最小距离逐步抽样法构建籽瓜初级核心种质库。研究表明：（1）从106对SSR随机引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高的31对引物,共得到138条清晰可辨条带,其中多态性条带115条,占83.33%,平均Shannon’s信息指数(I）为0.419 3,平均Nei’s多样指数(h）为0.272 4,平均有效等位基因数(N_e）为1.458 0,平均等位基因数(N_a）为1.981 4,说明50份籽瓜种质具有丰富的遗传多样性。（2）用NTsys2.10e软件对种质资源聚类分析表明,种质间的遗传相似系数介于0.57~0.91之间,其中来源地相同的个别种质间遗传相似系数却很小,而来源地不同的个别种质间的遗传相似系数却很高。（3）采用最小距离逐步抽样法,按70%、60%、50%、40%、30%、20%、10%的比例抽样后,各个核心子集遗传多样性指数总体上变化不明显,但各抽样比例相比,以抽样比例20%获得10份初选种质的 N_e、 h和 I达到最高值,说明抽样20%构建的初级核心种质对原始种质具有很好的代表性。     

野生罗汉果遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记方法对采自广西和广东的7个罗汉果（Siraitia grosvenorii）野生居群共130个个体进行了遗传多样性分析。15个ISSR引物共扩增到了111个位点,其中91个是多态性位点,占82.0%。Nei′s基因多样性指数(H_e)为 0.248,Shannon 信息多样性指数（I） 为0.354。罗汉果不同居群的遗传多样性水平差异较大,居群多态位点百分率在 28.2%－55.6%之间,Nei′s基因多样性指数为0.080－0.209,Shannon 信息多样性指数为0.123－0.310。永福居群（YF）和金秀居群（JX）的遗传多样性水平较高,其周边居群的遗传多样性水平逐渐降低,居群间产生了较大的遗传分化（G_st = 0.569）。居群间的遗传距离与地理距离相关性不明显（r =0.369,P = 0.115）。UPGMA聚类图中,7个居群的个体按居群各自聚在一起。     

菲律宾蛤仔大连群体不同世代的遗传多样性

采用12对有效微卫星引物对大连群体菲律宾蛤仔连续4个选育世代(F₁、F₂、F₃、F₄)的144个个体进行了遗传多样性分析。结果表明:共获121个等位基因,每个位点的等位基因数在2-6个不等,其大小在101-273 bp之间;各个世代平均等位基因数在3.75-4.58,平均观测杂合度在0.3391-0.3860之间。从F-检验结果上看,所有世代内有2个位点遗传分化较弱,8个位点遗传分化中等,2个位点遗传分化较大;配对比较F_st值(0.05-0.15)表明4个世代群体间遗传分化程度中等。F_is值表明有2个世代位点杂合度处于过剩状态;但对连续4个世代而言,每个世代均表现出一定程度的杂合子缺失。随着世代连续选育的进行,Nei氏遗传相似性逐渐减小(0.8203-0.8107-0.8031);遗传距离逐渐增大(0.1918-0.2099-0.2129);不同世代群体间遗传相似性系数为0.7873-0.8685,遗传距离为0.141-0.2391。4个世代平均PIC值为0.5055,表明选育后代遗传多样性较好,还有较大的选育潜力,可以继续进行上选。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

白花泡桐种源的遗传多样性和遗传分化研究

利用ISSR技术对白花泡桐38个种源的遗传多样性和遗传分化进行分析。结果显示：（1）从100个ISSR引物中筛选出9个能扩增出清晰带型并具多态性的引物,共扩增出95个条带,其中88条具多态性,多态位点比率为92.63%。（2）在物种水平上,有效等位基因数（N_e）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）的平均值分别为1.391 0、0.242 4、0.376 5;种源的多态位点比率在32.63%（江西抚州）~56.84%（广西梧州和江西九江）之间,平均为47.16%;基因流（N_m）为0.912 7,种源间遗传分化系数（G_st）为0.353 9,反映出种源间遗传变异占总遗传变异的35.39%,且遗传变异主要来源于种源内的个体间。（3）遗传一致度在0.39~0.82之间,反映出白花泡桐的遗传基础较宽。UPGMA法聚类分析将38个种源分为3组,主坐标分析(PCoA)将其大致分为4组,两种聚类方法的结果有一定的差异,本文做了相关讨论。研究还表明种源间的遗传距离与地理距离相关不显著。     

中国5个地方牦牛品种遗传多样性的微卫星分析

本文以大额牛（Bos frontalis）为外群,应用16对微卫星DNA标记结合荧光-多重PCR技术,评估了5个中国地方牦牛（Bos grunniens）（帕里牦牛、斯布牦牛、西藏高山牦牛、麦洼牦牛和九龙牦牛）品种内遗传变异和品种间遗传关系。6个群体的16个微卫星座位上共检测到159个等位基因,其中有33个等位基因为5个牦牛品种所特有。6个群体的有效等位基因数（Ne）在2.2043-3.2754之间,平均杂合度（H）在0.4858-0.6153之间,平均多态信息含量（PIC）在0.4230-0.5711之间。5个牦牛品种的微卫星座位有丰富的遗传多样性;而大额牛的遗传多样性相对较贫乏。5个牦牛群体间的遗传分化系数（Gst）为0.0527,表明牦牛亚群体间遗传分化水平很低。采用邻近结合法构建聚类图和模糊聚类分析表明,5个牦牛品种分为两大类,其中斯布牦牛、西藏高山牦牛、帕里牦牛和麦洼牦牛为一大类,九龙牦牛为一类。研究结果将为中国地方牦牛品种的保护和利用提供重要的理论依据。